GC-MS法分析维吾尔医成药--玫瑰花糖膏中挥发油成分

对我区不同产地玫瑰花为原料制成的4种玫瑰花糖膏样品采用溶剂提取法进行挥发油提取,并利用GC／MS仪器分析法,对4种玫瑰花糖膏的挥发油成分进行分析。用GC／MS共检测到75个化合物,其中鉴定出62个化合物,4种样品中共有的物质有10个。4种玫瑰花糖膏挥发油成分中烷烃类化合物较多,其含量为33．8％-71．19％,其次是苯衍生物14．86％-47．42％,萜类化合物的种类和含量很少。4种玫瑰花糖膏因原料产地和制备糖膏厂家的不同,在成分和含量上有一定的差异。     

基于网络药理学探讨玫瑰花抗抑郁物质基础及作用机制

利用网络药理学和分子对接方法探究玫瑰花抗抑郁的物质基础及作用机制。通过中国知网收集抗抑郁单体和玫瑰花的化学成分,借助PubChem、SwissTargetPrediction数据库预测玫瑰花的抗抑郁活性成分及作用靶点,通过DAVID数据库进行通路富集分析,运用Discovery Studio 2017软件对关键成分和靶点进行分子对接。收集抗抑郁单体117个,玫瑰花成分127个,筛选出玫瑰花与抗抑郁相关的核心成分17个,分子对接显示玫瑰花所含芹菜素、槲皮素、山柰酚、异丁香酚、异槲皮苷、矢车菊素-3-O-葡萄糖苷6个活性成分,可较好地与AKT1、PTGS2、ESR1 3个抑郁相关靶点结合。结果表明玫瑰花抗抑郁的物质基础为芹菜素、槲皮素、山柰酚等黄酮类化合物,主要通过影响HIF-1信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、催乳激素信号通路、多巴胺能神经突触信号通路发挥抗抑郁作用。该研究为抗抑郁新药研发提供了理论依据及新的研究思路。     

基于GEO和分子对接的荔枝核黄酮类化合物治疗冠状病毒肺炎机理研究和3CLpro抑制剂虚拟筛选

挖掘冠状病毒感染肺炎的潜在靶基因,以及筛选荔枝核中抑制冠状病毒3CL蛋白酶(3CLpro)的黄酮类化合物.利用GEO数据库下载SARS-CoV感染的小鼠肺炎的基因集,利用R语言筛选差异表达基因.通过文献筛选荔枝核的黄酮类化合物,采用SWISS数据库、DRAR-CPI服务器预测化合物潜在作用靶点.使用String数据库构建成分靶点-疾病靶点互作网络,通过Cytoscape的cytoHubba插件筛选核心靶点.通过DAVID进行GO和KEGG分析,预测冠状病毒感染肺炎的发病机制及荔枝核黄酮类化合物的作用机制.借助分子对接虚拟筛选治疗冠状病毒感染肺炎的黄酮类化合物.筛选得到761个差异基因作为冠状病毒感染肺炎的潜在关键基因,其中上调757个,下调4个,它们主要富集在单纯疱疹感染、PI3K-Akt信号通路、甲型流感、炎症免疫等信号通路.荔枝核中19个黄酮类化合物可作用于380个靶点,在成分靶点-疾病靶点互作网络中挖掘得到100个核心靶点,它们参与调控PI3K-Akt、HIF-1等多条信号通路.分子对接结果显示,柚皮芸香苷、柚皮苷、原花青素A2、原花青素、芦丁5个黄酮类化合物与3CLpro抑制剂...     

基于网络药理学与体外实验研究清髓消炎汤治疗骨髓炎的作用机制

通过TCMSP和BATMAN-TCM数据库筛选经验方中的中药化合物及作用靶点;通过GeneCards、DRUGBANK、TTD数据库查找骨髓炎疾病相关靶点,取疾病与中药化合物靶点的交集靶点预测清髓消炎汤治疗骨髓炎的潜在靶点.运用Cytoscape软件构建分析“中药-成分-成分作用靶点-疾病靶点”网络图;利用STRING数据库平台分析作用靶点PPI网络;通过DAVID、微生信数据库对作用靶点进行GO功能和KEGG通路的富集分析.利用AutoDockTools及PYMOL软件对清髓消炎汤中核心靶点与疾病的核心靶点进行分子对接与体外实验验证清髓消炎汤对骨髓炎常见耐药菌MRSA的抑制,探索清髓消炎汤治疗骨髓炎的作用机制.筛选得到清髓消炎汤中289个成分靶点,骨髓炎有944疾病靶点,得到交集靶点83个.通过网络拓扑学分析得到主要有效成分quercetin、luteolin、fisetin、kaempferol、baicalein、naringenin,主要作用靶点TNF、IL-6、IL-10、STAT3、IL-1β、MAPK14等.主要成分与靶点分子对接结果均为负数,均有很好的自由结合能力.清髓...     

