应用微卫星DNA标记对广西食蟹猴的遗传学研究

目的 对广西食蟹猴不同生产繁殖群进行遗传检测,分析广西不同繁殖群食蟹猴的遗传背景,为建立广西食蟹猴遗传质量检测方法和种群资源库提供基础资料。方法 应用20个微卫星基因位点和毛细管电泳技术对广西3个不同生产群食蟹猴进行遗传检测,并计算群体内和群体间的遗传变异参数。结果 共检测到等位基因237个,其观察等位基因数(Na)为5～19个,平均11.85个;平均期望杂合度(He)为0.85;平均多态信息含量(PIC)为0.817。3个不同生产群(F、N和W)分别检测到等位基因158、158和173个,平均期望杂合度(He)分别为0.8371、0.8318和0.8642;平均多态信息含量(PIC)分别为0.7692、0.7653和0.8001,3个不同生产群存在较高的遗传多态性。3个生产群Hardy-Weinberg平衡检验多数位点处于H-W平衡。群内近交系数Fis均值为0.0235,总群体近交系数Fit均值为0.0628,遗传分化系数Fst均值为0.0402,基因流Nm均值为5.9616,表明3个生产群基本处于随机交配状态,群体间遗传分化很小。3个生产群遗传距离为0.2556～0.3223,遗传相似度为0.7245～0.7745,聚类分析显示F群体和N群体先聚为一类,再和W群体聚为一类,符合3个繁殖猴场各自关联引种历史特征。结论 本研究有效分析了广西食蟹猴的遗传多态性和群体间的遗传关系,所选的20个微卫星基因位点可用于食蟹猴遗传质量检测。     

应用24个微卫星标记分析SD和Wistar大鼠的遗传多样性

目的 通过SD和Wistar大鼠群体遗传多样性分析,为其质量控制提供基础数据。方法 采用微卫星DNA标记技术,选取分布于21条染色体上的24个微卫星位点分别对12对SD大鼠和Wistar大鼠的DNA样本进行PCR扩增,所得扩增产物经二代测序分型,再利用PopGen32软件、Littleprogram0.6和GenePop分别进行等位基因、平均杂合度、多态信息含量及遗传平衡检验参数的计算。结果 SD和Wistar大鼠群体分别在24个微卫星位点检测到平均等位基因数3、2.95个,平均杂合度为0.434 4、0.426 1,平均多态信息含量分别为0.38、0.37,分别有10、9个位点偏离了Hardy-Weinberg遗传平衡,其中7、4个位点表现为杂合子缺失。结论 SD和Wistar大鼠封闭群遗传多样性略低于理想封闭群水平,需要在种群繁育中注重科学管理监测,避免近交。     

应用T载体连接PCR技术分离黄嘴白鹭微卫星位点

传统的微卫星分离策略对于低丰度的物种如鸟类而言,通常是低效的.探讨了一种改良的T载体PCR序列获取法用于黄嘴白鹭(Egretta eulophotes)微卫星DNA的分离,称为T载体连接PCR(T-vector-ligation PCR,TVL-PCR).在获取第一侧微卫星序列的71个阳性克隆中,59个克隆含有重复序列,设计了48对位点特异巢式引物.经过两轮TVL-PCR后,31个位点的扩增产物为预期大小,经测序后获得21个完整的微卫星位点.除去侧翼序列过短和小卫星位点外,设计16个微卫星位点进行多态信息检测,其中7个位点显示出多态性,平均等位基因数为2～20,观察杂合度(HO)和期望杂合度(HE)分别为0.375～0.958和0.477～0.956,所有位点都符合哈迪-温伯格平衡(HWE)和连锁平衡.说明TVL-PCR技术对低丰度微卫星物种的位点分离具有一定的应用价值.     

