一种直接用于PCR分析的风沙土微生物总DNA提取方法

以风沙土为材料,直接提取土壤微生物DNA.采用SDS—溶菌酶—CTAB—蛋白酶K和液氮反复冻融法裂解细胞得到DNA粗提液,以PEG对其纯化.结果表明,SDS—溶菌酶—CTAB—蛋白酶K和液氮反复冻融法裂解细胞可获得大片段的DNA,提高DNA产率.每克干土的DNA提取量为0.586～1.311μg.所提DNA片段在23Kb以上.PEG可有助于去除DNA中腐植酸,DNA不作回收纯化即可作为模板进行16SrDNAPCR扩增.SDS—溶菌酶—CTAB—蛋白酶K和液氮反复冻融裂解细胞、PEG纯化DNA的方法组合是一种简便的适合风沙土微生物总DNA的提取方法.     

柴胡与4种伪品的DNA指纹研究

目的建立中药柴胡及其常见伪品数字指纹,并用于柴胡鉴别研究.方法采用改良CTAB法、SDS法和改良SDS法提取柴胡及其伪品基因组DNA,随机引物PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳分离PCR扩增产物,对琼脂糖凝胶电泳结果进行数字处理.结果改良SDS法提取DNA纯度优于SDS法和改良CTAB法;琼脂糖凝胶图谱转化成数字指纹.结论运用改良SDS法能够提取到纯度较高的基因组DNA,数字指纹更直观、易懂.     

内蒙古荒漠草原土壤微生物DNA提取方法的研究

利用三种提取方法从内蒙古荒漠草原土壤样品中提取了土壤微生物DNA,得到的DNA片段长度在23 kb以上,提取效果较好无降解.采用试剂盒直接纯化、凝胶回收试剂盒纯化、玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化这三种方法对粗提液进行纯化,结果显示:凝胶回收试剂盒纯化后DNA纯度最高,试剂盒直接纯化可得到较纯的DNA,而玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化的效果不佳,不宜进行后续的PCR扩增.以纯化的土壤微生物DNA为模板扩增了细菌16SrDNA,扩增产物分子量为1.5kb左右.通过比较研究提出了一种适合于从荒漠草原土壤中进行微生物DNA提取、纯化及PCR扩增的有效方法.     

体外培养瘤胃微生物总DNA的提取与纯化

主要目的是寻找一种能最大限度获取所有类型的瘤胃微生物大片段DNA的提取方法,为后期分子生物学技术研究瘤胃微生物奠定基础。采用液氮冻融+溶菌酶+CTAB和SDS相结合的方法处理瘤胃样品并充分破壁,再采用酚/氯仿/异戊醇抽提、异丙醇沉淀获得DNA粗提物,经过试剂盒纯化后得到瘤胃微生物DNA样品。经特异性引物PCR检测,本方法所提取的DNA包含细菌、古细菌、真菌及原虫四类微生物信息。因此,采用该方法提取的DNA可用于后期实时定量PCR或DGGE等研究。     

扩展青霉(Penicillium expansum)PF898基因组DNA提取方法的比较

利用CTAB法、SDS改进法和SDS快速法3种DNA提取代表性方法,对扩展青霉(Penicillium expansum)PF898基因组DNA的提取进行比较研究.CTAB法提取的DNA样品纯度最高,SDS裂解法制备的DNA得率最高;CTAB法和SDS改进法所得DNA都可直接应用于限制性酶切分析;3种方法所提取的DNA均能满足扩展青霉PF898脂肪酶基因和18S rRNA的PCR扩增.总体而言,SDS法简便、快速、得率高,是一种理想的扩展青霉基因组DNA提取方法.     

岩陀DNA提取方法研究

以岩陀植物嫩叶为材料,用不同方法对岩陀叶片DNA进行提取,比较提取的质量差异,寻找适合岩陀叶片总DNA的提取方法,以满足多基原民族药岩陀DNA条形码识别系统构建的研究需要。采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、改良的CTAB法、十二烷基硫酸钠(SDS)法及碱裂解法提取岩陀叶片总DNA,利用琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法及PCR扩增效果检查DNA提取的质量。结果显示四种方法均能从岩陀植物叶片中提取到基因组DNA,改良CTAB法提取的DNA纯度和完整性明显好于其他方法,且采用此法进行PCR扩增获得的目标条带明亮单一,扩增效率达到100%。改良的CTAB法是岩陀叶片总DNA的提取中最为合适的提取方法,能够满足后续DNA条形码的研究需要。     

海洋底泥环境DNA提取与纯化方法比较研究

为了探索有效的海洋底泥宏基因组DNA提取与纯化方法,分别采用CTAB结合SDS法、CTAB结合玻璃珠法、SDS结合蛋白酶K法和SoilMasterTM试剂盒法提取海洋底泥宏基因组DNA,用柱式腐殖酸清除试剂盒法与电洗脱法纯化宏基因组DNA,并对宏基因组DNA的产量与纯度进行评价.结果表明:SDS结合蛋白酶K法提取率最高,DNA片段完整;SoilMasterTM试剂盒法与CTAB结合SDS法次之;CTAB结合玻璃珠法有严重降解;电洗脱法可以得到高纯度、大于42kb宏基因组DNA片段.因此,SDS结合蛋白酶K法和电洗脱法提取纯化海洋近海底泥宏基因组DNA优于其他方法.     

不同保存方式下金龟甲虫DNA提取方法及28S rDNA序列分析

通过电泳检测和PCR扩增28SrDNA核基因序列的结果,比较了无水乙醇、75%乙醇、针插干制3种金龟甲虫标本的保存方式和SDS-蛋白酶K法、CTAB法、饱和NaCl法3种提取DNA方法.结果显示,SDS-蛋白酶K法、CTAB法提取3种保存方式的标本时,可成功提取DNA并有效扩增目的基因;饱和NaCl法仅能提取无水乙醇保存标本的DNA并扩增目的基因,而75%乙醇保存标本和干制标本的DNA提取和基因扩增均不理想.     

彭泽鲫养殖池塘不同生境微生物基因组DNA的提取

比较3种DNA提取方法(溶菌酶法、CTAB法及珠磨法)对养殖池塘几种生境(底泥、饲料、彭泽鲫肠道内容物及肠道壁)菌群PCR-DGGE分析的影响.结果表明,以3种提取方法获得的DNA为模板均能进行16SrDNA V3区特异性片段扩增,但不同DNA提取方法对池塘不同生境菌群DGGE指纹图谱存在显著影响;人工养殖的彭泽鲫肠道内容物菌群与肠道壁的菌群存在一定的相似性,肠道内容物菌群比肠道壁菌群丰富.     

濒危植物翅果油树DNA的提取方法及纯度检测

为从翅果油树(Elaeagnus mollis Diels)叶中提取高质量的基因组DNA,用PVP和TNE洗液预处理样品并筛选出合适的清洗次数,比较了SDS法、CTAB法和改进CTAB法3种DNA提取方法.结果表明:TNE和PVP预处理三次并且采用改进的CTAB法更适合于翅果油树基因组DNA提取.该方法提取的DNA经紫外分光光度法检测,其A260/A280为1.82,优于CTAB法(1.59)、SDS法(1.00).琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增结果也得出同样的结论.