一株产辅酶Q10的光合细菌菌株的分离及鉴定

从水塘污泥中富集分离到一株产CoQ10含量较高的光合细菌菌株,并对其进行系统鉴定.采用了丙酮作为CoQ10的提取溶剂,样品经超声波破碎后,用紫外分光光度法(UV)作为CoQ10的定性定量方法,成本低且快速,可以作为筛选CoQ10含量较高菌株的方法.以此方法筛选得到菌株LZC,其CoQ10产量为9.49μg/mL菌液.16S rDNA序列系统发育分析表明,菌株LZC在系统进化树上与GenBank中序列号为AB251407.1、AB251408.1、AB017799.1、DQ342322.1的红假单胞菌(红细菌)聚为一族,初步确定菌株LZC为生芽红假单胞菌(Rhodobacter blasticus).菌株LZC至少能稳定传代15次.     

中国酱油发酵酱醪中嗜盐四联球菌的鉴定

从采用传统露天酿造工艺的中国酱油发酵酱醪中分离筛选嗜盐乳酸球菌,对其进行形态、生理生化特性研究及16S rDNA序列分析,在此基础上确定其分类地位,为研究其在酱油酿造中的作用奠定基础.研究结果表明,筛选菌株为四联球型,革兰氏染色阳性,不运动;接触酶反应阴性,能从葡萄糖产酸而不产气;NaC l含量为18%的培养环境下乳酸产量达2.2%;基于16S rDNA序列的系统发育分析表明筛选菌株与嗜盐四联球菌的亲缘关系最近,从而初步确定其为嗜盐四联球菌.     

一株中度嗜盐菌Halomonas sp.NY-011的分离与鉴定

从盐生杜氏藻（Dunaliella salina）培养物内筛选到一株能在广泛NaCl浓度范围（0.5 %～21 %, w/v）和广泛pH值范围（pH 5～11）生长的嗜碱耐盐菌NY011.细胞形态电镜观察和生理生化分析表明, NY-011呈杆状,大小为（0.51～1.53）μm×（1.02～2.55）μm,革兰氏阴性,有荚膜,无鞭毛,不运动,好氧生长,淀粉水解酶呈阴性,接触酶呈阳性.其最适培养条件为：2% NaCl,30 ℃,起始pH值10.16S rDNA序列比对和构建的系统发育树表明该菌属于盐单胞菌     

高产5-氨基乙酰丙酸光合细菌株的分离鉴定

从不同生态环境中分离培养出20株光合细菌,进行5-氨基乙酰丙酸(5-ALA)的产量检测,筛选出一株分离自广州市云溪公园池塘底泥的菌株R5,其5-ALA产量最高,达4.92 mg/L.为了确定菌株R5的分类学地位,对该菌株的形态学、碳源利用情况等生理生化特性进行了研究,表明该菌株符合红假单胞菌属的生物学特征;以菌株R5基因组DNA为模板PCR扩增16S rDNA基因,对PCR产物进行了序列测定,将所测得的核酸序列与相关细菌的16S rRNA序列进行比对,并构建进化树进行系统发育分析,发现菌株R5与沼泽红假单胞菌株KUGB306(Rhodop-seudom onas palustrisKUGB306)形成一个类群,序列同源性为99%.故最后确定该高产5-ALA的菌株属于红假单胞菌属(Rhodopseudom onas).     

23株豆科木本植物根瘤菌16SrDNA序列分析

为研究和利用华东地区豆科植物根瘤菌的种质资源多样性,对从华东地区豆科木本植物根瘤分离获得的23个菌株进行了16S rDNA全序列分析,并与相关参比菌株的16S rDNA序列进行了比较及聚类分析,建立了23株华东地区豆科木本植物根瘤菌的发育树状图,这一分析结果与来自形态学的鉴别结果吻合,初步确定了23株豆科木本植物根瘤菌分类地位.     

新疆达坂城盐湖中度嗜盐菌的16SrDNA序列研究

中度嗜盐菌作为一类微生物资源,已经在很多方面应用。从新疆达坂城盐湖样品中分离得到17株中度嗜盐菌。其中11株为革兰氏阳性,6株为革兰氏阴性,并完成表型和16SrDNA序列的测定．其表塑特征和16SrDNA序列分析结果表明这些菌分别属于Halomonas、Bacillus、Salinicoccus、Halobacillus、Marinococcus、Thalassobacillus、Nesterenkonia属,其中大部分属于Halomonas属。     

基于mt16S rDNA的长蝽总科(异翅亚目:蝽次目)系统发育的研究

利用16S rDNA分子约540 bp的序列对长蝽总科9个科29个种进行系统发育分析.运用MP法、ML法和NJ法分析,结果表明:原来属于广义长蝽科的Pachygronthidae、Rhyparochromidae、Cymidae、Geocoridae、Blis-sidae、Oxycarenidae和狭义Lygaeidae并不形成一个单系的广义长蝽科;梭长蝽科Pachygronthidae的两个族Pachygronthini和Teracriini分成两支而形成多系;莎长蝽科Cymidae与梭长蝽科Pachygronthidae的Pachygronthi-ni族总是聚成一支形成姐妹群.研究说明广义长蝽科是多系,这与最近的形态学研究一致,从分子水平上支持Henry(1997)把广义长蝽科中的部分亚科提升为科的修订.与现有的形态分类系统有所不同的是,地长蝽科和狭义长蝽科都是多系群.     