SD大鼠的剖腹净化

1994年从日本引进的SD大鼠种群 ,本身携带有金黄色葡萄球菌 ,不符合我国SPF动物的等级要求 ,为使之符合我国三级动物的要求 ,通过剖腹产手术进行净化 ,并用SPFWistar大鼠为保姆代乳。成功剖腹孕鼠 35只 ,选取活仔 115只 (每只母鼠选仔 4— 6只 ) ,经过扩大繁殖 ,目前已为 180只生产母鼠 ,4 0只生产雄鼠的生产群。经过 4年共18次的微生物检测 ,不但去除了金黄色葡萄球菌 ,而且 ,各项微生物检测指标均符合我国SPF大鼠的等级标准。表明剖腹净化是成功的     

2017—2019 年 CD ( SD)大鼠 240 个 SNP 位点遗传检测结果分析

摘要:目的 2017—2019 年北京维通利华实验动物技术有限公司(以下简称,维通利华) 连续三年参与美国 CharlesRiver Laboratories( CRL)对全球各地设施 CD( SD)大鼠生产群的遗传检测,以评估种群的遗传稳定性、杂交系数及各设施间种群的差异。 方法 从大鼠耳部样品中提取 DNA,使用荧光标记法检测 240 个单核苷酸多态性( SNP ) 基因位点,通过 GenA1Ex6. 5 软件统计分析得到位点多态性( P) 、观测杂合度( Ho ) 、期望杂合度( HE ) 、近交系数( F)和遗传分化系数( FST )等。 结果 位点多态性比例分别为 73. 6% ,76. 9% 和 74. 2% ,遗传具有多样性且保持稳定;杂交系数分别为-0. 02、-0. 06 和-0. 07,符合随机交配特性;遗传分化系数( FST ) 在 0. 05 上下波动。 结论 维通利华的 CD( SD)大鼠种群保持稳定的遗传多样性,符合随机交配方式繁殖,与 CRL 美国基础种群呈低至中等程度的遗传分化,定期的引种措施为保持种群的杂交性和稳定性发挥重要作用。     

封闭群比格犬微卫星的筛选及初步应用

摘要:目的 筛选可用于比格犬遗传检测的微卫星位点,并对小型比格犬群体进行了遗传结构分析。 方法 选取来自文献的微卫星位点 120 个,包括比格犬位点 23 个和其他犬类遗传检测的位点 97 个。 用 DNA 池对这些位点进行 PCR 条件优化后,挑选扩增效果优良的位点对常用比格犬群体进行荧光标记 STR 扫描和群体遗传结构分析,依据期望杂合度( He)和香农指数挑选符合要求微卫星位点计算群体遗传参数。 结果 在候选的 120 个位点中共有73 个位点扩增效果优良,STR 扫描后选用 49 个位点进行遗传分析,结果显示该群体有效等位基因数、期望杂合度、平均杂合度、香农指数、多态性信息含量分别为 4. 9230、0. 7574、0. 7375、1. 6625、0. 7038,证明该群体遗传多态信息丰富,群体遗传多样性高。 结论 所选 49 个微卫星位点可用于比格犬遗传检测,这些位点还需用更多群体进行验证和优化。     

用45个SNP位点组合对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体的遗传状况分析

摘要：目的 利用单核苷酸多态性位点对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体进行群体遗传结构分析。方法 选取文献中45个SNP位点,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术对来自国家啮齿类实验动物种子中心北京和上海分中心的ICR各1个群体,上海分中心的1个KM封闭群小鼠样本进行等位基因分型,分析群体遗传结构,并进行群体间遗传差异分析。结果 3个封闭群小鼠有效等位基因数(Ne)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、平均杂合度(Ha)、多态信息含量(PIC)、香隆信息指数等遗传参数各不相同。同一群体的结果与微卫星DNA和生化位点的结果相比,SNP检测的参数值较低。但将3个群体中单态的SNP位点去除后参数值有所上升,尤其香隆指数值与STR检测结果接近。结论 所选SNP位点可用于封闭群小鼠遗传质量检测,所检测的3个群体遗传多样性用杂合度评价为SKM >BICR >SICR。     

