线粒体转录终止因子3在甲状腺癌中的表达及预后意义

对线粒体转录终止因子3（MTERF3）在甲状腺癌中的表达水平进行分析并评估其预后价值。从TCGA和GTEx等数据库提取甲状腺癌患者MTERF3的表达数据,探究MTERF3在甲状腺癌和癌旁组织中差异表达,分析差异表达对患者免疫细胞浸润和预后情况的影响,并明确MTERF3的临床意义。MTERF3在甲状腺癌中表达水平显著低于正常甲状腺组织,该基因在甲状腺癌中表达较低提示患者预后不良。MTERF3是甲状腺癌的预后标志物,是甲状腺癌诊断和治疗的潜在分子靶标。     

三叶青ThMYB1及ThMYB2转录因子的克隆及生物信息学分析

三叶青块根内黄酮类化合物对肿瘤的治疗有积极作用,MYB类转录因子在调控植物次生代谢等生物过程中发挥着重要作用,特别是在黄酮类化合物的合成代谢中。克隆三叶青块根中表达丰度最高的两个ThMYB转录因子的cDNA,并对其进行初步的生物学信息分析。经PCR扩增并测序后得到片段长度为1 450bp的ThMYB1及856bp的ThMYB2的扩增产物;生物信息学分析发现,ThMYB1和ThMYB2蛋白质序列与葡萄(Vitis vinifera)及河葡萄(Vitis riparia)的MYB转录因子相似度最高,分别为80.50%及95.93%;信号肽分析表明两种蛋白质均为非分泌蛋白质,属于亲水性蛋白质;细胞亚定位分析表明ThMYB1和ThMYB2位于细胞核的概率最高;蛋白质保守域的分析表明ThMYB1编码蛋白质含有一个SHAQKYF类保守域和一个MYB-CC型转换因子,属于R2R3-MYB亚家族,ThMYB2推测蛋白质存在一个PLN 03212超家族结构域,属于1R-MYB/MYB-related亚家族;系统进化树分析表明ThMYB1与ThMYB2两种推测蛋白质序列相似度较低。实验结果为后续ThMYB...     

人类线粒体转录因子B1和B2与裂殖酵母线粒体转录聚合酶Rpo41相互作用的初步研究

由L02型人肝脏细胞cDNA通过PCR技术获取到线粒体转录因子B1和B2的ORF片段(NM_022366和NM_016020);构建表达质粒pGEX-4t-1/GST-mtTFB1及pMAL-c-2X/MBP-mtTFB2,并转化到大肠杆菌BL21(DE3)中表达,经亲和层析,分子筛和阳离子交换柱得到纯度较高的蛋白.利用体外pull-down实验证实TFB1和TFB2均与来源于裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)的线粒体RNA聚合酶(Rpo41)存在分子间相互作用.在裂殖酵母中过表达h-TFB1和h-TFB2,利用实时荧光定量PCR检测,2个蛋白在酵母体内均对线粒体基因转录产生影响.     

植物转录因子及其基因研究策略

在植物细胞中,一个转录因子对共同控制某个性状的多个基因的表达进行调控。在转录因子基因的克隆及其功能的确定的研究方面,出现了相对传统的正向基因组策略而言的反向基因组策略和很多的技术手段,如T－DNA或转座子插入突变法,RNA干扰法,基因组成型表达法（加强功能法）,DNA芯片等。对转录因子的研究成果也开始应用在改良植物的抗寒,抗盐等抗性方面,现在拟南芥的基因组的序列测定已经完成,所有的转录因子的基因都会作功能上的分析,这将是植物遗传学上的一个里程碑。对于转录因子的研究中,拟南芥是主要的研究对象,本也主要以拟南芥为主要的说明对象。     

水稻线粒体atp6基因的克隆及其结构分析

以玉米线粒体ａｔｐ６基因为探针所作的Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂文结果显示，水稻野败型细胞质雄性不育系与其保持系（珍汕９７Ａ，Ｂ）的ａｔｐ６基因存在结构上的差异。不育系只有一个ａｔｐ６基因拷贝，而相应的保持系却有两个拷贝．从保持系线粒体ＤＮＡ的Ｌａｍｄａ ＥＭＢＬ３基因文库中筛选出了以上两个ａｔｐ６基因克隆，并根据制作的物理图谱将它们分别定位在２．７５ｋｂ的ＰｓｔＩ／ＰｖｕⅡ和１．６３ｋｂ的Ｓａｌ／ＥｃｏＲ     

