白洋淀乌鳢线粒体D-Loop区序列遗传多样性分析

采集白洋淀野生鸟鳢(Channa argu)群体和养殖乌鳢群体62个样本.运用PCR技术对该62个样本的线粒体D-Loop区序列进行扩增,测序得到的序列进行比对.结果显示,线粒体D-Loop区片段中,T,C,A和G碱基平均含量分别为28.14％,22.36％,34.38％和15.12％,A+T的含量(62.52％)高于G+C含量(37.48％),具有明显的碱基组成偏向性.共检测到112个变异位点,占全部序列的12.3％,检测到单倍型9种,单倍型多样性(Hd)为0.783,核苷酸多样性(Pi)为0.054 09,2个群体的遗传距离为0～0.12,遗传分化指数(Fst)为0.943 44,基因流(Nm)为0.014 99.基于线粒体D-Loop区序列的研究表明:野生乌鳢群体的遗传多样性比养殖群体的遗传多样性低,同时2群体间具有明显的遗传分化现象.     

基于线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因的两种枝吻纽虫系统发育关系分析

为了探讨纽虫之间的遗传差异及亲缘关系,对取自北海和湛江的中华枝吻纽虫(Dendrorhynchus sinensis)26个样本和湛江枝吻纽虫(Dendrorhynchus zhanjiangensis)3个样本的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因部分片段进行序列测定,并结合从GenBank下载的其它纽虫序列,分析它们之间的系统发育关系。结果显示,中华枝吻纽虫26个个体共检测17个单倍型,湛江枝吻纽虫3个个体共检测到2个单倍型,其长度均为615bp;枝吻纽虫个体核苷酸序列A、T、G、C的含量相近,碱基组成均表现出A+T含量偏倚,即A+T含量明显高于G+C含量。中华枝吻纽虫的17个单倍型以及湛江枝吻纽虫的2个单倍型之间的遗传距离分别为0.002~0.013和0.008;而两种枝吻纽虫COI基因序列的遗传差异很大,彼此之间的遗传距离都在0.194以上,加之分子系统树(NJ)的拓扑结构也显示,作为同属的两种枝吻纽虫没有聚成1支,而是各自成支,这些表像都支持两种枝吻纽虫分别为独立有效物种的观点。中华枝吻纽虫的17个单倍型聚为1支后,与Cerebratulus marginatus,C.lacteus聚为1大支,而湛江枝吻纽虫的2个单倍型聚为1支后,与Lineus ruber和L.longissimus聚为1大支,表明枝吻纽虫属(Dendrorhynchus)并非单系。     

浙江沿岸髭缟虾虎鱼的系统地理分析

通过对浙江沿岸41个髭缟虾虎鱼样本579 bp线粒体DNACOI序列进行分析,共鉴定出11种单倍型。单倍型之间碱基替换为1～5个。H01是最常见单倍型(占总数的56.1%),被23个个体分享,分布于6个采样点;H02分布于除象山之外的5个采样点;洞头、临海分享了H03;H06和H07仅分布在嵊泗;H08和H09仅分布在岱山;H10只分布在象山;H11只分布在苍南。单倍型多态性与核苷酸多态性在嵊泗最高(Hd=0.90±0.16;π=0.003 1±0.000 7),在临海最低(Hd=0.57±0.13;π=0.001 3±0.000 4)。这可能与嵊泗列岛栖息地生态环境多样性,或者较少人为活动干扰有关。单倍型网络图呈辐射状,以H01和H02为中心,通过1～3个碱基替换与其它所有单倍型相连接,除此之外,NJ聚类树、AMOVA和FST分析结果一致表明,浙江沿岸髭缟虾虎鱼没有显著的系统地理分化。初步推断有两种可能:(1)不同群体间的隔离时间不久;(2)该海域没有显著的基因流障碍。此外,台湾暖流与沿岸入海径流的交汇,有助于海洋生物卵、幼体及成体的扩散,导致了髭缟虾虎鱼群体间的遗传结构不显著。     

