枸杞抗坏血酸氧化酶基因的克隆与表达分析

以枸杞为材料,利用同源克隆技术,克隆了枸杞抗坏血酸氧化酶(AO)的全长cDNA序列,命名为LcAO基因(GenBank:KP712033),该基因开放阅读框(ORF)大小为1737bp,编码578个氨基酸,与西红柿AO蛋白的同源性达到90%.LcAO编码的氨基酸序列包含3个多铜氧化酶结构域和跨膜信号序列.采用实时荧光定量PCR分析显示,LcAO基因在枸杞的花和果实中表达量最高,成熟叶中表达量最少.     

建立检测猕猴三磷酸腺苷结合盒转运蛋白 G2 的mRNA 相对表达水平的 RT-qPCR 方法

目 的 本 研 究 旨 在 建 立 一 种 实 时 荧 光 定 量 PCR 方 法, 用 于 检 测 猕 猴 三 磷 酸 腺 苷 结 合 盒 转 运 蛋 白 G2( adenosine triphosphate-binding cassette transporter protein G2, ABCG2) mRNA 的基因转录水平。 方法 使用 NCBI 上GenBank 数据库猕猴( Macaca mulatta) 的 ABCG2 核 苷 酸 序 列 号 NM _001032919. 1 及 内 参 GAPDH 核 苷 酸 序 列 号NM_001195426. 1,借助 Primer premier 5. 0 软件设计 PCR 引物。 提取猕猴新鲜肾组 织 的 总 RNA,并 反 转 录 合 成cDNA。 接着,利用 PCR 引物进行实时荧光定量 PCR 扩增,并根据反应体系中荧光的变化情况定量分析 ABCG2 的mRNA 相对表达水平。 结果 PCR 产物测序结果显示,扩增的 ABCG2 和 GAPDH 核苷酸序列与 NCBI 上猕猴的序列同源性分别为 90. 91%和 91. 14%。 ABCG2 和 GAPDH 的扩增效率均达到 80% ~ 120%,实时荧光定量 PCR 标准曲线的熔解曲线为单峰,R2 接近 1。 结论 本研究建立的检测猕猴 ABCG2 mRNA 实时荧光定量检测方法,为研究高尿酸血症的发病机制以及新药开发奠定基础。     

猕猴不同组织器官中黄嘌呤脱氢酶 /氧化酶基因的mＲNA 表达的半定量 ＲT - PCＲ 检测方法的建立

摘要: 目的 建立半定量 ＲT-PCＲ 检测方法检测猕猴体内肝脏组织、上皮组织、睾丸组织、心肌组织,肾脏组织中黄嘌呤氧化脱氢酶( XDH /XO) 的 mＲNA 的表达。方法 分别提取健康猕猴新鲜肝脏组织、上皮组织、睾丸组织、心肌组织,肾脏组织中总 ＲNA,用 ＲT-PCＲ 二步法进行 XDH /XO 基因片段扩增,内参基因选用管家基因 GAPDH,对获得的目的片段进行序列测定以鉴定其特异性,在凝胶影像分析仪 Quantity one 软件得出其电泳条带的灰度值( IOD) ,计算目的基因与内参基因比值得到猕猴不同组织 XDH/XO 的 mＲNA 的相对表达量。结果 建立了半定量 ＲT-PCＲ 检测方法,猕猴不同组织 XDH /XO 的 mＲNA 表达在肝脏组织中表达水平最高,其次为心肌,肾脏,睾丸,皮肤。结论 本研究所建立的半定量 ＲT-PCＲ 检测方法可应用于检测猕猴各组织器官组中的 XDH /XO 的mＲNA 的表达差异。     

猫杯状病毒荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

根据GenBank中编码猫杯状病毒（FCV）衣壳蛋白ORF2的保守序列, 设计并合成了一对引物和相应的TaqMan探针, 建立了快速检测FCV的荧光定量PCR
方法. 通过对该方法的反应体系和反应条件进行优化, 建立了标准曲线, 给出了特异性、 敏感性和重复性实验, 并对临床24份疑似样品（其中阳性3份、 阴性21份）进行检测.  结果表明: 该方法检测cDNA的线性关系为0.992, 线性范围为2.26×10¹¹~2.26×10¹拷贝/μL; 可检测出样品中的FCV, 其他猫相关病毒检测为阴性; 批内重复性实验变异系数为2.158%, 与病毒分离结果相符.     

