产谷氨酰胺合成酶发酵条件的研究

谷氨酰胺合成酶是应用广泛的生物酶类,以LNU 0165，LNU 0066和LNU 0254为实验出发菌株，对不同pH、温度条件下产谷氨酰胺合成酶的最佳发酵条件进行了研究，通过测定谷氨酰胺合成酶，并进行比较选择高产菌株，LNU 0165产酶活最高，其GS酶的最适温度为60℃，最适pH为7．5左右。     

富产海藻糖合成酶菌株的筛选

研究了从土壤中分离获得一种富产海藻糖合成酶菌株的全过程．通过平板初筛和摇瓶产酶转化试验及离子色谱仪(HPAEC)检测，确证该酶能转化聚合度大于3的麦芽寡糖合成海藻糖，转化率约为40％，通过形态、结构特征分析以及16SrDNA基因全序列与参比菌株的基因序列比较，菌株JNU-1与食尼古丁节杆菌16S rDNA序列同源性达95．12％，故将该菌株定名为食尼古丁节杆菌JNU-1(Arthrobacter nicotinovorus JNU-1)．     

一株谷氨酰胺合成酶高产菌株的酶学分析及其基因的克隆分析

对谷氨酰胺合成酶菌球形节杆菌(Arthrobacter globiformis)突变菌株Y3进行分析.其谷氨酰胺合成酶摇瓶发酵单位是原始菌株的2.81倍;最适反应温度为40℃;最适pH为6.5.以突变菌株和原始菌株基因组为模板,通过同源克隆策略,成功地获得了球形节杆菌谷氨酰胺合成酶基因gln片段.通过序列比对,突变菌株gln基因在第409 bp处产生T→C的碱基的突变,该处突变使酪氨酸(Tyr409)被组氨酸(His409)取代,该突变解决了谷氨酰胺合成酶腺苷酰基化问题,保证了其在高浓度铵盐条件下保持酶活性.     

产纤溶酶菌株的分子鉴定及其液体产酶特点分析

通过对实验室分离筛选出的2株产纤溶酶能力较强的细菌菌株进行16S rRNA碱基序列测定,并与已发表的16S rRNA序列进行对比分析,确定2个菌株均属于枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis).在此基础上,对2个菌株液体发酵产纤溶酶的特点进行了对比分析.实验结果表明,2个菌株适宜的发酵产酶时间均为60～108 h.在优化的液体发酵条件下,2个菌株单位发酵液中纤溶酶平均产量可分别达到773.07 U/mL(菌株1)和962.28 U/mL(菌株2).     

一种有固氮能力的节杆菌菌株的分离和初步鉴定

从日本冲绳县土壤采样经垃圾处理场堆肥化处理,分离到一株有固氮能力的菌株HS-G8,该菌为革兰氏阳性菌,不产芽孢,无运动性．在LB固体培养基上,菌落为黄色,圆形,边缘整齐,有光泽．有明显的杆-球状的生长周期,(1d内呈杆状,2d以上呈球状)．对该菌株HS-G8的16S rDNA的全序列测序并进行DNA同源性分析,发现它与Arthrobacter属的关系最近,与Arthrobacter nifotianae的同源性为99．1％．其主要生理生化特征也与Arthrobacter属相符．初步鉴定HS-G8可能为Arthrobacter属的一个新种。     

16S rRNA序列分析在多杀巴斯德氏菌鉴定中的应用

目的应用16s rRNA序列分析方法,对多杀巴斯德氏菌进行鉴定。方法采集猝死家兔样本,进行病理组织学检查和病原菌分离培养。针对细菌16S rRNA基因保守区序列设计一对引物,以分离菌株抽提的DNA为模板,进行PCR扩增及16S rRNA序列分析。结果从死亡家兔肺脏中分离鉴定出了一株多杀巴斯德氏菌(PMr0901)。将分离菌株序列与GenBank中收录的序列进行比较,BLAST分析结果显示PMr0901与多杀巴斯德氏菌参考菌株PM70的16S rRNA核苷酸同源性大于99%。分离菌株对阿莫西林/克拉维酸、头孢曲松、左氧沙星、四环素敏感,而对青霉素G已产生耐药性。结论16s rRNA序列分析的分子生物学方法可用于病原菌的鉴定。     

一株产耐高温淀粉酶菌株DW027的鉴定

结合表型性状分析和16S rRNA序列及系统发育分析进行菌株的鉴定.结果显示,DW027菌体呈杆状,革兰氏染色阳性,产芽孢.在LB平板培养基上,菌落呈白色、圆形.16S rRNA基因序列分析表明,与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)标准序列的同源性达99％,初步鉴定为枯草芽孢杆菌.     

