Isolation and identification of a novel coronavirus from wild bird

A novel coronavirus strain was isolated from laryngotracheal swab of wild partridge and designated as partridge/GD/S14/2003 (S14). Its whole genomic sequence was obtained (GenBank Accession number: AY646283) through RT-PCR amplification, cloning, nucleotide sequencing, and analysis by the DNASTAR program. To investigate the origin of the virus, we further analyzed the nucleotide sequences of the main structural proteins, and compared those with other available virus isolates. Our results showed that the highest nucleotide homologies between the S1 gene of S14 strain and those of nephrogenic-type strains JX1-99 and TJ2-96 were 94.6% and 93.4%, respectively. In addition, a relatively high genetic identity, 85% and 84.3%, respectively, was detected between S1 gene of S14 and those of strains QXIBV and LX4. The results suggested that the S14 strain may be originated from or related to nephrogenic-type and proventriculus-type infectious bronchitis virus (IBV). The highest nucleotide homology between the S2 gene of S14 strain and those of QXIBV and LX4 was 85% and 84.3%, respectively and all of them belonged to group II coronaviruses. The highest nucleotide homology between the M gene of S14 strain and those of strains SAIB20 and GD6-98 was 90.6% and 90.2%, respectively by which S14 belonged to group III. Although they displayed high level of genetic identity in S1 and S2 gene, there was lower homology of M coding sequences between S14 and BJ, and between S14 and QXIBV strains. Phylogenetic analysis of N gene indicated that group I strains might evolve from RNA recombination between strain H52 and Gray; while group II strains from strain H120 and D1466. S14 strain had the highest N gene homology with strain QXIBV which was 95.7%, thus classified as a group III member. Strains SAIB20 and GD6-98 which were closely related to the M gene of S14 strain belonged to group I and IV, respectively. A possible role of partridge S14 strain may play in the process of coronavirus evolution is discussed.     

鸡传染性支气管炎病毒(IBV)H52疫苗株S1基因的克隆与序列测定

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列。设计了一对引物并以RT-PCR特异性扩增出IBV H52疫苗株的S1基因，基因产物大小为1．62kb，与设计相符，对其进行序列测定后，与其他标准毒株H120，M4l，BEAU株的S1基因进行同源性比较，结果表明，H52株与H120，M41和BEAU株的核苷酸序列的同源性分别为91．1％，96．9％和96．8％，由此可以看出，IBVH52疫苗株与标准毒株在Sl基因上具有高度的同源性。     

鸡传染性支气管炎病毒M41及疫苗株H52,H120 S1基因的克隆与序列测定

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列,设计了一对引物并以RT—PCR特异性扩增出IBV标准强毒株M41和疫苗株H52,H120的S1基因,基因产物大小为1．62kb,与预期相符,对其测定序列后,同源性比较显示M41株与H52,H120的核苷酸序列的同源性分别为99．2％和97．1％,推导的氨基酸序列的同源性分别为98．3％和95．4％,该结果表明IBV M41与疫苗株H52,H120在S1基因上具有高度的同源性。     

PRRSV福建流行毒株结构蛋白基因之克隆分析

对福建省流行的PRRS病毒FJ-1的结构蛋白基因进行了克隆、测序.FJ-1结构蛋白基因序列长3 188个核苷酸,包含7个开放阅读框(ORF).将FJ-1结构蛋白基因与国内外已发表的18个报道全长结构蛋白基因的PRRSV毒株进行核苷酸序列和推定的氨基酸序列比较,发现:其与17个美洲型毒株核苷酸同源性达到89.7%～92.4%,推定各个ORF编码氨基酸的同源性在85.6%～98.6%之间;而与欧洲型毒株Lelystad核苷酸同源性为54.9%,推定各个ORF编码氨基酸同源性为53.2%～78.2%.遗传进化树分析表明FJ-1与美洲型毒株进化距离近,而与欧洲型毒株进化距离远.从分子水平上证明了福建省流行的PRRS病毒属于美洲型毒株.     

H5N1亚型禽流感病毒M基因的克隆与分子进化分析

以一株H5N1亚型禽流感病毒RNA为模板,用RT-PCR方法,扩增M基因全长,将PCR产物克隆于pMD18-T载体,测序结果表明所克隆的982个核苷酸的片段包含了M1和M2基因的完整阅读框架,通过软件推导M1和M2基因分别编码252和97个氨基酸,将M全长序列与Genbank收录的10株H5N1亚型流感病毒M基因序列进行比较,病毒株之间M基因核苷酸序列同源性为92.3%～99.3%,编码的两个蛋白M1和M2氨基酸序列间同源性分别为为96.0%～98.8%和92.9%～99%,分子进化分析揭示了病毒株间的亲源关系.     

