用酵母双杂交检测BAR与PDZ结构域的相互作用

用酵母双杂交系统探索P ICK 1分子中BAR结构域与PDZ结构域的相互作用.分别构建了pGAD-PDZ和pGBK-BAR重组子,共转入酵母细胞后,涂布于SD(L eu-,T rp-,H is-)固体平板培养基,经滤纸复印和显色反应,在8 h内观察到只有pGAD-PDZ/pGBK-BAR的表达产物呈阳性,而其它对照pGADT 7/pGBKT 7、pGAD-PDZ/pGBKT 7和pGADT 7/pGBK-BAR均呈阴性反应,说明BAR与PDZ结构域具有相互作用.     

立体异构和羧基甲酯化对PDZ结构域抑制剂与nNOS PDZ相互作用的影响

ZLc-002及其类似物是一系列PDZ结构域抑制剂,它们能够不同程度地阻断nNOS与CAPON之间的偶联,从而表现了不同的抗焦虑活性(PDZ指最早发现含有此结构域的三个蛋白质的首字母缩写,分别是:post synaptic density protein-95,PSD-95;drosophila disc large tumor suppressor gene,DLG;zonula occludens-1 protein,ZO-1。即:突触后密度蛋白95,果蝇光盘大肿瘤抑制剂,和闭锁小带蛋白1。nNOS:neuronal nitric oxide synthase,即神经元型一氧化氮合酶。CAPON:carboxy-terminal PDZ ligand,即神经型一氧化氮合酶羧基末端PDZ结合配体)。为了探究立体异构和羧基甲酯化对PDZ结构域抑制剂与nNOS PDZ之间相互作用的影响,分别应用分子对接、分子动力学模拟,以及传统的和可极化的分子力场,对比研究了3个PDZ结构域抑制剂与nNOS PDZ之间的相互作用方式和强度。研究发现,羧基甲酯化的R型构象的PDZ结构域抑制剂与nNOS PDZ结构域相互作用最强,这与实验上测得的CAPON-nNOS解偶联率相一致。还计算和分析了抑制剂与nNOS PDZ相互作用能的不同分项,结果表明:立体异构和羧基酯化对PDZ结构域抑制剂与nNOS PDZ间的氢键相互作用具有重要影响,而对二者之间的范德华相互作用影响较小。     

3BP2中SH2结构域的晶体结构及其与来源于FRS2α的肽的复合物晶体结构研究

提出了一个3BP2的Src同源区2结构域(SH2)不同于其他SH2结构域的全新肽链结合模式,它与FRS2来源的多肽结合于不同的氨基酸残基. 实际上,该SH2结构域与该短肽的三个重要残基相结合形成完美的几何互补,通过BioCore实验验证,这三个氨基酸最好是Y-E-N.     

Nir2碳端结构域的晶体结构

Nir2蛋白具有多个结构域，在生物体中可能发挥多种生理功能。本实验用MAD软件对大肠杆菌BL21（plys）原核表达的Nir2蛋白碳端进行了晶体结构分析。结果显示，硒蛋氨酸取代蛋白晶体及未取代蛋白晶体同属空间群P212121,晶胞参数a=109.468 Å, b=120.621 Å, c=70.315 Å，分辨率分别为2.2 Å和2.7 Å。一个不对称单位含有三个分子，含水量为48%。Nir2蛋白碳端由C片层和N片层构成，其中C片层与钙ATPase的催化区域P相似，N片层为许多不相关的功能性蛋白所共有。研究证明二者之间的静电作用是影响Nir2蛋白碳端与Pyk2 FERM区域结合的主要因素。该晶体结构的分析结果为进一步研究Nir2蛋白碳端的潜在功能提供了结构基础。     