哺乳动物细胞线粒体基因组的转录及调控机制研究进展

目的:系统的归纳和总结近年来哺乳动物线粒体基因组转录及调控机制研究的进展,以期为哺乳动物和人类线粒体疾病及相关医学领域的研究提供参考依据。方法:从哺乳动物线粒体DNA(mtDNA)的结构和转录过程,转录基本元件和转录机制等方面,检索和整理近年来关于哺乳动物细胞线粒体基因组的转录及调控机制的文献并进行总结。结果:线粒体是哺乳动物细胞中普遍存在的具有独立基因组的半自主性细胞器,其主要功能是通过氧化磷酸化为细胞提供ATP,同时对于物质代谢、细胞周期调控、细胞分化和凋亡、细胞信号传递等生理过程发挥着重要作用。近年来对线粒体基因组的转录及其调控机制的研究已取得了一些突破和成果。结论:哺乳动物线粒体基因组的转录与调控机制的研究不仅有助于深入阐明和理解线粒体基因组的表达调控机制,而且也助于揭示临床线粒体病的发病机制。     

小黑麦NAC转录因子基因TwNAC01克隆及生物信息学分析

NAC(NAM、ATAF1/2、CUC2)是在调控植物发育、衰老、生物与非生物逆境以及激素反应等方面具有重要作用的一类转录因子。为探索六倍体小黑麦耐干旱机制,本研究以六倍体小黑麦为材料,利用快速扩增cDNA末端(RACE)与反转录·聚合酶链反应(RT-PCR)技术克隆到1条NAC转录因子cDNA全长,分析了其生物信息学特点,同时利用实时定量PCR技术分析其在干旱胁迫下的组织部位表达特点。结果表明,所克隆小黑麦基因ORF全长1 059 bp,编码352个氨基酸。该基因预测蛋白中具有NAM亚家族保守的氨基酸序列,且其预测蛋白氨基酸序列与山羊草中的NAC转录因子氨基酸序列同源性高达90%以上。该基因预测蛋白属亲水性蛋白,无跨膜结构域与信号肽区域,二级结构包含45个α-螺旋,57个β-折叠和250个无规则卷曲。预测蛋白定位于细胞核内。在干旱胁迫下,该基因在开花后22 d的小黑麦幼粒和根部的表达量明显高于茎和叶,且表达量显著受干旱胁迫诱导。可见所克隆的基因为小黑麦NAC转录因子,将其命名为TwNAC01(GenBank登录号为MG736919),其在小黑麦抗旱应激反应中具有重要作用。小黑麦NAC转录因子基因TwNAC01的克隆对于揭示小黑麦的抗旱性机制以及小黑麦抗旱基因工程育种具有重要意义。     

大豆GeBP转录因子家族基因生物信息学分析

利用生物信息学方法鉴定了9个大豆GmGeBP基因,并对基因及蛋白结构和性质、染色体分布、亚细胞定位、系统进化关系进行预测分析。结果显示,9个GmGeBP基因分布在大豆的7条染色体上,它们所编码的肽链长度在353～448个氨基酸之间,等电点范围处在4.65～9.08之间;9个GmGeBP蛋白序列中均含有1个DUF573基序;9个GmGeBP蛋白含有不同数量的丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点,且它们均定位于细胞核中;9个GmGeBP蛋白和18个拟南芥AtGeBP蛋白可分为5个进化枝。以上结果为系统研究GmGeBP基因功能提供理论依据。     

红光熊蜂线粒体CoⅠ基因的克隆与特性分析

通过对NCBI数据库的搜查,获得熊蜂CoI基因部分序列;设计引物,采用RT-PCR和RACE技术克隆了红光熊蜂CoI基因cDNA全长序列.采用DNAMAN 8.0,MEGA 7.0,Protparam和Automatic Modeling Mode等软件对该cDNA序列、基本理化性质、3-D结构、跨膜结构域及其系统进化关系进行了分析.结果表明:红光熊蜂CoI全长cDNA序列含1050 bp,编码349个氨基酸,对应的蛋白质相对分子质量为38350,预测其分子式为C1789 H2724 N422 O463 S25,理论等电点(pI)5.79,偏酸性,半衰期为30 h;蛋白质平均亲水系数0.706,不稳定性指数39.98,脂溶性指数110.92.该蛋白质具8个α-螺旋、8个跨膜结构域,为稳定的疏水性蛋白质.系统发育显示红光熊蜂Co I氨基酸序列与同属地熊蜂的进化关系较近,表明红光熊蜂线粒体Co I基因序列保守性较高.     

转录因子GATA—1基因在白血病中的表达

转录因子ＧＡＴＡ家族在造血细胞的正常发育中起着重要的作用。利用聚合酶链反应方法分析了１１６例各种白血病中红系统特异转录因子ＧＡＴＡ－１的表达情况。ＡＮＬＬ、ＣＭＬ、Ｃ－ＡＬＬ和ＣＬＬ中的表达率分别为４３．７５％、８８．２４％、１４．２９％和３３．３３％；３例Ｔ－ＡＬＬ均不表达该基因。     

人类线粒体转录终止样因子融合蛋白的构建与表达研究

在前期工作中,采用EST介导的定位克隆策略,克隆了一个人类线粒体转录终止样因子,为进一步研究其结构与功能的关系,构建了含该基因全长编码区的pET-28b的表达载体,经大肠杆菌中诱导表达获得含该基因的融合蛋白.用此融合蛋白注入小鼠制备多抗血清,为深入研究该基因的功能奠定了基础.     

