中国对虾微卫星DNA多态性分析

根据建立的中国对虾部分基因组文库,对筛选的含微卫星序列的克隆设计了引物,并选择了8对多态性引物对中国对虾进行了分析.实验材料为中国对虾黄渤海群体(HB)、朝鲜半岛西海岸群体(KX)和朝鲜半岛南海岸群体(KN)3个野生群共计60个个体.结果表明:经8对引物对60尾中国对虾进行PCR扩增后,共获得了61个等位基因.对3个野生群体的8个基因位点共计24个群体位点进行了杂合度观测值(Ho)和杂和度期望值(He)计算,通过Hardy-Weinberg平衡偏离指数(D)检验,发现有5个群体位点处于杂合子缺失状态,其中HB群体有3个群体位点杂合子缺失,KC和KN群体各有1个群体位点杂合子缺失.其次,对中国对虾3个野生群体遗传分化指数Fst值进行了计算,两两群体之间的Fst值均小于0.05,说明中国对虾3个野生群体的遗传分化较弱.P检验也说明了这个结果,即3个群体的中国对虾遗传分化不显著,有99.27%的遗传变异是来自个体之间,只有0.73%的遗传变异是来自群体之间.最后,经过聚类分析,发现HB群体和KX群体的亲缘关系较近,而KN群体与前两者亲缘关系较远.实验还对8对微卫星引物的多态性信息含量(PIC)进行了评估,PIC值介于0.5984～0.9178之间,揭示了这8个微卫星位点在中国对虾中具有较高的信息含量.     

唐鱼野生与养殖群体遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

应用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术对唐鱼野生与养殖群体的遗传多样性进行了分析。从40个10BP引物中选取15个用于群体遗传多样性分析,共检测出93个位点,其中46个(49.46%)呈多态;两群体的多态位点比例分别为43.01%和41.94%;用香农指数量化的遗传多样性指数,野生群体(0.23)略高于养殖群体(0.20),平均遗传多样性指数为0.22,群体内和群体间的遗传变异比例分别为85%和15%;群体的遗传相似度高达0.96,彼此间的遗传距离仅为0.04。研究表明,唐鱼目前的种质资源状况令人堪忧,恢复唐鱼有效种群大小、丰富物种遗传多样性是资源保护的基础。     

黄河三角洲柽柳群体遗传多样性RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)分子标记技术,分析了黄河三角洲主要优势树种之一柽柳(Tamarix chinensis)3个天然群体的遗传多样性及遗传分化。结果表明:26条随机引物扩增出105个可分析位点,多态位点百分比40.07%,Nei的基因多样度(h)为0.4061,Shannon多样性指数(I)为0.5917,基因分化系数(Gst)为0.0507,基因流值为9.3564。分子方差分析(AMOVA)表明,在总遗传变异中,群体间遗传变异占7.17%,群体内占92.83%。说明柽柳物种内存在较高的遗传多样性,群体的遗传变异主要存在于群体内,群体间基因交流频繁,遗传距离与地理距离具有显著相关性。     

日本对虾野生和养殖群体遗传多样性的RAPD分析

为加深和丰富对我国最为重要的经济虾类之一日本对虾(Penaeusjaponicus)遗传多样性的认识,分析了日本对虾一个野生地理种群(台湾海峡北部)及其移植到北方水域进行繁育的养殖群体各23个个体的随机扩增DNA多态性.实验选取OPK组20个10bp随机引物中的17个产生效果稳定的扩增结果用于群体遗传多样性分析,在两个群体中共检测出155个位点,野生种群和养殖群体的多态比例分别为85.14%和78.62%.用经修正的Shannon表型多样性指数量化两个群体的遗传多态度,野生种群和养殖群体的遗传多态度分别为0.214和0.201;两群体的遗传相似度为94.20%,遗传距离为0.058.     

安徽省毫州地区黄牛群体遗传多样性研究

利用随机扩增多态DNA技术对安徽省毫州地区黄牛种群进行了DNA多态性检测,以期了解该地区黄牛群体的遗传变异,进而探讨分子遗传标记在家畜小群体保种方案中的应用.计算了多态性引物在个体间的平均带纹等位片段频率、平均带纹等位片段杂合度和遗传多样性指数,并作分子亲缘关系聚类分析.该地区黄牛种群扩增等位基因片段的遗传杂合度比较高.     