Periaxin蛋白中PDZ结构域的重组表达与纯化

Periaxin属于有髓施旺细胞非致密髓鞘中的重要蛋白之一,该蛋白的突变,会引起腓骨肌萎缩症4F亚型发生.文章以小鼠periaxin基因为模板,PCR扩增编码Periaxin-PDZ及其延长型的基因序列,插入pETM-3C表达载体中.转入E.coli BL21(DE3)中,经IPTG诱导表达重组蛋白.再经Ni2+-NTA亲和柱及Sephacryl S-200凝胶层析获得电泳纯的Periaxin-PDZ蛋白.荧光光谱法分析Periaxin-PDZ和脂膜的结合能力,结果显示Periaxin-PDZ(18-102aa)与脂质体的解离常数为Kd=4.415 μg/mL,延长型Periaxin-PDZ(18-129aa)与脂质体的解离常数为Kd=7.265 μg/mL,Periaxin-PDZ(18-102aa)与脂膜的结合能力略高于延长型Periaxin-PDZ(18-129aa).     

3BP2中SH2结构域的晶体结构及其与来源于FRS2α的肽的复合物

提出了一个3BP2的Src同源区2结构域(SH2)不同于其他SH2结构域的全新肽链结合模式,它与FRS2来源的多肽结合于不同的氨基酸残基. 实际上,该SH2结构域与该短肽的三个重要残基相结合形成完美的几何互补,通过BioCore实验验证,这三个氨基酸最好是Y-E-N.     

3BP2的SH2结构域的晶体结构和与来源于FRS2的肽的复合物的晶体结构

3BP2最初被作为一个Abl SH3结合蛋白被分离,但是其功能并不确定。除了富含脯氨酸区域和间接与SH3结合外,3BP2还有一个PH和Src同源区2结构域(SH2)。 Src同源区2结构域(SH2)是一个很大的家族,它们通过人体基因组编码的模块间的相互作用来识别酪氨酸磷酸化序列,由此在细胞信号转导和控制中发挥中心作用。肽基可以被SH2识别从而形成一种复合物.这篇文章的内容是关于3BP2的SH2结构域的晶体结构和与来源于FRS2的肽的复合物的晶体结构。依照表面电荷性质,这个结合袋的特异性是半极性半中性的。这个结构的特点明显的表现在,对于亲和性来说,Glu(p+1)比Ala (p+1) 或 Val (p+1)更为重要。     

FOXM1688-748结构域相互作用蛋白的鉴定

为了鉴定转录因子FOXM1转录激活结构域(C-端第688位到748位氨基酸序列)的互作蛋白,以FOXM1的cDNA为模板,采用聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)方法扩增获得其转录激活结构域序列,克隆进入原核表达载体pGEX-4T2;利用大肠杆菌原核表达获得融合谷胱甘肽S-转移酶(Glutathione S-Transferase,GST)标签的重组蛋白GST-FOXM1688-748;通过GST-pulldown结合质谱方法鉴定FOXM1688-748的互作蛋白,成功构建了原核表达质粒pGEX-4T2-FOXM1688-748,获得了原核表达的重组蛋白GST-FOXM1688-748.将质谱鉴定获得的互作蛋白进行分析和归类,预示一些互作蛋白可以参与激活FOXM1的转录活性,如RPN2、MISP、MCM7蛋白,一些互作蛋白可以参与调控FOXM1蛋白的稳定性,如USP9Y、CUL4A、HSPB1、BAG2蛋白.FOXM1蛋白的转录激活结构域与许多不同功能的蛋白发生相互作用,暗示该结构域具有重要的分子生物学作用,期望为以FOXM1为靶点的临床药物研发提供实验依据.     

锰的吡啶-2-磺酸配合物的合成和晶体结构

合成锰的吡啶-2-磺酸配合物Mn(C5H4NSO3)2.(H2O)2.研究结果表明,化合物属单斜晶系,空间群为C2/c,其晶胞参数:a=1.371 75(7)nm,b=0.720 44(4)nm,c=1.611 41(9)nm,β=106.855(1)°,V=1.524 1(1)nm3,Z=4,Dc=1.775 g.cm-3,μ=1.183 mm-1,F(000)=828,R=0.022 7,wR=0.060 3.共收集到1 740个独立衍射点,其中I≥2σ(I)的可观测点为1 627个.在标题化合物中,Mn2 离子由2个吡啶-2-磺酸中的2个氮,2个氧,以及2个水分子中的2个氧配位形成畸变的N2O4八面体配位构型.配合物分子具有晶体学2次旋转轴对称性,分子之间通过许多O-H(配位水分子)…O(未配位磺酸根)氢键联结成二维结构网络.     