苦荞转录因子FtNAC11基因的克隆及表达分析

苦荞是一种富含黄酮类物质的小杂粮作物,抗环境胁迫能力强.研究从苦荞转录组数据中筛选并克隆出1个全长774 bp、编码257个氨基酸的NAC转录因子FtNAC11.生物信息学分析表明,FtNAC11属于NAC转录因子的TERN亚族,其N端具有约150个氨基酸组成的高度保守结构域,C端具有高度特异性,是亲水性不稳定蛋白.转...     

一个烟草Mlo基因的电子克隆及其序列特性分析

电子克隆并探讨了一个烟草Mlo基因的结构和功能．以GenBank公布的水稻Mlo基因序列为信息探针对烟草的EST数据库进行同源搜索,并将获得的同源性高的EST序列进行序列拼接,最后得到了一个烟草Mlo基因的cDNA序列．采用生物信息学方法分析该基因编码蛋白的一级、二级结构,并对其功能进行预测．结果表明,此烟草Mlo基因编码一个由288个氨基酸组成的蛋白,相对分子质量为33kD,有7个跨膜区域,蛋白二级结构以a螺旋为主,有1个DUFl084超家族的保守结构域．蛋白功能分析表明,该烟草Mlo基因编码蛋白具有跨膜介导信号传递的功能,可能是一种类似于G蛋白偶联受体的膜结合转运蛋白．     

羊草LVAP1基因的克隆及生物信息学分析

克隆羊草VHA-c基因并预测其编码蛋白质结构和功能.由羊草总RNA经RACE克隆获得VHA-c基因cDNA,采用生物信息学方法预测蛋白结构和功能.获得羊草VHA-c基因cDNA,命名为LVAP1基因(GenBank登录号为GQ397276),LVAP1基因开放阅读框为498 bp,编码165个氨基酸,有4个α-螺旋跨膜结构域,在第4个结构域上含有一个高度保守的G lu142残基,推测它是质子的结合位点.进化树分析显示,羊草LVAP1蛋白与小麦、碱蓬和冰叶日中花等植物的VHA-c蛋白具有高度的同源性,推测LVAP1亚基与其他VHA-c亚基执行相似的功能.     

胰岛素样人参多肽基因的克隆

在对胰岛素样人参多肽进行了氨基酸顺序分析的基础上，作者设计了该肽的基因并以化学法将基因分四段进行合成，合成好的片段经分离纯化后连接得小肽的完整基因，以Ｐ＾ＵＣ９作为克隆载体，用ＢａｍＨＩ和ＳａｌＩ将其双酶切后与合成的小肽基因相连接得到重组质粒，作者以此重组质粒转化ＪＭ１０１菌株并以含氨苄青霉素和Ｘｇａｌ、ＩＰＴＧ的平板进行了筛选得到了白色的重组子菌落。此后作者通过原位杂交、Ｓｏｕｔｈｅｒｎ印迹杂交     

自发光转录激活子样效应因子的功能分析

目的:对转录激活子样效应因子(TALE)蛋白进行特异性标记.方法:通过分子生物学技术,在TALE蛋白的C-端融合了一种具有优异光学性能的萤光素酶.结果:融合蛋白不仅可对目的 DNA进行特异性识别,还可产生萤光素酶的特征光谱.结论:萤光素酶的融合不影响TALE蛋白的正常功能,其光谱信息有望成为分析TALE蛋白与DNA相互作用的特异性检测信号.     

一个水稻bHLH转录因子的反向遗传学分析

b HLH类型转录因子对于植物开花具有重要的调控作用.为了揭示b HLH转录因子在短日照植物水稻中的功能,利用反向遗传学方法构建了水稻Osb HLH1基因过表达载体,获得过表达转基因植株,分析目的基因在过量表达条件下的功能.结果表明:过表达Osb HLH1能够导致水稻的抽穗期推迟;Osb HLH1在水稻中的表达还具有光周期昼夜节律性,无论是在长日照还是在短日照条件下,Osb HLH1都在夜间具有表达高峰.组织特异性表达结果表明:Osb HLH1在水稻的不同器官中都有表达,但在叶片中表达较高,与光周期相关基因的表达吻合.     

ANLL中转录因子GATA—2基因点突变

了解转录因子ＧＡＴＡ－２基因在ＡＮＬＬ中的表达和突变情况,方法：采用ＲＴ－ＰＣＲ检测８５例ＡＮＬＬ病人外周血单个核细胞中ＧＡＴＡ－２基因的表达情况,ＰＣＲ产物进一步经单链构象多态性（ＳＳＣＰ）分析以了解基因突变情况。结果：绝大多数ＡＮＬＬ都表达了ＧＡＴＡ－２基因（８９．４％）,ＳＳＣＰ分析发现一例Ｍ２型的ＰＣＲ产物出现异常迁移带,核苷序列分析显示在ＧＡＴＡ－２基因第８９２位的核苷酸出现点突变,即第