Comparative analysis and evolutionary significance of the HMG1 gene in crucian carp,blunt snout bream,and their polyploid progeny

The full-length mRNA of the high mobility group protein 1 coding gene (HMG1) was obtained by RACE-PCR from red crucian carp (Carassius auratus red var.),blunt snout bream (Megalobrama amblycephala),and their triploid and tetraploid progeny.The sequence contained an open reading frame of 579 nucleotides coding for 193 amino acids.The nucleotide identity of HMG1 was higher between the tetraploid hybrid and the maternal red crucian carp (99%) than between the tetraploid hybrid and the paternal blunt snout bream (97%).The nucleotide identity between the triploid hybrids and each parent (95%) was lower than that between the parents (98%).The protein identity between the tetraploid hybrid and each parent (100%) was higher than that between the triploid hybrid and each parent (97%).Our results suggest that interspecific hybridization generates a shock to the HMG1 gene in triploid hybrids,causing divergence of nucleotides.The HMG1 protein of the tetraploid hybrids was consistent with that of its parents,which reduced the barrier of cross incompatibility between alleles,providing the basis for the bisexual fertile tetraploid hybrids forming a new polyploid species in nature.The secondary and tertiary structures of the HMG1 protein contain eight helices,three switches,two DNA-binding domains in the N-terminus,and a long acidic tail in the C-terminus.Together,these data suggest that the HMG1 protein plays a role of protein-DNA interactions,facilitating various DNA-dependent activities in the nucleus.We also investigated the phylogeny of fish,amphibian,reptilian,bird,and mammalian HMG1 proteins.Our results suggest that HMG1 is an ancestral protein that has been highly conserved.These data provide clues as to how interspecific hybridization may form polyploid hybrids.     

刀额新对虾周期蛋白B基因的分子克隆及序列分析

周期蛋白B(cyclin B)是真核生物细胞周期的一种重要调控原件,通过调节周期蛋白依赖性蛋白激酶(cyclindependent kinase,CKD)的活性可以控制细胞周期.运用RACE(rapid-amplification of cDNA ends)技术克隆了刀额新对虾(Metapendeusensis)cyclin B基因.刀额新对虾cyclin B的cDNA全长为1681 bp,5′端非编码区为111 bp,3 ′端非编码区为355 bp,开放阅读框为1215 bp,编码404个氨基酸,平均分子质量为45767.9 u,pl为8.81.Blast比对后发现,其氧摹酸序列与斑节对虾(Penaeus monodon)的同源性达约90％.基于cyclin B序列所绘制的进化树基本上能反映出各物种间的进化关系.半定量RT-PCR结果显示,刀额新对虾的cyclinB基因在不同组织表达中具有明显的组织特异性,在鳃、卵巢和心脏中有较高的表达量,在眼柄神经节和胸神经节中表达量较低.推测该差异性主要与cyclin B在细胞周期中调控细胞分裂的功能有关.     

土曲霉CCTCCAF93044植酸酶基因的克隆及序列分析

参考Hartingsvedt已发表的NRRL3135植酸酶（phyA）基因序列,设计并合成了一对引物,应用PCR技术,以土曲霉CCTCCAF93044总DNA为模板,扩增出了不包括假定的信号肽序列的phyA基因,并将其克隆到PMD18－T载体上,测定了其核苷酸序列,并推导了其氨基酸序列,该基因全长为1433bp,与已发表的NRRL3135的phyA基因的同源性为97％,编码一个含458个氨基物的蛋白质。     

枯草杆菌启动基因在大肠杆菌中的克隆和表达

以大肠杆菌启动基因选择载体pHE5为载体,枯草杆菌染色体DNA为供体,克隆了一批启动基因功能片段,带克隆片段的重组质粒在大肠杆菌中表现不同的四环素抗性水平,其中50%在100μg/ml以上,12%达到200μg/ml。对其中一个转化子进行质粒检测和分析,获得一个重组质粒pHE273,经酶切分析证明,克隆的强启动基因位于2.2kb的EcoRI-HindⅢ片段上。     