腈纶接枝2-氨基乙磺酸制备新型离子交换纤维

以腈纶(PAN)直接接枝2-氨基乙磺酸(NH2CH2CH2SO3H)制备了新型的含磺酸基离子交换纤维RPFS-I,研究了2-氨基乙磺酸浓度、反应温度、反应时间对反应的影响,采用交换容量、红外光谱和拉断力等对RPFS-I进行了表征.实验结果表明:该方法可将磺酸基成功地引入到PAN纤维上,RPFS-Ⅰ纤维的交换容量达到2.7mmol/g,且机械强度无明显下降.     

2-(3-苯基-丙烯酰胺基)-乙磺酸的合成与表征

本实验先通过Perkin反应由苯甲醛和乙酸酐在碱性催化剂下合成肉桂酸,经SOCl2氯化后得到肉桂酰氯,进而与牛磺酸在碱性条件下反应,得到了一种新的肉桂酰胺2-(3-苯基-丙烯酰胺基)-乙磺酸,为下一步设计和合成抗高血压药物新型ACEI(血管紧张素转化酶抑制剂)提供中间体.产物结构由IR和1H NMR确证.     

2-（3-苯基-丙烯酰胺基）-乙磺酸的合成与表征

本实验先通过Perkin反应由苯甲醛和乙酸酐在碱性催化剂下合成肉桂酸,经SOCl2氯化后得到肉桂酰氯,进而与牛磺酸在碱性条件下反应,得到了一种新的肉桂酰胺2-（3-苯基-丙烯酰胺基）-乙磺酸,为下一步设计和合成抗高血压药物新型ACEI（血管紧张素转化酶抑制剂）提供中间体。产物结构由IR和1H NMR确证。     

KIF4A尾部结构域与不同结构DNA的相互作用

在有丝分裂期的细胞中,染色体驱动蛋白KIF4A的染色体定位对细胞分裂进程影响显著,KIF4A的羧基端尾部是参与调控其染色体定位的主要结构.为了探究KIF4A结合DNA的特性,利用细菌表达KIF4A尾部功能域蛋白KIF4A-C278,并应用纯化后的蛋白分别与线性双螺旋DNA和超螺旋DNA结合.实验结果显示,KIF4A-C...     

具有AP2结构域的转录因子家族的研究进展

具有AP2结构域的转录因子是一种被认为只存在于高等植物中的转录因子,但根据最新的研究发现在一些低等的生物中同样存在该转录因子。这是一种基因的入侵,具有AP2结构域的转录因子在高等植物中存在有几百个。本文综述了具有AP2结构域的转录因子的研究进展,包括三个方面:1、具有AP2结构域的转录因子是一个从低等生物到高等生物进化上的入侵基因;2、具有AP2结构域的转录因子的分子结构及功能;3、在高等植物中该转录因子的研究进展情况。此外还展望了一下这个基因家族的研究前景。     

盐酸2-芳基吗啉的合成与表征

α-溴-4-甲氧基苯乙酮、α-溴-2-氟苯丙酮、α-溴-4-苄氧基苯丙酮、6-甲氧基-2-（溴乙酰基）萘、6-甲氧基-2-（2-溴丙酰基）萘分别与二乙醇胺、2-氨基-1-丙醇、N-甲基乙醇胺、2-甲基-2-氨基-1-丙醇和甲酸发生非经典Leuckart—Wallach反应,合成相应的2-芳基吗啉,后者经盐酸酸化成盐,得到4-羟乙基-（4-甲氧基苯基）吗啉、盐酸3-甲基-4-羟乙基-（2-氟苯基）吗啉、盐酸3-甲基-4-羟乙基-（4-苄氧基苯基）吗啉、盐酸4-羟乙基-（6-甲氧基-2-萘基）吗啉、盐酸3-甲基-4-羟乙基-（6-甲氧基-2-萘基）吗啉、盐酸3,4-二甲基-2-（6-甲氧基-2-萘基）吗啉、盐酸3,5-二甲基-2-（6-甲氧基-2-萘基）吗啉和盐酸3,5,5-三甲基-2-（6-甲氧基-2-萘基）吗啉．产率为15．6％～58．9％．其结构经^1HNMR,^1H-^1H COSY,IR,MS确证．     