一株可用于盐度适应性研究的模型细菌的鉴定

为探究一株广盐性细菌DYB分类学地位及其作为盐度适应性研究模型的潜力，本研究进行了形态学、生理生化和细菌鉴定系统分析。为了进一步确定菌株DYB的分类学地位，测定了其16S rRNA基因序列，分析了相关细菌相应序列的同源性，构建了系统发生树。结果表明，菌株DYB与Idiomarina sp. H-76 (KF021759)亲缘关系很近。菌株DYB可鉴定为Idiomarina sp. DYB。此外，该菌株的广盐性以及对碳氮源可利用性等生理生化特征显示该菌株具有作为盐度适应性研究模型的潜力。     

鞘氨醇单胞菌N1菌株的16SrDNA序列分析和溴氨酸降解的动力学

对降解蒽醌染料中间体溴氨酸的N1菌株进行了16S rDNA序列分析和溴氨酸生物降解的动力学研究．N1菌株经过16S rDNA序列测定和同源性分析，被鉴定为鞘氨醇单胞菌（Sphingomonas sp．，以前曾称为Pseudomonas sp．）．在高浓度溴氨酸时N1菌株的降解过程存在底物抑制现象，其行为符合Andrews提出的描述微生物菌体生长的非竞争性底物抑制模型．本文对此方程进行了非线性回归，确定了模型参数，实验数据对该动力学方程能很好拟合．此外，从模型中得出，溴氨酸浓度为520～580mg／L时，μ与q均达到较高值，这一实验结果为溴氨酸废水的生物处理工艺提供了重要参考条件。     

滇南森林土样中的Actinobacteria的分离、快速鉴别及初步鉴定

Actinobacteria是一类极具开发潜力的微生物资源，Actinobacteria的23S rRNA既有高度的保守性，又有较好的可变性，体外PCR扩增Actinobacteria的23S rDNA的稳定插入片段可有效地对放线细菌进行识别．本研究中结合了16S rDNA部分序列分析对其中9株Actinobacteria菌株进行了初步鉴定，随后又对菌株YIMT0056进行了多相分类学研究，最终确定该菌株是红球菌属的一个新种，我们将其命名为云南红球菌。     

Isolation and Characterization of a New Subspecies of Aeromonas salmonicida （ Aeromonas salmonicida subsp, flounderacida subsp. nov. ） from Stone Flounder（ Kareius bicoloratus L. ）

Biological properties were studied to appropriate pathogenic bacteria which were isolated from diseased (or dead) stone flounder (Kareius bicoloratus L. ) which expressed bacterial septicaemia, including morphological characteristics, colony characteristics, physiological and biochemical characteristics and serum homology of isolates, the results showed that the isolates belonged to a new subspecies of A. salmonicida. In addition, the representative strains have been re-checked and detected the mol% G C ratio of the DNA by China Center for Type Culture Collection (CCTCC), the examined strains were also regarded as a new subspecies of A. salmonicida, and designated as Aeromonas salmonicida subsp, flounderac/da subsp, nov. by its isolated fish (Kareius bicoloratus ). Molecular identification of analysis of the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene were applied, the results showed high similarity (99%) with the 16S rRNA gene of Aeromonas salmonicida from GenBank database. Cluster analysis of phylogenetic tree revealed that the representative strain formed separately bootstrap-supported cluster.     

一株广谱抗菌活性菌株的鉴定及生物学特性研究

从湛江湖光岩世界地质公园的火山岩石中分离到一株具有广谱抗菌活性的菌株,命名为菌株HGY25,该菌株对多种食品致病菌均有较强的抑制作用。通过形态学观察、生理生化指标测定、16S rDNA碱基序列测定和同源性分析,鉴定该菌株为枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis。对菌株部分生物学特性研究表明:其生长的最适pH值为7.0,最适生长温度为37℃。     

四川黑熊线粒体12S和16S rRNA基因的克隆及序列分析

利用哺乳动物线粒体基因的保守序列设计引物,采用PCR方法,首次从亚洲黑熊四川亚种（Ursus thibetanus mupinensis）的肌肉组织总DNA中扩增出了线粒体12S rRNA和16S rRNA基因并进行了序列测定及分析.结果表明,四川黑熊12S rRNA基因长965 bp;16S rRNA基因长1 580 bp.通过进一步的序列分析表明,四川黑熊的12S rRNA和16S rRNA基因有较高的进化速率,与美洲黑熊、棕熊、北极熊、眼镜熊及大熊猫的相应基因相比较有较大差异,其中与美洲黑熊的同源性相对较高.     

基于groEL基因序列鉴定丹毒丝菌属菌种

对4株红斑丹毒丝菌的16SrRNA基因和groEL基因进行测序及系统发育分析,探讨groEL基因序列分析法在丹毒丝菌属菌种分类鉴定中的应用.测序结果表明,4株红斑丹毒丝菌groEL基因长度为1 614bp,编码由537个氨基酸残基组成热休克蛋白HPS60,与红斑丹毒丝菌ATCC19414株和扁桃体丹毒丝菌ATCC43339株groEL基因的同源性分别为99%和86%,而16SrRNA基因长度为1 351bp,与红斑丹毒丝菌ATCC19414株和扁桃体丹毒丝菌ATCC43339株的同源性均为99%.系统发育分析结果表明,groEL基因比经典的16SrRNA基因序列分析分辨率高,可适用于红斑丹毒丝菌和扁桃体丹毒丝菌的分类鉴定.     

