拓跋鲜卑与四个北方少数民族间亲缘关系的遗传学分析

为了从整体上了解拓跋鲜卑的遗传多态性及其对中国北方少数民族起源的影响,对33例东汉到魏晋时期的拓跋鲜卑遗存的线粒体DNA进行了遗传学分析.结合已发表的中国北方少数民族的数据,在遗传多态性、单倍型组分布状态、Fst遗传距离、系统发育和多尺度分析等方面,对拓跋鲜卑和四个北方少数民族(鄂伦春、鄂温克、达斡尔和蒙古)之间的亲缘关系进行了探讨.结果表明:在多态性方面,拓跋鲜卑表现为与北亚类型具有相似性;在和北方少数民族的亲缘关系上,拓跋鲜卑首先表现出与鄂伦春人之间有更近的亲缘关系,其次是蒙古人、鄂温克人,再次是达斡尔人.     

从分子生物学角度看鲜卑族的流向

通过比较内蒙古商都东大井墓地东汉时期拓跋鲜卑人群和内蒙古察右中旗七郎山墓地魏晋时期鲜卑人群与其他古今人群之间的遗传距离,并结合系统发育分析与多维度分析,来探讨鲜卑族的流向问题.结果表明,鲜卑与现代的锡伯族有最近的亲缘关系.暗示随着鲜卑族的迁移与汉化,虽然其主体人群最终融入到汉族中,但是并未南下与汉族融合的鲜卑人的一支,可能发展成为现在的锡伯族.     

黑线仓鼠与大仓鼠线粒体DNA控制区全序列SNPs分析

以华北地区大仓鼠和黑线仓鼠为研究对象,运用第三代DNA分子标记SNPs(single nucleotide polymorphisms)技术,研究了其线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)全序列的单核苷酸多态性.结果表明:在黑线仓鼠和大仓鼠种群中共检测到11个单倍型,22个多态位点,其中只有2个是颠换,其余都是转换.不同种群的核苷酸多态性不同,种群内的核苷酸多态性小于种群间的核苷酸多态性.线粒体DNA D-loop全序列适合作黑线仓鼠和大仓鼠的核苷酸多态性和遗传进化关系的分析.     

西藏马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

对西藏拉萨和泽当两个地区23匹西藏马的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)部分片段进行序列分析, 检测出16个单倍型, 包括32个核苷酸多态性位点(其中转换位点31个, 缺失位点1个), 占所分析位点总数的9.27%. 单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)分别为0.93±0.04和2.51%±0.16%, 表明西藏马的遗传多样性较丰富. 基于23匹西藏马序列以及现代欧亚马群的mtDNA序列, 进行了系统发育分析和多维尺度分析. 结果表明, 西藏马在母系遗传关系上与近东、 中亚以及欧洲家马有较近的亲缘关系, 与东亚的蒙古马以及韩国马亲缘关系较远.     

牛亚科3个主要家养牛种MyoG基因多态性及其遗传分化

对普通牛(鲁西牛、渤海黑牛)、天祝牦牛和中国广西水牛的MyoG基因部分核苷酸序列变异进行了分析,旨在揭示不同牛种群的DNA多态性及其遗传分化.采用PCR和DNA直接测序技术获得4个牛群体的MyoG基因exon 1和5’侧翼部分序列,与GenBanK公布的牛亚科动物同源序列作比对分析.结果显示,在渤海黑牛和牦牛未发现多态位点;鲁西牛存在1个多态位点,定义了2个单倍型;水牛有6个突变位点,但群内只发现1个多态位点.核苷核苷酸多样性(Pi)在0.000 00～0.001 35之间,说明群体内遗传多态性程度较低。核苷酸歧义度(Dxy)以水牛与鲁西牛之间比较最高,为0.013 97,表明水牛遗传分化明显.种系进化树分析表明,牦牛与普通牛亲缘关系很近,二者与水牛关系较远,支持将牦牛归为牛属(Bos)的一个亚属或一个种的观点.     

