封闭群实验用小型猪遗传标准的建立

目的建立封闭群实验用小型猪遗传质量标准和遗传质量检测方法。方法根据群体遗传学理论。参照实 验动物哺乳类实验动物的遗传质量控制(GB 14923-2001),在查阅大量文献资料的基础上,建立封闭群实验用小型 猪遗传标准。检测方法采用微卫星标记分析技术。从GeneBank中挑选出的100个猪微卫星位点进行PCR扩增和 条件优化,通过琼脂糖电泳、聚丙烯酰胺电泳和STR扫描三级筛选．根据位点在染色体分布情况和等位基因数目、 多态性等优化出适于封闭群实验用小型猪遗传检测的微卫星位点组合,建立检测方法。结果初步建立了封闭群 实验用小型猪遗传质量标准和检测方法。     

封闭群比格犬微卫星的筛选及初步应用

摘要:目的 筛选可用于比格犬遗传检测的微卫星位点,并对小型比格犬群体进行了遗传结构分析。 方法 选取来自文献的微卫星位点 120 个,包括比格犬位点 23 个和其他犬类遗传检测的位点 97 个。 用 DNA 池对这些位点进行 PCR 条件优化后,挑选扩增效果优良的位点对常用比格犬群体进行荧光标记 STR 扫描和群体遗传结构分析,依据期望杂合度( He)和香农指数挑选符合要求微卫星位点计算群体遗传参数。 结果 在候选的 120 个位点中共有73 个位点扩增效果优良,STR 扫描后选用 49 个位点进行遗传分析,结果显示该群体有效等位基因数、期望杂合度、平均杂合度、香农指数、多态性信息含量分别为 4. 9230、0. 7574、0. 7375、1. 6625、0. 7038,证明该群体遗传多态信息丰富,群体遗传多样性高。 结论 所选 49 个微卫星位点可用于比格犬遗传检测,这些位点还需用更多群体进行验证和优化。     

应用微卫星技术分析评价虎皮猫群体的遗传质量

目的应用微卫星DNA标记检测法评价虎皮猫群体的遗传结构。方法应用37个微卫星位点对25只虎皮猫的DNA样本进行PCR扩增,利用软件POPGEN1. 32,对扩增产物的测序结果进行统计分析,获得虎皮猫群体的遗传结构参数。结果该虎皮猫群体的平均观测等位基因数是4. 702 7,平均有效等位基因数是2. 690 7,平均有效杂合度是0. 602 1,平均多态性信息含量是0. 552 0。结论微卫星DNA标记检测法能够应用于虎皮猫群体的遗传质量检测,该虎皮猫群体的遗传结构符合封闭群实验动物的结构特征。     

新疆7个绵羊品种MHC区段微卫星遗传多样性的分析

为分析新疆北疆地区主要绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系,利用SSR Hunter软件寻找5个微卫星标记,采用PCR扩增,1%琼脂糖凝胶电泳,对新疆7个品种绵羊群体遗传多样性进行了检测分析,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数和平均基因纯合率,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和群体间的遗传距离。结果显示新疆7个绵羊群体共发现28个等位基因,实验证明在5个微卫星位点的平均多态信息含量为0.5569~0.7335,平均杂合度为0.6208~0.7437,有效等位基因数为2.7118~4.4203,均属于高度多态性位点。聚类分析和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。这5个位点作为与生产性能相关的遗传标记较为理想。     

北京地区两个封闭群巴马小型猪的群体遗传质量分析

目的对北京地区两个封闭群巴马小型猪群体进行遗传质量评价与分析。方法利用DB11/T828.3-2011中的25对微卫星引物,对A、B两个巴马小型猪群体进行微卫星分型及遗传参数计算。结果 A、B两巴马小型猪群体分别得到126和160个等位基因,平均杂合度分别为0.6541、0.6973,平均多态信息含量(PIC)分别为0.6037、0.6605,两者的遗传距离为0.2650。结论 B群巴马小型猪群体具有较好的遗传多样性和稳定性,符合封闭群动物的群体遗传特征。     

