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1.
目的基于BATMAN-TCM在线分析工具研究钩藤主要活性成分及药理机制。方法从BATMAN-TCM数据库中提取钩藤的化学成分,以Score cutoff≥30和P≤0.05筛选活性成分及作用靶点,分析靶点富集的信号通路与疾病,构建活性成分-靶点-通路-疾病网络,预测钩藤的多维药理机制。结果获得钩藤碱、毛钩藤碱、卡丹宾碱等23个主要活性成分;以及DRD2(多巴胺受体D2基因)、HTR1A(5-羟色胺受体1A)、HTR1B(5-羟色胺受体1B)、SLC18A2等21个核心靶点;活性成分可关联细胞间隙连接、神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等通路11条;可治疗疼痛、心血管系统和神经系统等相关疾病21种。可进一步验证钩藤"多成分—多靶点—多通路"的作用机制。结论本研究从网络药理学角度探讨钩藤主要活性成分、相关通路及多种药理作用机制,为进一步探讨其作用机制奠定了基础。  相似文献   

2.
目的构建四磨汤活性成分-作用靶点网络和蛋白相互作用网络,富集靶点信号通路,探讨其治疗功能性胃肠病的作用机制。方法以四磨汤中槟榔次碱、槟榔碱、去甲槟榔次碱、去甲槟榔碱、木香烃内酯、去氢木香内酯等22个活性成分为研究对象,运用TCMSP及BATMAN-TCM数据库以及Pharm Mapper反向分子对接服务器预测四磨汤活性成分对应的靶点,将其与GeneCards、DisGeNET、OpenTargets、CTD数据库中功能性胃肠病靶点进行比对找重,采用Cytoscape 3.5.1软件构建活性成分-靶点网络,STRING平台构建靶蛋白互作网络,借助DAVID平台对靶点KEGG通路进行分析。结果 22个四磨汤活性成分作用的190个靶点,主要富集在神经-递质相关的5-羟色胺能突触、多巴胺能突触;平滑肌运动相关的钙信号通路、c AMP信号通路;以及炎症相关的TNF信号通路、NF-κB信号通路等17条信号通路。结论四磨汤治疗功能性胃肠病的主要机制在于其多成分、多靶点调控胃肠神经传导、平滑肌运动以及炎症。  相似文献   

3.
基于中药分子机理的生物信息学分析工具(bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional Chinese medicine,BATMAN-TCM)挖掘浙贝母-瓜蒌治疗慢性阻塞性肺病的分子作用机制。应用BATMAN-TCM预测浙贝母-瓜蒌的潜在靶点,GeneCards数据库检索慢性阻塞性肺病的靶点;应用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-疾病-靶点相互作用网络、蛋白质-蛋白质相互作用( protein-protein interaction,PPI) 网络,进行基因本体( gene ontology,GO) 功能富集分析和京都基因与基因组百科全书( Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG) 的生物通路富集分析。结果筛选得到浙贝母-瓜蒌中21种活性成分,基于STRING构建的浙贝母-瓜蒌靶点PPI网络包含131个节点和236条相互作用关系,关键节点包括ANXA1、EDN1、HDAC1、RXRA、ADRA2A、OXT、RXRB等。GO富集分析途径主要涉及离子门控通道活性、底物特异性通道活性、被动跨膜转运活性、细胞外配体门控离子通道活性、神经递质受体活性、配体门控离子通道活性等。KEGG通道分析主要涉及神经活动配体-受体相互作用、cAMP信号通路、钙离子信使通路、类胆碱能突触、逆行内源性大麻素信号传导、5-羟色胺能突触、多巴胺能突触等途径。研究结果提示浙贝母-瓜蒌关键的作用靶点包括ANXA1、HDAC1等,信号通路方面涉及类胆碱能、5-羟色胺、多巴胺等神经受体相关通路,体现了中药复方的整体性特点,为进一步研究浙贝母-瓜蒌的分子作用机制提供了新思路。  相似文献   