慈竹CCoAOMT基因的克隆及生物信息学分析

咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶是木质素生物合成过程中的关键酶之一。该研究以慈竹嫩茎为材料,采用RT-PCR及RACE方法,克隆CCoAOMT基因,并对其进行生物信息学分析。结果表明:1个慈竹CCoAOMT基因cDNA全长序列被成功克隆,该序列全长为1 080 bp,含有1个777 bp的读码框,编码了1个包含258个氨基酸的蛋白质,分子质量约为28.861 ku,等电点为5.33,二级结构中α-螺旋占42.25%,β-转角占8.91%,延伸链占15.89%、无规则卷曲占32.95%。对氨基酸多序列比对发现,慈竹与绿竹的CCoAOMT1基因亲缘关系最近,但慈竹CCoAOMT基因编码的氨基酸与绿竹相比,在第10位点上发生了缺失,5个位点发生了变异。慈竹、绿竹、毛竹、玉米CCoAOMT基因编码的氨基酸中都含有1个相对保守的无序化区域。NaC-CoAOMT1基因组织表达结果表明,其在未展开叶、笋上部和中部、茎的上部和中部的表达量较高。笔者将克隆并获得的慈竹木质素合成酶CCoAOMT基因全长序列(GenBank注册号为JF742462)命名为NaCCoAOMT1,分析认为其可能与慈竹木质素生物合成有关。     

牦牛黑素皮质素受体-4基因的克隆与序列分析

对牦牛黑素皮质素受体-4（MC4R）基因进行了克隆和序列分析,以期为进一步开展牦牛MC4R基因与其肥胖性状的相关分析以及基因定位、表达调控等研究提供理论基础。首先采用特定引物对牦牛MC4R基因进行PCR扩增、克隆和测序,然后用B ioEd it7.0.0软件拼接MC4R基因全序列,用DNAMAN5.2.2软件对编码序列进行翻译,用DNAStar6.13比对后比较基因和氨基酸序列同源性。实验获得牦牛MC4R基因全长1343bp,其中编码序列全长999bp,共编码332个氨基酸残基的蛋白质。牦牛MC4R基因序列与普通牛、人、食蟹猴、猪、狗、大鼠、小鼠、鸡、斑马鱼、金鱼、东方鲀和河豚的同源性分别是99.5%、85.5%、84.9%、88.1%、86.7%、83.9%、83.8%、75.5%、61.2%、59.5%、65.3%和64.6%,由此推导的氨基酸序列同源性分别是99.1%、91.9%、91.9%、93.1%、92.2%、90.4%、89.8%、84.0%、66.7%、65.7%、67.2%和66.7%。本研究成功的克隆了牦牛的MC4R基因,表明其在物种间具有较高的保守性。     

人血管生成素基因的克隆及表达

利用RI-PCR方法从培养的人黑色素瘤细胞系A375中扩增得到了人血管生成素cDNA片段,测序正确后克隆入表达载体pET-28a( )中并转化于E.coli BL21宿主菌中.经IPTG诱导,表达了N端融合6个组氨酸标签(6His-tag)的血管生成素融合蛋白.利用6His-tag与过渡态金属离子Ni2 高亲和力结合的性质,经镍柱纯化,获得了高纯度的血管生成素融合蛋白,为进一步研究其生物活性及应用奠定了基础.     

转抗菌肽B基因水稻(Oryza sativa L.)植株的再生

通过研究除草剂Basta对水稻品种台安 1号愈伤组织生长的影响 ,确定了能抑制愈伤组织生长的最低剂量 ;在此基础上将抗菌肽B基因 (cecropinB)和bar基因导入了台安 1号基因组。除草剂抗性鉴定结果表明 :转基因植株表现出对Basta较强的抗性 .     

5种克罗诺杆菌鞭毛蛋白fliC基因的克隆和序列分析

根据C.sakazakii BAA 894全基因组序列中fliC基因(Gene ID:CP000783.1),设计特异性引物,通过PCR方法扩增了5种克罗诺杆菌fliC基因的全长序列,并通过生物信息学方法对fliC基因进行了序列分析.序列分析结果表明:fliC基因的全长为837bp,编码279个氨基酸.同源性分析表明:5种克罗诺杆菌fliC基因的序列相似性为92.11%~99.40%;与其它细菌的fliC序列进行比较,其核酸序列同源性为51.73%~82.57%.这表明克罗诺杆菌fliC基因具有较高的保守性,可作为制备克罗诺杆菌多克隆抗体或单克隆抗体的一种候选抗原.     

