稀有鮈鲫β-肌动蛋白基因片段的克隆及其同源性分析

采用RT-PCR方法,从稀有鮈鲫肌肉组织中分离和克隆出β-肌动蛋白基因cDNA部分序列,长度为1029bp,编码343个氨基酸残基．序列分析表明,该cDNA序列与其他物种昏肌动蛋白基因同源性非常高．RT-PCR能够检出该基因在稀有鮈鲫肌肉、眼、脑、心脏、肝、肠、鳃、睥、卵巢等组织中广普表达,在胚胎不同发育时期持续恒量表达．并基于已知的鱼类β-肌动蛋白基因序列构建了进化树．     

盐生盐藻肌动蛋白基因及其5′上游片段的克隆

在盐生盐藻 c DNA文库和基因组文库中对肌动蛋白基因进行了筛选 ,结果得到了一个c DNA克隆和两个基因克隆 ,并进一步从基因克隆中克隆出该基因的 5′上游片段 .检索结果表明 ,所得到的 c DNA和基因属于盐生盐藻的肌动蛋白基因 .通过将盐生盐藻肌动蛋白基因序列同其c DNA序列及其他生物的肌动蛋白序列相比较 ,给出了一个此基因 5′上游区大概的结构     

山楂Actin基因片段克隆及序列分析

依据GenBank中已知的蔷薇科梨属Actin基因的保守序列设计1对特异性引物,以山楂叶片总DNA和总RNA为模板,分别利用PCR和RT-PCR技术从山楂中克隆得到Actin基因的DNA片段和cDNA片段,测序得到山楂Actin基因DNA片段长度为1 578 bp,cDNA片段长度为1 005 bp,编码334个氨基酸。生物信息学软件分析表明,该核苷酸序列与苹果、梨、桃的Actin基因同源性较高,分别为98%,97%,95%,而编码的氨基酸序列与苹果、梨、桃则完全相同,属间具有很好的保守性。试验克隆得到的基因为山楂Actin基因,命名为CpActin。进化树分析结果进一步表明,该Actin序列与苹果、梨、桃和草莓等亲缘关系最近;半定量RT-PCR结果显示,CpActin在山楂的叶片、花柱和花粉中能够稳定表达,可作为山楂的内参基因。     

盐生盐藻肌动蛋白基因及其5‘上游片段的克隆

在盐生盐藻cDNA文库和基因组文库中对肌动蛋白基因进行了筛选,结果得到了一个cDNA克隆和两个基因克隆,并进一步从基因克隆中克隆出该基因的5'上游片段,检索结果表明,所得到的cDNA和基因属于盐生盐藻的肌动蛋白基因。通过将盐生盐藻肌动蛋白基因序列同其cDNA序列及其他生物的肌动蛋白序列相比较,给出了一个此基因5'上游区大概的结构。     

三叶青ThMYB1及ThMYB2转录因子的克隆及生物信息学分析

三叶青块根内黄酮类化合物对肿瘤的治疗有积极作用，MYB类转录因子在调控植物次生代谢等生物过程中发挥着重要作用，特别是在黄酮类化合物的合成代谢中。克隆三叶青块根中表达丰度最高的两个ThMYB转录因子的cDNA,并对其进行初步的生物学信息分析。经PCR扩增并测序后得到片段长度为1 450bp的ThMYB1及856bp的ThMYB2的扩增产物；生物信息学分析发现，ThMYB1和ThMYB2蛋白质序列与葡萄(Vitis vinifera)及河葡萄(Vitis riparia)的MYB转录因子相似度最高，分别为80.50%及95.93%;信号肽分析表明两种蛋白质均为非分泌蛋白质，属于亲水性蛋白质；细胞亚定位分析表明ThMYB1和ThMYB2位于细胞核的概率最高；蛋白质保守域的分析表明ThMYB1编码蛋白质含有一个SHAQKYF类保守域和一个MYB-CC型转换因子，属于R2R3-MYB亚家族，ThMYB2推测蛋白质存在一个PLN 03212超家族结构域，属于1R-MYB/MYB-related亚家族；系统进化树分析表明ThMYB1与ThMYB2两种推测蛋白质序列相似度较低。实验结果为后续ThMYB...     

玉米候选抗病相关基因片段的克隆

根据已经克隆的植物抗病基因和候选抗病基因的保守序列P-loop、Kinase-2及GLPLAL设计一系列简并引物，利用同源序列扩增法，对玉米的基因组DNA进行PCR扩增，并对5个扩增产物的克隆进行测序．测序结果在Gen—Bank内进行BLAST检索，发现A9克隆序列与玉米BAC库中的206C17克隆的部分序列有很高的相似性，并且距离GenBank内注册的玉米抗锈病基因rpl位点中的rpl-3基因、rpl-4基因分别约有66Kb、20Kb，且A9克隆序列在玉米基因组中是单拷贝的．这为玉米抗锈病性状的分子标记辅助选择和抗锈病基因的克隆奠定了良好的基础。     

