钯卟啉与RNA相互作用的室温磷光研究

研究水溶性金属卟啉配合物与核酸的相互作用方式,对获得核酸的碱基序列和识别核酸的结构进而设计新型药物具有重要意义[1].Pd-TAPP分子与DNA有相互作用[2],RNA分子具有与DNA相似的局部双螺旋区域,推测Pd-TAPP也会与RNA相互作用.     

金属离子与核酸相互作用的量子化学研究—势函数法

用离子-分子相互作用势函数,以Li~+,Na~+,Be~(2+),Mg~(2+)和(OH)_2PO_2~-形成的金属阳离子-磷酸阴离子络合物为模型,研究金属离子与核酸的相互作用。计算的相互作用能表明,由于金属离子对磷酸阴离子电荷分布的极化,使核酸构象发生改变。其阳离子作用顺序为Na~+相似文献   

非嵌插类药物与DNA作用的分子机制

本文概述了非嵌插类药物与DNA作用的分子机制,考察了DNA螺旋小沟结合药物的碱基序列特异性,药物-DNA相互作用的性质和相互作用能,以及研究药物与DNA作用分子机制的意义。     

七叶苷与牛血清白蛋白相互作用的分子对接研究

采用分子对接方法研究了药物小分子七叶苷与牛血清白蛋白(BSA)之间的相互作用,获得了七叶苷与BSA的结合模式信息.分子对接结果表明,七叶苷分子与蛋白活性空腔内的氨基酸残基形成疏水作用和氢键作用.这些基团之间的相互作用是七叶苷与BSA稳定结合的关键因素.研究结果可为相关实验研究提供微观结构信息.     

分子元素与功能核酸分子

 介绍了"分子元素"概念。论述了核酸适体的筛选及其作为大分子药物的应用价值,概述了人工碱基的合成及进展;探讨了脱氧核酶的作用原理,分析了分子信标、分子马达在生物传感、生物合成、生物药物研究等方面的应用前景,展望了核酸分子研究领域的前景及面临的挑战。     

蛋白质-核酸复合物氢键与范德华力作用位点分析

为了深入了解蛋白质-核酸相互作用模式,对复合物结构中氢键/范德华力作用力位点上的氨基酸和核苷酸的偏好性(即相对使用频率)进行了统计分析.结果表明:氢键/范德华力作用位点上对氨基酸的偏好性差异均极其显著,与蛋白质-核酸特异作用密切相关的残基侧链与核苷酸碱基间相互作用力位点对氨基酸类型的选择特异性更高;单链RNA分子与蛋白...     

槲皮素与碱基相互作用的研究

槲皮素是一种具有较好抗肿瘤作用的黄酮类化合物.研究槲皮素与生物分子间的相互作用对药理学和新药的研发工作有着重要的意义.基于这一理念,在M06-2X/6-311++G(d,p)水平研究了甲基化的腺嘌呤、甲基化的胸腺嘧啶和甲基化的尿嘧啶等模型分子与槲皮素分子间的相互作用.通过计算槲皮素分子与模型生物分子间相互作用能并与相应的Watson-Crick型碱基间相应能量进行比较,从理论上初步探讨了槲皮素分子干扰核酸生物合成这一抗癌机制的可能性.研究结果表明:槲皮素分子QU1,QU2和QU5位点与碱基腺嘌呤之间的相互作用强度较强.从理论上讲,该分子可以实现对基因的复制或表达等过程的干扰.从这一角度讲,槲皮素分子具有阻断细胞繁殖、干扰遗传信息表达的作用.     

分子间S…O和S…S键的量子化学研究

采用量子化学方法研究了SX_2(X=F,Cl,Br,I)与H_2CO,H_2CS作用形成的分子间的S…O和S…S弱相互作用.结果表明:SX_2…H_2CO和SX_2…H_2CS双分子复合物的稳定性均随着取代基X电负性的减小而降低,这与分子间的距离、相互作用能的影响结果一致,即SX_2分子中的中心原子S上的吸电子基团越强,相互作用能就越大,分子间的距离就越小.能量分解表明复合物的形成主要源于分子间的静电作用.电子密度拓扑分析表明分子间的S…O和S…S键作用均属于闭壳层的非共价作用.     