广东省恩平市锦江河上游野生鱼类资源群落生态特征调查

2009年6月至9月连续16次对广东省恩平市锦江河上游主要鱼类群落调查。调查共捕获鱼类3 894尾隶属6目18科39属49种。其中未知种3种,Margalef指数D(I)为4.023 9,D(B)为7.601 4,Shannon-Wiener指数H(I′)为3.952 3,H(B′)为2.401 9;Simpson指数C(I)为0.705 1,C(B)为0.914 3;Pielou指数J(I)为0.331 3,J(B)为0.201 4。其中名特优经济鱼类15种,占种类数的30.61%,包括刺鳅、黄颡鱼、月鳢、胡子鲶、翘嘴红鱼白、黄鳝、鲶鱼、乌鳢、翘嘴鳜、斑鳜、加洲鲈、泥鳅等普通经济鱼类8种,占种类数的16.32%,包括鲫鱼、罗非鱼、银鲴、鲤、草鱼、鲢、鳙、青鱼、鲮等;其他非经济鱼类种26种,不知品种3种,占种类数的53.06%。鲤形目中的鲤、银飘鱼为优势种(IRI≥500),鲫、、寡鳞飘鱼、赤眼鳟、油餐、彩石等为常见种;鲈形目中的罗非鱼属鱼类、子陵吻虾虎鱼为优势种(IRI≥500),月鳢、乌鳢、加洲鲈、斗鱼、溪吻虾虎鱼、粘皮鲻虾虎鱼、侧扁黄(鱼幼)等为常见种;鱼将形目中的食蚊鱼和鲶形目的胡子鲶为优势种(IRI≥500),合鳃目的黄鳝以及外来种观赏鱼(吸盘鱼)、鲶鱼为常见种,鱼类品种调查结果可为恩平市锦江河鱼类资源保护和利用提供参考。     

曲腿龟甲轮虫和热带龟甲轮虫的mtDNA COI基因和rDNA ITS序列差异以及几种龟甲轮虫的系统发生关系

从芜湖市镜湖和汀棠湖中分别采得曲腿龟甲轮虫(Keratella valga)和热带龟甲轮虫(K.tropica)个体,实验室内对其进行克隆培养.运用常规的分子生物学技术,对各30个曲腿龟甲轮虫克隆和热带龟甲轮虫克隆分别进行了mtDNA COI基因和rDNA ITS的扩增、测序和序列分析.以萼花臂尾轮虫轮虫(Brachionus calyciflorus)为外群,结合Genbank上已登录的几条其它龟甲轮虫COI基因和ITS序列,以及测序所得的60个COI基因和ITS序列构建系统发生树(ML、MP、NJ和贝叶斯树).结果表明,曲腿龟甲轮虫和热带龟甲轮虫间COI基因序列差异百分比为24.9%-26.5%,平均为25.7%.曲腿龟甲轮虫个体间序列差异百分比为0-2%,热带龟甲轮虫个体间序列差异百分比为0-1.5%.两种轮虫间ITS序列差异百分比为6.1%-7.6%,平均为7.25%.曲腿龟甲轮虫个体间序列差异百分比为0-1.1%,热带龟甲轮虫个体间序列差异百分比为0-0.7%.基于COI基因序列和ITS序列构建的四个系统树均支持曲腿龟甲轮虫单倍型和热带龟甲轮虫单倍型各自成支.     

