有孔虫分子生物学研究进展

传统的微体古生物学研究中，有孔虫是生活于海洋环境中以具有膜状、胶结质或钙质壳为特征的丝网状肉足虫类原生动物．最近对底栖有孔虫rDNA序列的分析研究，揭示了有孔虫还有无壳(裸露)种类以及生活于陆地淡水环境的类型．同时分子系统学研究表明有孔虫位于真核生物系统树的基部，在双滴虫类与绿眼虫类之间．对浮游有孔虫大量基因型及其与环境关系的研究，揭示了传统研究低估了有孔虫的多样性．有孔虫基因型与生物地理分布、海洋环境有关研究表明利用rDNA序列分析识别出的同一物种的不同基因型可以为古环境研究提供更加精确的替代性指标．     

西北太平洋浮游有孔虫的SSU rDNA序列及其古海洋学意义

研究对采集于西北太平洋冲绳海槽表层水体中的活浮游有孔虫进行DNA分析尝试，获得了西北太平洋浮游有孔虫Pulleniatina obliquiloculata 和Globigerina sp.等的SSU rDNA序列特征，并与南太平洋地区属种的DNA序列进行对比. 结果显示两不同海区P.obliquiloculata个体的SSU rDNA差异与同一个体内不同拷贝序列间差异类似，仅为0.7%—1.2%. 详细比较研究认为，传统微体古生物形态学定义种对西北太平洋与南太平洋的P.obliquiloculata来说具有可靠的分子生物学证据.     

有孔虫之美学——大自然中的艺术

有孔虫是有壳的海洋单细胞动物,平均约1毫米大小,隶属于原生动物界粒网虫门有孔虫纲,壳上有一个或多个开孔,以便伸出伪足,因此得名有孔虫,自寒武纪至今已有5亿多年的历史,已知化石种类有4万余种,分布于五大洋不同海洋环境的现代种类有6千余种。研究现今海洋中的有孔虫种类及数量、分布,总结其与所处环境因子的关系,可以推测古海洋环境和古气候等,因此有孔虫成为古今海洋环境的优越指示生物,广泛应用于诸多科研领域,被誉为"大海里的小巨人"。     

冲绳海槽南部表层沉积中的底栖有孔虫

研究了冲绳海槽南部33个表层样，共分析鉴定底栖有孔虫93属139种．建立了三个底栖有孔虫组合和两个亚组合：①Cibicidoidespraecincta-Pyngospp．组合；②Cibicidoides-Uvigerina组合：aCibicidoideswuellerstorfi亚组合，bHyalineabalthica-Buliminaaculeata亚组合；③Eggerella-Trochamminaglobigeriniformis组合．陆架坡折区以瓷质壳和螺旋壳类为主；大陆坡区的优势类群为瓶虫类、列式壳类和螺旋壳类；深海槽区主要为胶结质壳类和平旋壳类．水深500In以浅发育暖温和温水型有孔虫属种，可能是黑潮暖流影响结果；500m以深的深海、半深海低温属种占优势．月底栖有孔虫群确定的冲绳海槽南部地区溶跃面深度为1600m左右．     

不同马铃薯基因型对根际细菌群落结构的影响

本研究旨在从根际细菌群落结构的角度阐述不同马铃薯基因型对根际细菌菌群的影响,探讨高山地方种根际细菌菌群特性,挖掘可能对地方种定殖起关键作用的细菌类型.本研究通过高通量测序数据对不同马铃薯基因型根际细菌16SrRNA基因进行操作分类单位(OTU)聚类,分析样品间细菌群落的多样性特征,并通过OTU丰度差异分析揭示引起基因型效应的根际细菌类型.测序结果经质量控制,共获得3 097 269条高质量序列(Clean tags)并依据97%的序列相似性聚类到1 565个有效OTUs,品种间OTU种类相差不大.群落多样性反映高山地方种乌洋芋和牛角洋芋根际细菌群落较其他基因型存在着显著差异.乌洋芋和主栽品种米拉间OTU丰度分析表明乌洋芋中55个OTU丰度上调,143个丰度下调,差异显著.本研究表明,马铃薯根际细菌群落多样性受马铃薯基因型因素的影响,高山地方种相较于自育种和主栽种其根际细菌群落结构表现出显著的差异.     

