采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明:16株鳗鲡病原菌均扩增到了400 bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上的符合程度高达82%.     

16S rDNA和recA-gene对乳酸菌Ⅱ32的鉴定

对乳酸菌Ⅱ32进行了生化实验.以菌株Ⅱ32的总DNA为模板,采用细菌通用的引物,对其16S rDNA进行特异扩增,并进行序列测定,将测定结果与GenBank DNA数据库中已知菌种的16S rDNA序列通过BLAST软件进行分析比较,初步确定该菌株为戊糖乳酸菌、植物乳杆菌或类植物乳杆菌.采用recA-gene约300bp的特异扩增片段最终确定乳酸菌Ⅱ32为类植物乳杆菌.     

新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场硬蜱形态学和16S rDNA序列分析研究

为了掌握新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场畜牧体表寄生硬蜱的分布情况及物种多样性,对该地区12个调查点的寄生蜱类进行考察,采用形态学分类及16S rDNA序列进行遗传进化分析的方法对采集的323只羊和228只牛寄生硬蜱进行研究,从中选取26只硬蜱进行线粒体16S rDNA序列扩增、测序,并与34种GenBank参考序列进行遗传进化分析。结果显示:该地区共鉴定出2科3属7个种的硬蜱。其中2种硬蜱与边缘革蜱(Z97879)16S rDNA序列同源性分别为98.2%和96.8%,遗传距离为0.021和0.026;1种硬蜱与森林革蜱(JF979379)、草原革蜱(JF979375)16S rDNA序列的同源性为95%和96.3%,遗传距离为0.039和0.042;3种硬蜱基因序列与亚洲璃眼蜱(JF979380)16S rDNA的同源性为98.3%~99.8%,遗传距离为0.003~0.017;且获得的1种硬蜱,与刻点血蜱(Z97880)同源性完全相同。结论:首次应用形态学和16S rDNA序列分析报道了新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场牛、羊体表寄生的硬蜱种类,16S rDNA测序分析表明该地区硬蜱与GenBank报道的国际硬蜱有一定差异性,与国内其它省份分离的硬蜱16S rDNA序列亦不完全相同,具有区域差异性。     

不同年份窖泥细菌16S rDNA系统发育分析

本研究直接提取5、10、20、50年窖泥细菌总DNA,扩增16SrDNA并构建克隆文库后进行系统发育分析.结果表明,随着年份增加,细菌多样性指数呈现出先增加后略有下降最后回升稳定的趋势;198个阳性克隆子划分成43个分类操作单位(OTUs),按优势顺序依次为Firmicutes、Bacteroidetes、Chloroflexi、unclassified Bacteria、Proteobacteria、Tenericutes、Actinobacteria、Planctomycetes和Spirochaetes.不同年份窖泥中优势菌不同,在5、50年窖泥中紫单胞菌科占优势,而在10、20年窖泥中梭菌目占优势.其中Petrimonas、Rikenellaceae、Syntrophomonadaceae、Clostridium、Lactobacillus等细菌均有发现,它们在窖泥老熟和白酒风味物质生成过程中发挥着重要作用.     

熟制鲍鱼残留细菌的分离及16S rDNA鉴定

摘要：为控制熟制鲍鱼残留的细菌污染,采用平板划线分离技术对烘制加工后鲍鱼中残留的主要菌群进行分离,并通过菌落形态观察、革兰氏染色分析和16S rDNA序列比对等方法对其进行鉴定.结果表明,残留在烘制加工后鲍鱼的主要菌群有希瓦氏菌属、不动杆菌属、库特氏杆菌属、海洋类香菌、蜡样芽抱杆菌、肠杆菌属、彭氏变形杆菌等.     

