基因芯片设计及数据分析软件系统

基因芯片是提取生物分子信息的一种新技术,该技术是分子生物学与电子信息科学交叉的产物。基因芯片在基因型分析、基因表达监控和疾病检测方面有着重要的应用。本论分析基因芯片中的信息处理问题,介绍一个高密度基因芯片设计及数据分析软件系统,该系统包括基因芯片探针设计、芯片优化、杂交图像处理和检测结果分析等功能。     

专家系统在基因芯片疾病诊断系统中的应用

基因芯片疾病诊断系统在医疗卫生、生物医学工程、生命科学研究等领域有着广阔的应用前景。对专家系统在基因芯片疾病诊断系统中的应用进行了初步的探讨,提出了一种用于基因芯片疾病诊断的基于产生式规则的专家系统框架,实现了利用基因芯片对特定疾病诊断的功能要求。     

降维近似支持向量机基因芯片数据分类器

基因芯片技术的出现改变了生物医学研究的前景,其产生的海量数据是限制其发展的瓶颈问题。论文针对基因芯片数据量大、样本数低和基因维数高的特点,提出了一种对基因芯片数据进行分类的降维近似支持向量机DRPSVM基因芯片数据分类器。DRPSVM采用降维的二次规划算法,使得该算法的时间复杂度和空间复杂度比传统的PSVM算法均有降低。通过在CAMDA2000、colon 1 dataset和colon 2 dataset等基因芯片数据集上的与BP、Nearest、RBF、SVM分类器的分类性能比较,DRPSVM在数据样本少、数据维数急剧升高时,分类性能稳定、存在唯一的最优解、训练时间快,适合基因芯片数据分类的应用环境。     

基因芯片及其应用进展

基因芯片是 2 0世纪 90年代兴起的一项前沿生物技术 基因芯片的原理并不复杂 ,但其类型却较为繁多 基因芯片用途广泛 ,在生命科学研究及实践、医学科研及临床、药物设计、环境保护、农业、军事等各个领域中有着广泛的用武之地     

基因芯片技术及产品的应用研究与开发

建立了完备的基因芯片制备应用体系 ,其核心包括高密度ｃＤＮＡ基因芯片制作和应用、寡核苷酸基因芯片制备以及修饰基片制备等 研制出一系列人ｃＤＮＡ表达谱芯片、小鼠ｃＤＮＡ表达谱芯片和水稻ｃＤＮＡ表达谱芯片 ;研究出一种基于ｃＤＮＡ基因芯片的新型抗肿瘤药物筛选模型 ,它具有经济、快捷、高通量的特点 ,所提供大量信息不仅能辅助比较药物疗效 ,且可解释药物作用机理 该项目 2 0 0 1年 1 1月获得上海市人民政府颁发的上海市科技进步奖一等奖基因芯片技术及产品的应用研究与开发$遗传工程国家重点实验室     

基因芯片中的生物信息学应用

生物信息学和基因芯片是随着后基因组时代到来而产生的两种新技术 ,两者相辅相成 ,本文探讨基因芯片的工作原理及其工作流程 ,重点说明生物信息学在基因芯片中的应用 ,特别是在信息处理方面的结合。     

基因芯片的信息挖掘

基因芯片是一项急速发展的新技术，该技术大致包含芯片设计、芯片制作和数据分析三个主要环节．该文综合介绍了在基因芯片的数据分析中所采用的信息挖掘方法，特别是一些行之有效的数学模型和算法．当前，基因芯片的信息挖掘已成为生物信息学研究的热点之一，而数学技术的应用将促使基因芯片技术日趋完善．     

占领生命科学制高点——我市启动基因芯片专项研究

基因芯片是九十年代初发展起来的一项新技术,是生物学和电子学交叉领域中的一个新概念.基因芯片技术是基因组学发展的产物,与基因组学、生物信息学存在着相互依赖、相辅相成的关系.     

基于动态时间规划的基因芯片数据识别

研究了动态时间规划(DP)在基因芯片数据识别中的应用,提出了基因芯片数据的全局最大自相似度的定义以及基于最大自相似度和高维局部片段校对的基因芯片数据自动识别方法。讨论了基于最大相似度建立模板的方法与基于最大相似度的基因沿校对路径平均的建立模板方法对基因识别和分类的影响。对肿瘤基因的识别实验结果表明：基于最大相似度的DP算法(DP-MS)能够达到100%的识别率,本方法可以应用于基因芯片数据的识别、分类和基因疾病推断。     

基因芯片

基因芯片又称ＤＮＡ芯片 ,是计算机学与生物学交叉的产物。基因芯片技术是２１世纪生物工程的重要组成部分。它通过使用半导体工业中的微加工、微电子技术和其他相关技术 ,在固体芯片表面构建微流体分析单元和系统 ,利用生物大分子ＤＮＡ的结构及其碱基配对原则而发展起来的 ,以实现对核酸分子中基因片段准确、快速、大信息量的检测。１基因芯片的制作和检测过程ＤＮＡ分子能在不同条件下进行变性、退火和杂交是制作基因芯片的基础。１．１探针的制备探针即一种已知碱基序列较短的单链ＤＮＡ。探针获得有两种途径 :一是从生物中直接提取ＤＮ…     

广义预测控制在基因芯片微点阵仪环境控制中的应用

给出了基因芯片微点阵仪控制系统的设计、硬件结构及软件实现,并用自适应广义预测控制(GPC)对基因芯片微点阵仪的温、湿度进行高精度控制,取得了很好的控制效果.     

