红壤中微生物总DNA的分离与纯化

采用2种不同的土壤DNA直接提取方法,提取了4种不同类型红壤的微生物总DNA,并对提取的DNA用Sephadex G-200离心层析法进行了纯化。结果表明:2种方法都可以从红壤中提取到分子量大于10kb的DNA的片段,不同提取方法获得的DNA的产量存在较大差异。方法二用冻融进行预处理再结合SDS和溶菌酶的化学裂解方法,是效果较好的DNA抽提方法。其提取DNA产量高,重复性好,适合于土壤少量样品的DNA提取。Sephadex G-200离心层析法能较好地去除土壤中的有机物杂质,DNA溶液由原来的黄褐色变得澄清透明,且不会使提取的DNA断裂或损失,是一种较好的土壤微生物总DNA纯化方法。     

红壤中微生物总DNA的分离与纯化

采用2种不同的土壤DNA直接提取方法,提取了4种不同类型红壤的微生物总DNA,并对提取的DNA用Sephadex G-200离心层析法进行了纯化.结果表明:2种方法都可以从红壤中提取到分子量大于10kb的DNA的片段,不同提取方法获得的DNA的产量存在较大差异.方法二用冻融进行预处理再结合SDS和溶菌酶的化学裂解方法,是效果较好的DNA抽提方法.其提取DNA产量高,重复性好,适合于土壤少量样品的DNA提取.Sephadex G-200离心层析法能较好地去除土壤中的有机物杂质,DNA溶液由原来的黄褐色变得澄清透明,且不会使提取的DNA断裂或损失,是一种较好的土壤微生物总DNA纯化方法.     

土壤微生物DNA提取方法的研究

目的 研究土壤微生物DNA的提取方法.方法 选用3种常见有效的土壤微生物DNA提取方法与本实验设计的土壤微生物DNA提取方法对麦田土壤微生物DNA进行提取比较.结果 4种方法均能从麦田土壤中提取到片段长度大于22kb的DNA片段,不同方法提取的DNA浓度有一定的差异.提取得到的总DNA不需要纯化就可以用于PCR扩增,使用细菌16S rDNA的通用引物可以扩增得到相应的片段.结论 该法操作简便、提取快速、DNA纯度和得率较高.     

不同土壤微生物DNA提取方法比较

用4种土壤微生物DNA提取方法提取了3种类型土壤的微生物总DNA,利用分光光度法测定4种DNA的OD260、OD280,并计算和分析DNA提取物的产率和纯度.研究发现：方法4即改良的DNA提取方法,无论是提取DNA的产率,还是提取DNA的纯度,都较其他3种方法高,说明改良的DNA提取方法能够准确有效地提取3种类型土壤的...     

内蒙古荒漠草原土壤微生物DNA提取方法的研究

利用三种提取方法从内蒙古荒漠草原土壤样品中提取了土壤微生物DNA,得到的DNA片段长度在23 kb以上,提取效果较好无降解.采用试剂盒直接纯化、凝胶回收试剂盒纯化、玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化这三种方法对粗提液进行纯化,结果显示:凝胶回收试剂盒纯化后DNA纯度最高,试剂盒直接纯化可得到较纯的DNA,而玻璃珠DNA回收试剂盒SK1111 DNA纯化的效果不佳,不宜进行后续的PCR扩增.以纯化的土壤微生物DNA为模板扩增了细菌16SrDNA,扩增产物分子量为1.5kb左右.通过比较研究提出了一种适合于从荒漠草原土壤中进行微生物DNA提取、纯化及PCR扩增的有效方法.     

全血基因组DNA3种提取方法的比较

目的:比较从全血中3种提取DNA方法所需要的时间、样本量、提取的DNA纯度、产量以及方法本身的优缺点.方法:采用蛋白酶K法、氯仿.异戊醇法、碘化钾法直接从全血中提取基因组DNA.结果表明:3种方法所提取的DNA质量均能达到分子生物学的实验要求,但碘化钾法提取的DNA纯度最高,且操作时间最短,该法简便、快速和DNA收获率高.     