牦牛SRY和TRO基因部分序列克隆与测序分析

对牦牛SRY和TRO的部分基因克隆和序列分析,以期为牦牛X精子和Y精子鉴定、性染色体的基因定位以及分子标记辅助选择研究提供理论依据.从牦牛和西门塔尔牛冷冻精液中提取DNA,用特定引物对SRY、TRO基因部分序列进行扩增并进行TA克隆和测序.结果表明,这两个基因区域在牛种中有极高的保守性,牦牛与普通牛SRY和TRO基因这两个区域的核酸同源性分别高达99.08%和99.39%.     

Cloning and functional analysis of chloroplast division gene NtFtsZ2-l in Nicotiana tabacum

FtsZ protein plays an important role in the division of chloroplasts. With the finding and functional analysis of higher plant FtsZ proteins, people have deepened the understanding in the molecular mechanism of chloroplast division. Multiple ftsZ genes are diversified into two families in higher plants, ftsZ1 and ftsZ2 . On the basis of the research on ftsZl family, we analyzed the function of NtFtsZ2-l gene in Nicotiana tabacum . Microscopic analysis of the sense and antisense NtFtsZ2-l transgenic tobacco plants revealed that the chloroplasts were abnormal in size and also in number when compared with wild-type tobacco chloroplasts. Our investigations confirmed that the NtFtsZ2-l gene is involved in plant chloroplast division.     

秀丽小杆线虫Caenorhabditis elegans pkc-2基因cDNA的克隆和表达

蛋白激酶C在秀丽小杆线虫中具有调节肌细胞渐进性萎缩的功能.为了揭示它的调节机制,本研究克隆了秀丽小杆线虫中蛋白激酶C pkc-2基因的cDNA pkc-2-c,构建了含该pkc-2 基因cDNA亚型的重组质粒pPD 118.20-pKG 63;揭示了该cDNA在秀丽小杆线虫体壁肌细胞中的定位.     

柞蚕核型多角体病毒fgf基因的克隆和分析

为获得柞蚕NPV的全基因组序列,在柞蚕尸体中分离纯化柞蚕NPV,提取其基因组DNA,分别建立ApNPV DNA的HindⅢ和SalⅠ基因文库．对插入片段进行测序,经过同源性分析发现一个与人源fgf基因相似的基因,其读码框含有185aa．核苷酸和氨基酸同源性比较的结果表明：在genebank中没有同源性极高的序列,是个新基因;柞蚕NPV的fgf基因与云杉卷叶蛾NPV的同源性较高,分别为56．1％和45．9％,而与家蚕NPV及AcNPV的同源性相对较低,说明柞蚕NPV与家蚕NPV在进化上亲缘关系较远．该基因的克隆为进一步研究其在病毒感染过程中的作用打下基础．     

大麦紫黄素脱环氧化酶基因片段的克隆与分析

根据紫黄素脱环氧化酶基因(VDE)基因的保守序列设计引物,用RT-PCR的方法从大麦叶片总体RNA中克隆到VDE基因片段,测序结果显示其长度为 639bp,BLASTx比对显示与已发表的VDE基因有较高的同源性。Northern杂交表明VDE基因的表达水平成熟绿叶片中达到最高。     

实时定量PCR检测B细胞恶性肿瘤中BCL11A基因的表达水平

目的:建立B细胞淋巴瘤/白血病BCL11A基因的定量检测方法,并分析其在B细胞恶性肿瘤中的表达水平。方法:利用实时定量RT-PCR分析B细胞淋巴瘤(18例)、B细胞性慢性淋巴细胞白血病(B-CLL,8例)、T细胞性急性淋巴细胞白血病(T-ALL,8例)和正常对照(15例)外周血单个核细胞(PBMC)中BCL11A基因的表达水平,以甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因作为内对照。结果:B-CLL组和B细胞淋巴瘤组患者PBMC中BCL11A表达水平均明显高于正常对照(P=0.000)和T-ALL组(P=0.000);T-ALL组和正常对照组BCL11A表达水平无显著差别(P=0.084);B-CLL组和B细胞淋巴瘤组BCL11A表达水平无显著差别(P=0.776)。在B细胞淋巴瘤不同的病例中,BCL11A表达水平有较大差异,其中最小值为0.04,最大值为9.70,中位值为1.00。结论:成功建立BCL11A基因的定量检测方法。     

