具有较高基因沉默效应的siRNA设计

详细说明了如何通过对特定基因mRNA序列进行分析设计具有较高基因沉默效应的siRNA方法．并应用该方法针对小鼠早幼粒细胞自血病基因pml3设计相应的siRNA．通过RT—PCR和Western Blot的方法．验证了其对pml3基因表达的抑制效果，实验证明通过我们提出的方法所设计的siRNA具有较高的基因沉默效应．     

PC12细胞诱导的神经缺血细胞Smad7-siRNA及沉默效果的检测

目的探讨诱导PC12细胞分化的神经细胞靶向沉默Smad7基因特性,同时进行沉默效果检测.方法以Smad7基因为靶目标,设计合成3条siRNA序列,进行细胞转染,利用Real time-PCR和Western blot技术检测沉默效果,筛选出最有效的干扰序列,同时检测出最佳的转染浓度和转染时间.结果针对Smad7基因设计合成及筛选出靶向沉默Smad7基因的干扰序列(siRNA1);siRNA1的最佳转染浓度是4μg/mL;siRNA1的最佳转染时间是24 h;siRNA1对Smad7的抑制效果优于其他干扰序列.结论 siRNA1能有效沉默Smad7基因;lipofectamineTM2000可成功将siRNA1转染至神经细胞,转染效率较高;利用siRNA技术能有效抑制神经细胞.     

融合多机器学习方法的siRNA在线设计系统

siRNA设计是RNAi研究中的一个重要部分。由于靶向基因可分割成数以千计的候选siRNA,找到其中最有效的siRNA具有一定的挑战性。本文融合特征分析研究成果和多机器学习方法,设计并实现了一个siRNA在线设计系统。将目标RNA的二级结构作为影响siRNA干扰效率的评分因素,以挑选靶向合适位置的siRNA序列。对于给定的目标基因,系统经过设计得出若干高效siRNA序列的沉默效率及其相关信息。实验测试结果表明,本系统具有较高的siRNA有效性预测精度。     

siRNA干扰Survivin基因对结肠癌生物学特性影响

向结肠癌SW480细胞中导入针对Survivin基因的siRNA,研究RNA干扰对SW480细胞增殖和凋亡的影响,为结肠癌的基因治疗提供实验依据,同时寻求新的、有效的RNA干扰片段.设计3条特异性干扰靶向Survivin基因的siRNA,转染24,48,72h后,Western蛋白印迹法检测Survivin蛋白变化,同时噻唑蓝(MTT)法检测细胞增殖.3条siRNA分别作用于SW480细胞,转染24,48,72h后,3组Survivin蛋白表达均出现下调(P<0.05),在48h时达到顶峰,抑制率分别为66.5%±2.1%,49.6%±2.8%和47.8%±3.1%,差异具有统计学意义(P<0.05);MTT法显示Survivin基因沉默后,细胞增殖受到明显抑制.脂质体所介导的体外Survivin siRNA,能有效地沉默结肠癌细胞的Survivin基因,从而抑制结肠癌细胞的增殖和促进细胞的凋亡,特别是针对保守区域设计的靶向siRNA.干扰效果更为显著.     

在Hep G2细胞中利用siRNA沉默GFP基因的实验探讨

目的:通过探讨小分子双链RNA(siRNA)通过RNA干扰(RNAi)机制沉默肝癌细胞株Hep G2荧光素报告基因GFP的各项生物学指标,为进一步实验和临床研究提供依据.方法:通过体外实验,对siRNA和siRNA脂质体的稳定性和细胞毒性进行评估;通过荧光标记技术,研究不同时间siRNA脂质体的转染效率;通过荧光显微镜下观察转染细胞和RT-PCR检测靶基因mRNA表达,确定不同种类、形式、剂量的siRNA对靶基因的沉默效能.结果:在空白培养液中,siRNA和siRNA脂质体可稳定至4h,在5%血清中2～4h后明显降解;100nM的siRNA和siRNA脂质体无明显细胞毒性;siRNA脂质体转染细胞株的效率随时间不同而不同,4h可达90%;非特异性siRNA/脂质体无沉默靶基因表达作用,特异性siRNA/脂质体对靶基因的沉默作用在一定范围内随剂量升高(20nM、50nM、100nM)而升高.结论:siRNA的稳定性可满足实验需要,且无明显细胞毒性,特异性siRNA转染肝癌细胞株能有效抑制靶基因表达,用脂质体转染可提高转染效率.siRNA通过RNAi机制沉默靶基因表达,为肿瘤的治疗和基础研究提供了新的工具和思路.     