4.
通过网络药理学的方法探究百合抗抑郁的作用机制.利用中药系统药理学技术平台(TCMSP)等数据库,以生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为条件筛选百合活性成分及抗抑郁的靶点,构建成分-靶点、关键靶点蛋白网互作图、靶点基因GO富集及KEGG通路分析.结果表明,通过筛选获得7个符合标准的活性成分、85个与抑郁相关的靶点,GO富集分析得到17个生物学功能,KEGG通路分析得到11条显著富集的通路.百合通过多靶点、多通路、多成分发挥抗抑郁的作用,可能是通过胆碱能突触、神经活性配体-受体、p53信号通路、钙信号通路等信号通路发挥复杂的调节作用.  相似文献   

5.
通过网络药理学和分子对接方法探讨桑白皮治疗2型糖尿病的作用机制。运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选桑白皮的活性成分及相应作用靶点,借助DrugBank、GeneCards和TTD数据库检索疾病靶点。活性成分靶点与疾病靶点取交集得到桑白皮作用于2型糖尿病的预测靶点,构建活性成分-潜在靶点网络图和关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络。将交集基因进行基因本体(gene ontology, GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析;最后应用AutoDock软件进行活性成分及关键靶点之间的分子对接验证。预测得到桑白皮活性成分25个,桑白皮与疾病的交集靶点126个。PPI网络发现AKT1、IL-6、TNF、VEGFA、TP53、CASP3等可能是桑白皮治疗2型糖尿病的关键靶点。GO富集分析涉及细胞因子信号转导通路、对脂质的反应和凋亡信号通路等生物过程。KEGG通路分析涉及糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、T...  相似文献   

6.
运用数据库及可视化软件分析黄芪-白茅根治疗慢性肾小球肾炎(chronic glomerulonephritis,CGN)的有效活性成分并探讨其潜在作用机制。通过中药系统药理学数据库与分析平台及BATMAN-TCM数据库收集黄芪-白茅根活性成分,SwissTargetPrediction和Uniprot数据库进行靶点标准化处理;通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、Drugbank、DiGSeE数据库筛选CGN相关靶点;应用 Cytoscape软件构建相关网络图;利用Omicshare平台进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析;采用AutoDock Vina及LigPlot进行核心成分与核心靶点的对接。黄芪-白茅根中共筛选出27个活性成分和271个活性成分靶点。对143个药物和疾病的交集靶点进行分析,获得7 084个GO相关过程,230个KEGG信号通路,其中差异的有4 663个GO相关过程,159个KEGG信号通路。分子对接发现本研究筛选的核心成分与靶点拥有较好的结合能。研究表明黄芪-白茅根是通过多成分、多靶点、多通路的作用方式发挥治疗CGN的作用,为CGN的治疗提供了重要的科学依据。  相似文献   

7.
目的:基于网络药理学方法探讨自拟黄芪首乌酊方治疗雄激素性脱发的作用机制。方法:通过TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库中收集黄芪首乌酊8味中药的有效活性成分和靶点。通过DisGeNET和OMIM疾病数据库中收集AGA相关疾病靶点。利用Bioinformatics对药物靶点-疾病靶点进行交集分析并制作Venn图。将交集靶点导入String数据库进行蛋白互作拓扑分析,将得到的初步PPI图导入Cytoscape3.7.2进行PPI网络图的可视化。取度值前20的核心靶点导入Metascape数据库进行GO和KEGG分析。结果:得到活性成分53个、药物靶点360个、AGA靶点428个、最终获得黄芪首乌酊治疗AGA共同靶点35个,提取核心靶点20个。黄芪首乌酊治疗AGA的主要成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷甾醇、7-O-甲基异鼠李糖醇、芒柄花素等,核心靶点有VEGFA、EGFR、IL6、AKT1、AR等,关键生物学过程及信号通路有上皮细胞增殖、对生长因子反应、蛋白质磷酸化的正调控、Fas/Fas L细胞凋亡信号通路、PI3K-Akt信号通路等。结论:基于网络药理学挖掘黄芪首乌酊对AG...  相似文献   