基于微分的cDNA基因芯片图像自动划格算法

针对cDNA基因芯片数据分析中划格对提取杂交荧光样点杂交强度信息的重要作用，提出了一种基于微分的cDNA基因芯片图像自动划格算法，采用NCBI上GEO数据库中cDNA基因芯片图像进行划格实验，验证了该算法的有效性。     

主分量分析法和K-近邻法应用于基因芯片数据分析

应用主分量分析法和K-近邻法对基因芯片(微阵列)数据进行分析.主分量分析法是一种提取海量数据有效特征的有效方法 ,可以获得与原来基因芯片数据更为接近的成分的提取特征的效果.实验结果 表明,用主分量分析法预先对数据处理可以提高基因芯片数据分析的准确性.     

利用衍生DNA研制定量检测基因芯片

 为了建立基因芯片定量检测技术体系,在同一张芯片上完成不同浓度DNA的梯度测定,本研究以检测探针序列为基础,合成不同的衍生DNA作为标准曲线测定的探针序列.由于衍生序列与检测探针序列之间不改变碱基配对关系,同时具有相同的PCR扩增序列,使得标准品的浓度与测定值之间具有较好的相关性,从而解决了基因芯片定量测定中的标准曲线制作问题.结果显示,用衍生DNA序列作为标准DNA,其基因芯片测定值与浓度之间的相关性系数达到0.995以上,用此方法建立定量基因芯片测定的浓度与实际浓度一致.本研究为研制定量检测基因芯片提出了新的思路.     

2006年国内十大科技新闻解读

一、家蚕基因芯片与表达图谱诞生 1月2日，西南大学蚕桑学重点实验室研制成功家蚕基因芯片与表达图谱。这是我国在家蚕基因研究领域取得的又一项重大进展，将为我国家蚕产业的发展以及人类防病找到有效途径。     

一种基于先验标记特征的精准图像配准算法

基因测序仪在读取基因序列之前需要将镜头与基因芯片精准对齐,提出了一种能够精确地计算视场(Field of View,FOV)与理想位置偏差的算法.预先在基因芯片上的特定位置设置标记,通过拍摄的图像分析视场与基因芯片的位置误差:首先,提取图像灰度特征捕捉标记位置以初步对齐视场中心位置;其次,捕捉标记上的多个关键点的坐标;...     

基因芯片的研究与开发

基因芯片技术属于世界前沿科技领域 ,是分子生物学、化学、医学、计算机、自动化等多学科相交叉的产物。目前主要有两个方向发展 ,一是高密度点阵芯片 ,用于杂交测序及其它分子生物学研究 ;另一发展方向是中、低密度基因芯片 ,侧重于医疗诊断、临床科研等用途。本项目产品应用范围广 ,主要用于以下两方面 :①医疗诊断和临床科研 :投资 2 0万元引进本项目产品 ,可开展多种重要疾病的高灵敏、高精确的检测诊断 ,具有上马快、实用性强、效益高的优点。因此 ,在该领域市场前景十分广阔 !②基因技术科研 :目前引进基因芯片技术平台均需耗费巨额资…     

基因芯片的应用

基因芯片技术是建立在杂交序列基本理论上的分子生物学技术，具有高度平行性、多样性、微型化和自动化的特点．目前，该技术已用于DNA测序、基因表达分析、新基因的发现、基因单核苷酸多态性(SNPs)研究、基因诊断、药物筛选等领域，而且其应用范围还在不断扩展．本丈概述了基因芯片的原理及应用。     

低功率毫米波辐射对HL60白血病细胞基因表达谱的影响

应用基因芯片技术考察了经频率为41.32GHz的毫米波辐射的HL60白血病细胞和未经毫米波辐射的HL60白血病细胞组的基因表达差异,并用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法验证了IL-7、EGF和LGALS3基因变化.结果表明,毫米波辐射60 min后.HL60细胞增殖,基因芯片检出基因表达上调18个和下调306个,在下调的基因中,RT-PCR检出IL-7、EGF和LGALS3基因下调的情况与基因芯片结果一致.这说明低功率毫米波可导致HL60细胞的基因表达谱发生变化,这些变化的基因与HL60细胞的增殖功能相关.     

基因芯片技术

基因芯片(Gene Chip)技术是近年来发展起来的高通量、高效率的分子生物学技术。该技术在分子生物学研究、医学临床检验、生物制药和环境医学等领域都显示出了强大的生命力，具有微型化、集约化和标准化的特点。本文简要介绍了基因芯片的原理、类型、制备与检测方法、应用及该技术现阶段遇到的一些困难和未来的发展方向。