有孔虫壳体δ44Ca的古海洋学意义

钙同位素是近些年被人们注意的海洋中阳离子同位素,为研究古海洋中钙同位素与海洋环境的变化状况,以东北印度洋MD81349岩芯为研究对象,由多接受杯电感耦合等离子体质谱仪(ISOPROBE)获得了浮游有孔虫 Globigerinoides sacculifer 壳体92个样品的钙同位素组成δ44Ca值.研究表明:海水中δ44Ca变化记录在有孔虫的钙质壳体中,海洋生物的发育状况,冰期的高生产力和间冰期的低生产力极有可能是控制海水及有孔虫壳体δ44Ca值波动的主要原因.高生产力阶段Ca同位素分馏作用强,较多的轻质40Ca优先进入生物体内而使海水中44Ca升高,记录在有孔虫壳体中的δ44Ca值呈高值;相反,低生产力阶段Ca同位素分馏作用弱,海水中44Ca相对降低,记录在有孔虫壳体中的δ44Ca值呈低值.     

16S rDNA和recA-gene对乳酸菌Ⅱ32的鉴定

对乳酸菌Ⅱ32进行了生化实验.以菌株Ⅱ32的总DNA为模板,采用细菌通用的引物,对其16S rDNA进行特异扩增,并进行序列测定,将测定结果与GenBank DNA数据库中已知菌种的16S rDNA序列通过BLAST软件进行分析比较,初步确定该菌株为戊糖乳酸菌、植物乳杆菌或类植物乳杆菌.采用recA-gene约300bp的特异扩增片段最终确定乳酸菌Ⅱ32为类植物乳杆菌.     

鹿角菜18S rDNA序列分析及其系统发生分析

通过制备鹿角菜DNA,PCR扩增得到鹿角菜18S rDNA序列.测序拼接后全长1733 bp,碱基A、T、C、G含量分别为25.45%、26.72%、26.72%、21.12%,序列已提交Gene Bank登录号为GQ433994.该序列与NCBI数据库中其他褐藻18S rDNA序列比对后,得到可变碱基位点184个,简约信息位点161个,单碱基变化位点23个.转换碱基值Si为44,颠换碱基值Sv为30,转换颠换比值R约为1.5.NJ法构建的系统发生树显示18S rDNA在褐藻门中具有保守性,可用于辅助传统分类.PLACE数据库预测发现在鹿角菜18S rDNA保守区有多个与水分胁迫、光诱导、Ca2+信号传导等相关转录元件,这表明18S rDNA可能参与细胞重要调控途径.     

一株分解纤维素的肠球菌的分离鉴定

从绵羊瘤胃内容物中分离出一株高效纤维素降解细菌.经形态学、生理生化反应和基因型的鉴定,鉴定为肠球菌属的一个种,其16S rDNA序列(1480 bp)在NCBI中的登录号为EU106047,并将所测得的序列用Clustal W软件按Neighbor-Joining方法构建了16S rDNA系统发育树.     

产壳聚糖酶菌株的筛选与鉴定

从自然界中采集土壤样品,通过富集培养,平板分离,壳聚糖酶活力及粘度快速测定,获得了3株高活力产壳聚糖酶菌株.采用薄层层析(TLC)分析了酶解产物,结果表明:水解产物中均含有壳寡糖.结合形态、生理生化特征鉴定及16S rDNA序列分析,初步确定其为Mitsraria(属)的一种.     

西藏色季拉山毛壳属及形态相似属真菌的多样性及系统发育分析

从西藏色季拉山不同海拔采集的323份标本中分离毛壳属(Chaetomium)及形态相似属真菌,共分离到29个菌株,通过形态学特征将其中的27个菌株分别鉴定为3属5种:球毛壳(C.globosum)、马德拉斯毛壳(C.madrasense)、近缘毛壳(C.subaffine)、绳生二叉毛壳(Dichotomopilus funicola)和粗壮围领毛壳(Colariella robusta).通过ITS rDNA和28SrDNA D1/D2区序列构建系统发育树,分离的29个菌株被划分为6个种.碱基变异分析结果表明,ITS rDNA序列较28SrDNA D1/D2区序列变异更大,结合这两段基因序列可进行毛壳属及形态相似属真菌属内种间的系统发育研究.这些结果可丰富西藏毛壳属及形态相似属真菌资源库,为开发毛壳属及形态相似属真菌代谢产物奠定基础.     