黑线姬鼠线粒体DNA控制区的序列测定及分析

以黑线姬鼠肝脏组织为材料提取线粒体DNA,并以此为模版定向扩增D-loop区．克隆后测序得到的全序列大小为852bp．选取其相对保守序列与欧洲大陆同种黑线姬鼠进行序列比较,发现2个同种不同域的黑线姬鼠亲缘关系很近．通过比较突变位点出现的位置可以推断黑线姬鼠线粒体DNA控制区可分ETAS,central,CSB3个区域．由中心区最为保守这一原则,推测出central区大体位置,central区两侧则为ETAS和CSB区．     

基于cytb基因分析建昌马和安宁果下马的遗传多样性和起源进化

为探索建昌马和安宁果下马的遗传多样性和亲缘关系,试验从建昌马(n =40)和安宁果下马(n =4)的抗凝全血中提取基因组DNA,用PCR扩增线粒体DNA cytb基因全序列并直接测序.结果显示,在44匹马中检测到cytb基因的45个变异位点并鉴定出20种单倍型,其中H1为优势单倍型;建昌马的单倍型多样性(Hd)、核苷酸...     

乌金猪mtDNA D-Loop区的遗传多样性

为揭示乌金猪3个地方类群遗传多样性及其分布情况.以乌金猪的3个地方类群凉山猪、大河猪和柯乐猪为对象,研究了线粒体DNA Ｄ环高变区（mtDNA D-loop HVI）的序列多态性.研究表明,在全长290 bp的核苷酸序列中共检测到46个突变位点,其中简约信息位点为5个,单一多态位点为37个,其中以A/G突变为主.凉山猪的3个类群（昭觉、美姑、西昌）首先聚为一类,然后凉山猪与大河猪聚为一类,最后凉山猪与柯乐猪聚类.3个地区的乌金猪有2个母系起源,大河猪与凉山猪为一个母系起源,柯乐猪为另一个母系起源.就总体而言,乌金猪的各地方类群凉山猪与大河猪遗传亲缘关系最近,其次是柯乐猪,有2个母系起源.     

陶家寨墓地M5号墓主线粒体DNA片段分析

以青海省西宁市陶家寨墓地M5号墓中的14个个体的牙齿样本为研究对象进行线粒体DNA研究.考古学研究表明该墓葬年代为东汉-魏晋时期(距今2000 a左右),并可能为家族墓地.通过对该墓地的14个个体的高可变一区(HVRⅠ),高可变二区(HVRⅡ)测序及扩增片段长度多态性(APLP)分型,共检出8个单倍型,分属于A,B,D,Flc,Z和M,6个单倍型类群.与周边地区的古代人群相比较,实验样本与同一地区距今约4000 a前的喇家古人群在遗传结构上具有一定的连续性.而与现代人群比较发现,实验样本与羌族人群有较近的亲缘关系.     

陕西秦巴山区中华蜜蜂线粒体DNA的遗传多样性

为研究陕西秦巴山区中华蜜蜂遗传多样性,对陕西秦巴山区20个地理种群的200群中华蜜蜂线粒体DNA tRNAleu~COⅡ基因片段进行测序分析。结果显示:线粒体DNA基因片段长度为349bp,其中包括90bp非编码区和259bp的COⅡ部分序列,A+T含量大于85%,表现出A+T偏倚性;共检测到25个变异位点和29种单倍型,单倍型多样度为0.680±0.037,核苷酸多样度为0.002 94±0.000 25;聚类分析发现陕西秦巴山区中华蜜蜂各地理种群间未发生明显遗传分化,与北京、吉林、甘肃等地及日本东方蜜蜂亲缘关系也较近,而与印度东方蜜蜂亲缘关系较远。     

内蒙古和林格尔东周时期古代人群的分子遗传学分析

对10个古代个体的线粒体DNA高可变Ⅰ区进行了扩增和测序. 基于和林格尔古代人群与现今相关欧亚人群的mtDNA序列， 进行了系统发育分析和多维尺度分析. 研究结果表明, 和林格尔古代人群在母系遗传上与现在北亚人群的亲缘关系最近. 结合考古学、 人类学以及分子生物学的研究， 推断这个古代人群是从蒙古高原以及外贝加尔地区南下迁移至今天的内蒙古和林格尔地区的游牧人.     

