番茄黄化曲叶病毒北京分离物的全基因组序列测定及进化分析

番茄黄化曲叶病(tomato yellow leaf curl disease,TYLCD)在我国危害日益严重.为了对该病进行深入有效的了解,根据已知的番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)基因组DNA-A序列的保守区段,设计两对背向引物;针对北京地区的3个TYLCV分离物进行分子鉴定.结果显示该分离物为单组分病毒,不含DNA-B和卫星DNA-β,是TYLCV的2个新分离物.TYLCV-BJ1与BJ2基因组全长分别为2781bp和2779bp,同源性为99.8%,都编码6个开放阅读框.对TYLCV的分子进化分析表明,国内现已发现的TYLCV株系亲缘关系都很接近,同源性在97.1~99.9%,属于以色列TYLCV-IL株系进化下的一个近代分支.从全基因组和各基因的逐个比对结果看,TYLCV的AV1和AV2保守性最高,其次是AC2和AC3.当TYLCV-Mld进化成TYLCV-IL时,AC1和AV4基因发生了较大的变化,IR区的同源性更是从小于70%上升到94.3%.国内的TYLCV株系分成2个亚群,但在地理分布上没有形成严格的区域限定,北京分离物属于CN I亚群.     

JD病毒基因组片段的克隆和序列分析

扩增并克隆了ＪＤ病毒的ｇａｇ 基因片段（位于３００ｎｔ～５６４ｎｔ,编码基质蛋白ＭＡ）和ｐｏｌ基因片段（位于３４６７ｎｔ～３６９１ｎｔ,编码反转录酶ＲＴ）,测定其序列并同ＢＩＶ、ＢＦＶ 和ＢＬＶ 的相应基因进行比较．所建立的方法能够特异性扩增ＪＤＶ序列,适用于ＪＤＶ的检测     

病毒基因组中的对称性

病毒基因组中的重复序列比率很低,因为其核酸序列大都是编码区域.如果出现一段同向对称或者是反向对称序列在病毒基因组中,它往往代表一个调控元件,或者是一个信号因子.我们总结了病毒中的一些对称序列,并阐明它的特点,分布及功能.     

人类基因组与DNA序列分析

对人类基因组计划作了概述,介绍了人类基因的基本知识,并对DNA序列分析进行了报导。     

一株Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒强毒株的分离鉴定及全基因组序列分析

目的 对一例典型草鱼出血病的病原进行分离、鉴定和全基因组序列分析.方法 采用细胞培养分离病毒、PCR检测和测序分析、电镜观察、间接免疫荧光(IFA)分析、全基因组序列测定及回归感染鉴定对采集的草鱼出血病样品进行病原分析.结果 接种病毒的细胞没有产生CPE,但电镜观察可见大量呈典型呼肠孤病毒特点的病毒粒子,PCR检测并测...     

禽流感病毒番鸭分离株HA基因的克隆及序列分析

禽流感病毒番鸭分离株ZM（A／Muscovy/Zhejiang/1/2000)经12日龄鸡胚增殖后纯化,提取病毒的基因组RNA,采用RT－PCR方法一次性扩增出17kb的特异性条带,与预计大小相符,将扩增产物提纯后克隆pGEM-T载体,酶切分析筛选到含1．7kb基因片段的阳性质粒,进一步对该片段进行测定及分析,结果表明：所扩增的基因延期长度为1732bp,含HA基因完整的阅读框架,编码568个氨基酸,同源性分析表明：该毒株起源于欧亚种系,与GD／96的HA基因核苷酸同源率高达99％,表明这两个株HA基因亲缘关系极为密切。     

潜隐病毒对苹果（Malus pumila）无机和有机营养状况的影响

分别对携带和不携带3种苹果潜隐病毒(ACLSV、ASPV、ASGV)的乔纳金(Jonagold)、新红星(Redchief)和长富-2(Fuji)3个苹果品种结果树的水分、无机营养和有机营养水平进行了测定,测定结果表明,携带和不携带3种苹果潜隐病毒的苹果结果树的水分、无机营养和有机营养状况有着不同程度的差异,无毒树叶片的含水量、含氮量和可溶性蛋白含量均显著高于带毒树,而带毒树的含钙量则显著较高,无毒树的可溶性糖和淀粉比例与带毒树有明显不同。     

内蒙古农业大学完成益生乳酸菌全基因组序列测定

由内蒙古农业大学“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室主持进行的益生乳酸菌L．casei Zhang的全基因组序列测定分析历时15个月,近日全部完成。这是我国第一个独立完成、具有完全自主知识产权的乳酸菌基因全序列测定,标志着我国在乳酸菌基因组学方面的研究达到国际水平。     

SARS-CoV-2病毒全基因组序列比对及进化分析

SARS-CoV-2病毒株是β属冠状病毒,它包括S、N、E、M4个主要编码蛋白,是造成中国湖北省武汉市爆发重大公共卫生事件的罪魁祸首,目前对该病毒的系统性研究分析并不是很多.运用计算机辅助软件工具来对筛选自NCBI基因文库中的36条来自不同国家地区的SARS-CoV-2病毒株序列进行全序列比对分析,从而找出SARS-C...     