8.
运用网络药理学方法,筛选田基黄注射液的主要活性成分,对活性成分和疾病靶点进行预测和重叠;通过构建“活性化合物-靶点-通路”网络,并通过GO和KEGG分析,探讨田基黄治疗病毒性肝炎可能与Rap1信号通路、Ras信号通路和PI3K-AKT信号通路有关;采用DiscoveryStudio2020对活性化合物和靶点进行虚拟对接,结果显示活性化合物与MET、EGFR、AKT1和MAPK1靶点有较好的亲和力.本研究通过运用网络药理学和分子对接工具,对田基黄注射液抗病毒性肝炎的活性成分及作用机制进行探索,为进一步深入研究奠定理论基础和研究方向.  相似文献   

9.
运用网络药理学和分子对接方法探索黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的分子机制。应用中药系统药理学数据库与分析平台对黄连温胆汤药物活性成分及药物作用靶点基因进行筛选。通过Genecards数据库、DisGENET数据库查找幽门螺杆菌相关性胃炎疾病相关靶点,利用维恩在线绘图工具获得疾病与药物的共同靶点基因。利用Cytoscape 3.8.2软件以及STRING数据库分别构建药物-化合物-靶点相互作用网络及蛋白质-蛋白质相互作用网络图。运用DAVID数据库进行基因本体功能和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。选取度值排名前3的靶点蛋白和活性成分使用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接。共筛选得到槲皮素、川皮苷、柚皮素等127种黄连温胆汤药物活性成分,并获得Akt1、JUN、TNF-α、STAT3等101个潜在靶点蛋白,涉及P53信号通路、NOD样受体信号通路、TNF信号通路等90条信号通路。分子对接结果显示关键靶点STAT3、TP53、Akt1与活性成分槲皮素、川皮苷、柚皮素的亲和力较好,其中以Akt1与柚皮素的结合能力最强。通过分析黄连温胆汤治疗幽门螺杆菌相关性胃炎的作...  相似文献   

10.
目的 基于网络药理学探讨复方葛仲补骨汤治疗骨质疏松症的作用机制.方法 通过TCMSP数据库获取复方葛仲补骨汤中葛根、杜仲和黄精三味药材的化学成分,并筛选出主要活性成分.通过TCMSP数据库和Pharmmapper数据库获取主要活性成分的靶点蛋白质,并通过OMIN、GeneCards、Drugbank和TTD 4个数据库获取骨质疏松症的靶点蛋白质.取成分对应靶点和疾病对应靶点的交集,借助String数据库构建药物-疾病蛋白质互相作用网络(PPI),最后进行药物-疾病的GO功能富集分析和KEGG通路富集分析.结果 三味中药材去除重复基因后共获得靶点基因275个.在药物-成分-靶点的网络中可以清晰地看到有效成分主要有槲皮素、β-谷甾醇和山柰酚等,VEGFA、ALB等靶点基因为关键靶点,主要参与的生物进程有介导类固醇激素反应、细胞因子介导的信号通路等,主要调节的通路有IL-17信号通路、FoxO信号通路等.结论 槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚是复方葛仲补骨汤治疗骨质疏松症的物质基础,其通过作用于IL-6、VEGFA、ALB、MMP-9等靶点基因调控IL-17信号通路、FoxO信号通路,进而治疗骨质疏松症.  相似文献   