基于网络药理学与GC-MS探讨竹叶花椒挥发油干预高脂血症的作用机制

目的 基于气相色谱-质谱联用结合网络药理学方法,探讨竹叶花椒挥发油干预高脂血症的活性成分及作用机制,为竹叶花椒挥发油中功能性成分研究及其干预高脂血症的作用机制提供理论基础。方法 首先通过GC-MS鉴定竹叶花椒挥发油的化学成分,再借助数据库获取化学成分对应靶点和高脂血症疾病靶点。又通过Venn图、蛋白-蛋白相互作用分析、GO分析、KEGG代谢通路富集分析和构建“靶点-通路-活性成分”网络得到竹叶花椒挥发油干预高脂血症的关键靶点。最后采用分子对接软件AutoDock对竹叶花椒挥发油主要活性化合物与关键靶点进行半柔性对接验证。结果 在竹叶花椒挥发油中鉴定出29个化学成分,得到37个干预高脂血症的核心靶点,该核心靶点涉及细胞对脂质的反应、脂质的定位调节和对脂多糖的反应等方面。KEGG富集分析与“靶点-通路-活性成分”网络进一步得到PPARA、RXRA、TNF、NR1H3、PPARG和IL-6等28个关键靶点,也得到金合欢醇、亚油酸和α-石竹烯等7个主要活性成分。分子对接结果表明关键靶点与主要活性成分有较好的结合能力,结合能均小于-7.0 kJ/mol。结论 竹叶花椒挥发油中的多种功能性成分可能...     

基于网络药理学探究黄酮对2型糖尿病的作用机制

应用网络药理学的方法探究了已分离得到的6个黄酮与2型糖尿病相互作用的机制.通过相关数据库的筛选与预测,获得了化合物与疾病的靶基因,进一步得到了两者的交集基因;通过Cytoscape 3.8.0软件构建了这些化合物与2型糖尿病相关的PPI网络与成分-疾病-靶点网络图;通过R语言半编程程序对交集基因进行生物功能富集和通路富...     

蒙药复方古日古木-7治疗肝脏疾病的网络药理学研究

为预测传统蒙药方剂古日古木-7(G-7)治疗肝脏疾病的作用靶点及其机制,利用网络药理学技术对其进行了生物分子网络分析。收集整合G-7中的活性成分和肝脏疾病相关靶点数据,构建"成分-靶点-疾病"网络和靶蛋白相互作用(PPI)网络。通过R软件进行GO和KEGG富集分析。利用autodock4软件对G-7治疗肝病过程中的主要活性成分和靶蛋白进行分子对接验证。结果发现G-7可能通过多靶点、多途径对肝脏疾病发挥治疗作用,为G-7治疗肝脏疾病提供候选靶标和理论准备。     

计算机辅助策略研究阿育魏实有效成分与诱导癌细胞凋亡机制的关系

目的本研究的目的是通过计算机辅助的方法研究阿育魏实(Trachyspermum ammi (L.) Sprague)有效成分诱导癌细胞凋亡的机制。方法通过文献挖掘的方法确定阿育魏实候选小分子化合物,综合靶点预测、分子对接、网络药理学和分子动力学(MD)模拟等方法筛选阿育魏实化学成分中诱导癌细胞凋亡的活性成分并对其作用机制进行探讨。结果数据挖掘搜集到42个候选有效成分,随后运用靶点预测方法获得这些化合物的作用靶点,构建关键蛋白质的蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)和mi RNA-m RNA作用网络。然后,通过分子对接和分子动力学模拟进行验证,最终筛选出化合物1、10、11、12和ERBB2, IGF1R, ESR1, NQO1, MMP9之间能较好的相互作用。结论计算机辅助筛选分析表明,阿育魏实中化合物1,10,11,12可以靶向癌细胞中的蛋白ERBB2,IGF1R,ESR1,NQO1,MMP9,其可能揭示和探索阿育魏实用于治疗癌症复杂的分子机制。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨鬼针草对结肠炎的治疗作用及机制研究

