一株(鱼免)鱼溃疡致病菌的分离及鉴定

该研究从宁波市象山港(鱼免)鱼养殖区患病(鱼免)鱼肾脏中分离到1株优势菌Mm041,人工回感试验确定该菌株为致病菌株,测定其对(鱼免)鱼的半致死量为3.0×106 CFU.通过形态学观察、生理生化特征鉴定,并结合细菌16S rRNA基因序列同源性和系统发育分析,确定Mm041为美人鱼发光杆菌.药敏试验结果表明,该菌株对...     

16S rRNA测序在细菌鉴定中的应用

对分离获得的一株细菌P29,经聚合酶链式反应扩增后测定该菌株的16S rRNA基因序列,由16S rRNA基因序列比较可知,菌株P29与肠杆菌属和泛菌属亲缘关系最为接近,16S rRNA基因相似性达到99%.结合生理生化实验结果综合分析后,将其鉴定为泛菌属的成团泛菌.     

一株耐高温纤维素降解菌的分离筛选及鉴定

为了分离筛选耐高温的纤维素高效降解菌,从鸡粪蘑菇渣高温堆肥中取样,采用滤纸富集培养基进行富集培养、刚果红纤维素培养基进行分离纯化培养、滤纸条培养基和刚果红纤维素培养基进行初筛培养、液体发酵测定纤维素酶活法进行复筛培养,利用形态特征观察、生理生化特征检测和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析法进行初步鉴定,结果分离筛选到1株耐高温纤维素降解菌XD-3.该菌株在50 ℃生长良好、羧甲基纤维素酶(CMCase)活力达6.14±0.37 U/mL.综合形态特征、生理生化特性、基于16S rRNA基因序列的系统发育分析,菌株XD-3初步鉴定为解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）.     

一株产耐高温淀粉酶菌株DW027的鉴定

结合表型性状分析和16S rRNA序列及系统发育分析进行菌株的鉴定.结果显示,DW027菌体呈杆状,革兰氏染色阳性,产芽孢.在LB平板培养基上,菌落呈白色、圆形.16S rRNA基因序列分析表明,与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)标准序列的同源性达99％,初步鉴定为枯草芽孢杆菌.     

一株高效脱氮磷菌的筛选及其特性的初步研究

从活性污泥中筛选出高效脱氮除磷菌,并进行分类鉴定,同时研究了不同pH和接种量对生长的影响.通过聚磷菌的富集培养、缺磷和富磷培养的筛选、PHB和异染颗粒染色实验进行鉴定,并通过除磷除氮实验、形态学和生理生化实验进行初步研究,通过16S rRNA进行分子鉴定.筛选得到一株高效脱氮除磷菌.该菌株在pH5~10之间均能正常生长,最佳生长pH为7.接种量在10%时生长效果最好,其中对氮磷的去除率分别达78.3%、87.8%.该菌株可以同时对氮和磷有较好的去除效果,通过形态学观察、生理生化试验和16S rRNA基因序列分析,构建系统发育树,初步鉴定为肠杆菌属.     

黄土高原沙棘根际氢氧化细菌的分离与种属分布

目的研究陕西黄土高原沙棘(Hippophae rhamnoides)根际氢氧化细菌种属分布。方法利用持续通H2的气体循环培养体系分离纯化细菌。通过TTC(2,3,5-氯化三苯基四氮唑)试验和氧化H2能力测定筛选含有氢化酶的菌株。根据其培养特征、形态特征和生理生化特征进行菌株鉴定。用16S rRNA基因序列分析法对氧化氢能力最强的优势菌株构建系统发育树。结果筛选出6株菌初步确定为氢氧化细菌,并划分为4个属:芽孢杆菌属(Bacillus)、气单胞菌属(Aeromonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和微球菌属(Micrococcus)。其中菌株FS2的16S rRNA基因序列(Gen-Bank登录号为GU084156)与芽孢杆菌属相似性为99%,在系统发育树上位于同一分支,因此将菌株FS2归为芽孢杆菌属(Bacillus)。结论说明氢氧化细菌在自然界分布广泛,并为分析氢氧化细菌的种群结构特征提供基础材料。     