DNA条形码在海洋动物种类鉴别中的应用:以马鲅为例

根据采自浙江舟山群岛、宁波和温州沿海海域的20个马鲅个体的线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因的DNA序列信息,对比Gen Bank上其它马鲅COI同源序列。通过Kimura双参数(K-2-P)遗传距离,邻接法(NJ)和Bayesian聚类关系分析,得到四指马鲅COI的单倍型多样性(h)为0.525,核苷酸多态性(π)为0.0018;六指马鲅种内单倍型多样性(h)为0.800;核苷酸多态性(π)为0.0202。两种马鲅间的平均K-2-P距离为0.225,这个值在马鲅属间的距离范围内,为种内的平均距离0.021的11倍。结果表明,所采集的这些马鲅隶属于2种,即四指马鲅和六指马鲅,这个结果与形态学鉴定相吻合。     

基于聚类分析的改进微粒群算法

聚类分析是依据样本间关联的量度标准将其自动分成几个群组,使同一群组内的样本相似,而属于不同群组的样本相异的一种方法．在微粒群算法中由数量不等的粒子根据规则组合成不同的群体,所有的群体最终将会向着一个全局最优的位置运动．本文将通过改进微粒群算法的局部更新规则来改善算法的性能,根据由聚类半径确定初始聚类中心的方法将粒子群进行分类,然后运用该方法对所有粒子进行分类,初始化得到不同的粒子群体,最后对整个粒子群体进行优化得到全局最优解．     

中国东南沿海青蟹属不同种类的mtDNA COI基因序列分析及其系统发育

对采自中国东南沿海青蟹属的4种青蟹锯缘青蟹Scylla serrata(Forskal,1775),紫螯青蟹S.tranquebarica(Fabricius,1798),榄绿青蟹S.olivacea(Herbst,1796),拟穴青蟹S.paramamosain(Estampador,1949)的线粒体COI基因片段进行了测定,分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系.研究结果显示:4种青蟹在COI基因片段上存在差异,种间序列差异远大于种内差异.青蟹属在我国的优势种与GenBank上的S.paramamosain的遗传距离为0.001 3,与S.serrata的遗传距离为0.121 3.序列特征、遗传距离和系统进化等分析结果表明中国青蟹属的优势种为拟穴青蟹S.paramamosain.     

大瑶山国家级自然保护区鱼类群落研究

2008年7月-2009年9月对大瑶山自然保护区进行鱼类调查,结果发现大瑶山有鱼类37种,隶属4目13科31属,鲤科鱼类是最大类群,优势种为瑶山鲤(Yaoshanicus arcus)、横纹南鳅(Schistura fasciolata)和溪吻鰕虎鱼(Rhinogobius duospilus).主要为山区溪流性小型鱼类,以杂食性和底栖鱼类为主,底栖鱼类占总数的64.86%.杂食性占43.24%,植物食性占16.21%,动物食性占21.62%,碎屑食性占18.92%.生境丧失和过度捕捞是造成鱼类多样性下降主要原因,提出了保护鱼类资源的建议.     

中国明对虾与5种虾类线粒体16S rRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

采用PCR扩增和序列测定等技术,对中国明对虾（Fennerpenaeus chinem如）线粒体DNA16S rRNA和细胞色素氧化酶I（COI）基因片段进行了初步研究,分别得到16S rRNA和COI 2个基因片段的碱基序列,其中16S rRNA基因片段的大小为515bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为66．47％和33．53％;COI基因片段的大小为472bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为62．50％和37．29％．在2种基因片段中,AT的组成明显高于GC的组成,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COI基因片段的研究结果相似．通过对中国明对虾16S rRNA和COI 2个基因片段遗传特征的研究,16S rRNA只有8处核苷酸的碱基在4个群体间表现出差异,COI基因片段中共检测出24个多态性核苷酸位点,其种内变异较低。另外,将本研究所得序列与GenBank中对虾科5个种的16S rRNA基因片段序列进行比较后,发现其聚类关系与传统分类相一致．     

灵长类酪氨酸酶基因外显子1序列进化研究

酪氨酸酶是黑色素合成当中的关键酶,酪氨酸酶基因的突变将导致白化病,测定了黑猩猩,倭黑猩猩,大猩猩、猩猩、长臂猿、食蟹猴、猴猴９个灵长类中代表物种的酪氨酸酶基因外显子１的ＤＮＡ序列。     

Mitochondrial cytochrome b sequence variations and phylogeny of the East Asian bagrid catfishes