丁鱼岁遗传多样性的随机扩增多态性DNA分析

利用RAPD分子标记技术对15个丁鱼岁养殖个体的遗传多样性进行分析.选用20个随机引物对其基因组DNA进行PCR扩增,有16个引物可以扩增出稳定且清晰的条带,其中S103、S104和S105为多态引物.16个引物共扩增出65个DNA位点,片段大小在200~3 000 bp之间,其中多态性位点6个,多态位点比例为9.23%.个体间遗传距离在0~0.067 4之间,平均遗传距离为0.028 6.结果显示,丁鱼岁养殖群体的遗传多样性水平较低.     

鱇浪白鱼野生与养殖群体遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR(inter-simple sequence repeat)标记对鱇浪白鱼野生与养殖群体的遗传多样性和遗传结构进行分析.从40条引物中筛选出了13条用于扩增,共检测到97个位点,其中多态性位点72个.鱇浪白鱼野生群体的遗传多样性(PPB=62.89%;H=0.2490;I=0.3636)高于养殖群体的遗传多样性(PPB=58.76%;H=0.2267;I=0.3314).结果表明,鱇浪白鱼总体遗传多样性水平较高.基于Neis遗传多样性分析得出的野生与养殖群体间的遗传分化系数Gst=0.0826,分子变异分析(AMOVA)结果显示Fst=0.0796,2种方法揭示的鱇浪白鱼群体间的遗传分化的趋势基本一致,表明约8%遗传变异存在于群体间,遗传变异大多存在于群体内.UPMGA聚类树中,野生与养殖群体大多各自相聚,再相互混杂,群体间的基因流Nm(5.55)比较高,说明野生群体和养殖群体间有一定程度的遗传分化,但没有达到种群遗传分化的水平,在遗传上有一定的交流空间.     

日本对虾野生和养殖群体遗体多样性的RAPD分析

为加深和丰富对我国最为重要的经济对虾类之一日本对虾（Penaeus japonicus)遗传多样性的认识,分析了日本对虾一个野生地理种群（台湾海峡北部）及其移植到北方水域进行繁育的养殖群体各23个个体的随机扩增DNA多态性,实验选取OPK组20个10bp随机引物中的17个产生效果稳定的扩增结果用于群体遗传多样性分析,在两个群体中共检测出155个位点。野生种群和养殖群体的多态比例分别为85.14％和78.62％。用经修正的Shannon表型多样性指数量化两个群体的遗传多态度,野生种群和养殖群体的遗传多态度分别为0.214和0.201;两群体的遗传相似度为94.20%,遗传距离为0.058。     

中国南部沿海条纹斑竹鲨遗传多样性研究

采用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术分析了中国南部沿海闽东(MD)、闽南(MN)、粤西(YX)3个条纹斑竹鲨地理群体遗传多样性和遗传结构.结果表明,34个随机引物在这3个群体中共检测出316个位点,各群体检测出的位点数分别为308、308、303,其中多态位点数分别为49、52、42,多态位点比例分别为15.90%、16.88%、13.86%.3个群体的Shannon多样性指数分别为0.099 8、0.105 5、0.093 6;表明条纹斑竹鲨群体的遗传多样性水平较低.遗传距离和UPGMA聚类分析结果显示条纹斑竹鲨的基因交流模式属于沿海岸线的距离隔离模式,遗传差异大小与地理距离远近相关.进行分子方差分析(AMOVA)得到遗传变异固定指数(FST=0.044 04,p＜0.05),显示大部分变异(95.60%)发生在群体内部,群体间变异较小(4.40%).     

昆明西山野生蘡薁葡萄资源及其遗传多样性分析

调查了昆明西山野生蘡薁葡萄(Vitis bryoniaegolia Bge)的分布特征,并利用RAPD分子标记对其5个群体的遗传多样性进行了分析.采用5个RAPD引物扩增,共产生71条DNA条带,其中多态条带68条.在物种水平上,蘡薁葡萄多态位点百分率(PPB)为95.77%,Nei's基因多样性指数(H)为0.3442,Shannon's多样性信息指数(Hsp)为0.5100;在群体水平上,PPB差异较大(35.21%～84.51%),平均值为60.85%,H平均为0.2234,Ho平均为0.3305.各群体间的Nei's遗传一致度(I)范围为0.7171～0.9489.基于Nei's遗传多样性分析得出的群体间遗传分化系数Gst=0.3269,表明西山蘡薁葡萄的遗传多样性主要来源与群体内而不是群体间.Mantel检测发现,群体间的遗传距离和物理距离之间呈显著的正相关(r=0.981,P=0.0190.05).     