利用网络药理学方法,研究鬼针草(Bidens pilosa L.)治疗结肠炎的潜在药效物质基础和分子机制,为其后续体内外基础研究提供一定的理论依据.通过TCMSP数据库检索鬼针草化学成分;结合PubChem数据库和Chemicaldraw软件获得化合物SDF格式文件,并在SwissTarget Prediction对化合物进行靶点预测;通过GeneCards数据库查询结肠炎的相关靶点;借助Uniprot数据库;使靶点的蛋白和基因信息标准化;制作分子预测靶点和疾病靶点韦恩图,获得交集基因;借助String数据库,筛选核心靶点,使用Cytoscape3.7.2软件构建成分靶点图和PPI网络互助图.再通过Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析.TCMSP数据库筛选到OB≥30且DL≥0.18的活性成分6个,SwissTarget Prediction靶点预测,去除重复靶点后剩下137个靶点,GeneCards数据库获得疾病靶点203个,共有靶点19个.Metascape数据库GO富集分析得到29个条目(P<0.05),KEGG通路富集得到相关通路5条(P&l...     

基于网络药理学探讨艾叶黄酮治疗类风湿性关节炎的作用机制

基于网络药理学探究艾叶黄酮治疗类风湿性关节炎(RA)的作用机制.通过TCMSP数据库和STP数据库并结合文献筛选艾叶活性黄酮成分及其相应靶点,通过GeneCards、DRUGBANK、OMIM、TTD数据库预测RA相关靶点,得到艾叶黄酮治疗RA的交集靶点;采用DAVID数据库对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;并导入STRING数据库进行蛋白相互作用(PPI)分析,筛选出关键靶点;使用Cytoscape3.7.2软件构建“成分-靶点-通路”网络,分析并筛选出核心活性成分.筛选获得38个艾叶活性黄酮成分,主要作用于129个RA相关靶点;主要通过药物反应、凋亡过程的负调控和炎症应答等生物过程,涉及包括肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路、破骨细胞分化等15条相关的信号通路,关键靶点有TNF、JUN、RELA、AKT1、TP53、IL-6、MAPK1、MAPK14;核心成分为槲皮素、芹菜素、山柰酚、木犀草素、柚皮素、异鼠李素、异泽兰黄素.表明艾叶黄酮通过多成分、多靶点、多通路协同治疗RA,为其进一步实验研究和临床应用提供依据.     

基于网络药理学研究黄芪-半枝莲药对治疗肺癌机制

探讨黄芪-半枝莲药对治疗肺癌的机制。通过数据库检索黄芪-半枝莲有效活性成分、靶蛋白和肺癌相关疾病靶点,分别构建药物-化合物-靶点和化合物-靶点-疾病网络。构建关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,用R软件进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）的关键靶点的富集分析。得到黄芪-半枝莲药对的16个有效活性成分,作用于111个肺癌相关靶点,关键靶点包括TP53、AKT1、MAPK、TNF、VEGFA、IL-6等。GO富集分析主要涉及RNA转录、炎症、胞外和胞核,KEGG信号通路主要有TLR、NLR、HIF-1、FoxO、PI3K-Akt等信号通路,黄芪-半枝莲药对通过抑制炎症、信号转导、血管生成等过程共同起到治疗肺癌的作用。研究结果初步预测了黄芪-半枝莲药对治疗肺癌的分子机制,为该药对药理作用的深入研究奠定了基础。     

基于网络药理学研究黄芪-半枝莲药对治疗肺癌机制

探讨黄芪-半枝莲药对治疗肺癌的机制。通过数据库检索黄芪-半枝莲有效活性成分、靶蛋白和肺癌相关疾病靶点,分别构建药物-化合物-靶点和化合物-靶点-疾病网络。构建关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,用R软件进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）的关键靶点的富集分析。得到黄芪-半枝莲药对的16个有效活性成分,作用于111个肺癌相关靶点,关键靶点包括TP53、AKT1、MAPK、TNF、VEGFA、IL-6等。GO富集分析主要涉及RNA转录、炎症、胞外和胞核,KEGG信号通路主要有TLR、NLR、HIF-1、FoxO、PI3K-Akt等信号通路,黄芪-半枝莲药对通过抑制炎症、信号转导、血管生成等过程共同起到治疗肺癌的作用。研究结果初步预测了黄芪-半枝莲药对治疗肺癌的分子机制,为该药对药理作用的深入研究奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接研究丹参治疗浆细胞性乳腺炎的作用机制

