模式生物的外显子、内含子和基因间序列的识别

基于核酸序列在剪切位点上保守性、组分的不同和编码序列阅读框架的3周期性,模式生物全基因组序列分为外显子、内含子和基因间序列三类.三个标准离散源分别由64个三联体在整条序列上的概率和4个碱基序列首尾(剪切位点附近)共30个位点上的概率共同构成.某条序列的类型就由该序列的离散量同相应区间上三个标准离散量的离散增量确定.结果表明:具有184个信号参数的离散量预测比只有64个三联体参数的结果要高出5%,总体预测成功率:线虫为87.37%,拟南芥为91.08%,果蝇为92.28%,原核生物大肠杆菌的二种序列预测率为92.88%,酵母菌为94.88%.     

拟南芥和线虫外显子/内含子剪切位点的研究

将拟南芥(A.tha liana)和线虫(C.eleg ans)的基因序列中的外显子按第一外显子,中间外显子和最后外显子划分成三类.分别将外显子/内含子剪切位点、翻译起始和终止位点附近的三联体的3个位点作为3条子链,以各条子链的不同碱基个数作为离散源参数,共12个离散源参数,计算各类外显子离散量.用离散增量实现了对三种序列类型的预测,预测成功率都达到80%以上;并且统计了剪切位点附近的碱基相对频数,结果比较了由于三联体所取位置及个数不同而造成的对预测结果的差异,说明了剪切位点附近碱基的保守性.     

核酸序列非均匀指数(HI)的约化

考虑到在计算 H I值时 ,任何一种碱基在序列中出现的理论频数都应该大于 5 ,故而对原 H I公式进行了约化处理 ,并将约化后的 H I值与原 H I值作了对比 ,发现不同的约化方式所得到的 H I值在描述序列不均匀性时的效果是不同的 ,用编码区所偏好的约化语言进行约化后所得到的 H I值在应用于高 GC含量、中 GC含量以及总共的外显子和内含子的识别时 ,其效果要优于原 H I值     

内含子序列“三碱基组”的信息分析

在对编码序列的碱基分布作大量统计分析的基础上，对内含子序列中Ｇ、Ｃ的分布作了统计分析．发现内含子在“三碱基组”的意义下，第一位上（Ｇ＋Ｃ）含量占优势．如果将同一基因的外显子三联密码和内含子“三碱基组”做比较，发现在内含子中出现而外显子中没有的那些三碱基组，它们大多属于Ｌｉó所列出的“非偏爱”密码     

基因组的进化与内含子中的基因的进化

论述了基因组整体进化过程中内含子所含的基因的进化．分析了内含子的起源方式与内含子中的基因种类的关系,并结合基因组在大小、组成等方面进化过程中内含子的演化趋势,探讨了内含子中的基因,特别是核仁小分子ＲＮＡ基因的进化规律．同时,对于内含子中的基因的进化,提出了一些可能的途径．     

拟南芥外显子连接序列上最佳匹配片段的偏好

内含子序列通过与相应mRNA序列的匹配参与基因表达调控。采用Smith-Waterman局部比对方法,以拟南芥全基因组基因序列为基础,获得了内含子序列与其对应的外显子连接序列的最佳匹配片段。为了揭示两者之间的序列匹配特征,给出匹配频率在外显子序列上的分布。研究发现,匹配频率分布在外显子的边界存在显著差异,长内含子序列和第一个内含子序列对外显子连接序列的分布偏好明显区别于其他内含子序列。对于长片段、低GC含量以及高配对率的最佳匹配片段在外显子连接序列上游EJC(exon-exon junction complex)结合区域分布有明显的最小值。结果显示内含子序列和编码序列存在共同进化关系。     

植物基因组内含子与mRNA相互作用的保守性特征

以拟南芥、葡萄和水稻3种植物的基因序列为研究样本,采用Smith-Waterman算法进行局域比对后,获得mRNA序列和相应内含子序列之间的最佳匹配片段.然后分析了mRNA序列上最佳匹配片段序列特征及匹配频率的分布规律,同时分析了这种相互作用分布的保守性.研究发现,UTR区与内含子存在较强的相互作用,低GC片段倾向与3...     