快速检测猪瘟兔化弱毒疫苗株的TaqMan荧光定量RT-PCR方法的建立

在猪瘟病毒兔化弱毒疫苗株（HCLV）的5′端非编码区设计一对引物和一条TaqMan探针,通过优化反应条件,成功建立了特异性检测HCLV的荧光定量RT-PCR方法．结果表明：该方法检测的最低拷贝数为45拷贝／μL,灵敏度比普通PCR方法高10^4倍,在较广的范围内（4．5×10^1-4．5×10^6拷贝／μL）有良好的线性关系（r=0．994）;分别以乙型脑炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、副猪嗜血杆菌、牛病毒性腹泻,黏膜病病毒作为模板进行TaqMan RT-PCR扩增,未出现阳性信号：4个不同浓度标准品组内试验变异系数为1．90％～5．82％,组间试验变异系数为4．02％～5．69％：HCLV3个cDNA样本组内试验变异系数为3．72％～4．93％;组间试验变异系数为2．99％～4．02％．该方法具有很好的灵敏性、特异性及稳定性,能够快速准确定量检测HCLV,为HCLV疫苗的研制、猪瘟病毒分子生物学等方面研究提供了一种快捷有效的工具．     

基于ARMS-PCR技术检测SLC39A13基因核苷酸多态性方法的建立

为了实现核苷酸多态性（SNP）的精准分型,针对SLC39A13基因rs755555位点,建立基于荧光定量PCR的分子诊断技术。首先,分别设计rs755555位点及内参基因peptidylprolyl isomerase A（PPIA）的Taqman荧光ARMS-PCR检测引物和探针;其次,构建阳性对照质粒;最后,以基因分型精确度为指标,优化引物探针组合,以及检测试剂的 PCR 反应体系和反应条件。结果表明：野生型最优引物探针组合为WF1、R1、FP1、PIRF5、PIRR5、PIRP5,突变型最优引物探针组合为FMF3、R1、FP1、PIRF5、PIRR5、PIRP5;每个检测样品的最优反应体系为[STBX]SLC39A13[WT][ST]基因上下游引物探针各0.1 μL,内标上下游引物探针各0.1 μL,10 μL PerfectStartⅡ Probe qPCR SuperMix UDG,5.4 μL纯水,4 μL样品基因组。重复性实验和70个样品的检测验证,确认了检测体系的可行性,为研发SLC39A13基因rs755555位点多态性检测试剂盒提供了技术基础。     

TMEM43基因SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

根据Genbank中登录的TMEM43基因序列设计并合成引物,建立了TMEM43SYBR Green Ⅰ real-time PCR方法.利用该方法构建标准曲线,并对灵敏性及重复性进行验证.最后对随机选取的几种人源细胞及不同物种细胞进行检测.结果显示,建立的TMEM43SYBR Green Ⅰ real-time PCR方法线性关系好,以标准品构建的标准曲线相关系数R2=1;灵敏性比普通PCR高10倍,能成功检出不同细胞中TMEM43表达量.表明建立的TMEM43SYBR Green Ⅰ real-time PCR检测方法可用于TMEM43基因表达的检测及定量分析,可为临床TMEM43相关疾病的检测及分析提供实验依据.     

人源IFITM2基因检测方法的建立及EMCV感染对IFITM2基因转录的影响

目的:建立一种干扰素诱导跨膜蛋白2(IFITM2)基因SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法,以期为IFITM2基因的动态监测提供有效的检测技术.方法:根据GenBank中公布的IFITM2基因序列设计特异性引物,以质粒pMD18-T-IFITM2为模板进行条件优化,绘制标准曲线,建立IFITM2基因SYB...     

荧光实时定量PCR检测尼罗罗非鱼GH、GHR、IGF-I基因方法的建立及初步应用

 为了准确分析尼罗罗非鱼生长激素（growth hormone , GH）、生长激素受体（growth hormone receptors, GHRs）和胰岛素样生长因子I （Insulin like growth factor-I,IGF I）在早期发育阶段的作用,实验设计了尼罗罗非鱼GH、GHR、IGF I基因的特异性引物,提 取垂体或肝脏总RNA并扩增出目的片段,将PCR产物克隆到pGEM-T Easy载体,经质粒PCR扩增、酶切和测序鉴定重组质粒,构建 标准曲线等,成功建立了GH、GHR、IGF-I基因荧光实时定量PCR检测方法。运用建立的荧光实时定量 PCR检测了尼罗罗非鱼GH 、GHR和IGF I基因表达的发育性变化。结果表明在早期发育阶段,尼罗罗非鱼GH 与 IGF-I,GHR1与 GHR2的mRNA表达存在一 定的互补关系;GH的表达与GHR1的表达呈显著正相关,提示GH与IGF-I,GHR1与GHR2在尼罗罗非鱼早期发育的不同阶段起主导 作用,且GH可能主要通过与GHR1的结合起作用。     