11.
运用网络药理学方法分析续断-桑寄生药对改善多囊卵巢综合征的主要活性成分、靶点和通路。通过中药系统药理学数据库与分析平台,获取续断、桑寄生的主要活性成分及潜在靶点,并利用Cytoscape软件构建中药-成分-靶点网络;依托Disgenet、OMIM数据库获得多囊卵巢综合征疾病靶点并进行合并,借助Venn在线工具获得药物和疾病的共同靶点;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;利用Metascape数据库对交集靶点进行京都基因和基因组百科全书通路(KEGG)富集分析及基因本体(GO)富集分析;采用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路网络;用分子对接技术验证靶点间结合的可靠性。结果表明,从续断-桑寄生药对中筛选得到174个靶点,其中交集于多囊卵巢综合征的80个共有靶点主要涉及癌症通路、丙型肝炎信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等多条信号通路。续断-桑寄生药对通过槲皮素、β-谷甾醇等活性物质形成多靶点、多通路调控网络,调节激素代谢,降低炎症细胞因子水平,从而达到系统改善多囊卵巢综合征的目的。  相似文献   

12.
通过网络药理学方法预测射干-麻黄配伍治疗咳嗽变异性哮喘(cough-variant asthma,CVA)的可能分子机制。采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选射干、麻黄有效活性成分及对应治疗靶点,从GeneCards获取CVA疾病靶点基因,经过映射分析获得射干-麻黄活性成分直接作用的CVA目标靶点。构建中药-活性成分-靶点基因调控网络,通过String数据库进行目标靶点的蛋白质-蛋白质相互作用分析并筛选关键基因,借助生物信息分析工具预测靶点基因参与的基因本体生物学过程、京都基因与基因组百科全书信号通路。结果表明:从TCMSP获得射干-麻黄有效活性成分30个,直接调控的CVA靶点基因75个,射干-麻黄调控CVA存在多成分、多靶点的网络调控作用;靶点基因主要富集于核受体活性、直接配体调控序列特异性DNA结合的转录因子活性、泛素样蛋白连接酶结合、甾体激素受体活性、类固醇结合等98个生物学过程,以及PI3K-Akt信号通路、肿瘤中的微小RNA、乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人类巨细胞病毒感染等110条信号通路。射干-麻黄活性成分可能通过抑制气道炎症反应与高反应性、调节自身免疫功能等环节发挥治疗CVA的作用。  相似文献   

13.
利用网络药理学和分子对接方法探究玫瑰花抗抑郁的物质基础及作用机制。通过中国知网收集抗抑郁单体和玫瑰花的化学成分,借助PubChem、SwissTargetPrediction数据库预测玫瑰花的抗抑郁活性成分及作用靶点,通过DAVID数据库进行通路富集分析,运用Discovery Studio 2017软件对关键成分和靶点进行分子对接。收集抗抑郁单体117个,玫瑰花成分127个,筛选出玫瑰花与抗抑郁相关的核心成分17个,分子对接显示玫瑰花所含芹菜素、槲皮素、山柰酚、异丁香酚、异槲皮苷、矢车菊素-3-O-葡萄糖苷6个活性成分,可较好地与AKT1、PTGS2、ESR1 3个抑郁相关靶点结合。结果表明玫瑰花抗抑郁的物质基础为芹菜素、槲皮素、山柰酚等黄酮类化合物,主要通过影响HIF-1信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、催乳激素信号通路、多巴胺能神经突触信号通路发挥抗抑郁作用。该研究为抗抑郁新药研发提供了理论依据及新的研究思路。  相似文献   

14.
通过网络药理学的方法,研究三七-白及药对在疾病治疗过程中潜在的药理作用机制.采用TCMSP数据库筛选三七-白及药对的活性成分和作用靶点,并用Uniprot数据库校正靶点信息得到靶点基因,利用CTD数据库获得靶点基因相关的疾病类型,通过STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络,分析得到核心蛋白,运用DAVID数据库富集分析靶点基因参与的基因本体论(GO)生物学过程及京都基因与基因百科全书(KEGG)通路.共筛选得到17个活性成分,涉及193个作用靶点.结果表明:槲皮素、β-谷甾醇和豆甾醇的作用靶点数目最多;靶点基因与35类疾病相关,主要包括癌症、神经系统疾病、心血管疾病等;蛋白相互作用网络分析得到核心蛋白AKT1,MAPK1,c-Jun,P53,TNF等;靶点基因主要涉及药物反应,RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等91条GO生物学过程,KEGG通路显著富集到癌症通路、乙型肝炎等66条通路,与前述疾病分析结果相符.  相似文献   