玉米候选抗病相关基因片段的克隆

根据已经克隆的植物抗病基因和候选抗病基因的保守序列P-loop、Kinase-2及GLPLAL设计一系列简并引物，利用同源序列扩增法，对玉米的基因组DNA进行PCR扩增，并对5个扩增产物的克隆进行测序，测序结果在GenBank内进行BLAST检索，发现A9克隆序列与玉米BAC库中的206C17克隆的部分序列有很高的相似性，并且距离GenBank内注册的玉米抗锈病基因rpl位点中的rpl-3基因、rpl-4基因分别约有66Kb、20Kb，且A9克隆序列在玉米基因组中是单拷贝的，这为玉米抗锈病性状的分子标记辅助选择和抗锈病基因的克隆奠定了良好的基础．     

鳜Follistatin基因cDNA的克隆及其胚胎发育表达分析

为探讨鳜Siniperca chuatsi卵泡抑素(Follistatin,FST)基因在胚胎发育时期的表达状况,本文采用qRT-PCR、3′RACE和5′RACE技术从鳜胚胎组织中克隆得到鳜FST基因的全长cDNA序列(GenBank登陆号:KM077175.1)为1 271 bp。生物信息学分析表明,鳜FST基因编码区为960 bp,编码319个氨基酸。同时,对鳜FST氨基酸序列与其他物种的同源性以及系统进化特征进行了分析。qRT-PCT定量分析证实,FST在鳜胚胎发育早期的受精期和卵裂期开始低量表达,之后从囊胚期表达开始显著性增加,在神经胚期达到最高表达,随后FST表达保持较低表达水平。     

两个水稻MADS盒基因cDNA的克隆与分析

为研究水稻MADS盒基因与形态发生的关系,采用一个MADs盒基因家族保守区域特异的引物,运用RT-PcR方法,从水稻珍汕97B的幼穗中分离和克隆了两个新的MADs盒cDNA,命名为nmadsl和nmads3．基因序列分析表明,nmladsl和nmads3都含有植物MADS盒基因典型的MIK区结构,其中nmadsl属于MADS盒基因的GLO亚家族,nmads3属于AGL2亚家族．分子杂交实验发现,nmadsl和nmads3在水稻愈伤组织分化期和幼穗期活跃表达,在营养生长阶段的苗期表达受抑制,并发现处在同一发育阶段的水稻幼穗中,核质互作雄性不育系珍汕97A比其保持系珍汕97B多出了一个特异表达的nmadsl的基因产物。     

氧化葡萄糖杆菌ddsA基因的克隆及其在大肠杆菌中的表达

聚十异戊烯焦磷酸合成酶催化异戊烯二磷酸与丙烯基二磷酸发生连续的综合反应生成聚十异戊烯焦磷酸，构成辅酶Q10的侧链。将氧化葡糖杆菌（Gluconobacter oxydans）的染色体DNA用EcoRI酶切，回收50kb左右的片段为模板，通过PCR扩增得到了聚十异戊烯焦磷酸合成酶基因（ddsA）。测序分析表明该基因有一个951bp的开放型阅读框架，氨基酸序列与其他聚戊烯焦磷酸合成酶具有高度同源性（30％－50％）。将ddsA基因克隆到pUC19载体上得到pUC－GZH表达质粒，将其转入大肠杆菌JM83宿主，经IPTG诱导表达融合蛋白，在聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS－PAGE）的37ku处出现相应的条带。     

猪AIBP基因的克隆与组织表达谱研究

扩增了猪AIBP基因CDS和3′端,测序得到全长935bp的cDNA序列,NCBI登录号为DQ826508。猪AIBP基因编码288个氨基酸,与牛、人、鼠的AIBP氨基酸序列的相似性分别为94%、90%和87%,含有1个YjeF-N保守结构域,有信号肽序列。组织表达分析表明猪AIBP在背最长肌、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、卵巢、子宫、睾丸、胚胎和脂肪等组织均有表达。     

虎纹蛙病毒的ATP酶基因克隆和序列分析

利用对应于蛙病毒—3型(FV3）ATP酶基因(ATPase)的162—178nt和1186—1174ntt碱基序列作为引物，采用PCR方法扩增得到虎纹蛙病毒(RTV)的ATP酶基因，并对该基因进行克隆、测序和分析。基因读码框大小为945hp，预计可编码一相对分子质量为35500的蛋白质。氨基酸序列比较结果，RTV的ATPase基因与虹彩病毒科蛙病毒属的代表种FV3的一致性最高，为87．9％，与该科其它脊椎动物病毒的一致性在50％-52％之间。ATP酶蛋白质结构域分析可知该基因编码的ATP酶含有Walker型ATP酶AAA族蛋白质的全部结构域，其中既具有Walker型ATP酶所具有的Walker a和Walker b保守区，还含有AAA族蛋白质基因所具有的SRH高度保守区，因此，该基因是一完整的活性蛋白编码基因。     

痘病毒F10L基因的克隆及生物信息学分析

将古浪山羊痘病毒的基因组DNA提取出来,并设计引物进行PCR扩增,克隆F10L基因的DNA序列.为了分析山羊痘病毒F10蛋白的分子特征,将PCR产物连接到p GEM-T Easy载体后转化至大肠杆菌DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆进行序列测定,利用生物信息学软件对F10L基因序列进行预测分析.结果显示,F10L基因序列由1 335个核苷酸组成的开放阅读框,编码444个氨基酸残基组成的多肽,蛋白质分子质量的理论值53.01 ku,理论等电点为7.14.该蛋白的二级结构中,α螺旋占12.44%,β折叠占15.73%,其余71.83%为无规则卷曲.多序列比对分析显示,不同羊痘病毒分离株F10L序列高度保守,一致性在97%以上.此研究结果为进一步研究F10蛋白的生物学功能和羊痘病毒早期蛋白的分子相互作用奠定了基础.     

