马铃薯块茎不同发育时期转录组分析

为解析与薯块发育相关的关键基因,以马铃薯匍匐茎、薯块起始期和膨大期的薯块为材料进行转录组分析.结果显示:匍匐茎与薯块膨大起始期、薯块膨大起始期与膨大期比较分别筛选出759个和773个差异表达基因.基因本体分析显示这些基因主要富集到细胞过程、代谢过程和催化活性等生物学过程,代谢通路富集分析显示差异基因主要富集到能量代谢与...     

甘蓝型油菜矮化突变体的茎秆发育转录组分析

甘蓝型油菜矮化突变体"NDF-1"是从高秆油菜"3529"理化诱变群体中分离的矮化突变体,它的株高只有高秆亲本的1/3,是一个优良的甘蓝型油菜矮化资源.本文应用RNA-Seq测序技术分析了"NDF-1"茎开始伸长的抽薹期和花期转录组,为深入了解油菜茎秆发育机理提供基因组层面的参考.抽薹期和花期的测序数据通过筛选得到了4.55亿条质量合格的clean reads.经过对高质量序列的组装注释,筛选得到"NDF-1"和"3529"间的2147条差异表达基因(DEGs).选择其中的20个差异表达基因进行了荧光定量PCR验证.通过GO和KEGG分析,发现"NDF-1"的矮化与赤霉素、生长素和油菜素内酯相关,细胞伸长异常和细胞壁的不正常形成也影响"NDF-1"的茎秆发育.从差异基因中筛选出与植物矮化性状相关的基因,为利用矮化基因改善性状和矮化机理的研究和提供了更多信息.     

亚麻木酚素干预下ApoE基因敲除小鼠肝脏转录组分析

利用转录组测序技术研究了亚麻木酚素干预下ApoE-/-(Apolipoprotein E,ApoE)小鼠肝脏组织中差异表达基因及相关信号通路,为明确亚麻木酚素缓解高脂血症的分子机制奠定基础。结果表明,亚麻木酚素组和模型组之间,共有372个差异表达基因,其中包括234个显著上调基因,138个显著下调基因。这些关键的差异表达基因包括Hsd3b5、Acot1、Elovl3等与脂质代谢相关的基因。GO(Gene ontology, GO)富集分析发现差异表达基因主要富集在脂肪酸代谢等生物过程、细胞外间隙等细胞组分以及单加氧酶活性等分子功能。KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析表明差异表达基因在PPAR(Peroxisome proliferation activated receptors, PPAR)信号通路被富集。PPAR信号通路的多个基因的表达被激活,如Fabp、Cyp、Acsl、Ehhadh、Fads、Acaa、Scp、Pltp等,推测亚麻木酚素是通过PPAR信号通路调节ApoE-/-小鼠血脂水平的。     

拟南芥花粉单细胞转录组分析

为了深入探究花粉基因表达的规律,应用单细胞技术对拟南芥花粉细胞进行了单细胞转录组测序.花粉单细胞RNA-seq结果表明,与叶片转录组相比,成熟花粉中大部分基因表达较低,可能与花粉转录沉默有关.花粉中富集果胶代谢、细胞骨架和钙信号转导等通路,与细胞壁形成和花粉管生长相关.花粉还富集组蛋白甲基化因子,说明花粉中存在表观遗传学调控.应用RT-PCR鉴定出6个花粉特异性表达且功能未知的基因,其中大多数为十字花科特有.总之,本研究精确定量了花粉细胞的基因表达谱,揭示出拟南芥花粉转录组的复杂性和独特性.     