诺氟沙星一铽(Ⅲ)与核酸的相互作用研究及其应用

研究了诺氟沙星-铽(Tb3+)络合物与核酸(DNA)的相互作用,据此建立了核酸的测定方法,讨论了诺氟沙星-铽与DNA分子之间的结合方式.     

红霉素与DNA相互作用的电化学研究

采用循环伏安法和交流阻抗技术研究了药物红霉素分子与DNA的相互作用。实验表明,红霉素在DNA修饰玻碳电极上有较强烈的吸附,可以与DNA发生相互作用,其作用模式为嵌入模式;通过交流阻抗技术,研究了红霉素在DNA修饰玻碳电极表面与DNA作用的表观异相电子转移速率常数kf,其结果与循环伏安实验的研究结论一致。通过该实验可以对红霉素的药物学性质以及药理作用提供理论依据。     

共振瑞利散射法测定核酸探针的发展及应用

共振瑞利散射（RRS）技术以其高灵敏度、高选择性、操作简便等优点广泛应用于核酸的研究及测定。该方法中，探针的应用与发展对于核酸的测定有至关重要的影响。综述近十几年来应用于该方法中的探针发展情况及其在测定核酸中的应用进展，并对今后的发展趋势作了展望。     

基于量子化学计算的乙烷、乙烯、乙炔水合物主客体间相互作用特性研究

天然气水合物是一种特殊的笼状化合物,水合物中的客体分子不同,主客体间的相互作用存在差异。为了分析烃类水合物中主客体间相互作用的特征,利用量子化学方法,对乙烷、乙烯、乙炔这3种客体分子占据Ⅰ型水合物T笼时的结构、相互作用能及C—C键伸缩振动频率进行研究,讨论了客体分子在水笼中的赋存形态,揭示了主客体间的相互作用机制。结果表明：客体分子占据T笼后,与占据前相比,T笼会发生微小的膨胀或收缩,客体分子的原子间距减小;通过能量分析,发现主客体间相互作用能(ΔE_host-guest)的大小顺序为：ΔE_T笼-乙烯<ΔE_T笼-乙烷<ΔE_T笼-乙炔,色散矫正的加入使主客体间的相互作用能增大;能量分解结果显示C原子的杂化方式对水合物的主客体间相互作用影响较大,随着客体分子中C原子的杂化方式由sp³→sp²→sp杂化,客体分子与水笼间的相互作用中静电作用先略微减弱、然后增强,色散作用逐渐减弱;与未占据T笼相比,乙烷分子占据T笼后C—C键伸缩振动频率增加了6.79 cm^-1,乙烯和乙炔分子占据T笼后C—C键伸缩振动频率分别减小了5.86 cm^-1和15.87 cm^-1。     

Stacking interaction in metal complexes with compositions of DNA and heteroaromatic N-bases

The current development in the intramolecular aromatic-ring stacking i nteractions in the complexes with compositions of DNA and heteroaromatic N-bases has been reviewed to a great extent, especially the significant contributions i n several important systems about ternary mixed-ligand complexes, including nucl eotide-metal ion-po- lyaromatic amine, amino acid-metal ion-polyaromatic amine, nucleotide-metal ion-pyridine-like aromatic amine, nucleotide-metal ion-amino ac id, nucleotide-metal ion-nucleic acid base, nucleic acid base-metal ion, and the important factors affecting the intramolecular aromatic-ring stacking interacti ons in the complexes. Based on the study of stacking interaction in the complexe s, the mechanism of interaction between DNA molecules and complexes of heteroaro matic N-bases has been established, which is crucial for the design and synthesi s of the complexes acting as molecular devices of DNA.     

