DMF+水溶液中正丙醇的溶剂化体积效应

生物分子的疏水作用在生物分子折叠中起重要的作用．我们感兴趣的是：介质从水到酰胺的变化过程对疏水作用的影响．本项研究的内容是：以正丙醇为疏水作用模型分子，以ＤＭＦ＋水模拟蛋白质亚基所处的介质环境，用拟二元近似方法，通过研究２９８．１５Ｋ时正丙醇在ＤＭＦ...     

丙酰胺与羧酸在水溶液中的体积相互作用研究

酰胺作为多肽的模型化合物 [1] ,在了解蛋白质的稳定机理和揭示生命过程的物理化学现象中有其重要作用。本文通过实验 ,对丙酰胺与甲酸 ,乙酸及丙酸在水溶液中的体积相互作用进行了研究。1　热力学关系　在溶质 b+水的二元溶液体系中 ,溶质 b的表观摩尔体积为 :Φvb =Mb/ρ - 1 0 0 0 (ρ -ρ0 ) /mbρρ0 ( 1 )式中 Mb 和 mb 分别为溶质 b的分子量和质量摩尔浓度 ;ρ和ρ0 分别为溶液和水的密度。在两种溶质 a和 b同时存在于水中的三元溶液体系中 ,溶质 b的表观摩尔体积为 :Φvb =( 1 0 0 0 + ma Ma+ mb Mb) /mbρ - ( 1 0 0 0 + ma Ma) …     

尿素、盐酸胍在溶菌酶分子上结合数的平衡渗析研究

蛋白质的活性及生物功能与其二级、三级和四级结构有重要联系,而这些结构主要是以氢键、疏水键等弱相互作用所维系.由于这些弱相互作用易受外界因素的影响,使蛋白质分子发生构象变化,从原来的折叠态变为去折叠态.这一变化使得蛋白质分子失去生物功能,称为蛋白质的变性.能够使蛋白质变性的化学物质被称为变性剂,尿素和盐酸胍是常见的蛋白质变性剂.     

α-丁氨酸与酰胺在水溶液中的焓相互作用研究

生命的基础是蛋白质 ,对蛋白质中所含基团间相互作用的研究是十分重要的 .鉴于蛋白质结构的复杂性 ,常首先采取对蛋白质的模型物进行研究 .氨基酸和酰胺都是蛋白质的模型物 .我们利用微量量热计实验研究了α -丁氨酸与酰胺在水溶液中的焓相互作用参数 ,并对所得结果进行了理论分析 .1　热力学关系根据ＭｃＭｉｌｌａｎ -Ｍａｙｅｒ理论 ,如把丁氨酸从纯水迁移到酰胺的水溶液中 ,其摩尔迁移焓可表示为 :ΔｔｒＨｍ ,Ｙ(Ｗ→Ｗ +Ｘ) /ｍＸ =2ｈＸＹ + 3ｈＸＸＹｍＸ + 3ｈＸＹＹ ｍＹ +…… (1)式中Ｘ为酰胺 ,Ｙ为丁氨酸 ,Ｗ为水 .各ｈ为下标…     

融合互作网络和多模态信息的化合物-蛋白质相互作用预测模型(INMI)

化合物-蛋白质相互作用(Compound-protein interaction, CPI)预测是药物研发领域的一个重大课题.随着生物科学的飞速发展，各种科学实验产生了大量的生物数据，通过计算方法能够快速有效地提取和利用这些信息.已有方法未能将相互作用网络中的信息显式地进行提取并加以利用，且多模态信息的融合方式未能抓住蛋白质和化合物之间的联系.为了解决上述问题，本文提出了一个二分类深度学习模型.该模型使用交叉注意力模块整合分子图和蛋白质序列信息，并从相互作用网络中显式提取节点的中心性和相关性信息，作为模型编码.实验表明，本文所提出的模型可以准确预测蛋白质和化合物之间的相互作用，而且节点中心性编码能够大大提高模型性能.     

苯并咪唑-5-羧酸酰胺HCV NS5B聚合酶抑制剂的分子全息QSAR研究及设计

采用分子全息定量构效关系(HQSAR)方法,研究54个苯并咪唑-5-羧酸酰胺类HCV NS5B聚合酶抑制剂的结构与活性之间的关系.讨论了分子碎片大小、碎片区分参数以及分子全息长度对模型的影响.以39个化合物构成的训练集所建最优模型的交叉验证相关系数q2为0.779,非交叉验证相关系数r2为0.922,标准偏差SEE为0.251.同时,利用HQSAR模型的色码图探讨了对该类抑制剂的活性起重要作用的结构片段,并根据HQSAR最佳模型图设计了17个新型2-硫乙酰芳胺-苯并咪唑-5-羧酸酰胺类衍生物,经HQSAR模型预测,这些分子理论上对HCV NS5B聚合酶均具有良好的抑制活性.     

