基于18S rDNA序列研究腺介虫亚目系统发育关系

基于1 720 bp的18S rRNA基因序列以Darwinula sp.和Cytherelloidea. munechikai为外群,采用最大简约法（MP法）和邻接法（NJ法）对腺介虫亚目（Cypridocopina）3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析.结果表明：1） 现生腺介虫亚目动物为单系群;2） 两种营海水生活的介形类—海介虫总科（Pontocypridoidea）和大介虫总科（Macrocypridoidea）间的亲缘关系较近;3） 现生腺介虫总科（Cypridoidea）也为单系群,但该总科内各科间关系较复杂,主要分为两支,其中腺介虫科的Dolerocypris sp.与萤光介虫科的Candona holzkanpfi聚成一支;而萤光介虫科的Cypria crenulata和泥介虫科的Ilyocypris. angulata同时与腺介虫科其它动物聚为一支.     

基于28S rDNA部分序列的指环虫属分子系统分析

基于核糖体28S部分序列,对来自中国的22种及国外的35种指环虫属(Dact ylog yrus Diesing,1850)单殖吸虫进行分子系统发育研究,采用Phylosuite平台构建贝叶斯(bayesian,BI)及最大似然法(maximum likelihood,ML)系统发育树,结果显示非洲的鲤科(Cyprin...     

基于18S rDNA序列研究腺介虫亚目系统5发育关系

基于1720 bp 的18S rRNA 基因序列以 Darwinula sp．和 Cytherelloidea．munechikai 为外群,采用最大简约法(MP 法)和邻接法(NJ 法)对腺介虫亚目(Cypridocopina)3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析．结果表明：1)现生腺介虫亚目动物为单系群；2)两种营海水生活的介形类—海介虫总科(Pontocypridoidea)和大介虫总科(Macrocypridoidea)间的亲缘关系较近；3)现生腺介虫总科(Cypridoidea)也为单系群,但该总科内各科间关系较复杂,主要分为两支,其中腺介虫科的 Dolerocypris sp．与萤光介虫科的 Candona holzkanpfi 聚成一支；而萤光介虫科的 Cypria crenulata 和泥介虫科的 Ilyocypris．angulata 同时与腺介虫科其它动物聚为一支．     

拟迷误裂孔苔虫18S rDNA的序列测定及系统学分析

对我国沿海常见的一种污损苔藓动物--拟迷误裂孔苔虫的18S rRNA基因进行了PCR扩增、全序列测定及分析.同时通过获取已有的苔藓动物和其它触手冠动物的18S rDNA序列资料,经CLUSTAL软件对位排列后,用MEGA分子进化遗传分析软件构建了分子系统树, 并结合形态学资料探讨了它们的系统发生关系.     

鹿角菜18S rDNA序列分析及其系统发生分析

通过制备鹿角菜DNA,PCR扩增得到鹿角菜18S rDNA序列.测序拼接后全长1733 bp,碱基A、T、C、G含量分别为25.45%、26.72%、26.72%、21.12%,序列已提交Gene Bank登录号为GQ433994.该序列与NCBI数据库中其他褐藻18S rDNA序列比对后,得到可变碱基位点184个,简约信息位点161个,单碱基变化位点23个.转换碱基值Si为44,颠换碱基值Sv为30,转换颠换比值R约为1.5.NJ法构建的系统发生树显示18S rDNA在褐藻门中具有保守性,可用于辅助传统分类.PLACE数据库预测发现在鹿角菜18S rDNA保守区有多个与水分胁迫、光诱导、Ca2+信号传导等相关转录元件,这表明18S rDNA可能参与细胞重要调控途径.     

基于18S rDNA、rbcL和atpB序列的轮藻科植物的系统发育研究

为找到适宜用于轮藻科植物系统发育研究的分子片段,对本研究所选轮藻进行18S rDNA、rbcL、atpB及18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合序列的多样性分析,并通过构建系统进化树的方法,开展系统发育研究.结果表明,18S rDNA序列较适宜用于研究轮藻科下两个族和各属间的分类问题,但进一步对属内轮藻进行分类需要借助变异程度更高的序列;rbcL、atpB序列变异程度高于18S rDNA序列,但两者不适宜单独用于轮藻科植物的系统发育研究;三基因联合序列的种间、种内遗传距离有一定差异,种间遗传距离(0.002～0.097)大于种内遗传距离(0～0.001),且所得进化树的拓扑结构与传统形态学分类结构一致,属内轮藻分类不再混乱,进化树呈现良好的拓扑结构.综上所述,18S rDNA-rbcL-atpB三基因联合分析后可将形态近似的轮藻分开,解决本研究选取的轮藻科植物的分类问题.     

刺纹车轮虫18S rDNA克隆与序列分析

首次对刺纹车轮虫(Trichodina centrostrigata Basson,Van AsPaperna,1983)进行了18SrDNA的克隆测序并分析,研究结果显示:刺纹车轮虫是一种具有辐射状中央颗粒的淡水车轮虫,具有相对较高的GC含量而位于分子系统树的顶枝,它与海水环境中的车轮虫具有较高的序列相似性及较近的遗传距离从而聚为一枝。研究提示刺纹车轮虫具有较强的宿主适应性,在系统进化中分化较晚并与海水种类具有较近的亲缘关系;此外,车轮虫的同源性与18S rDNA序列相似性、遗传距离具明显相关性,GC含量与分子支序树分枝具有明显相关性。     

