α-synuclein蛋白与A-β肽和β-synuclein蛋白相互作用位点的预测

α-synuclein蛋白的异常聚集是引起帕金森病的重要因素.实验研究发现,α-synuclein蛋白能与多个蛋白相互作用.在相互作用的蛋白质中,有的可以促进α-synuclein的异常聚集,如A-β肽;有的可以抑制α-synuclein的异常聚集,如β-synuclein蛋白,但促进或抑制α-synuclein异常聚集的机理并不明确.利用SYBYL和AUTODOK软件模拟α-synuclein蛋白与A-β肽和β-synuclein的相互作用,找到其相互作用位点,为进一步研究α-synuclein蛋白的异常聚集提供理论依据.     

同源模建法建立和检验人类新基因ZNF191锌指基序的三维构象

以实验室自行克隆的新基因ＺＮＦ１９１顺序为材料，按三联体密友转换出锌指基因编码的４个锌指结构域ＮＦ１９１ａ，ｂ，ｃ和ｄ的蛋白质一级顺序，并将它们与已用晶体衍射法确证了空间构象的７个Ｃｙｓ２Ｈｉｓ２（Ｃ２Ｈ２）型锌指进行同源比较，从中发现锌指７ＺＮＦ和１ＺＮＦ的一级结构与待检验的锌指顺序同源高且间隙较小。     

多巴胺D3R蛋白同源模建及其应用

以分辨率为2.2的牛视紫红质蛋白的晶体结构为模板,采用同源模建方法,建立D3R模蛋白。对接D3R模蛋白与刺桐属配体分子,在对接的D3R蛋白的结合腔中选定一个以药物分子为质心,以半径为6的空间范围,计算此空间范围内的所有氨基酸残基与配体分子的作用能量,即残基/配体的结合能或排斥能,据此得到配体分子与受体蛋白的活性结合位点。     

同源建模预测蛋白高级结构

蛋白质同源建模对于高级结构未知蛋白的功能预测具有重要意义。同源模型的构建是基于特定的程序进行的,大量及时更新的序列和丰富的蛋白结构数据库是基础。将需要的工具、程序及数据库整合而成一个基于互联网的工作站,有利于广大科研工作者借助     

拟穴青蟹(Scylla paramamosain)NOS蛋白结构分析及同源建模

为了进一步认识拟穴青蟹一氧化氮合成酶(S.paramamosain nitric oxide synthetase,SpNOS)蛋白的结构和功能,深入研究该蛋白的生物学特性,本研究采用生物信息学方法,对SpNOS蛋白质的理化性质、二级结构及三级结构等进行生物信息学分析,并在获得三级结构的基础上进行同源建模.分析结果表明,拟穴青蟹NOS蛋白与眼斑龙虾NOS蛋白组成较为接近.二级结构以α螺旋和随机卷曲为主.NOS全长1214个氨基酸,其空间结构分别以2G60、3HR4、1QGY的A链为模板,分三段进行建模,得到合理的空间结构.实验数据为深入研究一氧化氮合成酶的蛋白结构和免疫功能的关系奠定了基础.     

通过同源搜索分析线粒体蛋白转运系统的进化

基于酵母线粒体蛋白转运系统的35个亚基,作者通过同源查找的方法,在27个不同进化层次物种的蛋白组和基因组序列中搜索线粒体蛋白转运系统亚基的同源序列,利用序列之间的同源关系进而构建线粒体蛋白转运系统的进化史.结果显示,线粒体蛋白转运系统的35个亚基中有6个可以在原核物种中找到同源序列,显示了它们的原核起源;线粒体蛋白转运系统的核心亚基出现在真核生物进化早期;其他亚基在真核物种的不同进化分枝中表现出了多样性,并且可以看到一些物种特异性亚基.     

Rhodobacter sphaeroides 偶氮还原酶三级结构同源建模与分析

利用同源建模方法构建了Rhodobacter sphaeroides偶氮还原酶AZR的三级结构模型.结果表明,AZR为α/β型结构的黄素氧化还原蛋白,5个相互平行的β折叠形成分子中间的平面,5个α螺旋分列于平面的两侧;在β折叠的C端非共价结合的黄素单核苷酸(FMN)作为氧化还原反应中心.根据序列对齐分析,将依赖黄素的偶氮还原酶分为两个家族,但结构对比分析表明,它们具有类似的三级结构和活性区域.对AZR的结构研究为发现新的偶氮还原酶和深入研究其功能奠定了基础.     

重组人Neuritin蛋白生物学活性的定量分析方法

目的 建立一种快速高效地定量评价重组人Neuritin(rhNeuritin)蛋白生物学活性的新方法。方法 首先建立小鼠海马神经元细胞(HT22细胞)维持培养条件。在此条件下,明确rhNeuritin蛋白作用于HT22细胞的最佳检测时间。根据11组不同浓度梯度的rhNeuritin蛋白对HT22细胞存活的影响,建立标准品rhNeuritin蛋白与HT22细胞存活的量效关系曲线;并确定rhNeuritin蛋白的检测范围。在rhNeuritin蛋白的检测限内,根据标准品rhNeuritin蛋白与HT22细胞存活之间的量效关系的拟合曲线,制订标准品蛋白的活性单位,建立了针对rhNeuritin蛋白生物学活性的评价体系。利用两批测试品rhNeuritin蛋白,对该方法的重复性和准确性进行了验证。结果 HT22细胞的维持培养液的浓度为0.4%FBS,rhNeuritin蛋白作用于HT22细胞的最佳检测时间为72 h, rhNeuritin蛋白浓度在62.5～1 000 ng·mL^-1的检测限内,HT22细胞的存活与rhNeuritin蛋白的浓度呈正相关。在rhNeuriti...     