中国卤虫actin基因的实时荧光定量PCR方法的建立和优化

根据GenBank中卤虫actin基因的保守区域序列设计井合成一对引物,采用SYBR Green Ⅰ作为染料建立了实时荧光定量PCR（real—time fluorescence quanfitative PCR）方法．以Ct值为纵坐标,以稀释倍数的对数为横坐标,建立标准曲线,其相关系数达到了0．999．溶解曲线分析显示产物为单一的特异峰,Tm为83.6℃,结果表明：本实验建立的中国卤虫actin基因的实时荧光定量PCR法扩增效率高、特异性强、线性范围广、检测周期短,为actin基因作为内参基因进行卤虫早期胚胎发育基因表达的定量分析奠定了基础．     

实验动物常见支原体荧光定量PCR检测方法建立

目的 建立能对实验动物常见支原体进行检测的荧光定量PCR方法。方法 针对多种大、小鼠易感支原体的16 s rRNA基因中较保守的区域设计1对引物和探针,建立荧光定量PCR方法并检测其特异性、灵敏性及重复性。结果 该方法在模板浓度为5×100～5×106 copies/μL之间呈良好的线性关系(R2=0.9972)且扩增效率为98.11%;特异性强,能够区分检测金黄色葡萄球菌等常见的病原菌;灵敏性高,检测下限为5 copies/μL,比常规PCR的检测灵敏性高100倍;重复性好,对不同浓度模板进行组内和组间重复性试验的变异系数均低于2%。用荧光定量PCR和普通PCR方法对不同来源不同类型的120份临床样品进行检测,结果表明小鼠支原体检测阳性率分别为3.33%(2/60)、1.67%(1/60),细胞样品支原体检测阳性率均为5%(3/60)。结论 本研究建立的荧光定量PCR方法快速、特异强、灵敏性高、重复性好,可用于实验动物常见支原体的快速诊断。     

牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)荧光定量PCR检测方法的建立及应用

目的 建立牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)实时荧光定量PCR检测方法,用于牛源性样本中BHV-1的快速检测。方法 根据已发表的BHV-1 gB基因设计特异引物和TaqMan探针,建立BHV-1实时荧光定量PCR方法。并对方法的特异性、敏感性、重复性稳定性等进行测定。用建立的方法对181份牛源性样本进行检测。结果 建立的BHV-1荧光定量PCR检测方法与牛副流感病毒Ⅲ型(BPIV3)、牛病毒性腹泻病毒1型(BVDV1)、猪伪狂犬病毒(PRV)、单纯疱疹病毒Ⅰ型(HSV-1)、猫疱疹病毒1型(FHV-1)均无交叉反应;检测灵敏度可达到1×101copies/μL;批内变异系数均小于5%。应用建立的方法检测181份牛源性样本,有6份样本BHV-1核酸为阳性。结论 建立的BHV-1荧光定量PCR检测方法具有快速、特异、敏感及稳定的特点,可用于牛源性样本中BHV-1污染的检测。     

建立Wistar大鼠全厚植皮模型的实验方法

目的 介绍一种建立Wistar大鼠全厚植皮模型的实验方法,提高Wistar大鼠植皮手术成功率。方法 清洁级Wistar大鼠12只,雄性,3月龄,体质量300～330 g,按照称重与麻醉、备皮与标记、大鼠固定与消毒、全厚皮片切取与修剪、全厚皮片回植以及采取避免大鼠啃咬及挠抓的措施这一实验流程,建立全厚植皮模型。结果 本组12只Wistar大鼠侧胸部植皮片全部成活,无一例发生皮片感染及坏死。术后大鼠进食正常,可自由活动,饲养1～2月,无大鼠发生非正常死亡。结论 本实验建立的实验方法简单有效,为相关的研究提供了具体的实验方法。     