鸡新城疫病毒ND-xx08株F基因的克隆及分析

新城疫病毒（NDV）ND-xx08毒株经10 d龄SPF鸡胚增殖后,提取其基因组RNA并反转录成cDNA,用NDV F基因特异性引物,经PCR扩增后获得与F基因预期大小一致的DNA片段。将NDV F基因片段克隆到pMD18-T载体上,并进行EcoR I和Hind III双酶切鉴定和测序鉴定。结果显示,ND-xx08毒株F基因片段的长度为1 662 bp,共编码554个氨基酸,F蛋白的裂解位点为112R-R-Q-K-R-F117,是典型强毒株氨基酸序列结构。将NDV ND-xx08株F基因的47 bp到420 bp序列与新城疫病毒基因型I至基因型Ⅸ毒株的相同序列绘制病毒基因进化树,显示ND-xx08分离株属于基因Ⅶe型。将NDV ND-xx08株F全基因与国内外发表的23株NDV F基因核苷酸序列和氨基酸序列的同源性比较分析,结果表明,其核苷酸序列的同源性在82.7%~97.8%之间,氨基酸同源性在87.5%~97.7%之间。     

貉源犬瘟热病毒昌黎株的分离鉴定及其H基因序列分析

为了解河北省毛皮动物犬瘟热病毒的流行及遗传变异情况,采用Vero细胞从具有犬瘟热临床症状的貉肺脏样品中分离出一株病毒,经过间接免疫荧光、RT-PCR和动物回归试验等鉴定,分离的病毒为犬瘟热病毒(CDV),命名为CDV CL14株。对该病毒血凝蛋白H基因进行克隆测序和遗传进化分析表明,CDV CL14分离株属于Asia-1型,为我国的流行毒株,H基因核苷酸及其编码氨基酸序列与我国流行毒株有较高的同源性,其中核苷酸同源性最高的为He B(09)1株和LN-13-1株,同源性同为99.1%,而氨基酸同源性最高的为LN-13-1株,同源性为99.3%。     

羊口疮病毒新疆野毒株SHZ1 B2L和F1L基因的克隆及遗传进化分析

为了研究羊口疮病毒(ORFv)新疆野毒株的遗传进化情况,参照GenBank公布的ORFv B2L和F1L基因序列,设计特异性引物,对ORFv SHZ1新疆野毒株B2L和F1L基因进行PCR扩增,克隆、测序后进行遗传进化分析。结果表明:新疆野毒株SHZ1与GenBank公布的不同地域的17个流行株相比,B2L基因核苷酸同源性为97.28%～98.86%,推导氨基酸同源性为88.65%～90.50%;F1L基因核苷酸同源性为94.56%～97.07%,推导氨基酸同源性为93.82%～95.88%。基于B2L基因的遗传进化树分析发现,SHZ1株B2L基因与我国现用疫苗株B2L基因亲缘关系较近;而基于F1L基因的遗传进化树显示,SHZ1株与意大利分离株的亲缘关系最近。本研究提示ORFv SHZ1株可能是国外流行株与疫苗株重组后产生的一个变异株。     

十字花科部分蔬菜HRD基因的克隆与生物信息学分析

根据NCBI上得到的拟南芥HRD基因序列,利用同源序列克隆的方法,设计引物,从12种十字花科蔬菜中克隆出其核酸序列,并进行生物信息学分析,旨在验证克隆出的序列与拟南芥HRD基因是否具有同源性.对这些得到的核酸序列从DNA序列、氨基酸序列的相似性、亲/疏水性、2级结构、功能域、3级结构、同源进化树等进行了预测和较为全面的分析.结果显示经PCR扩增,都得到了大小与拟南芥HRD基因基本一致的序列,长度在555bp左右.其基因序列、氨基酸序列比对同源性分别达到93.14%和89.74%;亲/疏水性分析表明该基因编码的蛋白为亲水性蛋白;推导的氨基酸序列中均存在AP2功能结构域,属于十字花科AP2/ERF类家族转录因子基因;同源进化树分析表明它们具有很高的同源性,说明所克隆的序列与拟南芥HRD基因由同一个基因进化而来,是十字花科植物中的保守基因.     