中国酱油发酵酱醪中嗜盐四联球菌的鉴定

从采用传统露天酿造工艺的中国酱油发酵酱醪中分离筛选嗜盐乳酸球菌,对其进行形态、生理生化特性研究及16S rDNA序列分析,在此基础上确定其分类地位,为研究其在酱油酿造中的作用奠定基础.研究结果表明,筛选菌株为四联球型,革兰氏染色阳性,不运动;接触酶反应阴性,能从葡萄糖产酸而不产气;NaC l含量为18%的培养环境下乳酸产量达2.2%;基于16S rDNA序列的系统发育分析表明筛选菌株与嗜盐四联球菌的亲缘关系最近,从而初步确定其为嗜盐四联球菌.     

南极深海底泥中产Ectoine中度嗜盐菌NJS-2的分离筛选及其性质研究

从南极深海底泥中分离到一株中度嗜盐菌NJS-2,经过16S rDNA(已提交GenBank,其登录号为DQ789389)序列分析、形态学和生理生化特征分析,该菌株初步鉴定为色盐杆菌属(Chromohalobacter).以其16S rDNA序列相似性为基础构建了包括8种相关种属在内的系统发育树.同源性分析表明,NJS-2与Chromohalobacter salexigens 的16S rDNA相似性达到99%以上,应归属于色盐杆菌属,命名该菌株为Chromohalobacter sp.NJS-2.研究了菌株NJS-2的相容性溶质四氢嘧啶(Ectoine)的累积及累积条件.研究发现,30℃条件下,在含2 mol/L NaCl的培养基中培养48 h,可最大诱导生成Ectoine 300 mg/L.反复渗透性休克试验表明:NJS-2在低渗条件下能够快速将细胞内的Ectoine分泌到细胞外,而在高渗环境中能够较快地重新合成.     

一株抗马铃薯晚疫病菌的粘细菌鉴定及其活性分析

本文采用大肠杆菌诱导的方法,从内蒙古呼和浩特市采集的土壤中分离到一株细菌(Xt-2)。通过子实体和菌落形态学的初步观察、生理生化特征和16S rDNA分子鉴定,该菌株具有与橙色粘球菌相似的形态及生理生化特征,且其16S rDNA序列与橙色粘球菌的16S rDNA序列具有99%的同源性,说明该菌株为橙色粘球菌。抗菌活性表明菌株Xt-2具有明显的抗马铃薯晚疫病菌活性,且活性物质主要存在于菌株的胞外代谢产物中。活性物质不是蛋白质,对紫外的耐受性比较好,但对高温、过酸或过碱的环境比较敏感。本研究为菌株Xt-2抗马铃薯晚疫病活性物质的提取、分离及鉴定奠定了基础,也为内蒙古地区粘细菌的深入研究及抗马铃薯晚疫病新药研发奠定了一定的基础。     

声场中微泡造影剂的运动特性

以类血液液体为工作介质,在考虑带壳微泡造影剂的液体壳和类血液液体的黏度、表面张力及不可压缩性的情况下,对声场中微泡造影剂的动力学行为特性进行了数值研究.分析了频率、声压、初始内半径、壳壁厚度及类血液黏度对微泡运动状态的影响.研究表明微泡的运动状态只有处于周期2时,声空化才具有安全性.     

ISSR和ITS标记在白木香遗传变异研究中的应用

采用简单序列重复区间（ISSR）扩增技术和核糖体RNA基因（rDNA）转录间隔区（ITS）序列分析技术,对不同地区白木香的遗传变异、亲缘关系及分子鉴定进行研究.ISSR分析显示,筛选出的7条ISSR引物可扩增出80条DNA条带,其中多态性条带的比例是60.0%,白木香9个居群之间的遗传距离是0.0733-0.4213.ITS序列分析显示,白木香种内的9个居群中共有6个变异位点,种内遗传距离为0.0000-0.0110.两种标记得到的聚类图不一致,但大致趋势相同,都可以将白木香及其近缘种聚在不同的种群中,说明ISSR标记和ITS序列分析均可有效揭示白木香的遗传变异及亲缘关系.     