杨树人工林土壤细菌DNA的提取与扩增

土壤微生物多样性反映土壤生态系统健康程度,对土壤养分循环发挥决定作用,并在很大程度上影响林地生产力.为研究人工林长期经营对土壤微生物多样性的影响,本研究以杨树人工林为研究对象,取连作林地根际和非根际土壤,采用MOBIO PowerSoil DNA Isolation kit试剂盒提取土壤中微生物基因组DNA,并进行16S rDNA V3区扩增.结果表明:6种杨树人工林土壤中均能提取出微生物基因组DNA,基因组DNA片段大于2 000 bp,且DNA带型清晰完整,无明显降解,为后续土壤细菌的PCR扩增提供了良好模板;6种土壤基因组DNA在电泳图中的亮度不一,其中Ⅰ代林根际土壤(B3)微生物DNA条带最亮,Ⅲ代林非根际土壤(FB18)微生物DNA条带亮度最弱,经检测,B3样品DNA含量约为6.9 ng·cm-3,而FB18仅有2.0 ng·cm-3左右;选用27F/1492R和F338-GC/R518两对引物,采用巢式PCR策略,成功扩增出杨树人工林土壤细菌16S rDNA V3区DNA,片段大小为220 bp左右.     

麻疯树适生区域土壤DNA提取及多重PCR验证

比较了4种土壤总DNA提取方法应用于四川西昌去南元谋和海南海口三地麻疯树适生区土壤样品的DNA提取效果,发现改进后的方法1和方法4提取效果显著好于方法2和方法3.不仅如此,采用多重PCR扩增方法证明方法1和方法4扩增的真菌DNA产量所占比例增加,说明所得DNA更具有代表性.然而仅有方法4能成功提取海南及云南两地麻疯树适生地区的土壤总DNA,但提取的DNA纯度和产量过低,说明还需进一步进行优化.     

一种可直接用于PCR扩增的聚合氯化铝提取土壤总DNA的方法

为了研究湿地土壤微生物群落结构及其因时间和环境改变而产生的变化,找出与环境因子密切相关的微生物,有必要建立一种土壤微生物群落多样性代表全、提取率高的土壤总DNA提取方法。这有利于完成实验后,同一个土壤样品还留有足够的总DNA供多次使用,并可构建特定时空下的总DNA样品库,为科技水平更发达的未来留下一批不可再得的全息DNA样品。通过综合比较已报道的微生物总DNA提取方法的优缺点,设计出一种新的提取方案,关键步骤包括用焦磷酸钠溶解并洗脱样品的腐植酸;联合使用蛋白酶K-SDSCTAB和热激裂解细胞;加入聚合氯化铝再次沉淀去除残存的腐植酸并同步去除蛋白。结果用聚合氯化铝提取土壤总DNA的方法所获得的DNA量明显高于常规试剂盒法,每个1.5 m L提取管可得到25.8~31μg DNA;OD_(260nm)/OD_(280nm)比值达到或接近理想水平;OD_(260nm)/OD_(230nm)比值在0.55~0.73之间,说明还有盐污染,但可直接用于PCR扩增。通过实验和Illumina Mi Seq高通量测序应用验证,确立了一种土壤微生物群落多样性代表全、完整性好、提取率高、经济、安全、快捷的土壤总DNA提取方法,为今后的相关工作提供了一种技术手段。     

土壤DNA提取方法的研究

土壤中微生物的数量和种类十分庞大,其中90％以上的微生物利用传统微生物研究方法研究土壤微生物群落的数量和组成几乎不可能．因此,应用物理或化学方法从土壤中提取具有代表性的微生物的DNA,对于揭示生物群落分布的多样性具有重要意义．     

土壤DNA的提取方法比较研究

PCR扩增检测土壤样品中目标微生物的重要前提之一是获得高质量的微生物基因组总DNA。但由于土壤样品种类繁多、组成也相对复杂,且微生物细胞常紧紧吸附在土壤的颗粒表面,因此从土壤样品中获取无偏好、高质量的微生物总DNA具有较大难度。在保证获得高质量土壤微生物总DNA的前提下,有效地将试剂盒与核酸提取仪相结合,以相对较低的成本获得较高质量的土壤微生物总DNA。     

一种冰川微生物总DNA的提取方法

利用SDS高盐法对冰川微生物总DNA进行了提取,实验结果表明这种方法对不同区域的冰川都可以提取到长度大于15kb的DNA片段,所得DNA应用细菌16S rRNA基因的引物进行PCR扩增,均能获得目的片段。因此,SDS高盐法是一种高效、简单的从小量冰川样品中直接提取DNA的理想方法。     

一种河口沉积物总DNA的高效提取方法

研究主要目的是从河口沉积物中提取高质量DNA,为后期应用分子生物学技术研究河口沉积物微生物功能基因及种群分析等奠定基础。用CTAB-SDS-冻融法,样品预处理-CTAB-SDS-冻融法,样品预处理-CTABSDS-冻融-DNA重沉淀法和土壤总DNA提取试剂盒法提取3种河口沉积物总DNA,通过DNA琼脂糖凝胶电泳、DNA纯度和浓度及16S rDNA的PCR扩增分别对这4种方法进行评价。结果显示,样品预处理-CTABSDS-冻融法-DNA重沉淀所提取的DNA质量最高,可以用于后续的分子生物学研究。     