猪流行性腹泻病毒变异株的分离鉴定及其S基因序列分析

为分析山东省2016年上半年猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行株变异情况,用Vero细胞从仔猪临床腹泻样品中进行病毒分离,通过细胞病变(CPE)观察、聚合酶链式反应(PCR)方法、免疫荧光(IFA)试验、电镜观察、动物回归试验和测序分析,分离鉴定1株PEDV毒株(SDMY1401株).将该毒株进行S基因序列分析和遗传进化分析,结果表明该毒株为PEDV流行变异株.该毒株S基因核苷酸序列与山东省分离株CH-SDZC-2015和河南省分离株CHHNAY-2015同源性最高为99.4%,与疫苗毒株CV777同源性为94%.遗传进化分析表明该毒株与经典毒株DR13、疫苗毒株CV777及以前国内分离毒株在不同分支.     

高致病性PRRSV ORF6和ORF7基因的遗传变异分析

从GenBank中选取8株国内报道的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株,应用DNAStar软件对其ORF6、ORF7基因序列进行分析,与VR-2332株、LV株、国内及周边国家分离株进行核苷酸和推导氨基酸同源性比较,并绘制系统进化树.结果表明,高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株的ORF6、ORF7核苷酸与VR-2332株的同源性为95.1%-95.4%、93.8%-94.1%,与欧洲型（LV）的同源性为69.4%-69.6%、67.9%-68.5%;ORF6、ORF7推导氨基酸与VR-2332株的同源性为97.7%、94.4%-95.2%,与欧洲型（LV）的同源性为80.0%-80.6%、65.3%-66.1%.系统进化树表明,8株高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒株仍属于美洲型.说明猪繁殖与呼吸综合征病毒不断变异的现今,ORF6和ORF7基因依然高度保守.     

鸡新城疫强毒分离株SC01的分子特性及与La Sota和F48E8的交叉保护

对NDV四川分离鸡源强毒株SC01的F基因进行克隆测序,克隆的SC01 F基因片段长1600bp,编码的F蛋白裂解位点序列为112R-R-Q-K-R-F117,具有强毒株序列特征,聚类分析属基因Ⅶe型;F基因与国内外NDV代表株的核苷酸同源性为75.4 %～95.4 %,其中与鹅源毒株JS501Go 的同源性高达95.4%,与F48E8同源性为84.3%,与La Sota 的同源性为82%;La Sota弱毒活疫苗及F48E8灭活疫苗免疫小鸡2周后,对SC01的致死性攻击能提供完全保护.     

牦牛牛病毒性腹泻病毒P20和P14基因的克隆及序列分析

参考GenBank中多个BVDV毒株基因组序列,利用生物软件primer5.0设计两对引物,扩增出BVDV牦牛株 P20基因和P14基因.结果表明,克隆得到的P20基因序列为504 bp,与GenBank上发表的BVDV P20大小一致,P14基因序列为312 bp,与GenBank上发表的BVDV毒株比较有6个插入碱基.核苷酸序列的同源性及系统发生分析的结果表明,牦牛(Yak)株属于BVDV-1.     

日本脑炎病毒(JEV)内蒙古分离株M73-1E基因的5′端克隆及部分序列分析

根据国外报道的 JEV( Japanese encephalitis virus)基因组全序列 ,针对 JEV E基因 5′端设计合成一对特异引物 ,以日本脑炎病毒内蒙古分离株 M73-1 RNA为模板 ,经 RT-PCR扩增 ,获得 366bp的 JEV E基因 c DNA片段 .将此片段重组于质粒 p UC1 9中 ,并转化大肠杆菌DH5α.经 PCR扩增 ,酶切及序列分析 ,结果表明 JEV M73-1 5′端 1 2 6个核苷酸序列与 JEV日本 Nakayama株和 Ja OAr S982株的同源性分别为 96.8%和 96.8% ,氨基酸序列同源性均为 99.2 % .通过对病毒基因组结构分析从分子水平上进一步证实了 1 973年在呼和浩特市流行的脑炎是由 JEV引起的流乙脑炎 .E基因编码 JEV的囊膜糖蛋白 ,是其重要表面抗原 .JEV M73-1 E基因 5′端克隆和部分序列分析对 JEV的分子生物学研究、建立分子生物学诊断技术以及基因工程疫苗的研制均具有重要学术意义和实际价值     