The mitochondrial DNA cytochrome b gene was sequenced from 8 bagrid catfishes in China. Aligned with cytochrome b sequences from 9 bagrid catfishes in Japan, Korea and Russia retrieved from GenBank, and selected Silurus meridionalis, Liobagrus anguillicauda, Liobagrus reini and Phenacogrammus interruptus as outgroups, we constructed a matrix of 21 DNA sequences. The Kimura's two-parameter distances were calculated and molecular phylogenetic trees were constructed by using the maximum parsimony (MP) and neighbor-joining (NJ) methods. The results show that (i) there exist 3-bp deletions of mitochondrial cytochrome b gene compared with cypriniforms and characiforms; (ii) the molecular phylogenetic tree suggests that bagrid catfishes form a monophyletic group, and the genus Mystus is the earliest divergent in the East Asian bagrid catfishes, as well as the genus Pseudobagrus is a monophyletic group but the genus Pelteobagrus and Leiocassis are complicated; and (iii) the evolution rate of the East Asian bagrids mitochondrial cytochrome b gene is about 0.18%～0.30% sequence divergence per million years.     

虫草属多元起源的分子生物学证据

测定了虫草属 (Cordyceps)代表种及其相关无性型菌 (anamorphicstate )核糖体rDNAITS区序列 ,并从国际分子生物学数据库中调取相关序列 ,以Phylip35分析软件构建序列距离矩阵和分子系统发育树图 ,结果表明 :虫草属各个种之间ITS区序列差别比较大 ,不能形成一个单系的类群 .冬虫夏草 ,古尼虫草 ,蛹虫草 ,大团囊虫草在系统发育上分别与丝孢纲(Hyphomycetes) ,束梗孢目 (Stilbelaes)的中国被毛孢 ,丝孢目 (Hyphomycetales)的黄绿绿僵菌 ,丝孢目 (Hyphomycetales)的球孢白僵菌 ,担子菌纲的Cyphomyrmexminutus非常接近 ,在树图上分别处于相对独立的分支 ;说明形态学上划分的虫草属并非一自然发生的类群 ,也说明了虫生真菌形态与基因水平进化的不一致性 .     

中国主要红树科植物的分子系统发育

测定和分析了红树科（Ｒｈｉｚｏｐｈｏｒａｃｅａｅ）５属６种植物的ｒＤＮＡＩＴＳ区序列，所构建的ＩＴＳ区分子系统树图表明：红树科植物可形成１个单系的类群．但在部分属种ＩＴＳ序列分析的结果与红树科传统的分类系统有所不同，陆生红树科植物竹节树属（Ｃａｒａｌｉａ）的竹节树（Ｃｂｒａｃｈｉａｔａ）和旁杞木（Ｃｐｅｃｔｉｎｉｆｏｌｉａ）之间的分子差异很大，呈复系演化的特征．旁杞木与红树林主要植物秋茄属（Ｋａｎｄｅｌｉａ）的秋茄（Ｋｃａｎｄｅｌ）和红树属（Ｒｈｉｚｏｐｈｏｒａ）的红海榄（Ｒｓｔｙｌｏｓａ）的关系较近，竹节树则与另一红树林的主要种类角果木属（Ｃｅｒｉｏｐｓ）的角果木（Ｃｔａｇａｌ）呈姐妹群关系．     

考虑上游梯级水库群调度的小南海水电站坝址设计洪水分析

采用同频率地区组成法分析小南海水电站坝址处设计洪水的地区组成,运用 BP 人工神经网络对坝址河段洪水演进建模,分析不同典型年上游梯级水库群防洪调度对小南海水电站设计洪水的影响。分析结果表明：上游梯级水库群调度对小南海水电站设计洪水的影响明显,尤其对稀遇洪水的削减程度显著;以金沙江来水为主的洪水受梯级水库群防洪调度的影响较大,以岷江来水为主的洪水受梯级水库群防洪调度的影响较小。     