水合2-苯甲酰基苯甲酸的合成及其晶体结构

水合2-苯甲酰基苯甲酸的晶体结构中一个不对称单元包含1分子2-苯甲酰基苯甲酸和1分子水,分子式为C14H10O3(H2O).具体测定结果如下该晶体属于三斜晶系,P-1空间群,a=0.775 1(2) nm,b=0.837 7(2) nm,c=1.003 7(2) nm,α=75.57(3)°,β=83.05(3)°,γ=86.08(3)°,Dc=1.296 g/cm3,Z=2,F(000)=256,μ=0.095 mm-1,最终偏差因子分别为R=0.054 5,wR=0.146 0.X-射线衍射分析表明,分子之间通过相邻分子间形成的O-H...O氢键相连.水分子中的氧原子由于分子间的氢键作用,稳定性增加.     

与酵母Ure2p朊病毒结构域融合表达的谷胱苷肽-S-转移酶结构的改变

酵母朊蛋白Ure2蛋白(Ure2p)具有动物朊蛋白类似的构象转变特点,其N-端65个氨基酸是朊病毒结构域(PrD),对酵母朊病毒的发生起关键性作用.将PrD基因与谷胱苷肽-S-转移酶(GST)基因重组,在大肠杆菌中表达了可溶性的GST-PrD融合蛋白(sGST-PrD).sGST-PrD在体外自发地聚合成纤维,这种蛋白纤维的圆二色谱呈典型的β-折叠,对蛋白酶K的抵抗力增加,并具有淀粉样纤维的光学特性.聚合的GST-PrD(aGST-PrD)能促进sGST-PrD聚合成纤维.这些结果显示PrD能使与其融合的GST蛋白的构象发生变化,形成一种新的朊蛋白样嵌合蛋白.这是PrD改变其他蛋白构象的证据.     

2-氨基-4,6-二甲基嘧啶二氯乙酸盐的合成及其结构表征

以硝酸胍、乙酰丙酮、二氯乙酸为原料合成了标题化合物2-氨基-4,6-二甲基嘧啶二氯乙酸盐,通过X-射线衍射对其结构进行了表征。晶体数据表明,该化合物单晶属于三斜晶系,空间群为P-1,晶胞参数为a=6.8502(14),b=8.6667(17),c=11.255(2),α=67.480(1)°,β=87.320(2)°,γ=85.970(2)°,V=615.6(2)3,Z=2。     

盐酸2-芳基-4-羟乙基-2-吗啉醇的合成及表征

6-甲氧基-2-(2-溴丙酰基)萘、a-溴-3-氯苯丙酮、a-溴-4-苄氧基苯丙酮和a-溴-4-苄氧基苯戊酮分别与二乙醇胺于50℃搅拌反应1h,合成相应的2-(6-甲氧基-2-萘基)-3-甲基-4-羟乙基-2-吗啉醇、2-(3-氯苯基)-3-甲基-4-羟乙基-2-吗啉醇、2-(4-苄氧基苯基)-3-甲基-4-羟乙基-2-吗啉醇、2-(4-苄氧基苯基)-3-丙基-4-羟乙基-2-吗啉醇,2-芳基-4-羟乙基-2-吗啉醇经氯化氢酸化得其盐酸盐,收率58．3％～89．8％．其结构经^1HNMR,^1H-^1H COSY,IR,MS确证．