饮牛沟墓地古人骨线粒体DNA的研究

对内蒙古饮牛沟战国时期墓地的古代人群（Yng古代人群）进行分子生物学研究, 获得了线粒体高可变一区DNA序列, 初步确定了单倍型归属并搜寻其共享序列, 与现代人群对比构建系统发育树和多维尺度分析. 结果表明, 饮牛沟古代人群与现代东亚人群在母系遗传关系上较近.     

Molecular biological analysis of remains from Jiangjungou Cemetery in Inner Mongolia

The 364-bp nucleotide sequence in hypervariable region I (HVRI) of mitochondrial DNA is successfully amplified from 9 out of 11 individuals of an ancient population buried in the Jiangjungou Cemetery in Inner Mongolia dated back to the Warring States Period in China. Nine fragments with different variations are obtained. A phylogenetic tree and a multidimensional scaling (MDS) plot are constructed using mtDNA sequences from the ancient population and several modern Asian populations. The results show that ancient population shares a closer genetic relationship with East Asian populations than with North and Central Asian populations. The genetic and historical evidence raise the possibility that the population might be the immigrants from Zhongyuan area, sent by the King Wuling of Zhao State to guard the nation against the attack from Huns.     

4个群体西太公鱼mtDNAD—loop区段的限制性片段长度多态性分析

应用PCR技术对天津市于桥水库、北京市密云水库、日本北海道和日本青森县4个群体共151尾西太公鱼（Hypomesusnipponensis）的mtDNAD-loop区段进行扩增,得到长度约为1．8kbp的扩增片段．扩增出的DNA片段使用13种核酸内切限制酶进行酶切,其中8种核酸内切限制酶（AluI、DraI、HaeⅢ、Hindm、HinfI、MboI、TaqI和XspI）有酶切位点,5种核酸内切限制酶（AluI、HinfI、MboI、TaqI和XspI）个体间存在变异．不同酶切结果组合后,共得到28种单倍型,于桥水库、密云水库、北海道和青森西太公鱼均以单倍型6为主,分别为36．36％、38．30％、43．33％和26．67％;于桥水库、密云水库、北海道及青森西太公鱼单倍型多样性指数（危）分别为0．8171、0．8141、0．7793和0．8828;核苷酸多样性指数Or）分别为0．007918、0．007326、0．007255和0．009710．于桥水库西太公鱼与密云水库西太公鱼之间的Rogers遗传距离最小,为0．1499;于桥水库西太公鱼与日本青森西太公鱼之间的Rogers遗传距离最大,为0．2215;日本北海道西太公鱼与密云水库西太公鱼之间的遗传距离为0．1511,大于于桥水库西太公鱼与密云西太公鱼之间的遗传距离,但小于日本境内北海道西太公鱼与青森西太公鱼之间的遗传距离．     

古代契丹与现代达斡尔遗传关系分析

对23个契丹人骨样本线粒体第一高可变区(364 bp)进行了扩增和测序, 得到22个不同序列. 构建了契丹、 达斡尔及对比人群的系统发育树, 结果明, 契丹与外蒙的遗传关系最近, 与达斡尔的遗传关系也较近; 契丹与达斡尔的序列在突变位点和突变率上存在较大差异. 表明虽然契丹与达斡尔之间存在较近的亲缘关系, 但达斡尔不一定是契丹的直接后裔.     

