用正交设计优化甜菜RAPD反应体系

采用正交设计对甜菜的RAPD反应体系进行优化．应用L25（5^6）正交表,研究了Taq、Mg^2＋、随机引物、dNTPs和DNA模板5种RAPD反应组分浓度变化对扩增结果的影响,并进行量化分析,试验结果表明用这种方法建立的甜菜RAPD-PCR优化反应体系为：25μL反应体系中含1×Buffer、1．0mmol／L Mg^2＋、1U TaqDNA聚合酶、0．25mmol／L dNTPs、0．4μmol／L随机引物及25ng DNA模板．     

中国鲎微卫星引物扩增圆尾鲎DNA的PCR反应体系优化

采用正交设计法,从dNTPs浓度、引物浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量4个因素3个水平出发,优化设计圆尾鲎DNA的PCR反应体系(引物为中国鲎微卫星引物).并采用直观分析方法分析正交试验结果,最终建立了圆尾鲎SSR-PCR最佳反应体系:总体积20μL,Taq DNA聚合酶1.5 U、dNTPs 0.16 mmol/L、引物0.2μmol/L、Mg2+2.0 mmol/L;并通过PCR梯度实验进一步优化模板DNA质量浓度、退火温度及退火时间,获得最佳反应条件:模板DNA质量浓度为30 ng/μL,退火温度为48℃,退火时间为20～25 s.对最佳反应体系和反应条件进行了检验,结果显示该反应体系稳定性高、重复性好.     

利用正交设计优化一品红SRAP反应体系

运用L16（4^5）正交设计对影响一品红SRAP反应的5个因素（DNA模板浓度、M矿’浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶）在4个水平上进行优化试验,PCR结果采用DPSV3．01软件分析。结果表明,各因素对SRAP反应的影响依次为：Mg2＋〉引物〉dNTPs〉DNA模板〉Taq酶;一品红SRAP反应最佳体系为：50μL的PCR体系中含有Mg2＋ 2．5mmol·L-1．引物500pmol·L-IdNTPs 0．20mmol·L-1．DNA模板100ng、Taq酶1．0U;应用最佳反应体系对PCR程序中的退火温度进行优化,得出SRAP—PCR反应适宜的第一步退火温度为36℃,第二步退火温度为50℃。     

干用辣椒RAPD—PCR反应体系正交优化的研究

以干用辣椒幼苗为材料,研究了干用辣椒RAPD分析过程中的Taq酶、Mg^2＋,dNTPs、引物、模板DNA浓度、退火温度等影响因素,建立适合干用辣椒RAPD反应的PCR体系,即25μL反应体系中含有解体Taq酶1．5U、Mg^2＋2．5mmol／L,dNTPs0．6mmol／L、引物0．8μmol／L、模板DNA60ng．扩增程序为：94℃预变性4min;94℃变性1min,37℃退火1min,72％延伸1．5min,40个循环;最后72℃副延伸5min．     

黑老虎ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为建立和优化特色药食两用植物黑老虎（Kadsura coccinea）的ISSR-PCR反应体系和扩增程序,通过正交和单因素试验研究Mg²⁺、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA、退火温度及循环次数等因素对黑老虎ISSR-PCR反应体系扩增效果的影响。结果表明,在20 μL的反应体系中,最佳扩增条件为Mg²⁺浓度2.5 mmol/L、dNTPs浓度0.1 mmol/L、引物浓度0.6 μmol/L、Taq DNA聚合酶用量1.50 U、模板DNA用量45 ng,退火温度50.4℃,循环40次。这一优化体系的建立可为深入开展黑老虎种质资源遗传多样性研究奠定基础。     