一株可用于盐度适应性研究的模型细菌的鉴定

为探究一株广盐性细菌DYB分类学地位及其作为盐度适应性研究模型的潜力，本研究进行了形态学、生理生化和细菌鉴定系统分析。为了进一步确定菌株DYB的分类学地位，测定了其16S rRNA基因序列，分析了相关细菌相应序列的同源性，构建了系统发生树。结果表明，菌株DYB与Idiomarina sp. H-76 (KF021759)亲缘关系很近。菌株DYB可鉴定为Idiomarina sp. DYB。此外，该菌株的广盐性以及对碳氮源可利用性等生理生化特征显示该菌株具有作为盐度适应性研究模型的潜力。     

一株高产丁二酮菌株的筛选与鉴定

以湖南省湘西地区土家腊肉中分离的41株细菌为出发菌,采用平板显色法和邻苯二胺比色法筛选高产丁二酮的微生物菌种.通过菌落形态观察、生理生化特征测定和基于16S rRNA基因序列分析,对分离菌株进行鉴定.结果表明,7株细菌能产生较高含量的丁二酮,其中菌株BCL-8产丁二酮量最高,在葡萄糖蛋白胨水培养基中发酵20 h,丁二酮质量浓度达68.9 mg/L,该菌经鉴定为地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis）.菌株BCL-8是一株优良的产丁二酮的微生物种质资源.     

可产木聚糖酶的蕙兰根内生细菌的筛选与鉴定

为了获得可产木聚糖酶的功能菌,通过刚果红染色法对592株蕙兰(Cymbidium faberi)根内生细菌进行初筛,DNS法对初筛获得的菌株进行复筛,并通过形态学、生理生化特性、(G+C)的物质的量分数及16SrRNA基因序列分析对菌株进行初步鉴定.结果筛选出31株可产木聚糖酶的菌株,占筛选总菌株数量的5.23%,其中7株产酶活性较强;复筛结果显示菌株6hRe76产木聚糖酶活力最高,其发酵液木聚糖酶酶活为57.15U/mL,初步鉴定该菌株为克里布所类芽胞杆菌(Paenibacillus kribbensis).该研究为木聚糖酶的生产提供了潜在的新资源.     

一株萘降解菌的分离与筛选

文章以无机盐培养基为基础培养基,以多环芳烃萘为惟一碳源,通过富集、驯化培养、稀释涂布、平板划线等方法进行目的菌株的分离和筛选,再对分离菌株进行形态学、生理生化鉴定及16SrDNA基因序列的同源性比对和系统发育树分析.筛选得到一株萘降解菌株,命名为J3,经鉴定、同源性比对和系统发育树分析得出菌株J3为赖氨酸芽孢杆菌(Lysinibacillus sp.)菌属的细菌.     

具有ACC脱氨酶活性的绞股蓝根际细菌的分离鉴定及其促生作用

为了筛选含ACC脱氨酶的根际促生细菌,以1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)为唯一氮源,从绞股蓝根际土壤中富集和分离ACC脱氨酶阳性细菌,利用α-丁酮酸测定法和CAS平板法分别检测其ACC脱氨酶活性和产嗜铁素能力,利用菌液培养接种法检测细菌的促生作用,最后通过生理生化试验和16SrRNA基因序列分析对所筛选的菌株进行鉴定.经富集筛选法从绞股蓝根际土壤中分离出9株ACC脱氨酶阳性细菌,它们均具有不同程度的ACC脱氨酶活性,其中3株细菌能产生嗜铁素.促生试验结果表明,7株ACC脱氨酶活性细菌对水稻幼苗根系的生长发育表现出不同程度的促生作用,其中菌株JDG127的促生作用最明显,与对照组相比,水稻幼苗的根长和根鲜重增长了约1.6倍.鉴定结果表明,9株细菌中1株属于单胞菌属(Stenotrophomonas),1株属于类芽胞杆菌属(Paenibacillus),1株属于芽孢杆菌属(Bacillus),2株属于肠杆菌属(Enterobacter),4株属于不动杆菌属(Acinetobacter),与ACC脱氨酶相比,铁载体对根际细菌的促生作用更明显.     