基于18S rDNA的全变态类昆虫系统发育分析

 为了揭示全变态类昆虫的系统发育关系,选择准新翅群3目3种昆虫作为外群,基于18S rDNA序列对全变态类11个目21科21种昆虫的系统发育关系进行研究。通过对18S rDNA序列进行多重序列比对,用似然比检验进行碱基替代模型的选择,分别利用ML法和贝叶斯法构建系统发育树。结果表明,全变态类昆虫聚为3个分支：双翅目+捻翅目、鞘翅目+(广翅目+(蛇蛉目+脉翅目))和膜翅目+(蚤目+长翅目)+(鳞翅目+毛翅目)。长翅类的单系性未得到支持。     

滇藏地区8种鹅膏菌的ITS序列分析

 对滇藏地区8种鹅膏菌的核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)进行PCR扩增和测序,用ClustalX(version 1.81)软件对所测的ITS序列进行比对分析.结果表明,除5.8S rDNA(其长度为160 bp)比较保守外,8个不同种的ITS序列在长度和碱基位点上都存在较大差异,其中ITS1区间的片段长度为206～297 bp,ITS2区间的片段长度为191～238 bp.这说明鹅膏属的种间具有较高的遗传多样性.利用MEGA(version 3.1)软件进行聚类,8个鹅膏菌在D=0.14处分成3组,与传统分类有出入.这为鹅膏菌的进一步分类及研究提供了分子依据.     

rDNA序列在多种蔬果类植物染色体上的定位

利用改进的rDNA序列标记荧光原位杂交方法,将18S-5S rDNA探针序列直接在5'端进行荧光修饰,并成功将其应用到多种植物染色体上,该方法比常规方法具有省时、经济、快速、信号强等特点,使rDNAFISH杂交更为简单,更易操作.首次利用该技术成功地对30种蔬果类植物中期染色体进行18S-5S rDNA的物理定位,初步了解了rDNA序列在这些蔬果类植物基因组中位点数目和分布特点,其中大蒜、大葱、蚕豆、萝卜(3种)茴香、红菜苔、空心菜、芥兰、莴苣、乌塌菜、雪里蕻、茼蒿、油菜、辣椒、茄子、芹菜、菜豆、花椰菜等20种植物首次确定了18S-5S rDNA在中期染色体上的位置,其余10种植物与前人的结果相吻合.该方法可以作为染色体的一个识别指标,也可为蔬果类植物属内进化和物种分化研究提供重要资料.     

新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场硬蜱形态学和16S rDNA序列分析研究

为了掌握新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场畜牧体表寄生硬蜱的分布情况及物种多样性,对该地区12个调查点的寄生蜱类进行考察,采用形态学分类及16S rDNA序列进行遗传进化分析的方法对采集的323只羊和228只牛寄生硬蜱进行研究,从中选取26只硬蜱进行线粒体16S rDNA序列扩增、测序,并与34种GenBank参考序列进行遗传进化分析。结果显示:该地区共鉴定出2科3属7个种的硬蜱。其中2种硬蜱与边缘革蜱(Z97879)16S rDNA序列同源性分别为98.2%和96.8%,遗传距离为0.021和0.026;1种硬蜱与森林革蜱(JF979379)、草原革蜱(JF979375)16S rDNA序列的同源性为95%和96.3%,遗传距离为0.039和0.042;3种硬蜱基因序列与亚洲璃眼蜱(JF979380)16S rDNA的同源性为98.3%~99.8%,遗传距离为0.003~0.017;且获得的1种硬蜱,与刻点血蜱(Z97880)同源性完全相同。结论:首次应用形态学和16S rDNA序列分析报道了新疆石河子-沙湾地区博尔通古牧场牛、羊体表寄生的硬蜱种类,16S rDNA测序分析表明该地区硬蜱与GenBank报道的国际硬蜱有一定差异性,与国内其它省份分离的硬蜱16S rDNA序列亦不完全相同,具有区域差异性。