长蛸ISSR-PCR优化反应体系的建立及优化研究

以长蛸DNA为模板,利用单因子试验分别对影响长蛸ISSR-PCR反应的DNA浓度、Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs和引物的浓度进行了优化,并通过梯度PCR确定最适退火温度,最终确定长蛸最佳反应体系和PCR扩增程序为:25μL体系,其中包括Taq DNA聚合酶1.5 U,Mg2+2 mmol/L,dNTPs 0.15 mmol/L,引物0.4μmol/L,DNA模板量约50 ng确立退火温度为52℃。利用所建立的ISSR-PCR反应体系,通过对24份野生长蛸样本的检验,获得了清晰、重复性好、多态性高的条带,研究结果对于把ISSR标记技术引入研究长蛸不同地理群体遗传多样性和遗传结构具有重要意义。     

海桐ISSR-PCR反应体系的建立与优化

利用ISSR技术对海桐的遗传多样性进行研究,对影响PCR扩增效果的一些因素诸如退火温度、Mg2 浓度、4×dNTP浓度、牛血清白蛋白浓度、模板DNA用量、引物用量以及Taq DNA聚合酶用量等指标进行优化,建立了可用于海桐ISSR分析最适宜的反应体系:10μL PCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(10mmol/L Tris.HCl,pH值9.0,50 mmol/L KCl,0.1%Triton X-100),2.5 mmol/L MgCl2,0.2 mmol/L 4×dNTP,2.0 mg/mL牛血清白蛋白,10 ng模板DNA,6 pmol引物,0.3 U Taq DNA聚合酶.引物UBC807的最适退火温度为50.7℃.     

扬子鳄SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选

以扬子鳄总DNA为材料,对影响SRAP-PCR的Mg2 、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物浓度等因素进行了优化,分析了TaqDNA聚合酶、样本浓度、Mg2 浓度、dNTPs浓度以及引物浓度对SRAP-PCR扩增结果的影响.筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物l3对,建立了稳定的、可重复的扬子鳄SRAP-PCR最佳反应体系及PCR扩增参数.研究结果表明:在30μlSRAP-PCR反应体系中,样本最适宜为1μl(30ng/μl),Mg2 的最适为2μl(2.5mmol/L),dNTPs最适为2μl(2.5mmol/L),单引物的最适均为1μl(10pmol/μl);聚合酶在30μl反应体系中宜加入1U.SRAP-PCR引物筛选及其反应体系的建立,为今后利用SRAP标记技术开展扬子鳄种群的分子生物学研究提供了一个标准化程序和强有力的工具.     

椭圆食粉螨ISSR-PCR反应体系正交优化试验设计

以椭圆食粉螨基因组DNA为模板,采用正交试验设计方法,建立椭圆食粉螨的ISSR最佳反应体系.优化得到的反应体系为:Mg2 浓度1.0 mmol/L、Taq DNA聚合酶1.0 U、dNTPs浓度0.2 μmol/L、引物浓度0.3 μmol/L、模版DNA量40 ng.反应程序为:94 ℃预变性5 min;94 ℃变性1 min,48℃、50℃、52 ℃(不同引物退火温度各异)复性1 min,72 ℃延伸1.5 min,35个循环;72 ℃延伸5 min;4 ℃保存.通过梯度退火试验,确定不同引物的最适退火温度.     

杉木SRAP-PCR体系优化

为建立杉木SRAP-PCR反应体系,利用L₁₆(4⁵)正交设计对影响杉木SRAP-PCR反应体系的Mg²⁺、dNTPs、引物、Taq酶和DNA浓度5种因素的4个水平进行优化实验,结合正交直观分析和方差分析,对影响反应较大的Mg²⁺、dNTPs和引物浓度进行单因素实验,最终确定杉木SRAP-PCR最佳的反应体系为:在20 μL的PCR反应体系中,Mg²⁺浓度为2.25 mmol/L、dNTPs为0.15 mmol/L、引物浓度为0.4 μmol/L、Taq酶为1.5 μmol/min、模板DNA为60 ng,10×PCR Buffer 2 μL,不足部分用双蒸水补充至20 μL。PCR反应程序的两步最适退火温度第1步为35 ℃,第2步为53 ℃。利用上述反应体系进行杉木PCR扩增,能得到清晰、稳定的条带。     