基于18S rDNA的全变态类昆虫系统发育分析

 为了揭示全变态类昆虫的系统发育关系,选择准新翅群3目3种昆虫作为外群,基于18S rDNA序列对全变态类11个目21科21种昆虫的系统发育关系进行研究。通过对18S rDNA序列进行多重序列比对,用似然比检验进行碱基替代模型的选择,分别利用ML法和贝叶斯法构建系统发育树。结果表明,全变态类昆虫聚为3个分支：双翅目+捻翅目、鞘翅目+(广翅目+(蛇蛉目+脉翅目))和膜翅目+(蚤目+长翅目)+(鳞翅目+毛翅目)。长翅类的单系性未得到支持。     

产脂肪酶酵母的筛选及其18S rDNA序列分析

 从新疆石河子地区10分土样中,利用罗丹明B为指示剂,筛选到了90株有脂肪酶活性的酵母菌.滴定法测量野生菌株酶活,每毫升培养液酶活为1.1～6.6U,其中B9,C1,E7,F12等有成为生物催化剂的潜力.扩增了其中脂肪酶活性较高的9株的18SrDNA,测序后BLAST比对,并进行系统进化树分析,表明所得菌株分别与Candida,Rhodotorula,Trichosporon等属亲缘关系接近.进行部分生理生化试验,除H4,H8外,其它菌株结果与18SrDNA分析结论吻合.     

刺纹车轮虫 18S rDNA 克隆与序列分析

首次对刺纹车轮虫(TrichodinacentrostrigataBasson,VanAs & Paperna, 1983)进行了 18S rDNA 的克隆测序并分析，研究结果显示：刺纹车轮虫是一种具有辐射状中央颗粒的淡水车轮虫，具有相对较高的 GC 含量而位于分子系统树的顶枝，它与海水环境中的车轮虫具有较高的序列相似性及较近的遗传距离从而聚为一枝。研究提示刺纹车轮虫具有较强的宿主适应性，在系统进化中分化较晚并与海水种类具有较近的亲缘关系；此外，车轮虫的同源性与 18S rDNA序列相似性、遗传距离具明显相关性，GC 含量与分子支序树分枝具有明显相关性。
     

1997的粤东海域棕囊藻赤潮原因种18SrDNA基因分析

近年来,随着沿海城市工农业的高速发展,大量含有氮、磷等营养元素的污水排入大海,导致海水富营养化的加剧,有毒藻类赤潮分布范围及出现频率明显增加.1997年7～12月我国东南沿海水面首次发生大规模的棕囊藻类(Ｐｈａｅｏｃｙｓｔｉｓ)有毒赤潮,其持续时间长,危害大,给水产...     

9种拟步甲16S rDNA部分序列及其亲缘关系

测定了9种拟步甲的16S rDNA部分基因序列,并与GenBank中的1种步甲的基因序列作同源性比较,计算其核苷酸使用频率并构建了分子系统树.在获得的435 bp的序列中,A+T约占74.4%,颠换(transversion)取代的速率大于转换(transition)取代的速率,其中277个核苷酸位点存在变异.结果表明:属内种间的碱基序列差异范围为3.4%～6.2%;族内属间为9.4%～11.0%;科内族间为10.8%～17.7%;科与科间的差异达到46.7%～50.3%.分子系统树表明:拟步甲科为一单系群,其中琵甲族较为进化,漠甲族与漠王族相对原始;琵甲族与土甲族的亲缘关系较近;漠甲族、漠王族与鳖甲族的亲缘关系较近.本结果与传统的分类观点相吻合.     

灰黄霉素高产变株与出发菌株18S rRNA基因序列的比较分析

根据真菌18S rDNA的保守序列设计引物,对灰黄霉素高产突变菌Penicillium griseofulvum F208与出发菌株Penicillium griseofulvum 3.5190的18S rRNA进行克隆测序及对比分析,并登录GenBank(序列号为EF608151和EF607282).依据18S rDNA建立的系统进化树表明突变株F208与出发菌株3.5190的遗传距离较远,而与Penicillium urticae亲缘关系最近.出发菌株3.5190与Penicillium commune亲缘关系最近.18SrDNA作为分子标记可有效地鉴别灰黄霉素产生菌(Penicillium griseofulvum)高产与低产菌株.     

两株产人参皂苷糖苷酶酵母菌株的18S rDNA和ITS序列分析

对两株产人参皂苷糖苷酶的酵母菌株进行核糖体18S rDNA和ITS序列克隆测定,获得了长度分别为1 477和1 478 bp的18S rDNA序列和长度分别为791和727 bp的ITS序列,对获得的基因序列进行比对及同源性分析,结果显示,两株酵母菌的18S rDNA序列的相似性达100%,而ITS序列的相似性则为66%,均与NCBI数据库中登录的啤酒酵母的相应序列同源性最高.从GenBank中选取部分不同种属的酵母菌ITS序列,以ITS为对象构建系统发育树,从分子生物学角度确定了两株酵母菌为酵母菌属的不同种类.     

养殖鱼类链球菌病病原的分离鉴定及其16S rDNA分析

从患病的海水网箱养殖鱼中分离到5株链球菌,分别命名为HD-1、HD-2、HD-3、HD-4和HD-50。常规生化结果表明,其中4株即HD-1、HD-2、HD-3和HD-4为海豚链球菌(Streptococcus iniae);另外1株即HD-50为停乳链球菌(Streptococcus dysgalactiae)。分别对上述分离菌株的16S rDNA进行PCR扩增和测序,并与NC-BI中收录的其它链球菌的16S rDNA序列一起进行聚类分析并构建了系统发生树,确定其分类地位。分子分析结果与生化鉴定结果一致。攻毒实验表明以上4株S.iniae均能引起罗非鱼发病,呈现典型的链球菌病症状,并能从发病的罗非鱼脑、心、肝肾和血液中成功回收S.iniae。以上生化和分子生物学鉴定以及罗非鱼攻毒实验结果表明养殖鱼类链球菌病的主要病原为S.iniae,这与国外有关鱼类链球菌病病原的研究报道一致。