抑癌基因P53与肾母细胞瘤的研究进展

目的 :介绍近年来肾母细胞瘤(wilm瘤)与P53基因的研究进展。方法:查阅国内外有关文献进行综述。结果 :在wilms瘤中存在P53基因的丢失、突变和异常表达。结论 :P53基因与wilm瘤的发生及预后明确相关。     

基于GEO数据库对IgA肾病关键基因的筛选及生物信息学分析

目的:IgA肾病(IgAN)是引起终末期肾病(ESRD)最常见的原发性肾小球肾炎,其潜在发病机制和关键基因有待深入地探索,本研究旨在确定IgAN发病的关键基因.方法:从高通量功能基因组(GEO)数据库中获取IgAN相关表达谱芯片GSE93798和GSE37460,筛选出两个数据集中共同的差异基因.通过基因本体论(GO)...     

肾透明细胞癌关键枢纽基因的筛选及生物信息学分析

目的:旨在通过生物信息学方法筛选与肾透明细胞癌(ccRCC)发生、发展相关的关键枢纽基因.方法:从公共基因数据库下载ccRCC基因芯片数据集(GSE66270)并筛选ccRCC组织与正常癌旁组织样本间的差异表达基因.R软件的clusterProfiler程序包用于差异表达基因的基因本体(GO)功能注释、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.使用STRING数据库、Cytoscape软件构建蛋白互作网络(PPI)并筛选关键枢纽基因.通过GEPIA数据库对关键枢纽基因进行验证和预后分析.结果:共筛选出280个差异表达基因.GO分析结果显示差异表达基因在离子的稳态、跨膜转运和离子跨膜转运蛋白活性中显著富集.KEGG富集分析结果显示,差异表达基因主要参与PPAR信号通路、补体和凝血级联反应以及胆固醇代谢等相关肿瘤信号通路.从差异表达基因中筛选出7个关键枢纽基因,包括3个上调基因C3、CXCR4、CXCL9和4个下调基因EGF、ALB、KNG1、CASR.生存分析结果显示,关键枢纽基因C3和CASR与ccRCC患者的预后不良相关.结论:通过生物信息学方法筛选了与ccRCC发生、发展相...     

神经母细胞瘤的血液学分析

本论述对9例病例初治时血常规、骨髓像及骨髓细胞化学染色、病理活检、细胞化学染色及免疫表形分析,同时分析临床特征、影像学及生化指标,为提高神经母细胞瘤的诊断率提供借鉴.     

氧化应激状态下心肌细胞中长链非编码RNA的差异表达谱分析

为了寻找氧化应激状态下与心脏疾病有关的lncRNA,采用基因芯片法对正常心肌细胞和H2O2诱导的心肌细胞进行lncRNA和mRNA表达图谱分析,通过基因本体论和通路分析探索差异表达基因的功能,构建lncRNA和mRNA共表达网络,从差异表达的ln-cRNA中选取10组上调和10组下调差异显著的lncRNA进行RT-qP...     

SPATA12基因在多种肿瘤中的组织芯片表达谱分析

为了检测生精相关基因SPATA12在多种肿瘤组织中的表达及其与临床病理特征的关系,采用数字虚拟Northern方法分析SPATA12在41种正常组织及其相应肿瘤组织中的表达丰度;利用组织芯片技术结合原位杂交的方法,对96例多器官肿瘤组织芯片和208例肺肿瘤组织芯片样本中SPATA12基因的表达情况进行检测.虚拟Northern结果显示,SPATA12主要表达于正常睾丸组织以及少部分肺癌组织中.组织芯片原位杂交结果显示,SPATA12在多种肿瘤组织中表达频率不一,主要在皮肤恶性黑色素瘤、前列腺癌及前列腺慢性炎症组织、胃癌、结肠癌、甲状腺乳头状癌等肿瘤组织中高表达;在肺肿瘤组织中,SPATA12主要表达于非小细胞肺癌,其中在腺癌、鳞癌、类癌和大细胞癌组织的阳性表达率分别为16.13%,29.17%,30%和100%.SPATA12的阳性表达率与肺癌不同病理类型相关(P<0.01),而与年龄、性别以及临床分级无关(P>0.05).SPATA12基因具有肿瘤-睾丸抗原的组织表达谱特点,其阳性表达与肺肿瘤组织的不同病理类型存在明显的相关性,对肺肿瘤的分子分型有一定的参考价值.     

