藏鸡THRSP基因的克隆及生物信息学分析

对藏鸡THRSP基因进行克隆、序列测定及生物信息学分析.结果表明:获得的藏鸡THRSP基因核苷酸序列为428 bp(GenBank登陆号:KT153607),在50-258 bp处存在1个CpG岛,ORF长度为390 bp,编码129个氨基酸,其中Leu所占比例为10.9％.THRSP蛋白分子量为14.18 ku,等电点(pI)为4.61,属于不稳定酸性核蛋白,存在8个磷酸化位点和5个O糖基化位点.预测其二级结构中α螺旋占51.2％,β折叠占3.1％,无规则卷曲占45.7％.同源性分析结果表明:藏鸡与原鸡THRSP基因核苷酸及预测的氨基酸序列同源性为100％,两者亲缘关系最近.     

藏鸡肌肉生长抑制素基因克隆及序列分析

肌肉生长抑制素基因是骨骼肌发育的负性调控因子,本研究利用RT-PCR及T-A克隆技术得到藏鸡myostation编码基因,DNA长1128bp,编码375个氨基酸．本研究克隆的藏鸡MSTN基因,在动物育种、畜牧生产以及治疗肌肉消耗疾病方面具有潜在的应用价值．     

PPARα在器官移植中的作用初探

目的:探讨PPARα在器官移植中的作用。方法:C57BL/6J经口给予非诺贝特或者Wy14643,连续7 d,取脾脏,同时取BALB/c小鼠的脾脏,分离脾细胞进行混合淋巴细胞反应。结果:经过非诺贝特或者Wy14643处理的小鼠,其脾细胞在混合淋巴细胞反应中表现为无应答。结论:非诺贝特或者Wy14643激活的PPARα具有抑制混合淋巴细胞反应的作用。     

藏鸡A-FABP基因和H-FABP基因的克隆及生物学信息分析

以藏鸡为研究对象,根据NCBI上登录的原鸡A-FABP和H-FABP基因序列设计引物,利用RT-PCR方法克隆藏鸡A-FABP和H-FABP基因的CDS区,并进行生物信息学分析.结果表明:藏鸡A-FABP和H-FABP基因的ORF分别为399 bp、402 bp,编码132、133个氨基酸;A-FABP和H-FABP分子量分别为14.91ku、14.84ku,等电点分别为6.34、5.92,均为亲水蛋白,无信号肽和跨膜结构.磷酸化位点分别有9、6个,O糖基化位点分别有10、5个;藏鸡A-FABP和H-FABP的氨基酸序列与原鸡的同源性最高,分别为99%、100%,在鸟类动物中序列比较保守.     

国产大蒜凝集素基因的克隆与生物信息学分析

为了获得国产大蒜新的凝集素家族基因,根据NCBI数据库中已公布的大蒜凝集素基因序列设计引物,从国产大蒜的鳞茎中提取总RNA,采用RT-PCR技术分离克隆出一个大蒜凝集素基因,命名为ASA-C。ASA-C全长546 bp,包含1个471 bp的ORF,编码156个氨基酸的多肽。利用网站和分析软件对其进行生物信息学分析。结果 表明：ASA-C与已公布的同源二聚体大蒜凝集素ASAⅡ基因具有较高同源性;推测该基因编码多肽的N端有一典型跨膜结构域的信号肽,多肽序列上有3个甘露糖特异性结合凝集素共有基序（Q-D-N-V-Y）。多重序列比对以及系统进化树的结果 表明大蒜凝集素的保守性很强,这为进一步开发利用大蒜凝集素蛋白的功能奠定了基础。     

α-1,6-岩藻糖基转移酶的生物信息学分析

目的：核心岩藻糖糖基化作为一种较常见N-糖基化,是重要的翻译后修饰机制,可以快速改变蛋白质的生物学性质,在哺乳动物细胞识别、增殖以及代谢活动中具有重要的作用。在人类,α1,6-岩藻糖基转移酶（FUT8）是此修饰过程的唯一蛋白。本文利用生物信息学分析FUT8蛋白的编码基因结构、蛋白质的氨基酸序列特征和三维结构的信息,解析其生物学功能。方法：利用NCBI生物信息数据库及在线工具分析fut8基因的结构及表达调控特点;分析FUT8蛋白的理化性质、跨膜结构域、立体结构、蛋白相互作用网络及通路,明确其生物功能及其在相关疾病中的作用。结果：编码FUT8的人类fut8基因位于14q23.3,转录产物最长3895 bp,共编码氨基酸575个,产物FUT8为弱碱亲水性,存在由内向外的跨膜区段,二级结构元件以α螺旋为主,可分为4个结构域,与多种蛋白质及受体存在相互作用,催化蛋白质核心岩藻糖基化的形成,序列比对表明FUT8存在多个保守域并在物种进化中高度保守。结论：利用生物信息数据库及工具成功获取人FUT8蛋白的理化性质、跨膜域信息、立体结构,以及其与多种蛋白的相互作用网络,为未来进一步研究FUT8在肥胖及相关疾病、肿瘤转移炎症及免疫和造血异常中的作用提供理论依据。     

