青海柯柯盐湖16株细菌的ARDRA筛选及系统发育初步分析

 从青海柯柯盐湖泥样中分离的16株细菌,用2种限制性内切酶酶切进行ARDRA分析,其中12株菌的酶切带谱有较大差异.根据这12株菌的16SrDNA序列进行系统发育分析结果表明,12株菌有11株分布于芽孢杆菌科中的Halobacillus,Gracibacillus,Amphibacillus,Virgibacillus,Bacillus,Salibacillus和1个潜在的新属中,另1株属于Proteobacteria的Gamma亚群Halomonadaceae科,Halomonas属.而且16SrDNA系统发育分析提示这些菌株中存在3个新种和1个新属的可能.本研究得出的结论为:应用ARDRA来初步筛选菌株是可行的;青海柯柯盐湖这一极端环境中存在较丰富的新的芽孢菌种类.     

內源微生物驱后油藏理化性质变化及细菌群落结构解析?

通过研究新疆油田微生物驱后油水两相理化性质,发现现场注入营养剂后采出液水相黏度升高50%以上,油相黏度降低54%,油水两相界面张力降低了24%。通过比较两种细胞破碎方法提取的采出水中细菌总DNA质量,确定使用以超声波细胞破碎法所提取的水样总DNA扩增细菌16S rDNA高可变区V9区,利用变性梯度凝胶电泳（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE）法根据DNA片段裂解性质分析不同时期采出水菌群变化。通过对优势条带序列的分析及在GenBank中的比对,发现现场营养剂激活后菌群构成趋向简单化,激活后微生物采油常用功能菌假单胞菌属（Pseudomonas）和梭菌(Clostridium)为优势菌。说明通过现场营养剂的注入,定向激活了有益功能菌,改善了油藏油水流度比,这些都是油田现场采收率提高的原因。     

基于不同引物的湖泊沉积物中细菌群落结构多样性的比较研究

采用PCRD-DGGE技术,用两对引物对湖泊沉积物细菌群落结构进行了比较研究.结果表明:沉积物样品中细菌群落结构显示了明显的空间分布多样性差异,随着沉积深度的增加,细菌群落多样性指数降低.采用不同引物扩增的产物DGGE图谱聚类相近,均分成0～20cm和20～45cm两大类,但引物341f/534r导出的相似性Cs值在30.2%～75.9%之间,引物341f/926r得出的相似性Cs值在34.3%～84.1%之间,采用不同引物不同沉积深度样品群落结构之间的相似性和优势种动态变化存在差异.     

新疆泥火山群土壤细菌群落的DGGE分析

采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱技术,对新疆乌苏泥火山区土壤细菌群落的16S rDNA V3区进行电泳分离,并用Quantity one软件对图谱进行聚类分析,对主要条带进行回收测序.DGGE图谱显示,各土样细菌的组成有显著差异.聚类分析表明,相同月份、不同深度土样细菌组成相近.特异条带的回收测序结果表明,假单胞菌属是泥火山土壤优势菌群.新疆泥火山区土壤细菌多态性明显,并容易受生态、气候等因素影响,但优势菌群受此影响较小.     

玉龙雪山冰川雪坑中细菌多样性群落结构及其与气候环境的关系

通过DAPI荧光计数、恢复培养和变性梯度凝胶电泳,分析了玉龙雪山不同深度积雪中的细菌数量、多样性及其群落结构.结果显示:玉龙雪山雪坑样品中细菌数量和多样性指数与气候环境替代指标W(Ca~(2+)),W(Mg~(2+)),W(Cl~-)等具有相关性.可培养细菌隶属于三个不同系统发育群:Actinobactema(37%),Firmicutes(11%)和Proteobacteria(α-Proteobacteria)(52%),其中α-Proteobacteria类为优势类群.DGGE测序结果表明细菌属β-Proteobacteria,Actinobacteria和Bacteroidetes类群,以β-Proteobacteria为优势类群,并且不同深度雪坑中细菌多样性和群落结构没有明显变化.结果表明:海洋型冰川雪中细菌数量和多样性、群落结构与大陆型冰川雪相比,冰雪微生物具有其特殊性.     

分子生态学方法对油藏细菌群落结构分析的比较

目前对油藏细菌群落结构分析方法繁多,为得到准确全面的群落分析结果,必须选取合适的方法。群落分析方法的优劣进行比较分析,选取从新疆陆梁油田注水井筛出的11株单菌,测定其16srDNA序列,制成包含7个菌属、9个菌种的混合菌液。应用基于PCR扩增的三种分子生态技术DGGE、T-RFLP、建立16SrDNA文库比较和分析了混合菌液细菌多样性。使用PCR-DGGE方法时发现,DGGE方法可灵敏地检测到序列1 bp的变化,能将不同菌株分开,但该方法经过切胶测序后的的目标序列较短,信息量不大且有时有一定误差,较适合用于定性对比;而用于菌群结构的分析时应结合其他方法。T-RFLP法可区分大部分菌属,但数据库不够完整,不能确定细菌群落组成;因此也不适合单独用在细菌群落检测中,可用作多个样品种群多样性的对比或结合其他方法对样品进行系统透彻解析。建立16srDNA克隆文库法成功鉴定到7个菌属8个菌种16SrDNA序列,更适用于油藏细菌群落结构的分析。     

虾池沉积物细菌多样性分析和若干可培养技术的优化探讨

为了研究虾池沉积物细菌的多样性,改进培养技术,采用8种培养基培养虾池沉积物细菌,并用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对不同培养基平板获得的细菌群落结构进行研究,同时与原位样品的细菌群落结构进行比较.多数细菌在2周内长出,第3周至12周,在VL55、DNB、HM2和DR2A平板上可分离出新的细菌,其他培养基平板上的菌落数目增长不明显.分别使用琼脂和结冷胶作为凝胶剂,结果发现,结冷胶平板和琼脂平板相比,表现出高保湿性、高菌落数和高细菌多样性的特点.变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析结果表明,沉积物样品中的优势细菌约60种,经过不同培养基培养后,得到的细菌多样性为50种左右,约为原来总数的83%,但是细菌群落结构发生较大改变,优势菌群发生转化.测序结果证明了这一点.虾池沉积物中有着较高的细菌多样性.培养基的改进、结冷胶的使用和培养时间的延长有效提高了虾池沉积物中细菌的可培养性.     

PCR-DGGE法分析不同酒曲中细菌多样性

目的:研究不同酒曲中细菌的多样性.方法:利用DNA提取试剂盒,分别提取6种酒曲的总DNA,利用细菌16S rRNA gene V3区通用引物,采用变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denatured gradient gelelectrophoresis,PCR-DGGE)方法,进行...