壳聚糖固定化乙醇脱氢酶的酶学性质研究

以壳聚糖作载体,戊二醛作交联剂,并以游离的乙醇脱氢酶作为对照,对壳聚糖固定化乙醇脱氢酶的酶学性质进行研究.结果表明,当戊二醛浓度为0.6%(v/v),交联时间为6 h时,壳聚糖固定化乙醇脱氢酶对温度、碱性环境以及金属离子Cu~(2+)溶液的耐受性均明显增强,且操作稳定性明显提高.     

基于预测模型优化的药物分子对接网格

将网格技术应用于药物分子对接中,能有效解决药物分子对接中所涉及的搜索空间巨大、时间耗费长、对计算环境要求高等问题.通过应用改进的遗传算法多种群竞争机制的对接演化模型GAsDock,以信息熵控制设计空间的收缩,增强了进化的目的性,显著地提高了对接效率.然后,利用线性、指数平滑和离散马尔可夫3种预测模型,并结合加权系数法,...     

葛花对酒后血中乙醇浓度和肝中乙醇脱氢酶活性的影响

为了探讨葛花对急性酒精中毒的防治作用,将雄性小鼠随机分为空白组、模型组、葛花提取物组。给药30min后,模型组与葛花组灌酒0.10mL/10g^-1,在灌酒后0.5,1,1.5,2,2.5,3h分别摘眼球取血和取肝组织。采用生化酶法测定小鼠酒后不同时间内血中乙醇浓度和肝中乙醇脱氢酶（ADH）活性。结果显示,小鼠血中乙醇浓度在酒后0.5-2h达到高峰,与模型组相比,葛花提取物组0.5-3h内的血中乙醇浓度数值降低。葛花提取物组对小鼠酒后0.5-1h肝中ADH的影响较为明显,使其活性增加;酒后1.5-3h肝中ADH活性虽然也增强,但与模型组比较无显著差异。结果显示,葛花提取物可降低酒后血中乙醇浓度,增强肝中ADH活性,其机制可能是通过抑制消化道对乙醇的吸收,从而起到有效的降醇解酒作用。     

Acetobacter Z127乙醇脱氢酶的纯化及酶学性质

利用自行筛选、鉴定的Acetobacter Z127,纯化出高活性的乙醇脱氢酶,并对该酶的生化特性进行了初步研究.试验表明：粗酶液通过硫酸铵分级沉淀、透析脱盐、Sephadex G-100层析分离,纯化出一种以NAD^＋为辅酶的ADH,经SDS-PAGE电泳检测其分子量为28KDa;ADH反应的最适pH值为7.0,最适温度为60℃,K^＋离子对其酶活有促进作用,二价金属离子对其活性有抑制作用,Fe^3＋极易使ADH产生沉淀.研究为ADH的应用及其新用途的探索提供了理论基础和可靠的工艺参数.     

分子间作用力在高科技中的研究与应用

本文介绍了超分子的基本概念及其在生命科学，材料科学和生物化学中的研究与应用。     

分子模型对接的平滑积分变换方法

提出了三维分子对接模型果上互作用的势能函数采用平 积分变换方法进行全局极小化寻找对拉的最佳结合构型,计算本的算法对接问题效果良好,讨论了势能函数拟合参数选取和极小追踪方法问题。     

糖蜜发酵过程中乙醇脱氢酶对发酵效率的影响

在用糖蜜为原料的酒精发酵生产过程中,通过气象色谱仪测出发酵环境中有大量乙醛的存在,同时酒精浓度也一直偏低.于是通过对发酵温度,pH和去除金属离子等因素做出调整,研究乙醇脱氢酶对发酵结果的影响.结果表明乙醇脱氢酶活性会对发酵效率产生影响.     

基于蚁群算法骨性关节炎中药分子的分子对接研究

对治疗骨性关节炎的中药分子进行计算机分子对接研究,并对实验结果进行分析.对接过程中使用DOCK的评分函数进行能量计算,用蚁群算法改进对接的构象搜索过程并用均匀设计法确定蚁群算法的合适实验参数.实验数据来源于治疗骨性关节炎中药中的药物分子,选择5个分子与相应的靶标分子进行对接,实验结果与改进前使用单纯形方法的结果进行对比,时间及精度性能指标上都有所改善,显示蚁群算法用于优化对接过程中的构象搜索是有效的.     