非洲猪瘟病毒TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快速、准确、特异的非洲猪瘟病毒（African Swine Fever Virus,ASFV）定量检测方法,根据TaqMan探针荧光定量分析原理,对ASFV核酸进行了实时荧光定量PCR分析．借助计算机软件辅助,对ASFV基因序列及检测引物和探针进行了优化筛选,利用pET-ASFVP72质粒作为参比模板对PCR反应的Mg^2-、引物、探针浓度等参数进行了优化,其最佳浓度分别为4．5mmol／L,400nmol／L和500nmol／L．同时,对灵敏度、特异性、定量线性关系、精确度等进行了评估,最低检出量为10^2个拷贝数的质粒,特异性为100％,CT（Cycle Threshold）值的变异系数CV小于5％．对送检的15份（是否感染ASFV不确定）猪肉样品进行检测,结果全为阴性．试验表明,所建立的实时荧光定量PCR检测方法能够快速、准确、特异、灵敏地对ASFV核酸进行定量分析,从而为非洲猪瘟的检测提供了一个新的、可靠的方法．     

实时荧光定量PCR检测原发性肝癌中hNTKL-BP1基因的表达

分别提取手术切除人原发性HCC肝癌和癌旁肝组织总RNA并逆转录为cDNA,在hNTKL-BP1基因的高保守区设计相应引物和Taqman荧光探针,实时检测PCR产物的荧光强度,采用2-△△Ct方法分析比较该基因在人类肝癌组织和癌旁肝组织中的表达差异.结果是44例原发性HCC肝癌组织中hNTKL-BP1基因表达水平显著高于癌旁肝组织(t=2.69,P<0.01),肝癌组织与癌旁肝组织hNTKL-BP1基因表达差异和肿瘤大小有一定的相关性(P=0.028),hNTKL-BP1基因可能与肝癌的发生、发展有一定相关性.     

一种快速检测植物病毒RNA蓄积量的竞争PCR方法

用Oligo6.6软件在pUC18上设计1对比目的基因多100～200 bp的内参引物,摸索了目的基因和内参共同扩增的竞争PCR反应条件,测定了嘧肽霉素处理对烟草组织中烟草花叶病毒RNA相对含量的影响,同时用间接ELISA方法验证了该方法.试验结果表明:竞争PCR的方法能够快速、相对准确的测定植物组织中病毒RNA蓄积量的变化情况.     

同时检测小鼠微小病毒(MVM)和小鼠细小病毒(MPV)的荧光定量PCR的建立及应用

目的 建立同时检测小鼠微小病毒(MVM)和小鼠细小病毒(MPV)的荧光定量PCR方法,并进行初步应用。方法 比对NCBI上发表的MVM和MPV基因组序列,设计1对引物和探针,可同时检测MVM和MPV。考察MVM-MPV引物探针的特异性和灵敏度,并对178份清洁级小鼠粪便DNA样本进行检测。结果 MVM-MPV荧光定量PCR方法最佳线性范围为109～104拷贝/μL,标准曲线的线性关系良好,R2值可达0.99,灵敏度为101拷贝/μL,特异性强。应用MVM-MPV探针对178份小鼠粪便DNA检测,结果为2份阳性样本,经MVM、MPV特异性探针鉴定,2份阳性样本均为MPV感染。阳性样本经全基因组测序后与NCBI网站上MPV(NC_001630.1)序列比对,一致率为96%。结论 建立的MVM-MPV荧光定量PCR方法,能够有效快速地同时检出小鼠细小病毒和小鼠微小病毒。     

重组腺相关病毒质量控制的qPCR技术研究进展

综述实时荧光定量PCR(qPCR)技术在重组腺相关病毒(rAAV)的基因组滴度测定中的应用成果,以及qPCR技术在rAAV质量控制过程中的应用,如感染滴度及rcAAV污染率的测定等.分析qPCR技术存在的适用范围窄、易产生系统性误差和易受rAAV杂质干扰等问题的原因,并探讨相关的解决策略.     

高粱BTx623幼苗多酚氧化酶Real-time PCR引物扩增效率的检测

介绍了一种检测实时荧光定量PCR技术引物扩增效率的方法,以期为进一步应用实时荧光定量PCR奠定基础。同时通过实时荧光定量PCR技术,研究高粱BTx623幼苗中的多酚氧化酶基因SbPPO的表达情况,结果发现SbPPO2,SbPPO5,SbPPO6的相对表达量较高,这3个SbPPO可能在高粱BTx623幼苗中起到重要功能。