养殖鱼类链球菌病病原的分离鉴定及其16S rDNA分析

从患病的海水网箱养殖鱼中分离到5株链球菌,分别命名为HD-1、HD-2、HD-3、HD-4和HD-50。常规生化结果表明,其中4株即HD-1、HD-2、HD-3和HD-4为海豚链球菌(Streptococcus iniae);另外1株即HD-50为停乳链球菌(Streptococcus dysgalactiae)。分别对上述分离菌株的16S rDNA进行PCR扩增和测序,并与NC-BI中收录的其它链球菌的16S rDNA序列一起进行聚类分析并构建了系统发生树,确定其分类地位。分子分析结果与生化鉴定结果一致。攻毒实验表明以上4株S.iniae均能引起罗非鱼发病,呈现典型的链球菌病症状,并能从发病的罗非鱼脑、心、肝肾和血液中成功回收S.iniae。以上生化和分子生物学鉴定以及罗非鱼攻毒实验结果表明养殖鱼类链球菌病的主要病原为S.iniae,这与国外有关鱼类链球菌病病原的研究报道一致。     

极端干旱区包气带异养微生物16S rDNA的多样性

在黑河流域下游河谷550 cm深的包气带中采集了10个土壤样品,相应地对各个样品中的土壤含水量、总氮、土壤有机质和pH值进行了采样分析,并进行了微生物计数和培养.通过培养,从不同的培养基和不同土壤层,共挑选出120个菌落,然后使用革兰氏染色反应、常规生理生化和内切酶分析,再选出不同的15个菌落进行16S rDNA扩增和序列测定,共发现15种细菌,并建立了可培养微生物的系统进化树.这15个种分别属于蛋白细菌门的α-(2种),γ-(2种)和β-(2种)组,高G C的革兰氏阳性菌(5种),低G C的革兰氏阳性菌(2种)和Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides细菌(2种),这些种群全部属于棒状或段棒状,表现出明显的多样性.结果表明:地下土壤的物理和地球化学特征的不同影响地下微生物的种群数量,该研究为极端干旱区地下微生物生态学和水文地质以及相互作用提供了一个非常有意义的窗口.     

不同年份窖泥细菌16S rDNA系统发育分析

本研究直接提取5、10、20、50年窖泥细菌总DNA,扩增16SrDNA并构建克隆文库后进行系统发育分析.结果表明,随着年份增加,细菌多样性指数呈现出先增加后略有下降最后回升稳定的趋势;198个阳性克隆子划分成43个分类操作单位(OTUs),按优势顺序依次为Firmicutes、Bacteroidetes、Chloroflexi、unclassified Bacteria、Proteobacteria、Tenericutes、Actinobacteria、Planctomycetes和Spirochaetes.不同年份窖泥中优势菌不同,在5、50年窖泥中紫单胞菌科占优势,而在10、20年窖泥中梭菌目占优势.其中Petrimonas、Rikenellaceae、Syntrophomonadaceae、Clostridium、Lactobacillus等细菌均有发现,它们在窖泥老熟和白酒风味物质生成过程中发挥着重要作用.     

产氢菌的16S -23S rDNA间隔区的长度变异性分析

生物制氢细菌Rennanqilyf3的16S rRNA gene(rDNA)-23S rDNA间隔区碱基序列被测定，利用PCR扩增间隔区DNA，间隔区碱基序列存在长度多态现象．用这一长度多态现象进行产氢发酵细菌的辨认和识别，产氢发酵细菌Rennanqilyf3的16S rRNA gene(rDNA)-23S rDNA间隔区的PCR产品从1270到398bp，共有5个序列，碱基数目分别为1270、398、638、437和436bp。     

细菌种特异性的16SrDNA寡核苷酸探针数据库的初步构建

核酸二级数据库是生物信息学研究的重要领域 ,对生命科学的研究和发展起重要作用 .目前 ,国际核酸序列公共数据库中存在大量的细菌 16SrDNA序列 ,本文利用这些已知细菌的 16SrDNA序列 ,设计了细菌种特异性的寡核苷酸探针 ,将其结果存入二级数据库 ,以计算机网络为载体 ,开发了界面友好的通过WWW浏览器实现对数据库查询的系统 ,其查询结果形象直观 ,为设计细菌的种特异性寡核苷酸探针提供了参考和帮助 ,从而可加速对细菌分类及鉴定的进程 .     

熟制鲍鱼残留细菌的分离及16S rDNA鉴定

摘要：为控制熟制鲍鱼残留的细菌污染,采用平板划线分离技术对烘制加工后鲍鱼中残留的主要菌群进行分离,并通过菌落形态观察、革兰氏染色分析和16S rDNA序列比对等方法对其进行鉴定.结果表明,残留在烘制加工后鲍鱼的主要菌群有希瓦氏菌属、不动杆菌属、库特氏杆菌属、海洋类香菌、蜡样芽抱杆菌、肠杆菌属、彭氏变形杆菌等.     

9种拟步甲16S rDNA部分序列及其亲缘关系

测定了9种拟步甲的16S rDNA部分基因序列,并与GenBank中的1种步甲的基因序列作同源性比较,计算其核苷酸使用频率并构建了分子系统树.在获得的435 bp的序列中,A+T约占74.4%,颠换(transversion)取代的速率大于转换(transition)取代的速率,其中277个核苷酸位点存在变异.结果表明:属内种间的碱基序列差异范围为3.4%～6.2%;族内属间为9.4%～11.0%;科内族间为10.8%～17.7%;科与科间的差异达到46.7%～50.3%.分子系统树表明:拟步甲科为一单系群,其中琵甲族较为进化,漠甲族与漠王族相对原始;琵甲族与土甲族的亲缘关系较近;漠甲族、漠王族与鳖甲族的亲缘关系较近.本结果与传统的分类观点相吻合.