酿酒酵母线粒体蛋白转运系统在立克次体中的同源分析

进化分析表明,与线粒体亲缘关系最近的原核生物是立克次体(Rickettsia prowazekii).搜索酿酒酵母(Saccharom ycescerevisia)线粒体蛋白转运系统的35个亚基在立克次体中的同源蛋白质,仅发现了5个同源蛋白,且它们只属于转运系统在线粒体外膜和基质上的模块,没有发现转运系统在膜间隙和内膜...     

鸡主要组织相容性复合体I（BF2和β2m）二级结构与同源模建

为了推进鸡主要组织相容性复合体（MHC）Ⅰ类分子（BF2，β2m）空间结构的研究，克隆、表达了鸡BF2和屉研基因，采用圆二色谱（CD）测定了其重组蛋白的二级结构，并同源模建了其三级结构．首先，将BF2和β2m基因分别插入原核表达载体进行了可溶性表达．对表达的融合蛋白进行纯化、蛋白酶切割并对切割后的蛋白进行分离和纯化，获得了麦芽糖结合蛋白（MBP）-BF2，β2m蛋白以及MBP单体．随后，测定了BF2和β2m的CD值．CD表明BF2蛋白呈典型的α螺旋；其中，α螺旋、β折叠、转角和随机蜷曲分别为72，102，70和90个氨基酸．β2m重组蛋白呈典型的卢折叠，α螺旋、β折叠、转角和随机蜷曲分别为0，46，30和22个氨基酸．同源模建显示鸡BF2和β2m蛋白与人HLA—A2和小鼠H2的3D结构类似．结果显示了BF2和β2m蛋白在二维和三维上的分子特征及其与抗原多肽结合氨基酸的空间分布，为以后进一步构建鸡BF2-β2m复合物体外鉴定病毒抗原肽系统奠定了基础．     

ClC-0氯离子通道蛋白质空间结构的同源建模

Cl C型氯离子通道蛋白质在调节生命体的新陈代谢过程中起着重要作用。在原有蛋白质Cl C-ec1晶体结构的基础上,依据同源建模的原理,借助SWISS-MODEL网络服务器构建了一类重要氯离子通道蛋白质Cl C-0的空间结构,同时对所得结构的合理性进行了分析。通过衡量结构的Z-score值、分析结构的空间坐标波动性以及利用视图软件VMD将建模的Cl C-0结构和模板结构进行比较,发现通过同源建模所得到蛋白质Cl C-0的空间结构符合后续研究的要求,这在很大程度上方便了该类蛋白质的后续计算模拟研究。     

磷酸三酯酶的同源模建及分子对接理论

利用同源模建和分子动力学模拟方法模建了来源于Thermaerobacter marianensis的磷酸三酯酶样内酯酶（PLLs）三维结构. 通过与不同底
物的对接可知, Arg44与两种底物（磷酸三酯和内酯）均形成氢键, 从而Arg44是两种底物与酶结合时重要的氨基酸残基.     

FD耐热逆转录酶的同源模建及结构同源性分析

FD－TRT是一种耐热逆转录酶（是自行表达并提纯的）,根据TapDNA聚合酶的晶体结构为模板,采用计算机同源模建的方法建立FD－TRT的三级结构模型,并对FD－TRT和DNA聚合酶家族的其他蛋白功能差异的结构基础以及保守性功能性残基的作用进行研究,从而为进一步改造FD－TRT分子、提高其耐热性、反应活性以及对RNA模板和DNA模板的选择性提供良好的基础．     

捕食线虫真菌丝氨酸蛋白酶PII结构的同源模建

通过同源模建方法构建捕食线虫真菌丝氨酸蛋白酶PII的三维结构模型,并结合以往研究对其结构进行分析。结果表明,蛋白酶PII的结构具有枯草杆菌丝氨酸蛋白酶特有的a／B脚手架折叠模式,具有保守的催化三聚体和氧负离子孔结构组织,整体表现为坚固的球状折叠构型,不具备二硫键。研究结果将为进一步深入研究PII的结构和功能之间的关系奠定结构基础。     

嗜热酯酶EstTs1的远源三维结构模建及分子对接

利用Phyre网络服务器,构建嗜热酯酶EstTs1的三维结构,并通过分子动力学优化构型,得到了可靠的构型.分子对接研究表明,p-硝基苯基丁酸酯是EstTs1的最适底物,其大小正适合EstTs1的活性口袋.Thr111是底物与酶结合的重要残基,与底物形成了氢键; Ser85是重要的催化残基.     

压电主动构件机电耦合动力学建模

基于压电弹性体的本构方程和一维杆波动理论,考虑其变形产生的自感应电场和附加动态电容的影响,首先推导出压电堆的动力学模型。在此基础上,利用力学等效原理,建立了压电主动构件的等效机电耦合动力学模型,揭示了压电主动构件的力学工作特性。实验结果表明该等效机电耦合动力学模型是合理、有效的。     

二价金属离子与咪唑活性位点相互作用的研究

用量子化学从头算方法在HF和MP2水平上运用6-311G**基组,研究二价金属离子(Mg2 、Ca2 、Zn2 )与咪唑活性位点的相互作用.结果表明:Zn2 对咪唑的几何参数影响最大;三种金属离子配合物的稳定化能依次为:Ca2 -咪唑＞Mg2 -咪唑＞Zn2 -味唑,配合物的稳定性顺序为Zn2 ＞Mg2 ＞Ca2 .