15.
应用网络药理学和分子对接探讨猫爪草多成分、多靶点、多通路治疗肺腺癌的作用机制。根据口服利用度和类药性的分析条件,采用中药系统药理学数据库与分析平台数据库筛选猫爪草主要活性成分及作用靶点;疾病靶点在GeneCards和OMIM数据库中获得;利用R软件绘制维恩图,获得活性成分和疾病的交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;利用Bioconductor数据库对预测靶点进行GO(Gene ontology)功能富集分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路分析。结果表明:筛选出猫爪草的10个潜在活性成分和40个作用靶点,其中有36个靶点与肺腺癌相关;主要活性成分为β-谷甾醇、豆甾醇等,这些活性成分作用于PTGS2BCL2BAXCASP9CASP3RXRA等靶点,通过调控神经变性的途径-多种疾病、神经活性配体-受体相互作用、小细胞肺腺癌、细胞凋亡、多细胞凋亡、铂类耐药、p53信号传导途径、大肠癌等通路发挥抗肿瘤作用。对猫爪草的有效成分和潜在靶点进行预测,为药物的应用和开发提供了新思路。  相似文献   

16.
侯桃霞  赵小芳  刘爱萍  高博  李钦 《甘肃科技》2021,37(20):91-95,176
基于网络药理学预测"黄连-知母"治疗2型糖尿病的活性成分、作用靶点、作用机制.采用中药系统药理学数据库和分析平台、PubChem数据库预测"黄连-知母"成分及靶点,采用GeneCards数据库预测2型糖尿病靶点,通过二者的映射获得共有靶点.使用DAVID数据库对共有靶点进行KEGG通路分析.构建"中药-成分-靶点-信号通路"可视化网络,从而预测"黄连-知母"治疗2型糖尿病作用机制.共筛得"黄连-知母"成分有甲基黄连碱、黄连碱、小檗浸碱等30个,成分-靶点491个,其中459个于2型糖尿病靶点重合.使用DAVID数据库对共有靶点分析,发现涉及蛋白质磷酸化、信号转导、凋亡过程的负调控、对药物的反应、细胞增殖的正调控等多个生物过程及P13K-Akt信号通路、MAPK信号通路、趋化因子信号通路、胰岛素信号通路等多个通路."黄连-知母"二药多种成分作用于多靶点、多通路,达到治疗2型糖尿病的目的.  相似文献   

17.
通过网络药理学的研究方法,探索"黄芪―白术"治疗肺癌的可能作用机制。使用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库查询"黄芪―白术"的活性成分,运用TCMSP数据库对活性成分的靶点进行筛选,并利用Uniprot数据库对靶点进行标准化命名。通过"TTD"数据库、"DisGeNET"数据库和"OMIM"数据库查询肺癌相关靶点。利用Venn Diagram得到"化合物―疾病"共同靶点。运用STRING数据库进行蛋白质互作网络(PPI)的构建。使用R语言进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。"黄芪―白术"药对共筛选得到活性成分19个,潜在作用靶点180个。治疗肺癌的预测靶点29个,主要涉及AKT1、VEGFA、EGFR等。GO功能富集分析,按照P0.05进行筛选,涉及生物过程1 260个,细胞组分12个,分子功能32个,主要涉及活性氧代谢过程、类固醇激素反应、凋亡信号通路的调控、T细胞活化等。KEGG信号通路富集分析,按照P0.05进行筛选,涉及信号通路26个,主要涉及PI3K-Akt信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、铂类耐药性、HIF-1信号通路、MAPK信号通路、Rap1信号通路、Ras信号通路等。"黄芪―白术"通过调控信号通路、抗癌药物耐药性等发挥抑制肿瘤血管生成、诱导肿瘤细胞凋亡、抑制肿瘤转移等作用,从而治疗肺癌。"黄芪―白术"在治疗肺癌的过程中涉及到多活性成分、多靶点及多信号通路。  相似文献   