猪2型圆环病毒福建析的全基因组克隆与序列分析

根据已发表猪2型圆环病毒PCV2序列设计两对特异性扩增引物对福建龙岩市某规模化猪场疑似PCV2感染病例进行PCV2的检测与全基因组克隆,经测序与序列拼接,获得了PCV2福建株全基因组序列PCV2-LY.序列分析结果表明,PCV2-LY全长1767 bp,与国内外各分离株同源性在95.1 %-98.0%之间,ORF1氨基酸同源性在97.1%-99.6%之间,而ORF2氨基酸同源性在92.7%-99.1%之间     

Complete Nucleotide Sequence of a Newly Avirulent Newcastle Disease Virus Hubei 92(HB92) Strain

Newcastledisease (ND )isaseriousaviandiseasewithworldwidedistributionthatcancausesevereeconomicloss esinthepoultryindustry .Thecausativeagentofthedisease ,newcastlediseasevirus(NDV)alsoknownasavianParamyxovirustype 1,isamemberoftheParamyxoviridaeandcontainsasin gle strandednegativesenseRNAgenomeencompassing 15 186nucleotides[1 3] .Theviralgenomecontainssixgenes ,whichen codetheviralnucleoprotein(NP) ,phosphoprotein(P) ,matrixprotein(M ) ,fusionprotein (F) ,hemagglutinin neuraminidase(HN…     

苜蓿花叶病毒复制酶基因的克隆、序列分析及其植物表达载体的构建

以侵染苜蓿的苜蓿花叶病毒中国分离株(Alfalfa mosaic virus Chinese isolate，A1MV—Ch)RNA2为模板，利用人工合成的特异性引物，进行反转录及PCR扩增，分两段分别扩增了复制酶基因的5′端1．32kb和3′端及其非编码区的1．23kb cDNA序列．用限制性内切酶切割PCR产物后，与pUCl9重组，转化大肠杆菌DH5α，筛选重组质粒，用限制性内切酶分析及PCR鉴定，得到分别含有5′端序列和3′端序列的重组质粒。已由上述两种重组质粒构建了含有完整复制酶基因的重组质粒．进行了全序列测定，并与国外报道的A1MV-425株系的相应序列相比较，其复制酶基因编码区核苷酸序列同源性达97．8％，推测的氨基酸序列的同源性达97．6％，3′端非编码区核苷酸序列同源性为98．2％．并将全长复制酶基因与植物表达载体pROKⅡ重组，得植物转化载体pAlMV—FL．     

Complete Nucleotide Strain Sequence of a Newly Avirulent Newcastle Disease Virus Hubei 92（HB92） Strain

A new avirulent, heat-resistance HB92 strain of newcastle Disease Virus (NDV) was acquired from Australia V4 strain. Its complete nucleotides sequence was first determined. The entire genome of NDV HB92 consists of 15 186 nucleotides (GenBank accession no. AY225110). It was demonstrated by sequence analysis that nucleotides homology of HB92 strain with virulent strain ZJ1 were 83.9%, and the homology compared with avirulent vaccine strain La Sota and B1 were 94. 0% and 93. 5%, respectively. These results might be contributive to the study of the molecular mechanism of evolution of the NDV strain HB92 and to develop the engineered recombinant vaccine.     

SlNPV多角体蛋白基因的序列分析

ＳｌＮＰＶ多角体蛋白基因的开放读码框为７５０ｂｐ,编码２４９个氨基酸的蛋白质,是目前所发现的最长的多角体蛋白基因．ＳｌＮＰＶ多角体蛋白Ｍｒ＝２９２３６,其氨基酸序列与其它核多角体病毒的多角体蛋白氨基酸序列有高度同源性．     

亚洲一型口蹄疫病毒YNAs1.1株结构蛋白VP1基因的核苷酸序列分析

提取BHK21细胞增殖的亚洲一型口蹄疫病毒（foot-and-mouth disease virus Serotype Asial)强毒株YNAs1.1的RNA,用一对引物P7,P13经反转录（RT）－PCR法扩增了约674bp的DNA片段。克隆目的基因后,采用双脱氧DNA链末端终止法测得了YNAs1.1的VP1基因36－633核苷酸序列。分析表明,病毒VP1基因的核苷酸序列与以色列以及印度已报道的Asia1型FMDV的同源性分别为82.11%与88.07%,对应的氨基酸序列同源性为87.94％与93.47％。该序列在GeneBank登陆号为AF241566。     