腹腔镜下保留肾单位手术治疗肾肿瘤的护理

腹腔镜微创手术具有恢复快、创伤小等特点，现在已经广泛应用于多种肾脏疾病的治疗并逐渐取代传统开放手术方式。经腹腔路径腹腔镜下保留肾单位手术有效地保护了肾功能并达到了手术治疗肿瘤的目的，术后常见并发症有继发出血、尿漏．皮下气肿、肾功能不全、下肢深静脉血栓等。本次研究对50例腹腔镜下保留肾单位手术并发症的预防及护理情况进行了分析探讨。     

TGF-β_1、Caspase-3和WT1在肾活检肾小球肾炎组织中的表达及临床病理意义

目的:探讨转化生长因子β1(TGF-β1)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(Caspase-3)及肾母细胞瘤抑癌基因蛋白(WT1)在肾活检肾小球肾炎组织中的表达及其意义。方法:采用Envision法对40例肾小球肾炎组织及7例对照组肾组织进行TGF-β1、Caspase-3和WT1免疫组织化学染色标记、分析。结果:TGF-β1、Caspase-3、WT1在各种肾炎组织中均有表达,各实验组与对照组差异有统计学意义(P0.05)。TGF-β1在系膜增生性肾小球肾炎组的表达明显低于膜性肾病组(t=-4.131,P=0.002);Caspase-3在各组别中其表达差异无统计学意义;WT1在大量高蛋白尿组表达低于非大量蛋白尿组(t=-2.130,P=0.046);其余组别差异无统计学意义。WT1的低表达与TGF-β1、Caspase-3的高表达相关。结论:TGF-β1、Caspase-3表达的上调及WT1表达的下调与肾病理改变密切相关,蛋白尿和足细胞减少可能是肾脏病进展的预测因子及肾小球硬化的原因。     

锌指结构基因ZNF302序列的克隆与表达谱分析

从人脑脑cDNA文库中克隆到1条1685nt的锌指蛋白新基因cDNAycb gq ,命名为ZNF302,生物信息学分析表明,ZNF302的C末端含有13个保守的C2H2锌指结构;Northern-blot结果提示这一基因可能存在3．0kb和4.2kb的2种转录本。Unigene软件包分析,该基因定位于19号染色体19q13.2-13.3;cDNA基因芯片检测显示疤痕成纤维细胞经TGFβ1刺激和ECV304细胞经PMA,LPS刺激后,ZNF302基因表达明显升高,提示其与细胞增殖的正调控有关。     

基于非线性回归分析的差异基因选择方法

提出了一种新的用于微阵列基因差异表达多重假设检验的统计量计算方法,该方法利用基因表达值到各类样本数据中心的距离作为统计量进行多重假设检验,各统计量之间没有相关性,并且有效地减弱了数据噪声带来的假阳性结果,从而提高了多重假设检验的功效,所选择出的基因集也具有更好的分类能力.     

基于生物信息学和机器学习探究溃疡性结肠炎能量代谢关键基因及其潜在机制

为鉴定溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)中与能量代谢相关的关键基因,通过从GSE87466数据集中提取能量代谢相关基因的表达量并进行差异分析后对其进行富集分析,使用最小绝对收缩和选择算子(the least absolute shrinkage and selection operator, LASSO)算法和支持向量机器-递归特征消除(support vector machine-recursive feature elimination, SVM-RFE)算法识别UC能量代谢关键基因,对关键基因进行富集分析、免疫浸润分析、关键基因靶向药物预测和构建ceRNA网络,最后用GSE75214作为验证集对关键基因的表达进行验证。结果表明：共筛选出32个与能量代谢相关基因,通过LASSO和SVM算法鉴定出5个关键基因(SLC16A1、ACSF2、NR1H4、CHST11和CBR3)。单基因富集结果显示关键基因通过糖酵解/葡萄糖新生、丁酸代谢、丙酮酸代谢等途径参与UC的发生发展。验证集GSE75214对关键基因进行验证发现表达均具有差异。为从能量代谢角度治疗溃疡性结肠...     