中药植物玉竹微卫星标记的筛选及遗传多样性分析

利用磁珠富集法构建玉竹的微卫星文库,用筛选出的微卫星引物对玉竹样品进行遗传多样性分析。根据链亲和素磁珠和生物素特异结合的特性,用3’端生物素标记的探针与两端连接已知序列人工接头的玉竹基因组DNA酶切片段杂交,杂交复合物结合到包被有链亲和素的磁珠上,洗脱并收集吸附在磁珠上的含有微卫星的片段。经过克隆和测序,再根据微卫星两侧的保守序列设计引物,最后利用从中筛选出的微卫星引物对玉竹种群进行遗传学分析。从基因组微卫星富集文库中分离出9个多态微卫星位点,来自3个玉竹种群的40个个体的多态性显示,每个位点的等位基因数从3到6个不等,观察杂合度范围为0000～0.875,预期杂合度范围为0.520～0.760,多态信息含量范围为0.066～0.687。9个多态位点经哈温平衡检测结果显示有5个位点符合哈迪-温伯格(Hardy-Weinberg)平衡,其余4个位点显著偏离哈温平衡(P0.05)。这可能是存在无效等位基因和或近亲繁殖效应的结果,鉴定出的微卫星遗传标记可以在玉竹的遗传多样性和种群遗传结构的评价中具有潜在的应用价值。     

舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体遗传多样性的微卫星分析

利用8个微卫星多态标记分析舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体共90个体的遗传多样性。结果显示,8个微卫星位点共检测到等位基因64个,各位点等位基因数(A)范围为5~10个,观测杂合度(Ho)的平均值为0.9111,期望杂合度(He)的平均值为0.8108,多态信息含量(PIC)平均值为0.7800,表明所选择的8个微卫星位点均表现出较高的多态性。群体的遗传多样性分析结果显示,3个群体的平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.891 7、0.900 0、0.941 7和0.738 4、0.743 2、0.821 3,Shannon多样性指数分别为1.467 0、1.449 0、1.800 9,表明3个群体的遗传多样性处于较高水平。HardyWeinberg平衡检验发现只有LYC0015和LYC0009位点处于平衡状态(PHW0.05),其余6个位点都不同程度地偏离了平衡。3个群体的聚类分析表明,岱山和朱家尖西岙网箱2个养殖群体亲缘关系较近,而与舟山市水产所耐低温F2代群体亲缘关系较远。     

宝石鲈与淡水黑鲷及其子一代微卫星位点分析

使用11对微卫星引物对杂交父本宝石鲈(Scortum barcoo)和母本淡水黑鲷(Hephaestus fuliginosus)及其子一代胜斑(F1)进行分子遗传机制研究,结果表明:(1)在11个微卫星位点中,淡水黑鲷有10个位点得到扩增产物,F1有9个位点得到扩增产物,而宝石鲈只得到6个位点的扩增产物,5个位点能在3个种类中稳定扩增;(2)宝石鲈、淡水黑鲷及其F1这3个群体在这5个位点中的平均等位基因数(Ao)为2.000 0、3.000 0、2.200 0;平均有效等位基因数(Ae)分别为2.000 0、2.719 8、2.133 3;平均观测杂合度(Ho)均为1.000 0;平均期望杂合度(He)分别为0.545 5、0.672 7、0.572 7;平均多态信息含量(PIC)为0.375 0、0.537 6、0.410 9;平均Shannon信息指数(I)分别为0.693 1、1.022 7、0.762 5;(3)F1与宝石鲈和淡水黑鲷的遗传相似性系数分别为0.974 7和0.839 8,遗传距离分别为0.025 6和0.174 6.根据Nei's遗传距离建立的UPGMA聚类图表明杂交F1与2亲本的遗传差异不是对等的,而是偏向父本宝石鲈一方.     

封闭群实验用小型猪遗传标准的建立

目的建立封闭群实验用小型猪遗传质量标准和遗传质量检测方法。方法根据群体遗传学理论。参照实 验动物哺乳类实验动物的遗传质量控制(GB 14923-2001),在查阅大量文献资料的基础上,建立封闭群实验用小型 猪遗传标准。检测方法采用微卫星标记分析技术。从GeneBank中挑选出的100个猪微卫星位点进行PCR扩增和 条件优化,通过琼脂糖电泳、聚丙烯酰胺电泳和STR扫描三级筛选．根据位点在染色体分布情况和等位基因数目、 多态性等优化出适于封闭群实验用小型猪遗传检测的微卫星位点组合,建立检测方法。结果初步建立了封闭群 实验用小型猪遗传质量标准和检测方法。     