登革病毒GD01/98结构蛋白基因序列及蛋白二级结构初步分析

对登革病毒GD0 1 98结构蛋白基因采用RT -PCR、分子克隆等方法进行测序 ,获得了分离株的结构蛋白基因核苷酸序列 2 419bp ;并通过Internet、用Blast等软件进行同源性分析 ,发现它同泰国分离株最近 ,可能来源于泰国 ;根据核苷酸序列 ,推导蛋白一级结构 ,并用GOR、神经网络 (HierarchicalNeuralNetwork)等方法进行二级结构预测 ,发现有 46 74%氨基酸参与无规卷曲 ,有 31 16 %氨基酸参与α -螺旋 ,没有 β折叠     

斜纹夜蛾NPV多角体基因的克隆和部分测序

本文对ＳＩＮＰＶ基因组作了酶解分析，测得其基因组大小为１４５ｋｂ，并用双酶法确定了ＳＩＮＰＶ基因组的ＨｉｎｄⅢ和ＰｓｔⅠ物理图谱。以含ＡｃＮＰＶ多角体基因的质粒ｐＡＣ－Ⅰ的ＳａｌＩ－Ｃ片段为探针，对ＳＩＮＰＶＤＮＡ酶切片段ｓｏｕｔｈｅｒｎ转印杂交结果，初步判断多角体基因定位于ＰｓｔＩ－Ｂ／Ｃ／Ｄ片段、ＢｇｌⅡ－Ｃ／Ｄ片段、ＢａｍＨＩ－Ｂ／Ｃ片段和ＥｃｏＲＩ－Ａ／Ｂ片段上，且ＳＩＮＰＶ与ＡｃＮＰＶ多角体蛋白基因有６４％的同源性，而以大肠仟菌质粒ｐＵＣ１９为载体对ＳＩＮＰＶ的多角体基因试克隆，得到带有ＢｇｌⅡ－ＰｓｔⅠ双酶切片段的２个克隆子。对这两个杂交阳性克隆子之一的核苷酸序列测定，表明插入片段与ＢｍＮＰＶ多角体基因上游序列亦有一定同源性。     

SlNPV PK基因的部分序列分析

ＳｌＮＰＶ基因组ＤＮＡ的ＨｉｎｄⅢ－Ｘｂａ片段上含有部分的ＰＫ基因，ＳｌＮＰＶＰＫ的氨基酸序列与ＨａＮＰＶ，ＨｚＮＰＶＳｐｌｉＮＰＶ，ＡｆＮＰＶ，ＡｃＮＩＶ，ＬｄＮＰＶＰＫ氨基酸序列的同源性分别为４５％，４４％，８９％，３７％，３８％和３７％，其上含有蛋白激酶的特征序列ＩＶＨＡＮＤＶＫＬＥＮＶＬ。     

长叶车前花叶病毒上海株(RMVsh)外壳蛋白基因的克隆、序列分析及原核表达

长叶车前花叶病毒上海分离株（RMVsh)是从上海郊区的青菜（Brassica chinensis)上分离鉴定的，以提纯的病毒为材料，SDS－酚法纯化的基因组RNA作为模板，通过RT－PCR方法克服了该病毒的外壳蛋白基因（CP），DNA序列测定结果表明，外壳蛋白基因全长474个碱基，编码157个氨基酸，将CP基因插入原核表达载体pBAD/His-C中，转化E.coli Top10后，诱导表达，经聚丙烯酰胺凝胶电泳分析呈－特异性的蛋白条带，Western blot检测表明，表达产物与RMVsh抗血清呈阳性反应，RMVsh CP基因的核苷酸序列及氨基酸序列与烟草花叶病毒属中其他能侵染十字花科作物的成员相比，同源率分别为83．5％－98．9％和87．9％－99．4％，并讨论了RMVsh的分类地位为烟草花叶病毒属侵染十字花科植物2个亚组中的第一亚组的代表。     

马铃薯卷叶病毒中国株(PLRV-Ch)ORF2a基因3′端的克隆和序列分析

用设计合成的一对特异性引物，以马铃薯卷叶病毒中国株PLRV-Ch的RNA为模板，经反转录PCR扩增，将获得的ORF2a的3′端1kb cDNA克隆于pUCl9中，构建成重组质粒pLR7，经PCR检测、酶切检测，表明获得了ORF2a的3′端1kb cDNA克隆．从两端进行了两次序列分析，将获得的核苷酸序列与国外报道的四个PLRV分离株的相应区域的同源性进行了比较．结果表明它们具有高度同源性．文中对核苷酸中存在的可能移码序列及其下游的茎环结构(或假节结构)，以及上游特征性三次重复序列进行了分析和讨论，发现上游特征性三次重复序列连续排列可形成几个连续的互补双链区和发夹结构，这一结构可能与移码有关．