一种精细药物分子对接模型和优化方法

首先阐述了分子对接设计的基本原理,然后在蛋白质受体中引入关键残基的概念,建立了一个新的柔性分子对接模型．以配体的中心坐标以及它和受体关键残基的旋转键角为设计变量,以设计变量的尺寸为约束,通过最小化分子间相互作用能得到分子的最优取向和构象．一个自适应的遗传算法被用于求解上述优化模型,该算法采用多种群遗传策略、信息熵控制的空间减缩搜索技术以及拟精确罚函数方法,较好地平衡了效率与精度之间的关系,从而能够快速而稳定地逼近最优解．在此基础上,发展了新的精细分子对接程序,该程序可以进行受体与配体的柔性对接．药物分子对接实例证明,本文发展的精细药物分子对接算法和程序能够有效地用于药物分子设计．     

分子间作用力对硬盘磁头承载力的影响

当硬盘驱动器的磁头飞高降至5nm以下时,磁头与磁盘间的分子间作用力不能忽略。以皮米磁头和飞米磁头为模型,模拟了分子间作用力对飞高低于5nm的磁头总承载力的影响。模拟结果表明,分子间作用力改变了飞高低于5nm的磁头承载特性。分子间吸引力使总承载力减小,甚至出现负值,以致使磁头失去承载能力。当飞高进一步降低时,分子间斥力的作用显现出来。由于分子间引力和斥力的作用范围不同,磁头有一段失去承载能力的临界飞高区间。磁头的尺寸因子不同,临界飞高区间也有差别。     

植物源蛋白酶体抑制剂的分子对接研究

利用Autodock分子对接软件预测了左旋紫草素、雪胆甲素、靛玉红、高三尖杉酯碱、脱水穿心莲内酯5种化合物与蛋白酶体β5亚基的结合能力,并考察了上述5种化合物对纯化20S蛋白酶体糜蛋白酶样活性的抑制作用,研究表明,化合物和蛋白酶体β5亚基的预测结合自由能与实测的抑制活性线形相关.证明分子对接技术是筛选蛋白酶体抑制剂的一种有效的方法.     

温度对发酵过程中乙醇脱氢酶的活性效应

温度是微生物生命活动中重要的环境因子,文章以活性干酵母为材料,通过实验研究了微生物乙醇发酵过程中温度对乙醇脱氢酶的影响.结果表明,这种酶在29℃～35℃时具有较高的活力.     

用分子对接搭建激酶-抑制剂复合物的三维结构

由于蛋白激酶的异常激活导致了许多疾病,激酶抑制剂成为当今医药领域的研究热点.鉴于分子对接在药物设计中取得的成功,该技术被应用于激酶抑制剂的设计.应用分子对接软件包 Autodock4 对已知三维结构的激酶一抑制剂复合物进行模拟对接,对接所得抑制剂构象与晶体结构非常一致.进一步利用对应激酶在其他体系中的结构与抑制剂进行对接.也获得了与晶体结构一致的抑制剂构象,再现了抑制剂和蛋白间重要的相互作用,从而阐明了利用 Autodock4 探索激酶一抑制剂结合模式的可行性.     

药物分子对接网格研究与进展

药物分子对接所涉及的搜索空间非常巨大,需要耗费大量的时间,并且对计算环境也有较高的要求．将网格技术应用于药物分子对接中,能有效解决上述问题．通过应用改进的遗传算法多种群竞争机制的对接演化模型GADock,以信息熵控制设计空间的收缩,增强了进化的有效性,显著地提高了对接效率、利用网格数据传输和网格任务调度等网格技术对分子对接过程进行了优化,有效利用了网格节点资源,并降低了药物分子的对接时间．实例测试表明了药物分子对接与网格技术相结合的合理性及有效性．     

嗜热厌氧杆菌乳酸脱氢酶敲除对乙醇发酵的影响

为提高乙醇产率,通过同源重组的方式敲除嗜热厌氧杆菌乳酸支路中的乳酸脱氢酶基因,得到了嗜热厌氧代谢工程菌Δldh突变株.应用葡萄糖、木糖、葡萄糖/木糖混合糖3种碳源,分别对Δldh突变株与野生菌进行分批补料发酵产乙醇的研究.结果表明,与野生菌相比,Δldh突变株不仅显著提高了乙醇产率,而且提高了糖的消耗速率;Δldh突变株与野生菌都能以葡萄糖和木糖为基质生长,而与木糖为单一碳源相比,在葡萄糖/木糖共发酵时,木糖消耗速率有所降低;在以葡萄糖为单一碳源时,Δldh突变株的乙醇质量浓度和产率达到最高,分别为25.93 g/L和0.39 g/(L.h).     