转录组分析揭示BAM1/2与SPL调控拟南芥花药发育的功能关系及调控网络

花药的正常发育对于植物正常繁衍和农作物产量都有着至关重要的作用.转录因子SPL及受体蛋白激酶BAM1和BAM2均在调控孢原细胞分化的过程中发挥重要作用.但迄今对其功能关系及下游信号途径仍缺乏深入研究.本文利用高通量转录组测序手段,通过对拟南芥spl、bam1、bam2、bam1bam2突变体花药的转录组对比分析,明确了:1)BAM1和BAM2功能冗余地调控花药绒毡层发育、脂质转运、花粉壁形成等方面,但两者在调控部分基因表达上存在亚功能化;2)SPL与BAM1/2共同调控791个花粉发育、脂类转运和细胞壁形成等过程相关基因的表达,同时BAM1/2特异调控326个脱落酸、水杨酸、茉莉酸信号途径以及水分、防御等胁迫刺激相关基因的表达,而SPL还单独调控3 789个基因的表达,主要参与到生长素合成和信号响应、水分、温度、光等相关的胁迫刺激.以上结果为生殖发育领域相关研究提供了重要参考.     

濒危树种香木莲转录组分析

为获得基因组信息,利用下一代高通量测序技术平台IIIumina HiSeqTM4000对香木莲(Manglietia aromatica)组织进行转录组测序,将Raw reads过滤组装后获得的Unigene进行生物信息学相关分析.结果 显示:共获得48123条Unigene,N50为1331 nt,平均长度为960 ...     

大黄鱼转录组水平miRNA的生物信息学分析

根据成熟miRNA序列在物种间高度保守的特性,miRNA前体可以形成茎环状的二级结构,以及miRNA非编码的特性,搭建出了miRNA挖掘的生物信息学流程,并利用此流程在大黄鱼全转录组中进行miRNA的挖掘,得到54条成熟miRNA序列以及54条前体序列(pre-miRNA),根据其种子区的序列将其归为29个miRNA家族。通过对预测得到的miRNA前体序列同其他物种中相同家族的miRNA前体序列构建系统进化树,揭示出同一家族的miRNA前体在不同物种之间的保守性和多样性。利用两种靶基因预测软件,对成熟miRNA进行靶基因预测,共得到2360个靶基因,并对这些靶基因使用BLAST2GO做了进一步的GO注释和富集分析。     

转录组测序解析油菜素甾醇调控番茄根发育的机制

利用生理学实验分析番茄幼苗主根对不同浓度油菜素甾醇(BRs)的响应情况,通过转录组测序寻找番茄幼苗根系在不同浓度BRs处理下的差异表达基因,利用GO与KEGG富集分析探究差异表达基因参与的信号通路.结果发现,0.5 nmol/L的表油菜素内酯(eBL,BRs的一种)促进主根伸长,而10 nmol/L的eBL显著抑制主根伸长.转录组测序发现,与对照相比,10 nmol/L eBL处理共产生585个差异表达基因,其中271个上调和314个下调.进一步的GO与KEGG富集分析表明,上调的差异基因主要与乙烯合成与代谢、植物激素信号转导和MAPK信号转导有关,暗示BRs可能与乙烯交叉互作调控高浓度BRs对植物主根生长的抑制.研究结果为BRs参与植物根系发育调控提供了又一证据,也为番茄等农作物生产中科学使用BRs提供了强有力的支撑.     

中华按蚊雌雄蚊转录组比较分析

【目的】对中华按蚊(Anopheles sinensis)雌、雄蚊的转录组测序数据进行差异表达分析,获得两者间差异表达基因,对它们进行功能富集分析,挖据这些基因的功能表现和参与的通路。【方法】基于已知中华按蚊雌、雄蚊转录组数据进行了RNA-Seq数据相关性检查,利用R语言DESeq包比较雌蚊和雄蚊中基因的差异表达情况,并用GOseq和KOBAS对筛选出来的差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。【结果】Pearson相关系数的平方(R2)大于0.92,说明样本在3个生物学重复间具有高度相关性,可用于进一步分析;中华按蚊雌、雄蚊差异表达基因共3 298个,其中1 589个基因在雌蚊中表达上调,1 709个基因在雌蚊中表达下调;差异表达基因明显富集在酰胺生物合成、有机酸代谢、肽代谢过程等功能类别上,参与核糖体在真核生物中的生物发生、RNA转运等KEGG通路。【结论】上述结果对深入研究不同性别的中华按蚊基因表达及差异具有潜在价值。     

