基于AFLP分子标记探讨福建近海竹荚鱼群体遗传多样性

为研究福建近海竹荚鱼群体的遗传分化,对竹荚鱼闽东(30尾)和闽南(30尾)群体进行了扩增片段长度多态性(AFLP)分析,8对选择性引物在2个群体60个个体中,共扩增出433条条带,其中多态位点286个.闽东和闽南群体的多态位点比例分别为63.28%、61.89%,Nei遗传多样性指数分别为0.171 8、0.172 2,Shannon多样性指数分别为0.267 3、0.267 3.与其他鱼类对比显示,福建近海竹荚鱼群体的遗传多样性水平较高,说明其种质资源尚未遭到明显破坏;遗传分化系数(Gst)和分子生物学方差分析(AMOVA)均显示竹荚鱼的遗传变异主要来源于群体内,而群体间无明显的遗传分化.基因流(Nm)显示2个群体间基因交流频繁,无明显独立的遗传结构.群体的位点差异数分布和显性基因型频率分布显示2个群体有相似的群体遗传结构.结果表明,竹荚鱼闽东和闽南群体间无明显的遗传差异,可将福建近海的竹荚鱼划归同一个管理保护单元.近期扩张、较强的扩散能力和洋流可能是造成福建近海竹荚鱼群体间遗传同质性较高的原因.     

朝天椒遗传多样性的AFLP标记分析

利用AFLP技术对22份朝天椒材料进行遗传多样性分析.结果显示,9对AFLP引物共扩增出724条谱带,其中97条为多态性条带,占总条带数的13.40%.聚类分析表明,材料间遗传距离GD变幅为0.028～0.677,平均值为0.306;位点多态性信息含量PIC变幅为0.157～0.399,平均值为0.263;在遗传距离GD值0.360水平上,22份朝天椒材料可聚成三大类.AFLP标记揭示出这22份朝天椒材料遗传变异较小,遗传基础比较狭窄.     

黄河三角洲柽柳群体遗传多样性RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)分子标记技术,分析了黄河三角洲主要优势树种之一柽柳(Tamarix chinensis)3个天然群体的遗传多样性及遗传分化。结果表明:26条随机引物扩增出105个可分析位点,多态位点百分比40.07%,Nei的基因多样度(h)为0.4061,Shannon多样性指数(I)为0.5917,基因分化系数(Gst)为0.0507,基因流值为9.3564。分子方差分析(AMOVA)表明,在总遗传变异中,群体间遗传变异占7.17%,群体内占92.83%。说明柽柳物种内存在较高的遗传多样性,群体的遗传变异主要存在于群体内,群体间基因交流频繁,遗传距离与地理距离具有显著相关性。     

65个菊花栽培品种遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP技术, 对65个菊花品种进行了遗传多样性分析.选用6对多态性高、分辨力强的引物组合分别对供试材料的基因组DNA进行扩增, 共获得244条清晰可辨的谱带, 其中多态性带178条, 多态位点百分率达72.95%,揭示了菊花栽培种质丰富的遗传多样性.对AFLP扩增结果采用UPGMA法进行聚类分析,多数瓣型相同的菊花种质表现出较为密切的亲缘关系,地域来源与聚类结果也有一定程度的相关性,而花色与聚类结果无明显的相关性.     

坛紫菜种质资源遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP技术从基因组DNA水平上分析福建省主要坛紫菜栽培品系和诱变筛选获得的突变品系的遗传差异,在25对引物中,有11对能得到重复性好的多态性扩增条带,总共在667个位点能扩增出条带,每对引物扩增带数为24~90条,并且各对引物扩增结果均显示样品间存在差异.共得到522条多态性条带,占总扩增带的78.3%.根据AFLP图谱计算了不同样品间的遗传距离(D)和相似性系数(GS).优良品系GL和CCS之间的遗传距离最小,仅为0.264,不同样品间的相似性系数介于0.602~0.736之间.并根据D值绘制了它们的UPGMA聚类图谱.     