三唑磷降解菌的筛选、鉴定及其系统发育分析

从长期施用有机磷农药的土壤中,以三唑磷为唯一碳源和能源,采用逐渐加量的驯化方式,分离纯化到2株对三唑磷有较好降解能力的细菌,命名为TAP-W和TAP-R。其中TAP-W菌革兰氏染色阴性,能够在30℃～40℃范围内和pH6.0～9.0范围内良好生长,其最适生长温度为35℃,最适pH为7.0。TAP-W菌在含0.1%三唑磷的无机盐培养基中（三唑磷浓度400mg/L）振荡培养72h后,对三唑磷降解率最高,达到65.9%。根据TAP-W菌株的形态特征,生理、生化特性和系统发育分析,初步鉴定其为假单胞菌属（Pseudonmonas）细菌。     

酒鬼酒制曲车间产淀粉酶细菌筛选和系统发育

采用平板水解圈法对酒鬼酒制曲车间空气的细菌进行产淀粉酶活性筛选,运用基于16SrRNA基因序列的分析法对高酶活菌株进行系统发育分析.研究结果表明,65株受试菌株中,有24.6%的菌株(16株)淀粉水解酶活性呈阳性,其中有4株(JSM 2145008,JSM 2155001,JSM 2155017,JSM 2175012)产淀粉水解酶能力较强.基于16SrRNA基因序列的系统发育分析表明,这4个菌株分别属于细菌域3个大的系统发育类群中3个科的3个属.菌株JSM 2145008属于放线菌门微球菌科,与节杆菌属(Arthrobacter)的氧化节杆菌的系统发育关系最为密切,它们之间的16SrRNA基因序列相似性高达99.8%,且在系统进化树上形成一个稳定的亚分支;菌株JSM 2155001和JSM 2175012属于异常球菌——栖热菌群异常球菌科的异常球菌属(Deinococcus),分别与该属的大琼异常球菌和云威异常球菌系统发育关系最为密切(序列相似性分别为99.6%和99.9%);菌株JSM 2155017属于厚壁菌门芽孢杆菌科,与芽孢杆菌属(Bacillus)的同温层芽孢杆菌系统发育关系最为密切(序列相似性为100%),它们以极高的自展值支持(boostrap value,100%)在系统进化树上聚在一起.上述实验结果表明,酒鬼酒制曲车间空气源细菌中存在较高比例的产淀粉酶菌株,且这些菌株具有较高的类群多样性.     

尖塘鳢属鱼类线粒体16SrRNA基因序列变异及分子系统进化

为探讨尖塘鳢属鱼类的系统发育关系,笔者通过PCR法得到云斑尖塘鳢、线纹尖塘鳢和尖头塘鳢的线粒体16SrRNA基因部分序列（569bp）,并结合从GenBank中下载的平头沙塘鳢、溪鳢及刺盖塘鳢的16SrRNA基因部分同源序列,分析了6种塘鳢科鱼类的系统发育关系．运用MAGA4．0软件分析可知,塘鳢鱼类6个种之间存在142个变异位点,其中简约信息位点57个,转换／颠换之比为1．6,表明塘鳢科鱼类16SrRNA基因序列转换／颠换未达饱和;6种塘鳢科鱼类之间的序列差异在0．054～0．147之间,其中平头沙塘鳢和刺盖塘鳢的序列差异最大（0．147）,线纹尖塘鳢与云斑尖塘鳢的序列差异最小（0．054）,且种间序列差异不大．通过NJ,ME,MP系统树的建立,表明线纹尖塘鳢与云斑尖塘鳢的亲缘关系最近,且尖塘鳢属与塘鳢属鱼类的同源性不高,验证了传统分类学把尖塘鳢独立成属的科学性．     

拮抗烟草青枯病菌的烟草内生细菌系统多样性及趋化性分析

 从来自3个烤烟品种NC297、红大、K326的600株内生细菌中,以烟草青枯病菌(Ralstonia solanacearum)为靶标,共筛出55株拮抗菌,其对烟草青枯病菌的抑菌圈直径在1~16 mm之间.对这55株拮抗性内生细菌的16S rRNA基因序列进行RFLP分析共产生6种带型.根据RFLP带型选取16株进行16S rRNA基因序列测定和系统发育分析.结果表明这55株拮抗性内生细菌属于Firmicutes和Proteobacteria两大类群的6个种:Bacillus amyloliquefaciens subsp.plantarum,Bacillus methylotrophicus,Bacillus tequilensis,Brevibacillus parabrevis,Brevibacillus brevis和Pseudomonas aeruginosa.利用cheA基因检测方法和平板检测方法共筛选到3种具有趋化性的拮抗性内生细菌:Brevibacillus parabrevis,Brevibacillus brevis和Pseudomonas aeruginosa.     