16S rDNA序列技术分析鉴定颗粒污泥中的微生物

采用16S rDNA序列分析技术对降解五氯酚的微氧颗粒污泥形成过程中真细菌和古细菌的种群多样性和动态变化进行了研究.通过对DGGE主要条带进行序列比对,发现颗粒污泥中真细菌和古细菌都与不可培养的微生物具有很高的相似性,微氧颗粒污泥中同时存在好氧菌、微氧菌和厌氧菌.通过比较不同菌的相对数量变化发现五氯酚驯化后的颗粒污泥中产生了一系列对五氯酚降解有利的优势细菌和古菌,如Proteobacteria、Sphingomonas、Methanogenic bacterium等.     

一株产辅酶Q10的光合细菌菌株的分离及鉴定

从水塘污泥中富集分离到一株产CoQ10含量较高的光合细菌菌株,并对其进行系统鉴定.采用了丙酮作为CoQ10的提取溶剂,样品经超声波破碎后,用紫外分光光度法(UV)作为CoQ10的定性定量方法,成本低且快速,可以作为筛选CoQ10含量较高菌株的方法.以此方法筛选得到菌株LZC,其CoQ10产量为9.49μg/mL菌液.16S rDNA序列系统发育分析表明,菌株LZC在系统进化树上与GenBank中序列号为AB251407.1、AB251408.1、AB017799.1、DQ342322.1的红假单胞菌(红细菌)聚为一族,初步确定菌株LZC为生芽红假单胞菌(Rhodobacter blasticus).菌株LZC至少能稳定传代15次.     

深海沉积物样品中古菌的16S rDNA分析

利用多管采样器,在太平洋西经177°42'20",北纬10°35'06"的位置上,从水深5774 m的海底获得深海沉积物样本,现场提取DNA进行保存.以此DNA为模板,利用古菌16S rDNA特异引物扩增出样品中古菌的16S rDNA,将扩增所得的16S rDNA进行克隆,建立了该样品中古菌的16S rDNA文库.对16S rDNA扩增片段进行了RFLP分析和序列分析,结果表明这些古菌在系统进化树上的位置靠近,属于Crenarchaeota中的Ⅰ类海洋古菌类群.     

一株短小芽孢杆菌的16S rDNA基因序列分析

从黄颡鱼中分离得到一株优势菌BP-1,经过形态观察、生理生化试验和16S rDNA基因序列分析,表明该菌为发酵型,能运动,革兰氏阳性杆菌.获得的16S rDNA基因序列长度为1478 bp,Gen Bank数据库中登录号为KP299290.该序列与GenBank数据库中多条短小芽孢杆菌16S rDNA基因序列相似性高达99%,系统进化树上与短小芽孢杆菌亲缘关系最近,从而判定菌株BP-1为短小芽孢杆菌.这为短小芽孢杆菌的鉴定和分类提供科学依据.     

1株革兰氏阴性细菌菌株YIM31327^T的分离和鉴定

从云南森林土壤样品中分离到1株革兰氏阴性细菌YIM31327^T．通过对其进行的包括形态、生理生化特性、细胞壁化学组份以及16S rDNA序列等多相分类研究，确定其为杜擀氏菌属的1个新种，我们将其命名为黑紫杜擀氏菌(Duganella violaceinigra sp.nov．)．菌株YIM31327^T的最适生长温度为28～30℃，最适生长pH为7．0，细胞短杆状、无孢子形成、有鞭毛、可运动。     

5种新分离细菌的分子鉴定及分类

测定和比较了５种新分离细菌的１６ＳｒＤＮＡ序列,并对其进行分子鉴定和分类．结果表明：Ｆ５７７１和Ａ５６０８为棒杆菌属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）的２个新种;ＬＣＤＣ８９０５５是１种放线菌,与Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓｐｙｏｇｅｎｅｓ遗传距离较近;而ＬＣＤＣ８７０８０和ＣＤＣｇｒｏｕｐＡＮＦ１ｌｉｋｅ则分别为Ａｎｅｕｉ和Ｔｕｒｉｃｅｌａｏｔｉｔｉｄｉｓ菌的不同菌株．     