基于形态学及线粒体COI基因序列的河南省新纪录种兴凯鱊近似种的鉴定

2017年河南省鱼类资源调查队在平顶山市叶县境内沙河段进行鱼类资源调查过程中,采获3尾鱊属Acheilognathus鱼类,经形态特征鉴定其为兴凯鱊近似种(Acheilognathus aff. chankaensis),并通过分析线粒体COI基因来验证形态学的鉴定结果,以弥补传统形态学分析方法中可能由于形态差异较小、形态特征主观判断较强等原因导致的分类鉴定结果差距较大的问题,从而实现对兴凯鱊近似种的有效识别,后查阅文献该种为河南省新记录种,其主要鉴别形态特征为:口端位,口角有短凸状须或无须,口角与眼下缘水平线接近,第二不分枝鳍条较长,体侧纵带向前延伸超背鳍起点.通过与鱊属其他鱼类分析比较,基于MEGA 6软件中的常用KP2模型建立NJ系统发育树,结果显示,采集到的样本单独聚为一支构成一个单系类群且具有较高的支持率.标本保存于河南师范大学水产学院鱼类标本室,就相关内容进行详细报道.     

基于主成份分析的河南省城市竞争力评价研究

根据城市竞争力的涵义,选取河南省18个城市的17项指标构建城市竞争力评价体系,利用SPSS15.0进行主成份分析和聚类分析,得到河南省各城市的竞争力得分及分类.研究结果表明,河南省各城市之间的竞争力差异较大,中原城市群和豫北地区发展水平较高,豫西南和黄淮地区较为落后.并针对各类城市所处的发展阶段与特点,提出了全面提高竞...     

南水北调中线工程对湖北省的影响分析

南水北调中线工程是指从汉江的丹江口水库引水供给华北地区,同时考虑鄂、豫两省汉江唐白河流域和淮河流域的需水要求的战略性工程。汉江中下游地区是湖北省的粮仓和重要的产业基地,是汉江流域经济发展 的中心,但由于调水的影响,汉江丹口以下的流量及季节性分配将发生变化,航运、水质、农业灌溉、工业生产以及城市发展等将受到不同程度的影响,直接关系到湖北省在21世纪的持续发展。     

基于Cyt b基因全序列分析河南7种菊头蝠系统发育关系

采用分子系统发育分析方法对菊头蝠科蝙蝠的系统发育关系和分类地位进行研究,以7种127个蝙蝠为研究对象,测定了mtDNA Cytb基因全序列(1140kb),用最大简约法(maximum parsimony,MP)和最大似然法(maximum likelihood,ML)建系统发育树,对菊头蝠种间亲缘关系及分类地位进行分析,角菊头蝠、菲菊头蝠和大耳菊头蝠属于较原始的种类,且彼此间有较近的亲缘关系;大菊头蝠、皮氏菊头蝠关系较近,为较原始的类群;马铁和中菊头蝠关系较近,为后分化的类群.     

Asian origin for Polystichum （Dryopteridaceae） based on rbcL sequences

Chloroplast rbcL sequences of 60 species of Polystichum sensu lato (s.l.), including 23 new sequences from southwest China, were used to assess the phylogenetic relationships within the genus. On the basis of estimated evolution rate of rbcL gene and the genetic distance data that passed relative-rate tests, we further estimated the divergence times between some clades of the genus. The phylogenetic relationships were inferred using the neighbor-joining and maximum-parsimony methods, both methods producing trees with completely congruent topology. These trees reveal that all species of Polystichum s.l. in this study (including Cyrtomium and Cyrtomidictyum) form a monophyletic group. The basal split in Polystichum s.l. separates a clade with all Asian members from a clade containing other species from all over the world. The phylogenetic and divergence time estimation results lead us to suggest that Polystichum s.l. originated in Asia in the late Late Cretacous (≈76 Ma) and migrated into other places in the world in early Eocene(≈46 Ma).