大肠杆菌编码区5‘端碱基的统计分析

统计了大肠杆菌１２８８个编码序列开始的３３个碱基位点（１１个密码子）上各碱基出现的概率,发现第２、第３密码子各位点上的碱基概率分布与其它密 子上的碱基分布概率不一样;碱基Ｇ和Ｔ出现的概率从第４个密码子后呈现明显的３周期分布,还研究了这些位点上的厂长在概率分布与基因表达水平的关系,发现高表达基因和低表达基因在第２、第３密码子各位点上,其各种碱基的概率分布是有区别的;高表达基因碱基Ｇ和Ｔ的概率分布３周     

大肠杆菌终止密码子前后序列碱基的统计分析

统计了大肠杆菌９８５个基因终止密码子前３１个碱基和终止密码子后３３个碱基在各个位点的碱基概率分布．发现终止密码子前３个碱基和终止密码子后３个碱基的概率分布与其它位点的概率分布有很大的差别．以ＴＡＡ结尾的基因序列和以ＴＡＧ或ＴＧＡ结尾的基因序列的碱基分布在终止密码子附近也有明显不同．我们又统计了高表达基因和低表达基因终止密码子前后序列的碱基分布,发现在紧邻终止密码子前后３个碱基范围内,某些碱基分布有明显的差别．还发现碱基Ｇ和碱基Ｔ的３周期分布贯穿整个编码区,碱基Ａ的３周期分布在编码终止区非常明显．     

大肠杆菌SD序列碱基片段的统计分析

统计了大肠杆菌基因中构成ＳＤ区域的碱基片段,给出了ＳＤ区域相对使用频率高的和低的２碱基、３碱基、４碱基和６碱基片断。     

大肠杆菌编码序列碱基片段的统计分析

对大肠杆菌基因１２３１个编码开始区和１３０７个编码终止区域内的６三基片段,４碱基片段和３碱基处段进行了统计,发现６碱基片段模式数的对民其相对频率成线性下降关系,绝大多数４碱基和３碱基片段出现在相对频率于２的范围之内;编码区出现最多的碱基片段是多聚Ａ;     

大肠杆菌基因编码区碱基分布非均匀性的研究

基于大肠杆菌 １２９２ 个基因编码区．１）统计出了氨基酸丰度分布,与一般生物氨基酸丰度比较发现,构成大肠杆菌蛋白质的氨基酸中疏水氨基酸相对较多,小氨基酸相对较少,二硫键相对较少;２）发现编码区碱基分布的非均匀性与氨基酸丰度的分布和同义密码子的非均匀使用紧密相关;３）分析了编码开始区域、编码终止区域碱基分布和氨基酸丰度分布的差别,得到了一些有意义的结论．     

锥体虫,果蝇基因编码区的密码子使用,碱基间关联与基…

用自洽信息聚类方法预测了锥体虫（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａｂｒｕｃｅｉ）（８１个基因）和果蝇（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）（１２４个基因）的基因表达水平，高表达基因同义密码子的使用规律，求出描述基因表达水平的参数ＩＥ值和ＣＡＩ值，在此基础上，用我们提出的基因表达增强网络（ＥＥＮ）理论研究了基因编码区的碱基构成，密码子内和密码子之间的碱基关联与基因表达水平的关系，结果表明，其增强网络位点数目比Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙ     

碱基关联与基因表达水平的关系

研究了Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙｅａｓｔ基因编码区内碱基关联与基因表达水平的关系，结果表明：１）单碱基构成与基因表达水平有一定的关系；２）紧邻、次紧邻碱基间的关联（ｔ≤２）与基因表达水平有较好的线性关系；３）密码子第１位碱基的构成与基因表达水平有关系；４）密码子内１、３位和２、３位碱基之间的关联熵与基因表达水平有很强的关系；５）密码子内各位碱基与相邻密码子第１位碱基的关联熵与基因表达水平有很好的线性关系．     

锥体虫、果蝇基因编码区的密码子使用、碱基间关联与基因表达水平的关系研究

用自洽信息聚类方法预测了锥体虫（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａｂｒｕｃｅｉ）（８１个基因）和果蝇（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）（１２４个基因）的基因表达水平、高表达基因同义密码子的使用规律，求出了描述基因表达水平的参数ＩＥ值和ＣＡＩ值；在此基础之上，用我们提出的基因表达增强网络（ＥＥＮ）理论研究了基因编码区的碱基构成、密码子内和密码子之间的碱基关联与基因表达水平的关系，结果表明，其增强网络位点数目比Ｅ．ｃｏｌｉ和Ｙｅａｓｔ要多，说明生物越高级，编码区内的碱基关联越强．     

人类syndrome疾病基因编码区碱基突变特征分析

对人类syndrome疾病基因编码区碱基突变(BMCRs)特征进行生物信息学分析.结果表明:syndrome疾病基因密码子的突变类型倾向于C→T和G→A的突变;碱基突变发生类型是转换显著地大于颠换(F=9.02,P=0.013 30.05);密码子三联体的第1位和第2位碱基突变在syndrome疾病基因的发生中起主要作用.此外研究结果也显示:syndrome疾病基因的外显子长度及其GC含量与BMCRs存在着显著的正相关(其相关系数各自为r=0.228 74,P0.000 1和r=0.067 0,P=0.033 30.05),并且外显子中顺式作用元件ESE的突变个数也与其相应外显子的BMCRs的个数之间存在着显著的相关性(r=0.200 5,P0.000 1),表明外显子长度、GC含量与ESE元件等特征对人类syndrome疾病的发生有重要影响.最后全部syndrome被划分成8个与医学分类相关的系统疾病,结果揭示BMCRs更容易发生在代谢与免疫相关的疾病系统、神经系统、心功能相关疾病系统以及机体畸形相关疾病系统当中.     