热带假丝酵母XYL1基因的克隆及序列分析

木糖还原酶(XR)是D-木糖代谢途径中的关键酶,催化还原D-木糖成木糖醇.已报道的热带假丝酵母(Candida tropicalisIF0 0618)木糖还原酶只能利用NADPH,而本研究中的热带假丝酵母(C.tropicalisAY92045)木糖还原酶能够同时利用NADH和NADPH作为辅因子,有利于细胞内的辅酶平衡和木糖醇的产生.经克隆测序与Blast X比较其与已报道C.tropicalis木糖还原酶基因XYRA和XYRB的差异,分析改变的氨基酸位点对结合辅酶的影响,并为下一步研究该酶性质及构建高     

胡萝卜抗冻蛋白基因的克隆及其在E.coli中的表达

对中国的一个胡萝卜品种进行了冷诱导前后幼苗总蛋白组成的比较、分析 ,SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳的结果表明两者在相对分子质量 36 0 0 0附近有一条蛋白带的差别。由此推测实验的胡萝卜品种在冷诱导过程中有抗冻蛋白 (AFP)表达。根据相关的研究结果设计引物 ,以胡萝卜幼苗基因组DNA为模板 ,通过PCR扩增得到了长 10 99bp的抗冻蛋白基因。测序结果表明其与GenBank公布的afp序列仅有 3个碱基的差别。将此抗冻蛋白基因克隆进大肠杆菌表达载体pGEX4T1,在IPTG的诱导下表达出了含有AFP的约 6 0 0 0 0的融合蛋白 ,证明该AFP基因在原核表达系统中可以正常表达     

凡纳对虾penaeidin2抗菌肽基因的克隆与性质研究

抗菌肽分子是无脊椎动物先天免疫系统中,直接发挥免疫效应的分子;它在对抗病原细菌侵染的过程中发挥着重要的功能.本文以凡纳对虾对虾素抗菌肽基因penaeidin2作为研究对象,系统地进行了基因克隆、氨基酸序列比对、分子进化关系以及分子结构的初步预测等研究.研究结果显示:Lva-pen 2基因是一个免疫反应相关基因,它在凡纳对虾的先天免疫系统中发挥着重要功能.     

甜菊钙调蛋白基因的克隆及结构分析

钙调蛋白（Calmodulin）是生物细胞内一种重要的调控蛋白，通过其与靶酶的相互作用控制细胞正常的生长发育及细胞对外界环境变化的反应，我们从甜菊顶芽和花芽中提取总RNA，逆转录合成cDNA第一链，以此为模板，参考GenBank上已发表植物的钙调蛋白基因序列合成5′端和3′端引物，利用多聚酶链式反应（PCR）扩增并克隆得到了甜菊钙调蛋白基因的两个异型基因，序列分析表明，它们均由450个核苷酸组成，编码148个氨基酸，在核苷酸序列上与迄今已知的多种植物钙调蛋白均有很高的同源性，同源率在83％以上，编码的氨基酸序列同源性更同，同源率高达95％以上，这两个基因之间存在差异，其核苷酸序列同源率为85％，编码区的氨基酸序列的同源率为99％，仅在第122个氨基酸由ALA代替了VAL。     

Cloning and characterization of a new actin gene from Oryza sativa L.

Using Rho family member osRACD as bait, a new member of actin gene family -Act was isolated from Oryza sativa by yeast two-hybrid system. The full-length cDNA was cloned with 5' RACE technology, which contains an open reading frame of 1134 bp with a predicted protein of 377 amino acids. Sequence alignment revealed 96% to 81.8% identities with some known actin proteins in plants. The method of bioinformatics was used to analyze the protein modification sites, structure and evolution of the gene. Southern blot analysis showed that Act is a single-copy gene in the genome. The result of RT-PCR showed it is ubiquitously expressed in root, shoot, callus and panicle in a temporal fashion. The relationship between Rho family and actin family in evolution and function was also studied.     

新疆绵羊种布鲁氏菌GroEL基因的克隆及序列分析

参考牛种布鲁氏菌的GroEL（热休克蛋白）基因设计引物,扩增出新疆绵羊种布鲁氏菌GroEL基因片段,将其片段克隆到T载体上测序。结果表明：新疆源布鲁氏菌GroEL基因片段长1641bp,编码546个氨基酸,与羊种（B．melitensis）、猪种（B．suis）以及牛种（B．abortus）GroEL基因的核苷酸序列同源性分别为99．88％、99．82％、99．88％,推导的氨基酸序列同源性在99％以上,显示了很强的保守性。