18.
为了研究黄芪中活性成分治疗阿尔兹海默病的作用机制,采用网络药理学与分子对接模拟方法,利用相关数据库确定疾病靶点,构建靶点相互作用和药物-成分-靶蛋白-疾病网络,在DAVID数据库进行基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书数据库通路富集分析,并对靶点进行分子对接模拟验证。结果表明:筛选到20种黄芪抗阿尔兹海默病的活性成分,其中槲皮素、山奈酚、异鼠李素、刺芒柄花素、 7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇为关键成分;筛选出118个交集靶点,含6个关键靶点,各靶点富集于炎症反应细胞凋亡等生物过程;分析得到180条信号通路,作用机制主要与TNF、 PI3K-Akt、 IL-17等通路相关。  相似文献   

19.
运用网络药理学研究蒙药肉豆蔻五味治疗缺血性心脏病的主要药效成分及其作用靶点和通路。构建肉豆蔻五味治疗缺血性心脏病成分-疾病靶点-通路网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),筛选关键靶点并进行GO和KEGG富集分析。利用Autodock 4.2软件对肉豆蔻五味治疗缺血性心脏病的主要活性成分和靶蛋白进行分子对接验证。通过对筛选得到的34个活性化合物和35个缺血性心脏病关键靶点进行拓扑分析,揭示了肉豆蔻五味治疗缺血性心脏病的主要靶点为PIK3CA、JAK2、MAPK14、KDR、PIK3CB、PTGS2等;GO功能富集分析结果显示其主要参与了蛋白磷酸化正调控、血管新生正调控、胞质钙离子正调控、一氧化氮生物合成过程正调控等;KEGG通路分析显示大多数基因富集到了与心血管疾病相关的肿瘤坏死因子通路、肿瘤蛋白多糖、癌症通路、血管内皮生长因子信号通路、低氧诱导因子1信号通路等信号通路。因此,本研究通过网络药理学揭示了蒙药肉豆蔻五味治疗缺血性心脏病“多成分、多靶点、多途径”的特点,为深化肉豆蔻五味治疗缺血性心脏病的药效物质基础和作用机制研究提供了基础。  相似文献   

20.
研究运用网络药理学方法筛选地瓜藤的活性成分,并构建地瓜藤活性成分—作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的生物功能和通路进行分析,探讨地瓜藤抗糖尿病的作用及机制。整理文献报道,并结合BATMAN数据库及TCMSP数据库获取地瓜藤的活性化合物,再通过TTD数据库筛选地瓜藤活性化合物的作用靶点,建立靶点数据集,OMIM数据库筛选糖尿病相关的靶标,PPI数据库构建地瓜藤和糖尿病的交互靶标,用Cytoscape软件构建"成分-靶点-疾病"交互网络图,并通过生物学信息注释数据库(DAVID)富集分析涉及的靶点基因功能及信号通路。筛选得到地瓜藤10个活性成分,网络分析表明地瓜藤活性成分涉及细胞肿瘤抗原p53、雌激素受体、Caspase-3、胰岛素受体、转录因子E2F1等靶点39个,通过调节胰岛素抵抗、TNF信号通路、2型糖尿病信号通路、胰岛素信号通路等信号通路来发挥其抗糖尿病的作用。研究结果体现了地瓜藤抗糖尿病具有多成分—多靶点—多途径的特点,为进一步研究地瓜藤抗糖尿病的作用及分子机制提供了新思路和新目标。  相似文献   

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