南京椴群体遗传多样性和遗传结构分析

【目的】 南京椴(Tilia miqueliana)为江苏省重要的乡土树种,野外资源稀缺。南京椴野外群体遗传多样性和遗传结构的探索,可为资源保护、品种选育及遗传改良提供依据。【方法】 以南京椴5个天然群体[江苏宝华山(P1)、牛首山(P2)、安徽皇藏峪(P3)、安徽蜀山(P4)和浙江天台山(P5)]93个体为实验材料,选用15对多态性EST-SSR引物,进行遗传多样性及群体遗传结构分析。【结果】 ①用15对引物共检测等位基因数(A)总和为96,平均值为6.4,四倍体基因型(G)和四倍体特异基因型(G_i)总和分别为441和251,特异基因型比率(R₁)和种质鉴别率(R₂)均值分别为45.73%和17.99%。②在5个群体中,每个位点等位基因数(A_loc)和四倍体基因型丰富度均值(G_loc)分别为5.50±2.43和9.41±4.29;平均观测杂合度(H_o)和平均期望杂合度(H_e)为0.61±1.43和0.62±0.14。参考各群体G_loc和H_e值,确定遗传多样性较高的群体为P1和P3。③群体间遗传分化较小,遗传分化系数(G_st)仅为0.030;AMOVA分子变异分析显示,群体多样性水平变异来自于群体内(96%)。④聚类和遗传结构Structure分析显示,5个群体可划分为2组(组1包括P1、P2和P5;组2包括P3和P4)。Mental检验结果表明遗传距离与地理距离之间无显著相关。【结论】 南京椴群体均具有丰富的遗传多样性,其中宝华山群体和皇藏峪群体多样性较高,群体扩张可能是以这两个种群为中心,经人类活动迁移至其他区域。但南京椴群体间未形成明显分化,主要是由于植株寿命长,群体缺乏自然更新,加之群体间存在人为种子传播。因此,本研究提出通过建立隔离区,明确优先保护群体、加大植株异交,并采用人工繁育及种质回迁的方式保护南京椴野外群体。     

野生与养殖鮸状黄姑鱼群体遗传多样性的同工酶比较

应用聚丙烯酰胺凝胶电泳 (PAGE)技术对取自厦门火烧屿养殖网箱的鱼免状黄姑鱼 (N ibeamiichthioides)人工苗养殖群体和取自广东饶平的野生群体的遗传多样性进行比较研究 .结果表明 :在所检测的 14种同工酶的 2 2个基因座位中 ,野生群体在 SUDH和 ODH基因座位上发现多态性 ,而养殖群体则只在 SUDH上具有多态位点 .野生群体和养殖群体的平均多态位点比例分别为9.0 9%和 4 .5 5 % ,基因座位有效等位基因的平均数 N e分别为 1.14和 1.0 5 ,平均杂合度的观测值H o为 0 .0 12和 0 .0 0 3,预期值 H e为 0 .0 111和 0 .0 0 2 9,Hardy- Weinberg遗传偏离指数 (D)分别为0 .0 91和 0 .0 34,两群体间的遗传距离 d为 0 .0 0 0 16 .与其他鱼类相比较说明了不论是野生还是养殖群体的鱼免状黄姑鱼遗传多样性均处于较低水平 .养殖群体的遗传多样性水平比野生群体更低 ,主要是小群体亲鱼人工繁育过程中产生的“瓶颈”效应所导致的     

中国墨兰品种遗传多样性的AFLP分析

 利用AFLP分析技术,从64对PstI/MseI引物中筛选出9对多态性引物组合,对来源于中国广东、福建、台湾的42个墨兰品种进行了遗传多样性和亲缘关系分析,共扩增出1 384条带,其中多态性带1 333条, 多态性率96.3%。平均每对引物扩增带数154条、多态性带数148条。所有的品种均可区分,其中39个品种具特征带或缺失带。墨兰品种间的遗传多样性丰富,品种间的Dice相似系数0.422 2～0.824 5,平均相似系数0.611 2。“达摩”系列芽变叶艺品种间的遗传多样性显著降低,多态性率76.6%,平均相似系数0.725 6。NTSYS2.10聚类分析表明同一产地来源的品种基本上可聚在一起,反映出了品种间的亲缘关系。     

成都麻羊与7个山羊品种(群体)的AFLP遗传多样性研究

采用AFLP（Amplified Fragment Length Polymorphism AFLP）标记,研究成都麻羊与金堂黑山羊、乐至黑山羊、合江黑山羊、江安黑山羊、营山黑山羊、嘉陵黑山羊和白玉黑山羊等8个山羊品种（群体）,共261只个体的遗传多样性．结果表明,选用8对引物组合共获得174个标记,其中80个为多态性标记,标记多态频率为16．55％～38．62％,平均每对引物获得21．75条带．根据AFLP分析结果,用Shannon多样性指数公式计算获得,供试8个山羊品种（群体）的遗传多样性指数在0．0888～0．2289之间．其中营山黑山羊的遗传多样性指数最大（0．2289）,嘉陵黑山羊次之（0．2119）．白玉黑山羊最小（0．0888）、其余山羊品种（群体）介于其间．用Rogers遗传距离公式分析获得8个山羊品种（群体）间的遗传距离（DR）。根据DR值,采用Mega3．0软件以UPGMA法构建遗传系统树状图,聚类结果聚为三个大类,营山黑山羊和嘉陵黑山羊聚为一类,合江黑山羊和江安黑山羊为一类,这两类聚为一大类;成都麻羊和金堂黑山羊聚为一类后。再与乐至黑山羊聚为一大类;这两大类相聚后,再与单独为一大类的白玉黑山羊聚在一起．聚类结果与品种（群体）来源和生态地理分布相一致．AFLP标记很好的反映供试山羊品种（群体）的遗传差异和亲缘关系,是研究山羊遗传多样性一种理想的分子标记．     