用基因扫描技术对新疆维吾尔族4个STR位点遗传多态性的分析

研究了新疆维吾尔族群体4个STR基因位点D5S18、D13S317、D7S820和D16S539的基因及基因型分布,获得4个基因库的群体贵传学数据。采用PCR扩增技术和基因扫描技术进行群体样本STR遗传结构分析,并与其他种族、人群的等位基因频率进行比较。结果表明,4个基因位点在新疆维吾尔族人群中均具有遗传多态性,4个基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律（P＞0．05）,不同人群基因频率分布存在一定的差异。     

北京地区汉族群体D1S1612 STR基因座的遗传多态性

目的首次调查中国北京地区汉族群体D1S1612基因座的等位基因频率分布.方法采用扩增片段长度多态性(Amp-FLP)分型技术对D1S1612 STR基因座进行检测.结果D1S1612检出9个等位基因,25种基因型.其STR基因座基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.01).个人识别机率(DP)为0.901～0.927.结论D1S1612 STR基因座属高杂合度、高识别能力的遗传标记,可用于法庭科学亲子鉴定和个人识别.     

封闭群长爪沙鼠遗传标准的建立

目的 建立封闭群长爪沙鼠遗传质量标准和遗传质量检测方法。方法根据群体遗传学理论,参照实验动物哺乳类实验动物的遗传质量控制（GBl4923—2001）,在查阅大量文献资料的基础上,建立封闭群长爪沙鼠遗传标准。检测方法采用微卫星标记分析技术。从GeneBank中挑选出的536个小鼠微卫星位点对长爪沙鼠基因组DNA进行PCR扩增得到135个长爪沙鼠微卫星,并优化PCR扩增条件,通过琼脂糖电泳和STR扫描二级筛选,根据位点在染色体分布情况、等位基因数目和多态性等优化出适于封闭群长爪沙鼠遗传检测的微卫星位点组合,建立检测方法。结果初步建立了封闭群长爪沙鼠遗传质量标准和检测方法。     

用45个SNP位点组合对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体的遗传状况分析

摘要：目的 利用单核苷酸多态性位点对国家啮齿类实验动物种子中心3个封闭群小鼠群体进行群体遗传结构分析。方法 选取文献中45个SNP位点,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术对来自国家啮齿类实验动物种子中心北京和上海分中心的ICR各1个群体,上海分中心的1个KM封闭群小鼠样本进行等位基因分型,分析群体遗传结构,并进行群体间遗传差异分析。结果 3个封闭群小鼠有效等位基因数(Ne)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、平均杂合度(Ha)、多态信息含量(PIC)、香隆信息指数等遗传参数各不相同。同一群体的结果与微卫星DNA和生化位点的结果相比,SNP检测的参数值较低。但将3个群体中单态的SNP位点去除后参数值有所上升,尤其香隆指数值与STR检测结果接近。结论 所选SNP位点可用于封闭群小鼠遗传质量检测,所检测的3个群体遗传多样性用杂合度评价为SKM >BICR >SICR。     

基于转录组测序的波纹巴非蛤微卫星标记研究

应用MISA软件对波纹巴非蛤转录组测序数据进行分析,共获得7378个微卫星标记,从中选取95个位点设计引物,并在一个野生波纹巴非蛤群体中进行分析验证,结果显示:95个位点中能够扩增出清晰条带的位点有30个,其中15个位点表现为单态,15个位点呈现多态.使用15个多态位点进行波纹巴非蛤群体的遗传多样性分析,结果表明:这15个位点的等位基因数为2~9,平均等位基因数为4.733,平均有效等位基因数为2.438,平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.270、0.516,平均多态信息含量为0.457.     