STR扫描技术对融水小型猪群体遗传结构的分析*

目的 应用STR扫描技术分析融水小型猪群体的遗传结构。方法 选用北京市地方标准封闭群实验用小型猪的遗传质量监测提供的25个微卫星位点对广东省医学实验动物中心小型猪研究基地F1代30头融水小型猪基因组DNA进行PCR扩增,对扩增产物进行STR扫描,运用popgene32软件对该融水小型猪进行群体遗传结构分析。结果 融水小型猪F1群体平均观测等位基因数为9.4400,平均有效等位基因数为5.2966,平均香隆指数为1.8085,平均有效杂合度为0.7737。结论 STR扫描技术适用于融水小型猪群体遗传结构分析;初步掌握了融水小型猪遗传结构。     

Rag2 敲除大鼠剖腹净化

摘要: 目的 利用剖腹产的方法对基因工程 Rag2 敲除大鼠进行净化。方法 分别对见栓第 20 天和第 22 天的孕鼠 进行剖腹产手术,剖得仔鼠于 6—8 日龄时进行剪尾作 PCR 基因型鉴定,6—8 周龄进行微生物检测和基因型鉴定。 结果 大鼠剖腹产于见栓第 22 天进行,可以显著提高成活率,平均离乳率 84. 48% ; 净化后经检测,微生物等级符 合 SPF 级标准; 经基因型鉴定,可获得纯合子大鼠。结论 Rag2 敲除大鼠通过剖腹产净化可获得 SPF 级纯合子后 代,证明该方法可行。     

广西巴马小型猪的培育

目的以广西巴马香猪作为原始基础群,要培育出体型尽量小、两头乌毛色整齐、繁殖性能好、遗传性稳定、有关生物学特性明确、适于实验应用的小型猪品系。方法①纯繁闭锁繁育;②封闭群(A系)主要采用群内随机交配方式;③近交系(B系)是在第10世代封闭群的基础上开始选择近交家系,采用连续全同胞兄妹高度近交方式;④定向选择;⑤遗传监测;⑥饲养试验;⑦广西地方标准的制定;⑧有关生物学特性的研究;⑨实验应用。结果①1994年鉴定专家将培育的实验小型猪命名为"广西巴马小型猪",至今己有22年培育历史。②至2009年完成了广西巴马小型猪封闭群21世代的培育。③至2009年完成了广西巴马小型猪近交系11世代的培育。④对小体型、两头乌毛色的整齐性、多产性的选择及性格温顺的驯养均有效。⑤19个微卫星座位上平均观察等位基因数:17世代广西巴马小型猪封闭群为3.00个,在21个微卫星座位上近交系7世代平均观测等位基因数为1.9048个、平均有效等位基因数为1.5461个,平均基因纯合率为0.7232。⑥确认在广西巴马小型猪生长期间营养需要:蛋白质水平12%、能量3100kcal/kg、钙0.65%、有效磷0.32%。⑦在对质量控制因素研究的基础上制定出广西地方标准DB45/T546-2008《实验动物小型猪》(发布日期:2008.09.08、实施日期:2008.10.08)。⑧国内多家研究机构的应用表明广西巴马小型猪是应用于心血管病和糖尿病等研究的优秀模型动物。结论成功培育出适于医学、生物学实验应用的、具有独特优异特性的广西巴马小型猪封闭群和近交系。     

Analysis of digenic epistatic effects and QE interaction effects QTL controlling grain weight in rice

Immortalized F(2) population of rice (Oryza sativa L.) was developed by randomly mating F(1) among recombinant inbred (RI) lines derived from (Zhenshan 97B x Minghui 63), which allowed replications within and across environments. QTL (quantitative trait loci) mapping analysis on kilo-grain weight of immortalized F(2) population was performed by using newly developed software for QTL mapping, QTLMapper 2.0. Eleven distinctly digenic epistatic loci included a total of 15 QTL were located on eight chromosomes. QTL main effects of additive, dominance, and additive x additive, additive x dominance, and dominance x dominance interactions were estimated. Interaction effects between QTL main effects and environments (QE) were predicted. Less than 40% of single effects, most of which were additive effects, for identified QTL were significant at 5% level. The directional difference for QTL main effects suggested that these QTL were distributed in parents in the repulsion phase. This should make it feasible to improve kilo-grain weight of both parents by selecting appropriate new recombinants. Only few of the QE interaction effects were significant. Application prospect for QTL mapping achievements in genetic breeding was discussed.     