AFLP分子标记在鹀属遗传多样性分析中的初探

利用扩增片断长度多态性（AFLP）技术分析了鹀属(Emberiza)4种鹀(三道眉草鹀Emberi za cioides, 白头鹀Emberiza leucocephala, 白眉鹀Emberiza tristrami, 灰头鹀Emberiza spodocephala)基因组DNA的多态性. 在选取的39对引物中, 有11对能得到重复性好的多态性扩增条带, 每对引物扩增带数为27~76. 共得到535个标记位点, 其中429个为多态位点, 多态位点 比率达801%; 在UPGMA聚类关系图中, 4种鹀聚成一大类, 三道眉草鹀与白头鹀、 白眉鹀与灰头鹀分别两两相聚. 结果表明, AFLP可用于分析鹀属遗传多样性.     

黄嘴白鹭遗传多样性AFLP分析方法的建立

以黄嘴白鹭为研究对象,探讨并建立其遗传多样性分析的Pst I/Mse I AFLP分子标记方法.采用黄嘴白鹭13个样品作为一个种群的池DNA,通过对AFLP方法中DNA提取、酶切、连接、预扩增、选择性扩增、电泳和银染等条件进行优化,建立了一套适合黄嘴白鹭的AFLP技术优化体系,为黄嘴白鹭遗传多样性的分析奠定研究基础.     

基于AFLP技术的不同群体虾夷扇贝遗传结构及多样性研究

利用17组AFLP引物对虾夷扇贝中国天然群体、中国养殖群体、人工培育的＂象牙白＂双面白壳群体及俄罗斯群体和日本群体共150个个体进行遗传多样性分析,共获得391条清晰可辨的条带,多态位点比例分别为83.12%、68.54%、79.54%、70.59%和84.14%;Shannon指数分别为0.5639、0.4657、0.4067、0.4795和0.5705;遗传多样性指数分别为0.4035、0.3335、0.3867、0.3435和0.4083,群体内遗传变异系数为0.3651,群体间遗传分化系数为0.1454,群体间遗传流动系数为2.9396.本研究还发现了各群体的差异性AFLP位点,其中E6M1-283位点是＂象牙白＂群体的特异性位点;5个虾夷扇贝的群体聚类结果显示：中国的天然群体、中国养殖群体、＂象牙白＂群体首先聚为一类,尔后与日本群体聚在一起,俄罗斯群体单独聚为一类;同时,本研究还进行了150个虾夷扇贝的个体聚类分析.本研究对开展虾夷扇贝资源保护、优良品种培育具有重要的意义.     

新疆棉花枯萎病菌7号生理小种的AFLP分析

采用AFLP技术对新疆棉花枯萎病菌7号生理小种的36菌株和2个标准枯萎病菌菌株进行了DNA指纹分析。结果表明：11对AFLP引物对供试菌株扩增出287条带,其中多态性带99条,占总带数的34.49%,棉花枯萎病菌7号小种的遗传距离变化在0.41~0.95间,平均为0.71,表明新疆棉花枯萎病菌的遗传多样性较高。利用NTSYS pc软件中UPGMA算法构建了新疆棉花枯萎病菌的亲缘关系树状图,聚类分析结果表明：供试菌系的AFLP指纹多态性与致病力多态性不相关,但枯萎病菌遗传多样性与病原菌的地理来源有一定的相关性。     

蓝鳍金枪鱼和黄鳍金枪鱼遗传多样性的AFLP分析

利用选择性扩增片断长度多态性分子标记技术(Amplified fragment length polymorphism,AFLP),分析了采自日本九州海域蓝鳍金枪鱼(Thunnus thynnus)和台湾海域黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares)野生群体的遗传多样性水平.结果表明:9 对选择性引物在 2 种金枪鱼中共扩增出675个位点(100～750 bp),其中蓝鳍金枪鱼和黄鳍金枪鱼多态位点分别为388个和368个.蓝鳍金枪鱼和黄鳍金枪鱼的多态位点比例、Shannon 遗传多样性指数分别为57.48%和54.52%,0.330 1和0.301 8.AMOVA分子方差分析显示:种间遗传分化中,83.79%的遗传变异由种间贡献,而16.21%的变异分布于种内个体之间.同其他鱼类比较,2 种金枪鱼显示了较为丰富的遗传多样性水平,其种质资源处于较好的水平.研究结果将为我国蓝鳍金枪鱼和黄鳍金枪鱼的资源保护与合理利用提供重要的理论依据.     

重楼属植物AFLP实验体系的建立

通过对影响重楼AFLP-银染技术体系的关键因素作对比研究,建立了一套优化的重楼AFLP分子标记体系.优化的关键因素为:1)DNA采用CTAB法提取更适于重楼的AFLP分析,且从幼叶中提取的DNA纯度和质量最高;2)酶切时间为9h时效果最佳;3)选择性扩增时退火温度为56℃;4)从15对引物中筛选出4对进行选择性扩增,得到扩增条带276条,其中多态性带201条(占72.83%).