周易立体模型与生物遗传密码

德国学者M.Schonberger于1973年首次阐明64遗传密码子与周易64卦之间的对应关系.有关遗传密码与64卦关系的研究,虽然许多人付出过心力,但是,都未能对应当依据什么标准来把64密码子与64卦一一对应作出科学阐述.上世纪80年代末以来,一批中国学者构建了"立体易模型",这项研究将中国易学从平面引向立体.应用"立体易模型"探讨64密码子与64卦之对应关系.不仅找到64密码子与64卦一一对应的依据标准,并能解释通用密码子的简并性、变偶性等特征.     

线粒体非标准密码表的进化稳定性

根据突变危险性极小化的方法,导出各物种线粒体非标准遗传密码表的总体突变危险性极小表,证明了各非标准遗传密码表是在一些约束条件下的总体突变危险性极小表,体现了分子进化遵循稳定性原理,并受冻结偶然性制约.     

细胞核非标准密码表的进化稳定性

根据突变危险性极小化法,导出现有相关物种的细胞核非标准遗传密码表的总体突变危险性极小表,证明了各非标准遗传密码表是在一些约束条件下的总体突变危险性极小表,这体现了分子进化遵循稳定性原理,并受冻结偶然性制约.     

遗传密码的对称性和氨基酸的疏水性

根据四种核苷酸的对偶性(阴阳)假设,给出类似于64卦的遗传密码图示,利用这种表示导出了氨基酸的亲水-疏水分类、亲水-疏水畴和反义密码子的相反疏水性.     

周易立体模型与生物遗传密码

德国学者M.Schonberger于1973年首次阐明64遗传密码子与周易64卦之间的对应关系。有关遗传密码与64卦关系的研究,虽然许多人付出过心力,但是,都未能对应当依据什么标准来把64密码子与64卦一一对应作出科学阐述。上世纪80年代末以来,一批中国学者构建了“立体易模型“,这项研究将中国易学从平面引向立体。应用“立体易模型“探讨64密码子与64卦之对应关系。不仅找到64密码子与64卦一一对应的依据标准,并能解释通用密码子的简并性、变偶性等特征。     

无义密码对线粒体密码进化的影响

遗传密码的起源与进化是理论生物学研究的一个基本问题.以线粒体密码为例,讨论密码进化关系构建的不同规则,分析密码进化中重要影响因素——无义密码子的再定义及其逆过程.终止信号与氨基酸间的距离是密码进化关系构建中的关键,在密码进化中无义密码子突变可以频繁进行,存在干涉现象,且进化倾向于无义密码子减少的方向.     

遗传密码和进化稳定性

本文用数学的 Brouwer 不动点定理解释 DNA 分子中不同类型碱基的稳定配对,用进化稳定性的观点解释遗传密码由四种碱基组成。     

基因组信息、密码进化、折叠动力学和熵产生——理论生物学的几个基本问题

以信息为主线论述了生命科学的理性化途径,着重总结了作者及其研究小组在理论生物学领域的工作,包括基因组序列识别码的形成和构建,基因组的进化方向和最大信息原理,遗传密码的适应性进化,基于量子跃迁的蛋白质折叠动力学,细胞开关相变和熵产生.     

周易立体模型与生物遗传密码

德国学者M．Schonberger于1973年首次阐明64遗传密码子与周易64卦之间的对应关系。有关遗传密码与64卦关系的研究，虽然许多人付出过心力，但是，都未能对应当依据什么标准来把64密码子与64卦一一对应作出科学阐述。上世纪80年代末以来，一批中国学者构建了“立体易模型”，这项研究将中国易学从平面引向立体。应用“立体易模型”探讨64密码子与64卦之对应关系。不仅找到64密码子与64卦一一对应的依据标准，并能解释通用密码子的简并性，变偶性等特征。     

用三联数字推导第二遗传密码

第二遗传密码实质上是多肽链的一级结构决定空间结构的密码,我们用三联数字推导出的第二遗传密码共512种.破译第二遗传密码对人们全面认识遗传信息有深远意义.     

遗传密码表与《易经》

首幅大型人类基因图谱的发表绘出了1.6万个基因染色体所在的位置,它说明人的一生的确定性和它们的遗传性程序,是由4个碱基中任取3个,构成64个密码子的基因所控制。《易经》(周易),它也有一个由64个符号组成的系统,每个符号也是由4个可能的“字母”中的3个组成,它依赖于阴阳极性的基本规律,揭示人的生命和发展受控于一个包含64种可能的状态,每一种状态又有6种可能的变化,使之成为另一个状态的系统所确定的程序。本文介绍如何由二进制表示“卦”的顺序,并以太阴、少阴、少阳、太阳分别表示尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)、鸟嘌呤(G)、腺嘌呤(A)4个碱基的遗传密码表,发现竟似同一个密码系统。提出是否存在一种规律,它的特征(信息)一方面通过遗传密码表的64种三联体密码显示,另一方面又通过64种可能的状态及发展显示。     

用AUG的三联数字推导氨基酸的遗传密码

遗传密码是三个碱基组成不重叠的三联密码子,并且一个三联密码子决定一种氨基酸。现已知道组成蛋白质的氨基酸只有20种,而由四种碱基组成的三联密码子有64种之多。本文用起始密码子AUG的三联数字来推导20种氨基酸一一对应的遗传密码。     

Euplotid细胞核反常密码的建模研究

以NCBI数据库中游仆虫细胞核(Euplotid)反常密码为典型案例进行建模研究,证明游仆虫(Euplotid)反常密码在进化中遵循的数理逻辑与精髓——自然选择压力下的编码关系是一定约束前提下的总体突变危险性极小码;模型可为量化编码关系,为遗传密码的扩张、进化、基因工程及蛋白质的改造提供数理依据.     