基于MHCⅡ类B基因的凹耳臭蛙(Odorrana tormota)种群遗传分化模式

利用II类MHC基因单基因座位Odto-A作为分子标记,对皖南山区凹耳臭蛙6个种群的遗传多样性和遗传分化进行研究.结果显示,皖南凹耳臭蛙总的基因多样性为0.812,核苷酸多样性为0.018.局域种群单倍型多样性变化范围为0.531-0.864,香溪种群单倍型多样性最高,最低的是漳河种群.与线粒体cyt b基因所揭示的单倍型多样性差别不大,但B基因的核苷酸多样性较之线粒体cyt b基因的高达一个数量级.暗示MHC基因丰富的核苷酸多态性可能与其病原体抗性多样性密切相关.分子变异分析结果显示,皖南山区凹耳臭蛙种群MHC II类B基因遗传变异主要来源于种群内,种群间发生了显著的遗传分化(Fst=0.05644,P=0.00391).成对种群间的遗传分化分析结果显示,直线距离最近的浮溪和香溪种群间也发生了显著的遗传分化,暗示这两个种群经历了不同的选择压力.受平衡选择的作用,MHC基因与基于中性分子标记所揭示的遗传格局不同,基于MHC基因的种群遗传分化与水系和直线地理距离均没有明显的相关性,而与种群所经历的选择压力密切相关.结果表明皖南凹耳臭蛙不同局域种群所经历的环境病原体的选择压力存在时空变异.     

长江上游鲢群体遗传多样性和遗传分化

为了解三峡大坝、向家坝等水电工程建设后长江上游鲢群体的遗传多样性和遗传分化，利用线粒体细胞色素b（Cyt b）基因分析了长江上游向家坝库区（邵女坪）、三峡库区干流（巴南、丰都、万州、太平溪）及支流（箭滩河、嘉陵江、小江）等8个鲢群体的遗传多样性、历史动态及群体之间的遗传分化．结果表明:长江上游鲢群体的遗传多样性较高，单倍型多样性为0.770~0.876，核苷酸多样性为0.687%~1.967%；8个群体的错配分析图都呈双峰分布，中性检验Tajima’s D和Fu’s Fs值均为正值或统计上不显著的负值，表明长江上游鲢群体在历史上较为稳定；分子方差变异分析（AMOVA）显示，长江上游鲢群体的遗传变异主要来自群体内部（95.87%），仅有4.13%的变异来自群体之间；群体之间的遗传分化指数F_ST显示，箭滩河群体与太平溪、小江群体之间存在显著的遗传分化，其他群体之间遗传分化不显著；Mantel检验显示，群体之间的遗传分化程度与地理距离远近无相关性；单倍型网络图显示，长江上游鲢群体没有形成明显的系统地理格局．建议加强长江上游鲢遗传资源保护，将产生分化的群体作为不同的管理单元进行保护．      

福建近海蓝圆鲹群体遗传结构分析

测定了福建近海蓝圆鲹(Decapterus maruadsi Temminck&Schlegel)2个群体共60尾个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列,探讨了闽东和闽南群体遗传结构和遗传多样性.结果显示:获得长度为834～838 bp的控制区部分序列,在所测的60个样本中,共检测到23个变异位点,定义了28个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.948±0.0145,核苷酸多样性(π)为0.004 99±0.002 79,核苷酸差异数(K)为4.173±2.104,提示了福建近海蓝圆鲹具有较高的遗传多样性水平.构建的单倍型邻接关系树没有明显的以地理群体为单位的家系式分支出现,单倍型网络图也未显示出单倍型和地理位置的对应关系.Tajima's D和Fu's Fs中性检验及核苷酸不配对分析暗示了蓝圆鲹闽南群体在63 000年前可能发生过扩张事件,而闽东群体符合中性理论进化,2个群体不同的历史动态可能是由于小冰河期海区间的气候差异和闽东群体的过度利用所致.分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异全部存在于群体内,2个群体间具有紧密的基因流和较低的遗传分化,群体问和群体内的Kimura双参数遗传距离均较小.可知:福建近海蓝圆鲹遗传多样性较高,闽东和闽南群体的遗传结构相似,不存在显著的遗传分化.因此,建议将闽南渔场和闽东渔场作为一个种质资源评估、管理和保护单元.     

新疆扎滚鲁克古代人群的线粒体DNA分析

从15例扎滚鲁克古代人牙齿样本中提取扩增线粒体DNA, 确定其单倍型归属, 并结合相关现代人群进行了系统发育分析和多维尺度分析. 结果表明,扎滚鲁克古代人群与现代中亚人群有较近的母系遗传关系, 是欧亚混合人群. 与以前的新疆古代人群研究相比, 该人群东部欧亚序列的成分明显增多, 这可能与人群所处的地理及历史时代相关.