利用网络药理学初步分析丹参治疗浆细胞性乳腺炎的作用机制,应用分子对接辅助研究丹参中活性化合物与浆细胞性乳腺炎主要靶点的亲和力,以证明筛选出的活性物质确实可与疾病靶点结合。基于中药系统药理学数据库与分析平台筛选丹参中的有效活性成分及这些成分的相关作用靶点,构建中药-成分-靶点网络,利用GeneCard数据库和DisGeNET数据库筛选浆细胞性乳腺炎的高相关性基因靶点,将药物成分靶点与疾病基因靶点相互映射,得到药物-成分-靶点-疾病网络,分析网络得到潜在药物活性化合物及潜在作用基因靶点,将此潜在作用靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用DAVID数据库对潜在作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。对筛选到的高相关性活性成分和靶点进行分子对接,选择浆细胞性乳腺炎相关度最高的靶点IL-6、ICAM1和PGR,在PDB数据库中找到其三维蛋白结构,后在Zinc数据库中找寻丹参活性成分的分子结构,利用autodock4.0软件将蛋白与分子相对接。得到中药有效活性物质59个及其相关作用靶点132个,疾病相关靶点125个,映射后得到BCL2L1、EDNRA、ERBB2、ICAM1、IFNG、IL-4、IL-6、NR3C1、PGR、STAT3等10个潜在作用靶点,基因本体富集分析后找到潜在作用靶点共14个生物过程,京都基因与基因组百科全书分析后筛选得到16条信号转导通路,以乳腺癌通路、癌症信号通路、库欣综合征通路、NF-κB信号通路等通路为主。分子对接表明筛选出的药物活性成分与潜在作用靶点确有较大的亲和力。该研究初步筛选出了丹参治疗浆细胞性乳腺炎的物质基础,并揭示了丹参治疗该病症是通过多成分、多靶点、多途径共同调控。     

药对丹参-当归作用阿尔茨海默病的网络药理学机制研究

为了研究药对丹参-当归作用于阿尔茨海默病的可能机制,通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选出丹参、当归的活性成分,寻找其相关的潜在靶点;并通过预测平台人工检索候选化合物的潜在靶点是否与阿尔茨海默病相关;将靶点信息通过DAVID数据库、KEGG数据库进行靶点和通路分析;构建化合物-靶点作用网络,靶点-通路网络图,化合物-靶点-通路图.结果表明:药对丹参-当归中具有潜在作用阿尔茨海默病活性的成分有β-谷甾醇,豆甾醇,丹参酮Ⅱ、丹参新酮、隐丹参酮、二氢丹参酮,其可能通过抗炎、抗氧化、免疫系统、细胞周期、钙信号通路、神经受体-配体相互作用等机制对阿尔茨海默病起作用.     

地榆-茜草药对治疗子宫异常出血的网络药理学研究

采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索地榆-茜草药对的主要活性成分,并对筛选出成分的靶点进行预测,靶点不全者以Swiss Prediction数据库进行预测.在DrugBank、GeneCards等数据库检索异常子宫出血的疾病相关靶点.构建成分-靶点网络,并提取出关键靶点进行GO分析及KEEG分析.地榆-茜草药对共检出符合条件的候选化合物26个,289个作用靶点,并获得2 898个疾病靶点.药物相关靶点疾病相关靶点作交集获得194个潜在治疗靶点,最终筛选出30个靶点为核心靶点.GO富集分析,共得到290个相关条目.其中生物途径(BP)条目231个,细胞组分(CC)条目18个,分子功能(MF)条目41个(均P<0.05).KEEG通路富集分析,共得到86个信号通路.结果可见,地榆-茜草药对治疗异常子宫出血的潜在主要活性成分为：槲皮素、β谷甾醇、山奈酚、茜草素B及地榆皂苷Ⅰ.潜在关键靶点为ATK1、CASP3、STAT3、HIF1A、MMP9等.潜在关键的生物学进程及通路包括：癌症通路、TNF信号通路等.     