蛋白质编码区碱基分布与终止密码子的关系

对11种具有不同G C含量的微生物基因组蛋白质编码区进行统计分析，结果显示蛋白质编码区3个密码子位碱基分布具有明显的不对称性，与终止密码子对应的一些单、双核苷酸出现的频率很低，由此得出结论：终止密码子对编码区碱基的使用起重要限制作用．     

大肠杆菌SD序列与基因表达水平的关系

依据基因表达水平的理论预测方法从１３７３个大肠杆菌基因中选出了７３个甚高表达基因和１００个甚低表达基因,研究了这两类基因编码区起始密码子ＡＴＧ前－１到－２１位点（包含ＳＤ序列）的碱基构成与基因表达水平的关系。结果表明,ＳＤ序列中的富嘌呤区（约在－７到－１２位点）Ｇ和Ｔ的概率分布曲线中心到ＡＴＧ的距离（记为ＬＨ）与基因表达水平有明显的关系。甚高表达基因ＬＨ约为１０,甚低表达基因的ＬＨ约为８,另外在－     

大肠杆菌不同表达水平基因之间的关联模式

以密码子适应性指数(CAI)作为描述基因表达水平特征的参数，运用信息论的方法研究了大肠杆菌不同表达水平的双基因间的关联强度；统计分析了各种3基因模式、4基因模式和6基因模式出现的相对使用频率．结果发现：同等表达水平的基因组成的模式不仅关联性很强，而且其相对使用频率也很高，而相反表达水平的基因组成的模式虽然基因问关联性也较强，但其对应的相对使用频率很低．     

大肠杆菌ppsA,pckA基因的克隆与串联表达

磷酸烯醇丙酮酸合成酶（ppsA)和磷酸烯醇丙酮酸羧激酶（pckA）是糖代谢中心途径中生成磷酸烯醇丙酮酸（PEP）的2个关键酶，在大肠杆菌中分别由ppsA和pckA基因编码，首先用PCR方法从大肠杆菌K12菌株基因组DNA扩增得到了ppsA和pckA基因，并将ppsA,pckA以单独或串联的方式克隆到大肠杆菌表达质粒pλPR上，构建成的质粒pλPR-ppsA,pλPR-pckA,pλPR-ppsA-PckA导入E.coli P2392菌株中表达，结果表明，ppsA,pckA基因的单独表达使宿主细胞的ppsA和pckA酶活力分别提高到5．2和2．5倍，串联表达使宿主细胞PAt和PckA酶活力分别提高到3．1和2．3倍，还使得以PEP为底物合成的3－脱氧α－阿拉伯 酮糖－7－磷酸（DAHP）产量提高到2．1倍，2个基因串联表达比单个基因表达更有利于提高DAHP的产量。     

河北省部分地区肉、蛋食品大肠杆菌污染状况的检测

为了解河北省肉食品大肠杆菌污染状况,从河北省内不同地区集贸市场和超市随机采集了生活用肉、蛋类等105个样品,采用国家标准法和PCR方法对样品进行了大肠杆菌的检测与鉴定。结果表明,从105个样品中检测到大肠杆菌19株,大肠杆菌总阳性率18.1%。其中,生鸡肉、生猪肉、生鸡蛋的大肠杆菌阳性率分别为35.3%,23.8%,16.7%;生羊肉、生牛肉、生鸭蛋、生虾没有检出大肠杆菌。19株大肠杆菌中从生鸡肉样品中检出产志贺样毒素大肠杆菌2株。河北省肉类食品总体上大肠杆菌污染程度较轻,但生鸡肉中大肠杆菌的检出率较高。     

酵母编码区及非编码区的统计分析

以酵母全基因组中第一类的2505个编码序列和相对应的非编码序列为统计样本,给出了酵母编码起始区和编码终止区以及非编码区碱基的分布特征,我们发现,真核生物的Yeast和原核生物的E.coli同样,四种碱基在编码区呈3周期分布,非编码区没有3周期特性,在起始密码子前－3位点上碱基A、C、T明显偏置,与Marilyn Kozak的结果相比较看出,这一伴点与进化无关。＋4位点碱基T、G的使用和有椎生物不同,有可能与进化有关。     

长叶车前花叶病毒上海株(RMVsh)外壳蛋白基因的克隆、序列分析及原核表达

长叶车前花叶病毒上海分离株（RMVsh)是从上海郊区的青菜（Brassica chinensis)上分离鉴定的，以提纯的病毒为材料，SDS－酚法纯化的基因组RNA作为模板，通过RT－PCR方法克服了该病毒的外壳蛋白基因（CP），DNA序列测定结果表明，外壳蛋白基因全长474个碱基，编码157个氨基酸，将CP基因插入原核表达载体pBAD/His-C中，转化E.coli Top10后，诱导表达，经聚丙烯酰胺凝胶电泳分析呈－特异性的蛋白条带，Western blot检测表明，表达产物与RMVsh抗血清呈阳性反应，RMVsh CP基因的核苷酸序列及氨基酸序列与烟草花叶病毒属中其他能侵染十字花科作物的成员相比，同源率分别为83．5％－98．9％和87．9％－99．4％，并讨论了RMVsh的分类地位为烟草花叶病毒属侵染十字花科植物2个亚组中的第一亚组的代表。     

外源基因在大肠杆菌中表达的优化

大肠杆菌已经被广泛地应用于表达各种外源基因,但基因的表达受多种因素的影响,现就各种影响因素综述了外源基因表达的优化策略,这将有助于采取有效方法提高外源基因在大肠杆菌中的表达效率.