预测线虫和酵母基因组中内含子、外显子及基因间序列的离散增量方法

把基因组中的内含子、外显子和基因间序列分为三类序列，从这些序列中取64种三核苷的重复出现次数作为离散源的状态参数，计算三类序列的标准离散量，比较待测序列的离散量与三个标准离散量之间的离散增量值，由离散增量的最小值决定待测序列属于哪一类．本文用离散增量方法对线虫和酵母序列进行预测，结果表明，对酵母内含子预测的敏感性为81．5％，对外显子预测的敏感性为88．5％、特异性为99．6％，对基因间序列预测的敏感性为65．4％、特异性为87．5％；若以在相同长度区间的序列为标准离散源，预测相应长度区间的序列，对线虫内含子的预测的敏感性为82．2％、特异性为94．2％，对外显子预测的敏感性为91．1％、特异性为97．5％，对基因间序列预测的敏感性为78．8％。     

线虫DNA序列沿染色体进化的非均匀性

选择了四个信息参量来刻画核酸序列的进化水平,研究线虫染色体全序列、基因序列和基因间序列的进化水平沿染色体的非均匀分布规律.结果显示各类序列的进化水平沿常染色体呈现明显的非均匀性和规律性.进化水平高的序列分布在染色体的两端,是进化活跃区,进化水平低的序列,分布在染色体的中部,是进化保守区;基因序列和基因间序列是协同进化的,在染色体上具有相同的分布规律;Ⅳ号染色体显示出了染色体形成的拼接模式,由此推断常染色体的形成与进化过程是先以一个进化保守序列为核序列,在其两端拼接其它的序列,通过序列间的协调和融合使之逐渐走向成熟;整个X染色体具有稳定的进化水平,进化模式与常染色体不同.     

老鼠基因组盒式外显子和内含子保留型可变剪接位点预测

老鼠和人类基因组的同源性超过90%,老鼠基因组的研究为人类基因组序列研究提供了参考数据.统计分析了老鼠盒式外显子和内含子保留型剪接位点附近的序列保守性特征,并据此分别利用基于多样性指标的支持向量机和二次判别法对老鼠基因组中这两种剪接类型的供体端和受体端可变剪接位点进行了预测.独立检验结果表明,盒式外显子和内含子保留型的供体端和受体端可变剪接位点的预测均能达到较高的识别精度.     

猴附睾特异性表达基因LCN6第5号内含子的克隆及分析

用PCR法扩增了猴LCN6基因第5号内含子区的基因组DNA片断,并将该片断克隆到T-载体中,用Southern Blot的方法鉴定阳性克隆。经测序后与人LCN6基因的第5号内含子相比较,两者的同源性达到了87％。根据对已有小鼠,大鼠,猴及人LCN6基因第5号内含子DNA序列比较,可知在LCN6基因的进化中由于基因组DNA序列,特别是剪切位点的改变使得原本在小鼠中转录的一个转录子mLCN6β在大鼠、猴及人中不被转录。     

基因预测中外显子分值的转化

多数基因预测算法都会给出预测外显子的分值,但这些分值大多没有意义,很难给使用者带来有用的信息.作者以基因预测程序Fgenes为例,分别用4种方法将外显子的分值转换成概率分值,通过计算机模拟,4种方法都取得了良好的效果,其中以局部多项式估计效果最好.     

果蝇内含子和编码序列的信息参数D_2沿染色体分布

本文以果蝇染色体的内含子和编码序列作为研究对象,用信息参数D2分析两类序列沿着染色体的分布规律,并用多项式拟合分析染色体各类序列沿染色体的统计分布特征,分析D2参数的平均值在不同的染色体臂的分布特征.