伸展态β-乳球蛋白重折叠过程的动力学特性

从蛋白质变性的渐变模型及构象态渐变的观点出发 ,对伸展态 β -乳球蛋白的重折叠过程进行了分析 ,发现蛋白质分子从伸展态到最终折叠态历经一系列中间稳定态 .尿素浓度梯度电泳实验结果显示 ,存在两条不同的折叠途径 .在不同的尿素浓度范围内 ,蛋白质分子的折叠过程具有不同的动力学特性     

最近邻作用项对一维分子链孤子激发的影响

在电-声相互作用的一维分子晶体中,电子不仅与在位格点上的声子有相互的作用,同时与近邻格点也存在着微弱的相互作用.为了更真实地求解出一维分子晶体系统的基态问题,以量子化Holstein模型为基础并考虑电子与最近邻格点上声子的相互作用项对其的修正,此时系统处于基态时的Hamiltonian量也发生了相应的改变.运用压缩-相干态展开法和能量极小值等原理,求解出处于基态时极化子系统所满足的非线性Schrdinger方程和对应的孤子解、基态能量.并讨论了最近邻作用项的强度对一维分子链孤子激发如孤子的波峰、波宽、稳定性和系统基态能量的影响.     

环糊精与PPG-b-PEG-b-PPG三嵌段共聚物包合物的机械化学法制备及表征

利用环糊精分子的结构特征,首次通过机械化学法制备了α-、β-环糊精与三嵌段PPG-b-PEG-b-PPG共聚物的超分子包合物,并对其结构进行了红外光谱及X-射线衍射表征.结果表明,利用机械化学法可以方便快捷地制备出环糊精与三嵌段共聚物的超分子组装体,组装过程中,环糊精通过疏水相互作用与共聚物链段包合、沿分子链滑移、分子间的氢键相互作用等形成了具有管道状多聚准轮烷结构的包合物.     

微波照射法制备药物-高分子固体分散体

利用微波技术制备无有机溶剂残留的固体分散体.以布洛芬为模型药物,聚乙烯吡咯烷酮为载体,采用微波照射法制备布洛芬固体分散体,利用体外溶出度试验,傅里叶变换红外光谱法和扫描电镜进行验证.结果表明以微波照射法制备的布洛芬固体分散体能够显著提高其体外溶出度,120min内布洛芬的累积溶出度可达94％.通过扫描电镜观察及红外光谱对固体分散体进行测定发现:经微波照射后发生强烈的聚集,应该存在着药物-聚合物的相互作用,使布洛芬以非晶形状态或分子态分散在载体中.该方法符合设计要求,且制备方法简便可行.     

苯乙酰胺类σ受体配体构效关系的研究

利用G98W程序,采用HF方法和3-21基组,计算了苯乙酰胺类化合物分子的轨道能量、分子内原子电荷分布及偶极矩等.结合Hansch方法,研究了该类化合物的分子结构与其对σ1受体和σ2受体亲和力的关系,发现该类化合物分子的最低空轨道能量是影响其与σ1受体、σ2受体亲和力的重要因素,表明该类配体与σ1受体、σ2受体相互作用时存在电荷转移过程.此外,该类化合物苯环A部位取代基的脂溶性和体积也是影响其与σ1受体、σ2受体亲和力的因素. 该结果为进一步研究σ受体配体的相互作用模型及指导药物设计提供了参考.     