空间飞行器对接过程的动力学建模和仿真计算

建立了有内导向瓣周边式对接机构的两空间飞行器对接过程的动力学模型,建模中将对接系统简化为主动飞行器、被动飞行器和主动捕获环三体问题.针对主动捕获环相对于整个飞行器来说质量很小的特点,建模过程中不考虑主动捕获环的质量和转动惯量,只考虑其几何形状特性,利用约束方程确定接触点作用力,通过计算得到了对接机构的相对位移、速度和转角,以及缓冲系统的位移、转角和相互作用力等参数,从而较全面地了解对接动力学过程,对缓冲系统和对接机构的设计具有重要的参考价值.     

基于网络药理学和分子对接探讨黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探索黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的分子机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台对黄连温胆汤药物活性成分及药物作用靶点基因进行筛选。通过Genecards数据库、DisGENET数据库查找幽门螺杆菌相关性胃炎疾病相关靶点,利用维恩在线绘图工具获得疾病与药物的共同靶点基因。利用Cytoscape 3.8.2软件以及STRING数据库分别构建药物-化合物-靶点相互作用网络及蛋白质-蛋白质相互作用网络图。运用DAVID数据库进行基因本体功能和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。选取度值排名前3的靶点蛋白和活性成分使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接。共筛选得到槲皮素、川皮苷、柚皮素等127种黄连温胆汤药物活性成分,并获得Akt1、JUN、TNF-α、STAT3等101个潜在靶点蛋白,涉及P53信号通路、NOD样受体信号通路、TNF信号通路等90条信号通路。分子对接结果显示关键靶点STAT3、TP53、Akt1与活性成分槲皮素、川皮苷、柚皮素的亲和力较好,其中以Akt1与柚皮素的结合能力最强。通过分析黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作...     

推广的模拟退火算法在分子对接中的应用

把推广的模拟退火算法应用于两个分子的刚性对接的能量全局极小化,由于转动自由度和平动自由度的不同物理本质,我们对平均度量和转动变量采用了不同的访问分布。改进的算法对多个对接模型的计算取得了较满意的结果。     

一个基于量子群的分子对接药物设计算法

量子群作为经典李群、李代数的基本对称概念的推广,有着丰富的代数、几何及物理性质.本文基于量子群的基本理论,结合药物分子设计中的分子对接问题,在李群机器学习的基础上提出了一个基于量子群的分子对接药物设计方法,从而进一步丰富了李群机器学习理论.本文首先建立了基于量子群的分子对接模型,并设计了基于量子群生成元的分子匹配算法,运用此算法对小分子数据库中的分子进行对接,并将试验结果与Autodock4.0、分子动力学算法的对接时间和精度进行比较和分析.实例测试表明了量子群的理论与药物分子对接相结合的合理性及有效性.     

基于网络药理学和分子对接研究三七抗类风湿关节炎的分子机制

通过中药系统药理学数据库与分析平台获取三七的主要活性成分及其相关靶点;通过GeneCards数据库预测类风湿关节炎相关靶点,并运用Uniprot数据库标准化蛋白名称,取三七-类风湿关节炎的交集靶点;通过STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用分析;采用Metascape平台进行GO(gene ontology)功能分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集分析;采用Cytoscape3.7.2构建活性成分-靶点-信号通路相互作用网络;利用AutoDock Vina 1.1.2软件对关键靶点和成分进行分子对接。结果表明:通过筛选获得三七核心活性成分7种,三七-类风湿关节炎共同作用靶点100个,其中核心靶点包括AKT1、IL6、VEGFA、TNF、TP53、JUN、CASP3、PTGS2等;GO分析获得1 064条信号通路,KEGG分析得到102条信号通路,其中与类风湿关节炎相关的信号通路包括AGE-RAGE、MAPK、TNF、IL-17以及HIF-1等;分子对接结果显示关键靶点与成分具有较好的结合活性。研究认为三七抗类风湿关节炎可能是通过对物质代谢、信号转导、炎症反应等多靶点及多通路的调节从而发挥作用。