基于数据整合策略探究肌萎缩侧索硬化症易感基因

肌萎缩侧索硬化症（ALS）是一种以运动神经元凋亡为特征的神经退行性疾病， 目前尚无有效的治疗方法和药物. 发现新的相关基因或靶点基因， 对研究ALS的发病机制及临床治疗具有重要作用， 为临床预防、 诊断和治疗提供新的方向和目标.     从网站数据库搜集ALS相关基因的数据信息， 通过多种致病基因预测工具软件进行生物信息学分析， 并预测致病基因. 整合数据信息后得到39个候选基因. 结果表明，   候选基因与ALS均有一定的相关性.      

基于网络药理学及实验验证探究草果挥发油改善急性胃炎的作用机制

通过气相-质谱联用(GC-MS)、网络药理学、药效学实验、分子生物学实验,对草果挥发油治疗急性胃炎的作用机制进行了探讨.采用GC-MS对草果挥发油成分定性,鉴定出的成分信息导入Swiss Target Prediction平台预测相关靶点,通过GeneCards数据库获取疾病靶点,二者取交集得到草果挥发油改善急性胃炎潜在作用靶点.交集靶点导入String数据库进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络构建并筛选出关键靶点.关键靶点导入Metascape网站进行基因本体论(gene ontology, GO)注释与京都基因及基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes KEGG)通路富集.将ICR小鼠随机分为正常组、模型组、阳性药雷尼替丁组(40 mg/Kg)、草果挥发油低、中、高剂量组(12、24、48 mg/Kg),建立盐酸/乙醇急性胃炎模型.胃组织经苏木精-伊红(HE)染色法染色于显微镜下观察,酶联免疫吸附剂测定(ELISA)血清中肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平.根据网络药理学结果筛选排名靠前两位的TNF-α、表皮生长因子受体(EGF...     

基于网络药理学和高分辨质谱分析半夏厚朴汤潜在药效成分

以系统药理学方法寻找半夏厚朴汤可能的作用靶点,以分子对接方法对半夏厚朴汤中化合物进行虚拟筛选打分。采用高分辨质谱,研究不同提取方法下半夏厚朴汤的成分及含量。结果表明:基于药效成分的整合药理学共筛选出4个靶点,虚拟筛选评分中活性较高的物质以黄酮类化合物为主;高分辨质谱数据显示,提取物中主要有黄酮和三萜酸类化合物。半夏厚朴汤主要对炎症相关以及神志病有关靶点发挥作用,这与本方的临床应用吻合。质谱离子流峰面积与亲和能加和赋权结果提示,发挥药效的主要物质基础可能是黄酮和三萜酸的组合物。     

基于BATMAN-TCM在线分析平台研究牛黄药理机制

目的基于BATMAN-TCM在线分析平台研究牛黄(calculus bovis)主要活性成分及药理机制。方法从BATMAN-TCM数据库中提取牛黄化学成分,以Score cutoff≥20和P≤0.05筛选活性成分并找出对应靶点,分析靶点富集的信号通路与疾病,构建活性成分-靶点-通路-疾病网络,预测牛黄多维药理作用机制。结果获得麦角胺、去氧胆酸、牛磺酸、胆绿素等11种主要活性成分及DRD、HTR、PPARG、PTGS2、NR3C1、AGTR1、CNR1、OPRD等390个靶点。涉及谷氨酸能突触、多巴胺能突触、GABA能突触等神经通路。以及PPAR、CGMP-PKG、钙离子、心肌肾上腺素等信号通路。主要治疗疼痛、心血管系统和神经系统疾病。结论初步揭示了牛黄治疗疼痛、心血管系统和神经系统疾病的成分、靶点及通路。     

基于网络药理与分子对接技术的乌梅清润茶防治咽喉疾病作用机制研究

采用网络药理学与分子对接技术筛选乌梅清润茶防治咽喉疾病的主要活性成分并研究其作用机制.利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)及文献挖掘的方式筛选乌梅清润茶活性成分及作用靶点,与OMIM和GeneCards数据库筛选咽喉疾病靶基因取交集获取潜在作用靶点.采用Cytoscape(3.7.1)软件建立"化合物-靶点网络"并...