Microarray-Based Differential Expression Monitoring of 79 Novel Genes in Human Fetal Tissues

0　ＩｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎＬａｒｇｅ ｓｃａｌｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇａｎｄｔｈｅａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｅｘｐｒｅｓｓｅｄｓｅｑｕｅｎｃｅｔａｇ(ＥＳＴ)ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙｈａｓｌｅｄｔｏｔｈｅｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｈｕｎｄｒｅｄｓａｎｄｔｈｏｕｓａｎｄｓｏｆｇｅｎｏｍｉｃｓｅｑｕｅｎｃｅｓｆｒｏｍｖａｒｉｏｕｓｍｉｃｒｏｂｅｓｔｏｍｕｌｔｉｃｅｌｌｕｌａｒｅｕｋａｒｙｏｔｅｓａｎｄｐｌａｎｔｓ[1,2 ] .ＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎａｎａｌｙｓｉｓｏｆｅａｃｈｋｎｏｗｎｇｅｎｅｏｒＥＳＴｕｓｉ…     

乳腺癌脑转移差异表达基因的生物学功能分析

乳腺癌脑转移(breast cancer brain metastasis,BCBM)的发病机制尚未明确。为了探究BCBM的发病机制,对BCBM差异表达基因的生物学功能进行研究并筛选关键调控基因。从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)下载4个BCBM基因表达谱数据(GSE12237、GSE100534、GSE125989以及GSE43837),采用R语言筛选差异表达基因,采用富集分析包括基因本体分析(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书分析(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)进行生物学功能分析,采用STRING和Cytoscape分析蛋白质相互作用网络,采用Kaplan-Meier进行生存分析。结果表明,同时存在于2个及以上基因表达谱数据中的差异表达基因261个,GO分析主要涉及细胞外基质组织、细胞外结构组织等生物过程,细胞外基质结构组成、胶原结合等分子功能,含有胶原的细胞外基质、胶原蛋白三聚物等细胞组分;KEGG分析主要涉及蛋白质消化和吸收、局部黏附等通路。蛋白质相互作用网络分析得到9个关键调控基因,其中,DCN、COL6A1与BCBM的生存率显著相关,可作为潜在的BCBM关键调控基因,并为BCBM分子机制的研究提供思路。     

Identification of genes associated with cotyledon senescence in upland cotton

Leaf senescence in plants is an essential develop- mental phase, and an understanding of senescence is important not only for pure scientific reasons, but also for practical purposes. During the last decade, a number of senescence-associated genes (SAGs) …     

NaCl胁迫下红砂种子萌动期差异表达基因的转录组分析

【目的】筛选NaCl胁迫下红砂萌发期的差异表达基因,为耐盐碱树种选育提供基因资源。【方法】以前期拟合的萌发阈值浓度(273 mmol/L,记为M)、最适萌发浓度(43 mmol/L,记为L)、蒸馏水(记为C)处理红砂种子,每个处理3次重复,待胚根突破种皮,不超过2 mm时取出,进行转录组测序。【结果】分别在L与C对比组(记为LvsC)、M与C对比组(记为MvsC)、M与L对比组(记为MvsL)中筛选出210、2 273、2 888个差异表达基因,其中LvsC中116个上调表达,94个下调表达; MvsC中1 781个上调表达,492个下调表达; MvsL中2 165个上调表达,723个下调表达; 上调表达基因在KEGG富集中主要集中在核糖体、碳代谢、细胞色素P450代谢、谷胱甘肽代谢等途径,下调表达基因主要富集在蔗糖淀粉代谢、内质网蛋白质加工等过程。【结论】盐胁迫条件下,差异基因诱导相关反应协同发挥作用,最终使胚轴细胞伸长,突破种皮完成萌发。     