新城疫病毒HB92株NP基因序列测定和分析

对NDV HB92株NP基因进行了序列测定和分析．结果显示，NDV HB92株NP基因全长1744个核苷酸，开放阅读框共1470个核苷酸，编码489个氨基酸；与其他10株NDV NP基因核苷酸同源性为88．3％～99．1％，氨基酸同源性为91．0％～98．9％；但HB92株与其亲本株QV4的核苷酸和氨基酸同源性只有90．3％和95．0％，不如与弱毒和中毒株的高；系统进化分析表明，HB92株与弱毒和中毒株的进化关系更近．以上结果表明，HB92株NP基因在序列上已远离无毒株而趋于向弱毒和中毒株进化．     

鹅细小病毒C日v强毒株VP3基因克隆及遗传进化

根据Genbank中的鹅细小病毒(GPV)B株全基因序列,设计合成一对引物,应用PCR技术扩增了GPV强毒株CHv的VP3基因片段,将扩增后的VP3基因重组到pMD18-T质粒载体上,并对擂人片段进行序列测定,将测序结果及由该结果推导的氨基酸序列与国内外分离的GPV,M DPV,PPV和CPV等不同宿主的细小病毒的VP3进行比对分析.结果表明:中国四川分离的GPV CHv株VP3基因长1 605 bp,编码 534个氨基酸,与国内外10株GPV的VP3基因进行比较,核苷酸同源性为93.4%-99.8%,氨基酸同源性为96.5%99.3%,其变异较小,是GPV保持一个血清型的分子基础.与番鸭细小病毒的核苷酸和氨基酸同源性分别为79.6%和89.9%,而与其他种属的细小病毒同源性均在30%以下,表明它们与GPV CHv株亲缘关系较远.     

乌江网箱养殖丁(魚歲)细菌的分离与分子鉴定

利用微生物学常用的细菌分离、纯化方法从丁(魚歲)中分离出9株菌株,编号分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ.分别扩增出9株菌株的16S rRNA基因约600 bp的片段,并对其测序,将测序结果输入到NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中,用BLAST工具对序列进行同源性比对分析,并利用MEGA4绘制系统进化树,结果表明:9株菌株的16S rRNA基因测序结果分别与不动杆菌(Acinetobacter)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophi-la)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)、不动杆菌(Acinetobacter)、希瓦氏菌(Shewanella baltica)、霍乱弧菌(Vibriocholerae)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiellapneumoniae)的16S rRNA基因的核苷酸序列同源,同源性分别为96%,99%,99%,97%,98%,98%,99%,98%,98%.9株菌株的系统进化树明显分为3支,Ⅰ和Ⅳ聚为一支,Ⅶ独聚一支,Ⅱ、Ⅲ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅷ、Ⅸ聚为一支,其中Ⅱ和Ⅷ相聚,Ⅲ和Ⅴ相聚后再与Ⅵ相聚,最后与Ⅸ相聚.     

羊传染性脓疱病毒吉林分离株F1L基因的克隆与同源性分析

通过参考GenBank中羊传染性脓疱病毒的F1L基因序列设计引物, 应用PCR技术的特异性扩增了羊传染性脓疱病毒JLSY04株的F1L基因片段, 测序得到了该病毒F1L基因序列, 并与几个参考毒株序列进行比对. 实验结果表明, 羊传染性脓疱病毒JLSY04株与OV/Torino株同源性最低, 为96.0％, 与Jilin株同源性最高, 为99.4%. 即该羊传染性脓疱病毒JLSY04株F1L基因与其他参考毒株间的差异较小, 可作为基因工程疫苗的目的基因.     

中国部分地区新城疫病毒的分子流行病学研究

选取1994年以来从中国部分地区分离的8株新城疫病毒（NDV）野外毒株,用反转录聚合酶链式反应（RT－PCR）技术扩增其F基因重要的功能区片段,同时进行克隆和序列测定,构建NOV的遗传进化树,分析其遗传关系。结果表明：所分离的毒株在分裂位点的氨基酸顺序均相当于NOV的强毒株。通过遗传进化树分析表明8株分离株中有7株为基因Ⅶ型新城疫病毒所引起的新城疫在国内呈流行趋势。     

A型口蹄疫病毒（FMDV）VP1基因遗传进化分析

对疑似感染FMDV的样本进行了FMDV VP1基因RT-PCR鉴定,测定了其中1个阳性样本序列(命名为HY).采用生物信息学软件比较了HY与参考序列的同源性,并构建VP1基因的分子系统树.结果表明:HY属A型FMDV亚洲拓扑型东南亚-97谱系,与我国近年来报道的A/GDMM/CHA/2013的序列相似性为99.1%,与AF/72疫苗株的相似性仅为79.0%.提示我国近年来报道的A型毒株与AF/72疫苗株的序列差异较大,应及时更换A型口蹄疫疫苗毒株.