鱼用核酸疫苗研究进展

核酸疫苗是20世纪90年代初发展起来的一种新型疫苗。虽然目前核酸疫苗的研究还处于试验阶段,却体现出巨大的优越性和应用前景。就核酸疫苗的作用机理、鱼用核酸疫苗的构建、接种的方法和途径、免疫效果以及安全性问题的研究作了概括。     

尿嘧啶-巴比妥酸分子间相互作用的密度泛函理论研究

采用密度泛函理论(DFT)中的B3LYP方法,在6-311G**理论水平上研究了尿嘧啶(U)和巴比妥酸(B)分子间的相互作用,以期从理论上预测巴比妥酸类物质对核酸产生的影响。优化复合物构型得到5个B1-U、4个B2-U、4个B3-U稳定构型,经基组重叠误差和零点振动能校正后,比较各复合物的相互作用能,可以得出复合物的主要存在形式有B2-U-3、B2-U-1、B1-U-3和B1-U-1。从NBO的分析得知B1-U、B2-U、B3-U系列复合物的稳定性顺序与氢键强度一致,即氢键的强度决定了复合物的稳定性,分析自然键轨道能揭示相互作用的本质。     

Interconversion of single and double helices formed from synthetic molecular strands

Synthetic single-helical conformations are quite common, but the formation of double helices based on recognition between the two constituent strands is relatively rare. Known examples include duplex formation through base-pair-specific hydrogen bonding and stacking, as found in nucleic acids and their analogues, and polypeptides composed of amino acids with alternating L and D configurations. Some synthetic polymers and self-assembled fibres have double-helical winding induced by van der Waals interactions. A third mode of non-covalent interaction, coordination of organic ligands to metal ions, can give rise to double, triple and quadruple helices, although in this case the assembly is driven by the coordination geometry of the metal and the structure of the ligands, rather than by direct inter-strand complementarity. Here we describe a family of oligomeric molecules with bent conformations, which exhibit dynamic exchange between single and double molecular helices in solution, through spiral sliding of the synthetic oligomer strands. The bent conformations leading to the helical shape of the molecules result from intramolecular hydrogen bonding within 2'-pyridyl-2-pyridinecarboxamide units, with extensive intermolecular aromatic stacking stabilizing the double-stranded helices that form through dimerization.     

基于随机 SEIR 模型比较不同筛查频率的核酸筛查效果

为了比较西安疫情期间两种核酸筛查频率的清零效果,提出了改进的随机 SEIR 模型,使用这种模型模拟疫 情的变化过程,然后分析比较一天一次核酸和三天一次核酸两者的清零效果;该模型加入了核酸筛查效果,建立了 考虑核酸筛查的随机 SEIR 模型,然后根据每日社区(不含隔离管控区域)新增患者人数使用线性回归对参数进行 求解,利用小批量随机梯度下降法和余弦调节器对参数的求解过程优化,最后利用参数和模型模拟疫情的发展变 化;对比模型一天一次核酸筛查阳性数量和实际数量,发现两者数量基本一致,所以该随机 SEIR 模型能够较好地 模拟疫情的变化;使用该随机 SEIR 模型模拟一天一次核酸筛查和三天一次核酸筛查,并且计算一天一次核酸筛查 和三天一次核酸筛查的核酸检测成本以及患者(仅计算核酸筛查发现和发病人群)的治疗费用,结果发现社区一天 一次核酸筛查比三天一次核酸筛查拥有更好的清零效果,而且一天一次核酸筛查的成本更低。     

胸腺嘧啶-巴比妥酸分子间相互作用的密度泛函理论研究

采用密度泛函理论(DFT)研究胸腺嘧啶-巴比妥酸(B)分子间相互作用,得到了15个稳定二聚体构型.在B3LYP/6-311G**水平上计算了各复合物的全电子波函数(WFN),利用AIM2000软件,通过电子密度拓扑分析法对各复合物进行了详细的拓扑性质分析,同时进行了相对能的计算.结果显示,分子间Y…H存在键鞍点,且电子密度和Laplacian量都落在氢键建议范围之内,由此证明这种弱相互作用主要由氢键贡献.