Hartley 豚鼠生物净化群体建立及微卫星遗传质量分析

摘要:目的 对现有 Hartley 豚鼠种群进行剖腹产净化,通过遗传检测,确认净化后的种群符合封闭群遗传特征。方法 生产群中不同繁殖单元广泛选择雌、雄个体,按 1 ∶ 1 比例合笼交配,于合笼后 70 d 实施剖腹产手术,仔鼠人工乳饲喂。 用循环交配法繁殖一代,从 F1 代中选取 30 个个体采集耳部组织样本,提取 DNA,应用 18 个豚鼠基因组微卫星位点进行 遗 传 检 测。 结 果 剖 腹 产 共 获 得 85 只 仔 鼠,成 活 56 只,离 乳 47 只 ( 23 雄、24 雌) ,成 活 率65. 9% ,离乳率 83. 9 % ;18 个豚鼠微卫星位点共检测到 81 个等位基因,平均杂合度 0. 5747,平均多态信息含量( PIC)0. 5216。 Hardy-Weinberg 遗传平衡检测,14 个位点符合 H-W 遗传平衡,3 个位点显著偏离 H-W 遗传平衡,1个位点呈现纯合状态。 结论 通过剖腹产对豚鼠种群进行了净化,净化后的群体具备较理想杂合度,属高度多态性群体,符合封闭群实验动物遗传特征。     

应用微卫星标记对三个昆明小鼠封闭群的遗传学研究

目的检测和分析我国主要昆明小鼠群体的遗传背景、遗传多样性及其遗传分离情况,为建立标准化昆明小鼠种群及其遗传背景建立和监测提供基础资料。方法应用筛选获得的15个微卫星标记及其荧光标记-半自动基因分型技术,对我国国家啮齿类实验动物种子中心(北京种群)、国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心(上海种群)、国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心与上海第一生化制药厂的融合F1代(融合种群)昆明小鼠种群进行遗传检测和分析,评估各群体的遗传背景、遗传多样性、群体间的遗传关系及进行品系融合后的遗传学变化。结果3个昆明小鼠种群在15个微卫星位点共检测到92个等位基因,每位点2～13个,平均6.13个;平均期望杂合度为0.5721,表明昆明小鼠具有较好的遗传多样性。北京种群、上海种群、融合种群分别检测到61、63、51个等位基因,其在15个微卫星位点的平均期望杂合度分别为0.4923、0.5177、0.4550,表明上海种群的遗传多样性略大于北京种群,融合种群的遗传多样性低于北京和上海种群。从等位基因组成上看,上海种群与融合种群共有基因数最多(43个),表明其较小的遗传差异;而北京种群和上海种群(37个)、北京种群和融合种群(32个)的共有基因数均明显少于上海种群和融合种群间的共有基因,表明北京种群和上海种群及融合种群间较大的遗传差异。群体间遗传变异分析表明,上海种群和融合种群间的遗传分化程度很弱,其Fst值为0.0222,遗传距离为0.0279;北京种群和上海种群遗传分化为中等,其Fst值为0.1433,遗传距离为0.3881;北京种群与融合种群间有较大遗传分化程度,其Fst值为0.1667,遗传距离为0.4162;根据Nei遗传距离进行UPGMA系统聚类表明上海种群和融合种群先聚为一类,再与北京种群聚为一类。结论利用15个微卫星标记,初步确定了3个昆明小鼠群体的遗传背景,从分子水平表明不同生产单位的昆明小鼠种群间具有中等或较大的遗传分化程度,种群融合过程中应采取适当措施避免封闭群遗传基因的丢失从而造成遗传多样性减少,研究结果为建立标准化昆明小鼠种群及其遗传背景建立和监测提供了基础资料。     