基于AFLP技术的不同群体虾夷扇贝遗传结构及多样性研究

利用17组AFLP引物对虾夷扇贝中国天然群体、中国养殖群体、人工培育的＂象牙白＂双面白壳群体及俄罗斯群体和日本群体共150个个体进行遗传多样性分析,共获得391条清晰可辨的条带,多态位点比例分别为83.12%、68.54%、79.54%、70.59%和84.14%;Shannon指数分别为0.5639、0.4657、0.4067、0.4795和0.5705;遗传多样性指数分别为0.4035、0.3335、0.3867、0.3435和0.4083,群体内遗传变异系数为0.3651,群体间遗传分化系数为0.1454,群体间遗传流动系数为2.9396.本研究还发现了各群体的差异性AFLP位点,其中E6M1-283位点是＂象牙白＂群体的特异性位点;5个虾夷扇贝的群体聚类结果显示：中国的天然群体、中国养殖群体、＂象牙白＂群体首先聚为一类,尔后与日本群体聚在一起,俄罗斯群体单独聚为一类;同时,本研究还进行了150个虾夷扇贝的个体聚类分析.本研究对开展虾夷扇贝资源保护、优良品种培育具有重要的意义.     

凡纳滨对虾选育系间杂交的生长性状及遗传多样性分析

对2个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)选育系(A和B)的自繁与杂交后代的生长性状及遗传多样性进行了分析.养殖对比实验结果表明,杂交组合AB生长性状优于其他各组,表现出较好的杂种优势.使用11对荧光标记的微卫星引物对4个凡纳滨对虾自繁与杂交群体以及1个从美国引进的初代亲本SIS群体的基因组DNA进行扩增,结果显示除AA群体外,其余4个群体均表现出较丰富的遗传多样性,观测到的平均等位基因数(Na)为4.273~5.636,平均期望杂合度(He)为0.586~0.629,平均多态信息含量(PIC)为0.512~0.556.遗传距离分析结果显示,SIS群体和AA群体的遗传距离最远(0.670 4),而与AB群体的最近(0.131 4).研究结果表明,引自美国的凡纳滨对虾群体经多代自繁后,其遗传多样性水平降低;而选育系间杂交则可使杂交后代的生长性状和遗传多样性水平得到改善.     

玫瑰冠鸡资源群的微卫星多态性分析

利用8个微卫星DNA标记分析了玫瑰冠鸡(50只)及其杂交鸡(40只)的群体遗传变异。计算了各群体在各位点上的等位基因频率,并据此计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和有效等位基因数。结果表明:2个鸡群在8个微卫星座位上的基因频率存在明显的差异。所选的8个微卫星座位均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡群体遗传多样性的分析。     

四川黑山羊品种(群体)的RAPD标记研究

从5组24个随机引物中筛选出16个重复性好的多态引物,对四川9个黑山羊品种(群体)共计572只个体,进行随机扩增多态DNA(RAPD)标记研究.结果表明,16个引物扩增出125条带,其中102条带呈现多态,多态率为81.61%.不同引物扩增出的DNA片段在各品种(群体)中的分布频率不同.9个黑山羊品种(群体)间相似系数为0.7533～0.9642,遗传距离指数为0.0358～0.2467.引物OPQ-06(序列为GAGCGCCTTG)未在乐至黑山羊中扩增出900bpDNA片段,而在其他8个黑山羊品种(群体)中出现率均为1,可作为区分乐至黑山羊和其他8个黑山羊品种(群体)的分子遗传标记.引物OPK-03(序列为CCAGCTTAGG)未在江安黑山羊扩增出550bpDNA片段,在其他8个黑山羊品种(群体)中出现率均为1,可用于区分江安黑山羊和其他8个黑山羊品种(群体)的分子遗传标记.     

厦门近海横带髭鲷野生群体遗传结构分析

采用RAPD和ISSR分子标记技术对厦门近海横带髭鲷野生群体46个个体进行遗传多样性分析.在RAPD分析中筛选出31个随机引物,共扩增产生235个可统计的条带,其中多态性条带106个,多态位点百分率为45.11%,Shannon's遗传多样性指数为0.243 0;在ISSR分析中筛选出16个ISSR引物,共扩增产生119个可统计的条带,其中多态性条带76个,多态位点百分率为63.78%,Shannon's遗传多样性指数为0.348 9.与其它鱼类横向对比显示,厦门近海横带髭鲷野生群体的遗传变异处于中上水平,具有较高的遗传多样性.     