一种直接用于PCR分析的风沙土微生物总DNA提取方法

以风沙土为材料,直接提取土壤微生物DNA.采用SDS—溶菌酶—CTAB—蛋白酶K和液氮反复冻融法裂解细胞得到DNA粗提液,以PEG对其纯化.结果表明,SDS—溶菌酶—CTAB—蛋白酶K和液氮反复冻融法裂解细胞可获得大片段的DNA,提高DNA产率.每克干土的DNA提取量为0.586～1.311μg.所提DNA片段在23Kb以上.PEG可有助于去除DNA中腐植酸,DNA不作回收纯化即可作为模板进行16SrDNAPCR扩增.SDS—溶菌酶—CTAB—蛋白酶K和液氮反复冻融裂解细胞、PEG纯化DNA的方法组合是一种简便的适合风沙土微生物总DNA的提取方法.     

海水养殖沉积环境微生物总DNA的提取方法研究

传统的微生物分离与培养技术无法揭示微生物群落的动态变化.为了阐释虾池沉积环境微生态格局的原始组成情况,本研究先以TENP缓冲液去除沉积物中的腐殖酸,继之以溶菌酶-SDS温和裂解,其总DNA的提取效率达90%以上,所获DNA产量达2～20 μg/g沉积物(湿),片段大小均在23 kb左右,不经纯化即可直接进行PCR扩增和限制性酶切.以该DNA为模板进行PCR-DGGE分析,揭示了虾池沉积物丰富的微生物多样性.该方法是一种适用于虾池沉积物总DNA提取的简便、可靠方法.     

非伤害性取样在无尾两栖类保护遗传学研究中的应用

为了改变传统的将两栖类动物处死后再从肌肉提取DNA的取样方法,采用非伤害性取样方法分别采集了虎纹蛙的血液和趾提取DNA,并与从其肌肉中提取的DNA进行了比较,结果显示:使用血液和趾提取的DNA产量与肌肉样本的DNA产量相当;随后,分别对3种方法取样的样本进行了线粒体16S rRNA和核DNA的微卫星PCR分析,结果表明:3种取样方法所获得的扩增效果相当,均能满足虎纹蛙的保护遗传学研究.因此认为,用非伤害性取样技术替代传统的肌肉取样的方法在无尾两栖类的保护遗传学研究中是切实可行的.     

分子生物学技术在微生物多样性研究中的应用

用传统的方法很难鉴别微生物的差异,分子生物学技术就很好地解决了该问题,尤其适合于常规方法失效的情况下.该技术的主要程序是:先从微生物中直接提取DNA,对DNA进行PCR(PolymericChain Reaction)或RAPD(Random Amplification of Polymorphic DNA)扩增,然后进行DGGE(DenaturingGradient Get Electrophoresis)电泳,或RFLP(Restriction Fragment Lergth Polymorphism),ELISA(Enzyme-Linked Immunosorbent Assav)分析等,之后进行测序,测序结果与网上基因库进行对比,来确定样品中微生物的种类.此方法是直接从样品中提取总DNA,中间不会造成菌株的富集或衰减,具有很高的准确性.此方法对微生物多样性的深入研究很有效.     

分子生物学方法在微生物生态学研究中的应用

由于传统分离培养微生物的局限，分子生物学技术避开了传统微生物培养分析的环节，直接从样品中抽取总DNA，然后通过PCR扩增及其相关技术、核酸杂交技术、RNA基因序列分析等方法对直接提取的总DNA进行分析，了解其中微生物信息．这些通过遗传物质进行研究的分子方法，为微生态的研究开辟了新的途径，并已经得到广泛的应用．     

分子生物学方法在微生物生态学研究中的应用

由于传统分离培养微生物的局限，分子生物学技术避开了传统微生物培养分析的环节，直接从样品中抽取总DNA，然后通过PCR扩增及其相关技术、核酸杂交技术、RNA基因序列分析等方法对直接提取的总DNA进行分析，了解其中微生物信息．这些通过遗传物质进行研究的分子方法，为微生态的研究开辟了新的途径，并已经得到广泛的应用．     

分子生物学方法在微生物生态学中的应用

给出了植被对微生物群落结构影响的研究结果,同时较详细地介绍了从土壤样品中提取ＤＮＡ以及对ＤＮＡ进行克隆,并获得微生物克隆群落的方法和步骤。应用该方法在获得高产量ＤＮＡ的同时,获得了多样性极高的微生物克隆群落。