四例血友病B患者基因治疗的临床试验

报道了对四例血友病Ｂ患者基因治疗的临床试验，取自四例血友病Ｂ患者的自体皮肤成纤维细胞，通过反转录病毒介导的基因转移，能高效地分泌人凝血因子Ⅸ。用胶原包埋经遗传修饰的自体皮肤成纤维细胞，再移植到血友病Ｂ患者皮下。四例患者经治疗后，自发出血症状得到了减轻，血浆中凝血因子Ⅸ蛋白浓度和凝血活性明显地增加，其中两例患者增加较大，达到正常值的４％￣５％。另外两例患者体内的凝血因子Ⅸ和凝血活性也有不同程度的提高     

灯盏花ITS2基因克隆及RNA二级结构预测

利用PCR方法扩增灯盏花ITS2基因并克隆,获得ITS2基因序列.用生物软件对ITS2序列进行分析并构建系统进化树和RNA二级结构,得到灯盏花的ITS2核苷酸序列为205 bp,基于ITS序列飞蓬属11种共分为5支,分支与地理分布情况基本一致.ITS2 RNA二级结构在飞蓬属种间表现基本一致,而TS2区结构表现出属间差异.利用r DNA ITS区序列一结构和二级结构相结合达到鉴定药用植物灯盏花分类的目的.     

人胰岛素A链与B链基因的化学合成,克隆与表达

采用大肠杆菌密码子，用化学法分别合成人胰岛素２１个氨基酸的Ａ链，３０个氨基酸的Ｂ链，并在基因的５端引入甲硫氨酸密码子，尾部加入终止密码，两端加入限制性内切酶，Ａ链为８３个核苷酸，Ｂ链为１１０个核苷酸，经纯化后的寡聚核苷酸进行酶促连接反应后，分别克隆了人胰岛素Ａ、Ｂ链基因，然后选用ＰＬ启动子，构建了以牛生长前１３４个氨基酸的大片段基因，分别与人胰岛素Ａ链、Ｂ链基因的融合基因的融合基因的表达质粒ＰＬＷ     

日本沼虾表皮蛋白基因的克隆及表皮组织差异性表达分析

为探究日本沼虾表皮蛋白(Macrobrachium nipponense cuticle proteins,MnCPs)表达模式与表皮组织差异的关系,根据日本沼虾表皮组织转录组测序结果,从头胸甲中克隆到1个含几丁质结合-4(chitin_bind_4)结构域的表皮蛋白(cuticle proteins,CPs)基因,命名为MnCP-2,经BLAST检索,MnCP-2与远海梭子蟹(Portunus pelagicus,ABM54465.1)有50%的相似性.以健康幼虾(体长3.0~4.0cm)的头胸甲、尾扇、游泳足和步足4种厚度存在差异的表皮组织为材料,分别提取C期、D_(0-2)期、D_(3-4)期和A期的RNA,采用Real-time PCR技术,分析了MnCP-2在蜕皮周期不同阶段的相对表达量.结果显示,MnCP-2在头胸甲、尾扇和游泳足中表达水平的峰值出现在D_(3-4)期,而在步足中则出现在D_(0-2)期.提示MnCP-2编码的蛋白可能在新外表皮的形成中发挥重要作用,它在表皮组织不同部位的差异性表达可能是导致表皮结构差异的原因之一.     

Cyclin B1、CDK1在肺癌中过表达及其意义

摘要：采用免疫组化ABC法检测12例肺癌组织、11例癌旁组织及3例正常肺组织中cyclin B1、CDK1蛋白的表达情况，以探讨细胞周期蛋白eyelin B1及细胞周期蛋白依赖性激酶CDK1在不同肺癌组织中的异常表达及其临床意义。结果显示cyclin B1在正常肺组织、癌旁组织、癌组织中阳性率分别为0％、9．1％和50．0％，CDK1的阳性率则为0％、18.2％和75.0％，cyclin B1、CDK1在小细胞肺癌和鳞癌中存在广泛的过表达，而在大细胞肺癌中没有表达，并且在不同肿瘤亚型中表达也有差异性．