MHC单倍体型无特定病原体鸭的培育

目的 培育MHC单倍型无特定病原体单倍型鸭。方法 以国家禽类实验动物种子中心培育并保存的无特定病原体(SPF)麻鸭为基础,根据位于主要组织相容性复合体(MHC)核心区域的鸭抗原处理相关转运体分子(TAP)双拷贝基因(Tap1和Tap2)的多态性,分别利用Tap1基因组短串联重复序列(STR)、TAP2的肽结合区序列以及Tap2全基因组序列的基因型分型,连续选育主要组织相容性复合体(MHC)单倍型SPF鸭。结果 F0代和F1代鸭的STR结果完全一致;F2和F3代鸭的Tap1和Tap2基因组序列完全纯合。连续6个世代的Tap2基因组序列分析,B3群鸭有2个位点发生突变,B1、B2和B4遗传学稳定。结论 成功建立了4个MHC单倍体型SPF鸭群B1、B2、B3和B4,为深入开展鸭的免疫遗传学研究提供了实验动物支撑条件。     

四水系中华绒螯蟹天然群体遗传特征的微卫星标记分析

利用6对微卫星引物对当前长江、辽河、瓯江3个中华绒螯蟹天然群体以及莱茵河水系F2代群体共计80个个体进行群体遗传学研究.结果表明:4个中华绒螯蟹群体均具有较高的遗传多样性(其总体平均期望杂合度He为0.741 1).各群体在6个微卫星位点上的观察杂合度(Ho)均高于期望杂合度(He),其中长江群体、辽河群体、瓯江群体以及莱茵河F2代群体的平均观察杂合度分别为0.916 7、0.958 4、0.930 6、0.799 5,平均期望杂合度分别为0.749 6、0.741 6、0.758 5、0.714 9.瓯江群体的平均期望杂合度最高(平均He为0.758 5),莱茵河水系F2代群体最低(平均He为0.714 9),各群体间无显著性差异(P>0.05).本研究中各中华绒螯蟹群体在6个微卫星位点上的固定指数Fis多为负值,其中辽河群体的Fis最小(-0.348 5),莱茵河水系F2代群体的Fis最大(-0.166 9),提示本研究中各中华绒螯蟹群体内部存在着较为明显的远缘繁殖现象.本研究中各中华绒螯蟹群体间遗传距离介于0.068 8至0.174 3之间,其中长江群体与辽河群体间的遗传距离最小(0.068 8),瓯江...     

西藏石榴野生群体的SSR遗传多样性分析

【目的】调查西藏地区野生石榴种质资源,分析西藏野生石榴群体的遗传多样性和遗传结构,为野生石榴资源的保护和利用提供理论依据。【方法】使用13对SSR引物对3个自然群体共42份西藏地区野生石榴种质资源材料DNA进行PCR扩增,毛细管电泳检测扩增片段长度,使用GenAlEx和Arlequin等软件对SSR数据进行分析。【结果】13对引物共检测到44个等位基因,平均3.385个,引物的平均有效等位基因数(N_e)、香农信息指数(I)、期望杂合度(H_e)和多态信息量(PIC)分别为1.971、0.771、0.481和0.393。3个野生群体的平均有效等位基因数(N_e)、平均香农信息指数(I)和平均期望杂合度(H_e)分别为1.867、0.646和0.421,林芝b(LZb)群体的遗传多样性水平高于其他2个群体。AMOVA分析表明,群体内遗传变异高达88.43%,3个群体间的遗传分化系数(F_st)为0.116。种质聚类分析将供试种质划分为3个亚群,结果与种质地理来源具有一定关联性。遗传结构分析显示西藏野生石榴有4个可能的基因库来源。【结论】13对SSR引物可用于西藏野生石榴种质的遗传多样性等研究。西藏野生石榴种质的遗传变异主要存在于群体内;林芝b(LZb)群体遗传多样性最高,遗传结构复杂,且含有最多的野生种质采样点,可予以优先保护。     

小型猪2 型糖尿病模型研究进展

摘要: 小型猪在生理学、解剖组织学、饮食结构和营养代谢等方面与人高度相似,已成为人类疾病模型研究的关注热点。本文在简要介绍2 型糖尿病发生机制和啮齿类动物模型的局限后,重点阐述了高脂高能量饮食和药物诱导小型猪2 型糖尿病模型的特点,及基因工程小型猪模型的研究进展和存在不足,并对小型猪2 型糖尿病模型的发展进行了展望。