蓝鳍金枪鱼和黄鳍金枪鱼遗传多样性的AFLP分析

利用选择性扩增片断长度多态性分子标记技术(Amplified fragment length polymorphism,AFLP),分析了采自日本九州海域蓝鳍金枪鱼(Thunnus thynnus)和台湾海域黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares)野生群体的遗传多样性水平.结果表明:9 对选择性引物在 2 种金枪鱼中共扩增出675个位点(100～750 bp),其中蓝鳍金枪鱼和黄鳍金枪鱼多态位点分别为388个和368个.蓝鳍金枪鱼和黄鳍金枪鱼的多态位点比例、Shannon 遗传多样性指数分别为57.48%和54.52%,0.330 1和0.301 8.AMOVA分子方差分析显示:种间遗传分化中,83.79%的遗传变异由种间贡献,而16.21%的变异分布于种内个体之间.同其他鱼类比较,2 种金枪鱼显示了较为丰富的遗传多样性水平,其种质资源处于较好的水平.研究结果将为我国蓝鳍金枪鱼和黄鳍金枪鱼的资源保护与合理利用提供重要的理论依据.     

鳡鱼群体遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术对长江下游苏州段野生和野生F1代人工养殖的2个鳡鱼(Elopichthys bambusa)群体遗传多样性进行分析研究.6对选择性引物在2个群体47个个体中,共扩增出313个位点,多态位点47个.鳡鱼野生和野生F1代人工养殖2个群体的多态位点比率和Shannon's指数分别为13.42%、8.31%,0.0544、0.032 O;前者遗传多样性较后者略高.基因分化系数Gst 和Shannon's指数分析均显示2个鳡鱼群体之间出现一定遗传分化.鳡鱼UPGMA系统树有分支出现且依据群体分别聚类,表现出一定的遗传趋异.结果分析表明,鲢鱼群体的遗传多样性相对贫乏;野生F1代人工养殖群体尚未形成自己独立的遗传结构,但2个群体间已经产生了一定的遗传分化,经过较多世代的人工繁育有可能形成自己独立而稳定的遗传结构.     

野生和人工选育黄河鲤遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对采集于长垣天然文岩渠(野生群体)、河南省水产科学研究院(黄河品系Ⅰ群体)、小浪底水库(野生群体)、河南黄河鲤鱼良种场(豫选黄河鲤群体)的4个群体黄河鲤的120个个体的遗传多样性进行了分析.8个ISSR引物共获得64个扩增位点,其中多态位点31个,多态位点比例为48.44%.4个群体的多态位点比例分别为14.06%,32.81%,34.38%和20.31%,遗传距离分别为0.0576、0.1657、0.1674和0.0800,Nei基因多样性分别为0.0538、0.1099、0.1308和0.0723,Shannon信息指数分别为0.0784、0.1669、0.1923和0.1072.文岩渠群体与黄河品系Ⅰ群体遗传距离最远(0.1717),与小浪底水库群体遗传距离最近(0.0558).表明这些群体间发生了较弱的遗传分化.UPGMA聚类结果为文岩渠群体与小浪底群体先聚在一起,其次是与豫选黄河鲤,最后与黄河鲤品系Ⅰ相聚.用AMOVA进行遗传变异方差分析得到遗传变异固定指数(Φst=0.0179,P0.05),显示黄河鲤大部分变异(98.21%)发生在群体内,群体间变异较小(1.79%).说明人工选育群体的遗传结构尚未发生明显变化.     

洞庭青鲫和彭泽鲫DNA提取及其RAPD分析

DNA样品检测结果表明:彭泽鲫基因组DNA的平均产率为735,洞庭青鲫基因组DNA的平均产率为447.1;从80个随机引物中筛选出5个引物对彭泽鲫和洞庭青鲫两个群体进行了RAPD分析.结果发现彭泽鲫群体多态位百分率为57.5%,群体内遗传相似度和遗传距离分别为0.850和0.150;洞庭青鲫群体多态位点百分率为56.65%,遗传相似度和遗传距离分别为0.927和0.073;两群体间相似率和遗传距离分别为0.811和0.189.这表明洞庭青鲫群体具有较低的遗传多样性,彭泽鲫群体内的遗传多样性相对较高,但洞庭青鲫与彭泽鲫两群体间存在遗传差异.     

利用RAPD技术对蒙古韭不同居群的遗传多样性研究

采用RAPD方法分析了内蒙古野生分布的蒙古韭(Allium mongolicum Regel)10个不同居群的遗传多样性、遗传分化和遗传距离等.12个随机引物扩增出的多态带占总谱带的 95.65%;总的遗传多样性为0.2977;1.74%的遗传变异存在于居群间,而98.26%的遗传变异都存在于居群内部;遗传距离在0.2177～0.5965之间;地理距离与遗传距离不相关.