一种引起脊尾白虾红体病病原菌的初步研究

2012年7月,浙江舟山某试验场暂养的脊尾白虾暴发一种较为严重的传染性疾病,病虾身体发红,额剑发黑,反应迟钝,摄食减少,一周内发病死亡率达到30%左右,并有迅速蔓延趋势。从病虾的血淋巴液和肝胰腺中分离到一株优势细菌XS1207005。人工感染试验结果表明,该菌株对健康脊尾白虾有较强的致病性,且感染发病的脊尾白虾与自然发病虾有相同的临床症状,确定该菌株为脊尾白虾红体病的病原菌。采用常规生理生化指标测定、16S rDNA和热激蛋白HSP60(heat shock protein)基因序列分析对病原菌进行分类鉴定,序列分析结果表明,16S rRNA基因序列与弧菌属相应的序列同源性最高;HSP60基因序列与哈维氏弧菌相应的序列同源性为99.6%,而与其他弧菌属细菌的HSP60基因同源性均小于91%,结合生理生化测定结果,确定菌株XS1207005为哈维氏弧菌。药敏试验结果表明,先锋噻肟、复方新诺明、利福平、先锋必、菌必治、氟哌酸、复方欣及氧氟沙星等8种药物对该菌株有明显的抑制作用。     

产微球茎菌琼胶酶基因的克隆及生物信息学分析

以琼脂为唯一碳源的培养基分离出一株产琼胶酶的海洋菌株AG1,16S rRNA基因序列分析显示,该菌株为产微球茎菌（Microbulbifer sp.）。以菌株AG1的基因组为模板,使用琼胶酶特异性引物进行PCR扩增,将扩增产物克隆至pMD18-T载体后进行测序。结果显示,克隆基因的大小为1302 bp,预测编码含有433个氨基酸残基的蛋白质。对该蛋白质进行生物信息学分析,结果表明,该蛋白质序列与来自耐热微泡菌（Microbulbifer thermotolerans）的琼胶酶氨基酸序列相似性为100%,预测本研究克隆的基因编码琼胶酶。该琼胶酶的理论分子质量大小为48.2 ku,理论等电点为5.42。采用同源建模法建立Microbulbifer sp.AG1琼胶酶的三维结构,富含β-折叠。     

乌江网箱养殖丁(魚歲)细菌的分离与分子鉴定

利用微生物学常用的细菌分离、纯化方法从丁(魚歲)中分离出9株菌株,编号分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ.分别扩增出9株菌株的16S rRNA基因约600 bp的片段,并对其测序,将测序结果输入到NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中,用BLAST工具对序列进行同源性比对分析,并利用MEGA4绘制系统进化树,结果表明:9株菌株的16S rRNA基因测序结果分别与不动杆菌(Acinetobacter)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophi-la)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)、不动杆菌(Acinetobacter)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)、霍乱弧菌(Vibriocholerae)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiellapneumoniae)的16S rRNA基因的核苷酸序列同源,同源性分别为96%,99%,99%,97%,98%,98%,99%,98%,98%.9株菌株的系统进化树明显分为3支,Ⅰ和Ⅳ聚为一支,Ⅶ独聚一支,Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅷ、Ⅸ聚为一支,其中Ⅱ和Ⅷ相聚,Ⅲ和Ⅴ相聚后再与Ⅵ相聚,最后与Ⅸ相聚.     

锦鲤弗氏柠檬酸杆菌的鉴定

对从病死锦鲤（cyprinuscarpioL．）肝组织中分离的2株菌（编号：HC050630B-1,HC050630B-2）进行了形态特征、主要理化特性、对健康鲤鱼的致病作用、药物敏感性等方面的检验;同时测定了HCOS0630B-1株菌的16SrRNA基因序列,构建了系统发育树。结果表明,2株被检菌为弗氏柠檬酸杆菌（C...     

黄土高原沙棘根际氢氧化细菌的分离与种属分布

目的研究陕西黄土高原沙棘(Hippophae rhamnoides)根际氢氧化细菌种属分布。方法利用持续通H2的气体循环培养体系分离纯化细菌。通过TTC(2,3,5-氯化三苯基四氮唑)试验和氧化H2能力测定筛选含有氢化酶的菌株。根据其培养特征、形态特征和生理生化特征进行菌株鉴定。用16S rRNA基因序列分析法对氧化氢能力最强的优势菌株构建系统发育树。结果筛选出6株菌初步确定为氢氧化细菌,并划分为4个属:芽孢杆菌属(Bacillus)、气单胞菌属(Aeromonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和微球菌属(Micrococcus)。其中菌株FS2的16S rRNA基因序列(Gen-Bank登录号为GU084156)与芽孢杆菌属相似性为99%,在系统发育树上位于同一分支,因此将菌株FS2归为芽孢杆菌属(Bacillus)。结论说明氢氧化细菌在自然界分布广泛,并为分析氢氧化细菌的种群结构特征提供基础材料。