新疆达坂城盐湖中度嗜盐菌的16SrDNA序列研究

中度嗜盐菌作为一类微生物资源,已经在很多方面应用。从新疆达坂城盐湖样品中分离得到17株中度嗜盐菌。其中11株为革兰氏阳性,6株为革兰氏阴性,并完成表型和16SrDNA序列的测定．其表塑特征和16SrDNA序列分析结果表明这些菌分别属于Halomonas、Bacillus、Salinicoccus、Halobacillus、Marinococcus、Thalassobacillus、Nesterenkonia属,其中大部分属于Halomonas属。     

16S rDNA克隆文库法分析地下水生物反硝化系统细菌种群多样性

采集地下水硝酸盐生物反硝化系统内的污泥样品,提取污泥样品中微生物的总DNA,构建细菌16S rDNA基因片段克隆文库,并通过16S rDNA序列系统发育分析,对反硝化系统内的细菌种群多样性以及菌群结构进行了研究。结果表明,地下水生物反硝化系统内细菌具有高度多样性,样品文库分为9个细菌类群,优势菌群为β-Proteobacteria(67.11%)和Bacteroidetes(15.79%),其中,β-proteobacteria为最优势菌群,以Rhodocyclaceae为主。对反硝化系统内细菌种群多样性的研究有利于确定优势菌种,为地下水硝酸盐生物反硝化修复奠定理论基础。     

23株豆科木本植物根瘤菌16SrDNA序列分析

为研究和利用华东地区豆科植物根瘤菌的种质资源多样性,对从华东地区豆科木本植物根瘤分离获得的23个菌株进行了16S rDNA全序列分析,并与相关参比菌株的16S rDNA序列进行了比较及聚类分析,建立了23株华东地区豆科木本植物根瘤菌的发育树状图,这一分析结果与来自形态学的鉴别结果吻合,初步确定了23株豆科木本植物根瘤菌分类地位.     

养殖鱼类链球菌病病原的分离鉴定及其16S rDNA分析

从患病的海水网箱养殖鱼中分离到5株链球菌,分别命名为HD-1、HD-2、HD-3、HD-4和HD-50。常规生化结果表明,其中4株即HD-1、HD-2、HD-3和HD-4为海豚链球菌(Streptococcus iniae);另外1株即HD-50为停乳链球菌(Streptococcus dysgalactiae)。分别对上述分离菌株的16S rDNA进行PCR扩增和测序,并与NC-BI中收录的其它链球菌的16S rDNA序列一起进行聚类分析并构建了系统发生树,确定其分类地位。分子分析结果与生化鉴定结果一致。攻毒实验表明以上4株S.iniae均能引起罗非鱼发病,呈现典型的链球菌病症状,并能从发病的罗非鱼脑、心、肝肾和血液中成功回收S.iniae。以上生化和分子生物学鉴定以及罗非鱼攻毒实验结果表明养殖鱼类链球菌病的主要病原为S.iniae,这与国外有关鱼类链球菌病病原的研究报道一致。     

22种丝状异型胞固氮蓝细菌的16S rDNA的 PCR-RFLP 分析

用1对引物CYA106F及781R（a）从23种蓝细菌的DNA中扩增出一条600bp的16SrDNA－PCR片段，对该片段进行的限制性酶切长度多态性（RFLP）分析表明：可将其中21种自生或共生的丝状异型胞固氮蓝细菌的样品分为2个类群组，基本上对应于形态分类上的Anabaena及Nostoc属，但有1种被认为是Anabaena的蓝细菌以及作为对照的1种聚球藻(Synechococcus)蓝细菌样品被明显区分出来，并发现Anabaena属的蓝细菌也可同被子植物根乃拉草（Gunnera）形成共生固氮作用。     

好氧堆肥细菌16S rDNA多态性分析

采用传统培养方法和16s rDNA为基础的PCR-DGGE技术研究好氧堆肥微生物群落的演变过程.平板计数表明好氧堆肥过程中细菌数量呈现"升高一降低一降低"变化趋势,DGGE图谱表明不同时期存在不同的优势种群,少数优势种群存在于整个堆肥过程.PCR-DGGE技术为堆肥微生物群落研究提供新的分子生态学依据.