油茶SRAP-PCR反应体系的建立

以油茶品种大别山2号和赣兴46为试验材料,利用Me5Em8正反向引物组合进行了SRAP-PCR反应体系的L9(34)正交试验,采用正交设计直观分析及方差分析对影响SRAP反应的Taq聚合酶、Mg2+、dNTP和引物浓度进行分析,并对模板DNA浓度进行了单因素试验分析。结果表明,油茶SRAP-PCR 20 μL反应体系的最佳组合为: Taq聚合酶1.20 μmol/min、Mg2+浓度125 mmol/L、dNTP浓度0.15 mmol/L、Primer浓度0.60 μmol/L、模板DNA含量60 ng,并含有2 μL 10×buffer(Mg2+ free)。各因素对油茶SRAP-PCR反应的影响大小依次为:dNTP、 Mg2+ 、Taq聚合酶、Primer。     

海南普通野生稻ISSR-PCR反应体系的优化

通过不同浓度的Mg2+、模板DNA、dNTPs、Taq酶、引物、退火温度和循环次数的单因素试验,筛选海南普通野生稻最佳ISSR-PCR反应体系为:15μl反应体系中含2.0 mmol/L MgCl2,50 ng模板DNA,200μmol/L dNTPs,1.20 U Taq酶,1.5μmol/L ISSR引物,50 mmol/L KCl 10 mmol/L Tris-HCl(pH8.3).反应程序:94℃预变性5 min;94℃,1 min,52℃,1 min,72℃,2 min,35个循环;72℃延伸10min,4℃保存.     

阔叶十大功劳ISSR-PCR反应体系的建立与优化

采用单因子试验和正交设计方法,对影响阔叶十大功劳ISSR-PCR反应体系的引物、Taq DNA聚合酶、dNTPs、模板DNA及退火温度5个因素进行优化,为探讨阔叶十大功劳种质遗传多样性奠定基础.结果表明:阔叶十大功劳ISSR-PCR的最佳反应体系为:在20μL反应体系中,0.5μmol/L引物、0.5UTaq酶、150μmol/L dNTPs和20ng模板DNA.在最佳反应条件下,从80条引物中筛选出15条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物,并经过9份阔叶十大功劳种质检验,证明该体系具有扩增条带清晰、稳定、重复性好等优点.综上所述,本文所建立的ISSR-PCR反应体系可用于阔叶十大功劳的种质鉴定及遗传多样性分析.     

欧洲甜樱桃RAPD反应体系的建立与优化

以欧洲甜樱桃萨米托品种为研究对象,利用改进的CTAB法提取基因组DNA,并通过单因素多水平梯度试验,筛选了模板、Mg2＋、TaqE、dNTPs和随机引物的浓度及用量,建立了欧洲甜樱桃RAPD技术扩增体系．研究结果表明,在25出反应体系中,各组分最佳的浓度分别为：10×Buffer2．5μl,2．5mmol·L^-1Mg2＋2．5μl,Taq E0．06U·μl^-1,0．2mmol·L^-1dNTPs,0．2μmol·L^-1Primer,模板DNAl．2ng·μl^-1．PCR循环程序为：94℃预变性4min。94℃变性40s,36℃退火45s,72℃延伸1min,共36个循环,最后72℃延伸7min．     

爱玉ISSR反应体系的建立与优化

通过单因子试验和正交设计,对影响爱玉ISSR-PCR扩增效果的因素,如模板DNA用量、Taq酶用量、dNTPs浓度、引物浓度、延伸时间和循环次数等指标进行优化.实验确立了可用于爱玉ISSR-PCR分析最适宜的反应体系：20 μL反应体积中含1 ng模板DNA、1.0 U Taq酶、0.4 μmol/L引物和0.18 mmol/L dNTPs;PCR扩增程序为94 ℃预变性4 min;94 ℃变性45 s,53 ℃退火45 s,72 ℃延伸2.5 min,共35个循环;72 ℃延伸7min,4 ℃保存.应用该体系对14份爱玉种质进行扩增,证实了该体系的适用性和稳定性.