盐酸胍诱导的蛋白质变性现象研究

考虑常用变性剂盐酸胍（GuHCl)分子与蛋白质主链上的相邻二肽形成双氢键，利用吸附反应动力学方法，得到了描述蛋白质变性物理参量与盐酸胍浓度之间关系的式。结果表明计算得到的理论值与实验值符合良好，说明所给出的蛋白质分子与盐酸分子相互作用模型，能够较好地描述盐酸胍诱导的蛋白质变性现象。     

几种新的手性咪唑(鎓)环番的合成与表征

本文以L-氨基酸为手性源，在文献[8]的基础上进一步合成了几种含有多个手性中心的手性咪唑（鎓）环蕃，并进行了结构表征．在碱性条件下，L-氨基酸和乙二醛、甲醛经过缩合反应生成（S）-2-（咪唑-1-基）羧酸钠，进一步酯化为甲酯后继与丙二胺经过胺解反应制得开链手性双咪唑二酰胺．开链手性双咪唑丙二酰胺与二溴化物在高稀技术和无水条件下季铵化，制得了目标分子。     

He-HBr碰撞体系各向异性相互作用势及微分散射截面的研究

基于在CCSD(T)/aug-cc-p VQZ理论水平下计算的He-HBr相互作用能数据,尝试用Huxley解析势函数构造了He原子与HBr分子相互作用的各向异性势模型;然后采用精确的量子密耦方法计算了碰撞能量为200 meV时,He原子和HBr分子碰撞的微分截面,获得了该碰撞体系的弹性微分截面和态-态转动激发微分截面随散射角变化的规律.研究表明:构造的势模型较好地描写了He-HBr系统相互作用的各向异性特征,对进一步研究原子与分子的相互作用有一定的参考价值.     

单糖和氯化钙相互作用的体积性质

溶质的摩尔体积能够为溶液中相互作用着的同种或异种分子的结构和状态提供极为有用的信息．电解质在无限稀释时的偏摩尔体积可以用于研究离子-溶剂之间的相互作用,而电解质在溶液中的表观摩尔体积和偏摩尔体积与溶液浓度的关,系则可以用于研究离子-离子间的相互作用．氯化钙是生命过程中具有重要作用的电解质．前期工作中,我们研究了碱金属卤化物和一些单糖(D-葡萄糖,     

水溶液中五种酰胺与甲醇分子间的焓相互作用研究

利用2277热活性检测仪的流动测量系统测定了310．15K时,甲酰胺、N,N-二甲基甲酰胺、乙酰胺、N-甲基乙酰胺、N,N-二甲基乙酰胺分别与甲醇在水溶液中混合过程焓变以及各自的稀释焓,根据Mc—Millan—Mayer理论关联得到了各级焓作用系数．讨论了不同酰胺与甲醇分子的相互作用机制．结果表明,甲醇与不同酰胺分子的hxy均为正．不同酰胺与甲醇的hxy大小主要取决于酰胺分子结构的差异,酰胺分子中所含-CH3个数越多,其hxy值越大,故N,N-二甲基乙酰胺与甲醇的焓对作用系数危hxy最大,并用溶质-溶质相互作用和溶质-溶剂相互作用理论对结果进行解释．     

乙酰胺与卤化碱金属盐在水中的体积性质

蛋白质分子的结构十分复杂,直接研究蛋白质的作用机理有诸多方面的困难.利用热力学方法分别研究蛋白质结构中所含基团与电解质离子间的相互作用,将会对蛋白质性质的研究提供非常有用的信息.酰胺键是蛋白质二级结构的重要部分,我们曾研究了乙酰胺与卤化碱金属盐间的焓相互?..     

蛋白质-蛋白质相互作用的实验检测方法

生物体内的蛋白质分子常常通过与其他蛋白质分子发生相互作用来发挥其生物功能.因此,研究蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)对于阐明蛋白质分子的生物功能以及分子作用机理具有重要的意义.主要介绍基于生物物理和生物化学原理的检测蛋白质-蛋白质相互作用的实验研究方法,并对发展趋...     

在分子自旋量子系统中的可控多体纠缠态

在由N＋1个相互作用的反铁磁分子环构成的量子自旋系统中,可以调控1种多体纠缠态。N个周边分子环的电子自旋和1个中心分子环的电子存在相互交换,从而在分子间形成可调的相互作用。通过整个系统的有效自旋哈密顿量解析得出系统的量子动力学行为。研究发现在量子涨落的条件下,1种高精度的形纠缠态可以被制备出来。通过控制分子间的相互作用,这种多体纠缠态也可以从一些分子环传输到其他分子环上。     

一维铜配位聚合物的合成与磁性研究

利用水热方法以邻吡啶羧酸乙酯和氯化铜为原料,原位合成了一维的配位聚合物[Cu(pc)2.2H2O]n(pc=2-羧酸吡啶).该配合物的Cu2 与两个pc直接配位形成重复单元Cu(pc)2,通过相邻单元间羧基氧形成八面体配位并组成了一维的链状结构.磁性表征显示链内邻近的Cu2 之间存在弱的铁磁耦合作用.