德夯嗜盐耐盐菌抗菌活性筛选和系统发育

以8个敏感菌株作为指示菌,采用琼脂扩散法,对分离自湖南省德夯峡谷(28°15′~28°43′ N,109°30′~109°45′ E)普通非盐环境土壤样品中的294株嗜盐及耐盐细菌进行抗菌活性筛选,并对其中具有较强抗菌活性的菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育分析.受试菌株中有109株的发酵产物具有抗菌活性（阳性率37.1%）,其中5个菌株具有较强抗菌活性（JSM 102030,JSM 102052,JSM 102054,JSM 102066,JSM 102082）.基于16S rRNA基因序列的系统发育分析表明,这5个菌株分别属于细菌域(Eubacteria)的3个门(Actinobacteria,Firmicutes,Proteobacteria)中的3个科(Bacillaceae,Halomonadaceae,Nocardiopsaceae)的4个属,菌株JSM 102030属于Halobacillus属,与该属已知种Halobacillus trueperi DSM 10404T的系统发育关系最为密切（序列相似性为99.1%）,JSM 102052和JSM 102054属于Halomonas属,与Halomonas alkaliphila 18bAGT的系统发育关系最为密切(序列相似性为98.3%),JSM 102066属于Nocardiopsis属,与其系统发育关系最为密切的是Nocardiopsis prasina DSM43845T (序列相似性为99.3%),JSM 102082与Oceanobacillus属的Oceanobacillus kimchii X50T以99.6%的16S rRNA基因序列相似性聚在一起.研究结果表明,分离自湖南省德夯峡谷普通非盐环境土样的嗜盐及耐盐细菌中存在较高比例的抗菌活性菌株,且这些细菌具有较为丰富的系统发育多样性.     

莴苣黄化病植原体的分子鉴定

为了明确新疆莴苣黄花病植原体的分类地位,采用巢式PCR和PCR技术对表现黄化症状的莴苣植株分别利用植原体16S rRNA基因和tuf基因通用引物P1／P7、R16F2n／R16R2和fTufu／rTufu进行扩增,得到大小约1．2kb和0．8kb的特异性片段,对所得片段克隆、测序和序列分析。结果表明：它们分别和榆树黄化组（Elm yellows group）成员的16S rRNA基因、tuf基因同源性最高,分别高于98．6％和92．4％。基于16S rRNA基因和tuf基因的系统进化树分析显示,其均与植原体16Sr V组成员位于同一分支上。对16S rRNA基因的iPhyClassifier分析结果表明,其与榆树黄化组B亚组（16Sr V—B）代表株系JWB（AY197661）具有相同的酶切图谱。所有结果表明莴苣黄化病植原体（LSY）属于榆树黄化组B亚组（16Sr V-B）。     

斜阳岛珊瑚礁区海泥可培养细菌分离鉴定及活性研究

【目的】研究广西斜阳岛珊瑚礁区海泥可培养细菌多样性及其代谢产物的生物活性。【方法】采用纯培养法和基于16SrRNA基因序列的系统发育分析细菌多样性,利用滤纸片琼脂扩散法和卤虫致死法研究其生物活性。【结果】从海泥中分离获得相关可培养细菌53株,这些菌株代表27个物种,其中20株菌属于厚壁菌门(74%),7株菌为变形菌门(26%)。活性研究发现,X-15(Erythrobacter citreus)的抑菌活性和生物毒活性都较强,具有开发新型食品防腐剂和抗肿瘤药物的潜力。【结论】广西斜阳岛海泥中的细菌多样性较为丰富。     

云台山白云岩表层土可培养细菌多样性

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析贵州云台山白云岩表层土可培养细菌的多样性.稀释涂布平板分离共获得131株细菌,限制性内切酶HhaⅠ和HaeⅢ对扩增的16S rRNA基因片段进行酶切分型,根据ARDRA酶切图谱划分为40个操作分类单元.16S rRNA基因序列测定和系统发育分析结果显示,这些菌株隶属于包括厚壁菌门(Firmicutes,64.89%)、β-变形菌纲(β-Proterbacteria,3.82%)、γ-变形菌纲(γ-Proterbacteria,17.56%)、放线细菌门(Actinobacteria,11.45%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,3.82%)等5大类群,共13个属.优势菌群为芽胞杆菌属(Bacillus,53.44%),亚优势菌群为寡养单胞菌属(Stenotrophomonas,9.16%)、假单胞菌属(Pseudomonas,8.40%)和微小杆菌属(Exiguobacterium,8.40%).15.00%的有效序列与GeneBank已知序列相似性小于等于97%,可能为潜在新类群.研究表明,云台山白云岩喀斯特地区不仅含有较为丰富的细菌物种多样性,且潜藏着许多新的微生物资源.