乳腺发育与乳腺干细胞的分子调控

乳腺由多种类型的细胞组成,其形态发生主要在出生之后进行,是研究成体干细胞的优良模型.乳腺导管主要由基底细胞和管腔细胞两大类乳腺上皮细胞构成,处在含有脂肪细胞、内皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞的复杂基质当中.此外,孕期位于乳腺导管分支末端的管腔细胞能够进一步分化成分泌乳汁的特殊细胞类型,即腺泡状细胞.乳腺上皮细胞增殖、分化...     

Tet-on系统诱导乳腺特异表达CUEDC2转基因小鼠的制备

目的：建立Tet-on系统诱导乳腺特异表达CUEDC2的转基因小鼠模型。方法：构建转基因表达载体,经细胞诱导表达验证后,酶切得到含有CUEDC2的线性DNA片段,并采用显微注射的方法及后续筛选鉴定,得到CUEDC2转基因小鼠。进而通过与乳腺特异表达的MMTV-rtTA转基因小鼠交配,得到CUEDC2/rtTA双阳性转基因小鼠。利用2mg/ml的多西环素（Doxycycline）诱导小鼠体内CUEDC2表达,通过Western Blot、免疫组化检测表达。结果：经诱导,CUEDC2/rtTA双阳性转基因小鼠的2个Founder的F1、F2代在转录水平和蛋白水平均成功表达CUEDC2, 并具有乳腺特异性。结论：Tet-on系统诱导乳腺特异表达CUEDC2的转基因小鼠制备成功.     

产生乳腺定位表达人CD14的转基因小鼠研究

将来自ＰＣＲ法合成的绵羊β－乳球蛋白基因（ＢＬＧ）５’端８９８ｂｐ上游区和人单核细胞表面分化抗原基因（ｈＣＤ１４）成熟肽１２４５ｂｐ片段构建的ＢＬＧ－ｈＣＤ１４融合基因纯化后,注入小鼠受精卵原核。实验共注射受精卵１１４９枚,经体外培养发育到２－细胞期的胚胎计９６８枚,发育率为８４．２％。从发育的胚胎中选择６３４枚移植到４６只假孕受体。其中１４只妊娠产仔,妊娠率３０．４％。妊娠受体共移植胚移２０７枚     

乳腺生物反应器在生物制药领域的研究进展

乳腺生物反应器是利用转基因动物生产功能蛋白质的技术.这项技术开创了基因工程制药的新途径.而其具有的低成本、高质量,稳定的生物学活性、较短的生产周期、较高的经济效益等一系列研发特点,使得这一生产方式成为医药产业的主要手段.     

高校女教工乳腺疾病发病率调查分析

目的：了解高校女教工乳腺疾病的患病情况,探讨乳腺疾病的防治措施．方法：对某高校670名在职女教工进行乳腺疾病普查,采用专科医生触诊、红外线乳腺诊断仪、乳腺彩色B超、钼靶x线检查和病理活检等方法．结果：接受检查的670名女教工中,乳腺疾病患病率为40.60%,以乳腺增生发病率最高,为37.61%,占乳腺疾病的92.65%;其次为乳腺纤维瘤1.49%．发现乳腺癌2例,患病率为0.30%．乳腺疾病的发病与年龄、职业、月经等因素相关．结论：高校女教工乳腺疾病发病率较高,应加强基层卫生保健服务及乳腺疾病相关知识的普及,提高其自我保健意识和自我检查能力,定期进行该疾病的普查普治,对乳腺癌的早期预防有极其重要的意义．     

近红外乳腺扫描3000例分析

为评价近红外乳腺扫描诊断乳腺癌的意义 ,笔者选择了 30 0 0例乳腺患者应用近红外扫描诊断与病理诊断进行对照分析 .结果表明 :近红外扫描诊断乳腺癌的正确率为 95 .6 % .提示 :近红外乳腺扫描对良恶性肿物的鉴别诊断是一种行之有效的方法 ,具有安全、可靠、无损伤等特点 .     