黑龙江省实验小鼠、大鼠遗传学质量调查

目的根据最新颁布的国家标准,对黑龙江省的实验小鼠、大鼠的遗传学质量进行调查。方法参照国家标准《实验动物近交系小鼠、大鼠生化标记检测方法》GB/T 14927.1-2008,应用乙酸纤维素板,对来自4个单位的BALB/c和C57BL/6实验小鼠及3个单位的SD和Wistar实验大鼠进行生化标记位点的检测。结果被检的BALB/c小鼠和大鼠中均存在杂合。结论大鼠符合封闭群遗传概貌,但近交系小鼠出现了遗传漂变。     

MHC单倍体型无特定病原体鸭的培育

目的 培育MHC单倍型无特定病原体单倍型鸭。方法 以国家禽类实验动物种子中心培育并保存的无特定病原体(SPF)麻鸭为基础,根据位于主要组织相容性复合体(MHC)核心区域的鸭抗原处理相关转运体分子(TAP)双拷贝基因(Tap1和Tap2)的多态性,分别利用Tap1基因组短串联重复序列(STR)、TAP2的肽结合区序列以及Tap2全基因组序列的基因型分型,连续选育主要组织相容性复合体(MHC)单倍型SPF鸭。结果 F0代和F1代鸭的STR结果完全一致;F2和F3代鸭的Tap1和Tap2基因组序列完全纯合。连续6个世代的Tap2基因组序列分析,B3群鸭有2个位点发生突变,B1、B2和B4遗传学稳定。结论 成功建立了4个MHC单倍体型SPF鸭群B1、B2、B3和B4,为深入开展鸭的免疫遗传学研究提供了实验动物支撑条件。     

舒芬太尼在腰硬联合麻醉下剖腹产术后硬膜外镇痛中的应用

目的:观察舒芬太尼复合布比卡因应用于腰硬联合麻醉下剖腹产术后自控硬膜外镇痛的效果及对并发症的影响。方法:对60例剖腹产患者分别采取两种硬膜外术后镇痛方法,观察并比较其效果。结果:两组各时段有效按压次数比较,舒芬太尼组(S组)明显少于芬太尼组(F组)。S组的VAS评分在12 h,24 h明显低于F组(P<0.05);S组的BCS评分和Ram评分也明显高于F组(P<0.05)。S组的并发症低于F组,两组病人SPO2均保持95%以上,两组HR比较无明显差异。结论:舒芬太尼联合布比卡因以及地塞米松,效果明显高于芬太尼组,而且并发症也很少发生。应用于腰硬联合麻醉后的硬膜外自控镇痛是安全可行的。     

安哥拉山羊改良建昌黑山羊高代杂种羊血液生化遗传标记的研究

采用ＰＡＧＥ法检测Ｆ３的Ｈb、Ｔf、Hp,Pr,Alb、Po、ＬＤＨ、Ａkp和Amy等基因座的多态性和相关分析。研究结果表明,Ｆ３的Hb、Ｔf、Hp、Ａkp呈多态,Ａlb、Pr、Ｐr、Ｐo、ＬＤＨ、Ａmy呈单态;ＬＤＨ同工酶相对活力顺序为ＬＤＨ１＞ＬＤＨ３＞ＬＤＨ２＞ＬＤＨ４＞ＬＤＨ５;Ｆ３与安哥拉山羊Ａkp基因型分布差异显著（Ｐ＜０．０５）,与建昌黑山羊差异极显著（Ｐ＜０．０１）;平均基因杂合度安哥拉山羊最高,Ｆ３次之,建昌黑山羊最低,Ｆ３与安哥拉山羊的遗传相关系数大,遗传距离小;ＬＤＨ１的相对活力与净毛率呈极负相关（Ｐ＜０．０１）,ＬＤＨ５与两型毛根数百分比呈显著正相关（Ｐ＜０．０５）、与两型毛重量百分比呈极显著正相关（Ｐ＜０．０１）、、与无无髓毛伸度呈极显著负相关（Ｐ＜０．０１）,ＬＤＨ其他各要带的相对活力与产毛性状无显著相关。