分子进化的几个普适性质

第２至第６节为全国理论生物物理研讨会上的报告,论述了分子进化中的５个普适性质：分子手性,遗传密码,核苷关联的短程为主性及其进化相关性,以最大信息原理概括突变和选择的进化机制,由二结构序列决定的蛋白质框架结构,第一节为作在开幕式上致词的一部分,讨论了理论生物学在生命科学中的地位与作用,特应听众要求,发表于此。     

分子进化的几个普适性质全国理论生物物理研讨会(武汉,1999)上的报告

第２ 至第６ 节为全国理论生物物理研讨会（武汉,１９９９）上的报告,论述了分子进化中的５ 个普适性质：分子手性,遗传密码,核苷关联的短程为主性及其进化相关性,以最大信息原理概括突变和选择的进化机制,由二维结构序列决定的蛋白质框架结构．第一节为作者在开幕式上致词的一部分,讨论了理论生物学在生命科学中的地位与作用,特应听众要求,发表于此．     

重述克里克的密码起源理论

利用概念分析法,从内史角度厘清了弗朗西斯·克里克在遗传密码破解以后对密码起源问题的逻辑性思考——密码的性质、密码的统一性、古密码子及立体化学作用理论和冻结偶然性理论的比较,揭示了克里克研究密码起源理论的核心是冻结偶然性,他提出的古密码子理论比较合理地推测了密码的起源与进化关系.     

分子生物学中“遗传密码”概念在中国的传播

在1953-1968年间遗传密码表建立过程的历史背景下,揭示遗传密码概念的演变及其在中国的传播.从内史角度厘清"基因"与"遗传密码"在概念上的不同;利用文献研究法、概念分析法和比较研究法,揭示了20世纪70年代后遗传密码在中国中学生物教科书中出现的历史进程,结果显示,遗传密码概念在中国基础教育层面的渗透和传播反映了人们在分子水平上理解遗传现象的意识的提高;凭借数理统计法分析,说明了"遗传密码"作为分子生物学中的核心问题之一在学术界激起了一定程度的研究兴趣.     

遗传密码的由来

从生物学角度阐明遗传密码的由来,首先是用酶促(成)合成PolyU作模板,合成了多肽多聚苯丙氨酸,打开遗传密码的突破口.相继用顺序随机的共聚物作模板,又测出很多密码子.通过三联体结合测定法,发现了核糖体结合技术,解决了密码子该苷酸顺序问题.总之,用外源RNA作多肽链合成的模板,为遗传密码的阐明,提供了一个强有力的手段,并导致著名的遗传密码表的确定.     

生物学和人类进步

生物学在现代自然科学和社会中的地位、作用和发展趋势现代自然科学主要划分为物理科学和生命科学两大门类。生物学是研究生命的科学,它既研究各种生命活动的现象及其本质,又研究生物与环境之间的相互关系。近30年多来,生物学的理论成就为自然科学的发展作出了巨大贡献。遗传物质DNA双螺旋结构的阐明是20世纪自然科学的重大突破之一。遗传信息传递的“中心法则”的发现,揭示了生物的遗传、发育和进化的内在联系。此外,还发现了遗传密码的编码机理。通过比较研究,证实了所有生物,从细菌到人,遗传密码都是通用的,从而证明了所有生物在分子进化上的共同起源。     

基因组信息、密码进化、折叠动力学和熵产生——理论生物学的几个基本问题

 数千个基因组的测序完成,海量资料数据呼唤着生命科学的理性和实证性更完美地结合。基因组信息学是理论生物学的龙头。本文遵循生命信息运行的密码—序列—结构—功能的主线,论述了生命科学的理性化途径,讨论了若干基因组生物学的基本问题。着重总结了理论生物学领域的部分工作,包括：① 基因组序列识别码的形成和构建,一组描述碱基分布和碱基关联的统计量集合可作为基因组的识别码;② 基因组的进化方向和最大信息原理,提出基因组序列的编码信息量在进化中随时间增长的规律,指出DNA序列局部片段遵循最大信息原理;③ 遗传密码的适应性进化,证明普适标准密码表是突变危险性的适应性极小码,论证了遗传密码既具有稳定性,又具有可进化性;④ 基于量子跃迁的蛋白质折叠动力学,用量子跃迁的观点和理论研究如何处理从序列到结构,导出蛋白质折叠速率公式,解释了现有各种速率实验;⑤ 细胞开关相变和熵产生,研究了最简单生命噬菌体的溶原态/裂解态转变动力学,得到了此类细胞开关中熵产生的特异性规律。