外源基因在转基因动物乳腺中的特异性表达研究

动物基因工程研究最大的突破就是转基因动物研究的进展,自八十年代初第一批转基因小鼠问世以来,转基因动物的研究已从方法学研究步入了应用性研究阶段,转基因动物除作为研究工具广泛应用于发育生物学、免疫学、遗传学以及医学等生命科学领域外,外源基因在转基因动物的特异性表达,尤其是在乳腺的表达,又可将转基因用作生物反应器进行了生物活性蛋白的生产而于商业生产,在转基因动物乳腺的特异性表达研究中,寻找乳蛋白基因调控     

人胰岛素原乳腺表达载体的构建

通过ＰＣＲ方法扩增了人胰岛素（ＨＩ）基因１．３４ｋｂ的ＤＮＡ片段并克隆于ｐＵＣ１８的ＳｍａⅠ位点内。经ＤＮＡ序列分析表明，该片段为ＨＩ基因的氨基酸编码区及３＇端调控区序列。同时，应用ＰＣＲ方法对牛α－乳白蛋白（ＢαＬＡ）基因进行了扩增，得到了０．８４ｋｂＤＮＡ扩增片段。将其克隆于去除了ＥｃｏＲＩ位点的ｐＵＣ１８ＳｍａＩ位点内，经内切酶分析和ＤＮＡ测序证明该片段是ＢαＬＡ基因５＇调控区序列。ＥｃｏＲ     

体检人群中乳腺增生症患者的危险因素调查

使用自制调查问卷对参加莆田学院附属医院体检的3809名女性体检者进行调查,找出与乳腺增生发生密切相关的危险因素。调查结果显示,乳腺增生症发病率为43.84%,乳腺增生症患者更关注疾病本身。多因素非条件Logistic分析显示影响其发生危险因素是年龄、职业、性格特点、母乳喂养、饮食方式和断乳行为。结果表明,提高妇女对乳腺增生的认识,提倡母乳喂养,科学断乳行为,健康饮食,劳逸结合,能预防乳腺增生症的发生。     

甘黄疗法对肾阴虚和脾阳虚小鼠口腔溃疡的疗效分析

为了研究不同类型小鼠口腔溃疡在甘黄疗法下的效果,试验设计肾阴虚与脾阳虚两种常见的口腔溃疡模型,以甘草黄芪配合使用的甘黄疗法,以及口服黄芪粉为主要方法,冰硼散为反证方法,对两种类型的口腔溃疡进行治疗,以观察不同类型的溃疡在不同甘黄配比、单用以及使用冰硼散时的治疗效果.结果表明,肾阴虚型口腔溃疡小鼠并不适合甘黄疗法,在用药后2日起,病情加重伤口扩大至平均7 mm左右,同时病程较对照组而言平均延长3日.冰硼散对此类型溃疡的疗效较好,平均6日基本痊愈.而对脾阳虚小鼠进行治疗发现,甘黄疗法对其疗效甚佳,且在甘草黄芪配比为1∶2时效果最好.除此之外,任何配比以及单用均不如该配比效果好.冰硼散可加重该型口腔溃疡(伤口扩大至平均8mm左右),同时延长病程(较对照组延长2日).而进一步研究发现,在外用甘黄1∶2的同时内服黄芪粉,可进一步缩短病程(平均缩短1日).因此,甘黄疗法对脾阳虚型口腔溃疡小鼠效果明显好于肾阴虚型.另外,在外用甘黄药物的同时口服黄芪粉效果更加显著.     

针刺加火针疗法治疗乳腺增生病54例临床观察

目的观察乳腺增生病的治疗效果。方法对54例乳腺增生病患者施行针刺加火针疗法治疗,并做分析总结。结果所有患者均施行针刺加火针疗法治疗,经1~6个疗程的针刺治疗和火针疗法治疗,有效率92.6%。结论针刺加火针疗法治疗乳腺增生病是一种有效的方法。