基于必需基因数据库的微生物必需基因的分析

维持某种生物细胞生长所必需的基因被称为是这个物种的必需基因．这些基因组成了该物种生存所需要的最小基因集合．本文构建了必需基因数据库（DEG）以及探索必需基因数据库的可能应用，应用Z曲线方法分析了枯草杆菌（Bacillus subtilis）中必需基因和非必需基因的核苷酸分布，并且通过蛋白质序列比对的方法对大肠杆菌（E．coli K12）的必需基因进行理论预测，同时分析了大肠杆菌基因组当中必需基因的功能分类，探讨了通过序列比对的方法确定微生物必需基因的可行性．     

Identification of auxin responsive genes in Arabidopsis by cDNA array

The plant hormone auxin influences a variety of developmental and physiological processes. But the mechanism of its action is quite unclear. In order to identify and analyze the expression of auxin responsive genes, a cDNA array approach was used to screen for genes with altered expression from Arabidopsis suspension culture after IAA treatment and was identified 50 differentially expressed genes from 13824 cDNA clones. These genes were related to signal transduction, stress responses, senescence, photosynthesis, protein biosynthesis and transportation. The results provide the molecular evidence that auxin influences a variety of physiological processes and pave a way for further investigation of the mechanism of auxin action. Furthermore,we found that the expression of a ClpC (regulation subunit of Clp protease) was repressed by exogenous auxin, but increased in dark-induced senescing leaves. This suggests that ClpC may be a senescence-associated gene and can be regulated by auxin.     

菠菜SoSWEET蛋白家族基因鉴定与表达分析

以现有菠菜基因组信息为基础,通过生物信息学方法筛选鉴定16个菠菜SoSWEET蛋白家族成员,命名为SoSWEET1~SoSWEET16.氨基酸残基数量在648~1 140之间,分子质量在54 070.32~95 868.64 u之间,理论等电点（pI）在5.06~5.19之间.亚细胞定位预测有6个SoSWEET蛋白定位于细胞膜,5个SoSWEET蛋白定位于内质网,5个SoSWEET蛋白定位于细胞膜、内质网.系统进化分析将菠菜SoSWEET蛋白家族分成4个亚族,在此基础上对基因结构、保守基序、顺式作用调控元件等进行分析.共鉴定了10个高度保守基序,其中所有菠菜SoSWEET蛋白都包含基序1,2和4,是构成菠菜SoSWEET蛋白中最高度保守的部分.所有菠菜SoSWEET蛋白家族成员都含MtN3_slv和PQ-loop superfamily结构域.大多数SoSWEET蛋白家族的基因含有5个内含子.顺式作用元件预测结果表明,菠菜SoSWEET基因启动子上包含光响应、生长发育、植物激素响应和逆境胁迫响应等顺式作用元件.组织表达分析表明,所有SoSWEET基因在根、茎、叶和叶柄中都有表达,霜霉病胁迫处理后16个基因表现出不同响应变化.本研究为后续深入研究菠菜SoSWEET蛋白家族成员的功能提供了重要参考.     

免疫基因和代谢基因 在胃癌患者预后分析中的比较研究

胃癌是1种预后效果较差且预后分析涉及许多因素的恶性肿瘤,其中免疫基因和代谢基因都与胃癌的预后密切相关.首先利用LASSO回归构建预后风险评分模型,经过一系列的图表对比研究后发现利用免疫基因能更好的分析胃癌患者的生存状况,有较高的准确性(AUC=0.799).另外,通过寻找ROC曲线中的最佳截断值(cutoff=-0.0...