BGC-823细胞中慢病毒途径针对HIF-1α基因的RNAi实验

目的：构建人HIF-1α基因的shRNA慢病毒载体、包装生产重组慢病毒颗粒,病毒途径高效感染胃癌细胞株BGC-823,并验证基因沉默效率。方法：在NCBI数据查找人HIF-1α基因序列,然后使用siRNA在线设计软件,设计针对基因CDS区的3条siRNA序列及Negative序列。根据设计好的siRNA序列设计双链互补的shRNA-Oligo DNA,退火形成双链后与线性化载体链接,构建shRNA重组表达载体。经由293TN细胞包装shRNA重组慢病毒颗粒,随后使用重组病毒感染BGC-823,通过荧光标记蛋白GFP确定感染效率后收集细胞样本,分别采用Real-time PCR和Western blot方法检测靶基因在mRNA和蛋白质水平的沉默效率。结果：shRNA重组表达载体测序结果与设计序列完全一致,包装病毒后滴度达到1×104 ifu/μL。慢病毒感染BGC-823细胞取得了极高的基因转导效率。mRNA检测结果显示,siRNA3对于对与目的基因的沉默效果最好,较阴性对照序列组相比较,mRNA的表达量下降了92%,Western blot检测的结果与mRNA检测结果完全相符合。结论：通过慢病毒途径,可以在BGC-823细胞中高效的进行HIF-1α基因的沉默。     

RNA干涉及其在肿瘤研究中的应用

RNAi是双链RNA介导的转录后基因沉默的过程，是一种高效的高特异性抑制基因表达的新途径。通过双链小干涉RNA(siRNA)与一系列蛋白质结合形成siRNA诱导的沉默复合体(RISC)并活化，然后，RISC对靶基因进行识别、降解。与反义方法相比，siRNA具有更好的抑制效果。RNAi的应用将为癌症的基因治疗提供新的方法。     

RNAi技术研究进展

RNAi是由双链RNA引起的基因沉默现象，它通过降解具有同源序列的mRNA起作用，特殊设计的siRNA能使目的基因发生特异性沉默．目前，获得siRNA已经非常方便，导入方式最常用的是微注射．RNAi技术有编码区RNAi和启动子区RNAi两大类，均可以产生类似基因敲除的功能。在家蚕功能基因的研究中已经使用了这种方法．随着RNAi技术的不断进步，RNAi可广泛地应用到功能基因组学，药物靶点筛选，疾病治疗等方面．     

靶向hnRNP K基因siRNA的筛选及其对精原细胞存活的影响

利用免疫细胞荧光、RNA干涉(RNA interfere,RNAi)、qRT-PCR、Western blot及细胞计数等方法,设计合成三对小分子干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)(siRNA-hnRNP K-1,2,3),对小鼠精原细胞中内源性的不均一性核糖核蛋白K(Heterogeneous ribonucleoproteins K,hnRNP K)进行敲低并对其沉默效率进行筛选,研究其对小鼠精原细胞存活的影响.结果表明,siRNA-hnRNP K-3对小鼠精原细胞具有80%以上的沉默效率,转染后发现细胞数目明显减少,说明沉默hnRNP K基因的表达对小鼠精原细胞的存活有显著影响.     

布鲁菌感染细胞NF-κB的表达水平检测及其干扰方法研究

目的本文针对布鲁氏菌侵染宿主细胞过程中NF-κB的表达进行检测,并比较siRNA和shRNA对RAW264.7细胞中NF-κB表达沉默效果。方法根据NF-κB P65基因序列,设计siRNA干扰序列,通过干扰RAW264.7细胞筛选效率较高的siRNA设计shRNA序列,siRNA和shRNA同时干扰布鲁氏菌侵染的RAW264.7细胞,使用RT-PCR方法检测NF-κB P65基因的相对表达情况。结果与阴性对照mock组相比,P65-shRNA组表达降低;P65-siRNA组P65表达低于P65-shRNA组,均低于阴性对照mock组;布鲁氏菌侵染组,P65表达显著高于阴性对照组。结论布鲁氏菌侵染组促进了NF-κB P65的表达,P65-shRNA、P65-siRNA组均抑制了NF-κB P65的表达,siRNA可作为基因沉默中快速筛选的工具,在RNA干扰的应用中可与shRNA配合使用。