五指山小型猪PMSA6基因cDNA克隆及生物信息学分析

为了对海南五指山小型猪蛋白酶体亚基α型6（proteasome subunit alpha type 6,PMSA6）cDNA基因进行克隆和生物信息学分析,笔者以构建的五指山小型猪外周血白细胞cDNA文库为材料,采用菌落PCR方法,克隆得到PMSA6全长cDNA,并向GenBank递交了该序列（登录号：FJ358606）．同时运用生物信息学软件对该基因核苷酸序列进行了分析,并预测了其编码蛋白的理化性质及二级结构等．生物信息学分析表明：该cDNA全长1029bp,5’非翻译区长96bp,3’非翻译区长192bp,含有一个741bp完整的开放阅读框,编码246个氨基酸．该蛋白的分子量为37．680kD,等电点为8．76．进一步比对分析发现,五指山小型猪PMSA6基因的核酸序列及其氨基酸序列与人、牛等哺乳动物具有很高的相似性．本研究成功克隆了海南五指山小型猪P肛SA6基因cDNA,并进行了相关生物信息学分析,为进一步研究PMSA6在动物体内的作用机理奠定了基础．     

生物信息学在新基因克隆中的应用

计算机技术的日益发展 ,使生物学的研究越来越离不开计算机及网络技术。本文从数据库、数据库查询、网络搜索工具等方面分析了计算机及网络技术在基因克隆中的应用     

天人菊matK基因克隆及生物信息学分析

为了完善天人菊的遗传信息,丰富菊科植物分子生物学分析数据.通过PCR扩增、基因克隆获得天人菊matK基因的完整核苷酸序列,采用生物信息学方法分析天人菊matK蛋白的结构及性质,并与其他12种matK氨基酸序列进行对比,构建系统进化树.结果表明,天人菊matK基因全长1296 bp,可编码432个氨基酸,二级结构以α-螺...     

卢氏鸡白细胞介素21的克隆与生物信息学分析

设计并合成一对特异性引物,从ConA激活的卢氏鸡淋巴细胞中扩增IL-21全基因并进行序列测定,应用多种生物学软件对卢氏鸡IL-21基因及其编码蛋白进行分析和三维结构预测。从具有中国地方特色的卢氏鸡中克隆了IL-21全基因。该基因全长438bp,编码145个氨基酸,包括19个氨基酸长度的信号肽,基因位于鸡的4号染色体55218k～55224k之间;编码的蛋白质分子量约16.67kD,为碱性蛋白,具有亲水性,无二硫键。三维结构预测表明:卢氏鸡IL-21蛋白主要由四个α螺旋和不规则卷曲构成,与人IL-21蛋白三维结构相似。同源性分析表明:该序列与其他哺乳动物IL-21的氨基酸相似性低于35%。     

葱蝇PDK1基因的克隆及生物信息学分析

3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1,PDK1)是磷脂酰肌醇3-激酶(Phosphatidylinositol-3kinase,PI3K)/蛋白激酶B(PKB/Akt)信号通路中一个关键的激酶。该通路在人(Homo sapiens)、黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)、秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)中是一条保守的通路,通过激活下游的因子对代谢、细胞分化、寿命等产生重要调节作用。本研究基于葱蝇(Delia antiqua)转录组数据通过生物信息学分析从其中鉴定出PDK1基因4条Unigene序列,并通过PCR技术克隆了PDK1基因的全长cDNA,命名为DaPDK1,其全长为3 215bp,开放阅读框长2 730bp,编码909个氨基酸。采用生物信息学的方法,推测该基因编码的蛋白质相对分子质量为100.3kD,等电点为8.53。该蛋白第87~109氨基酸是跨膜区,第284~627和744~833氨基酸是两个保守结构域STKc和PH。同源性分析表明DaPDK1蛋白与地中海实蝇(Ceratitis capitata)PDK1蛋白氨基酸序列相似性最高(一致率为53.1%,相似率为63.2%)。本研究结果有望为进一步研究葱蝇PI3K/Akt信号通路中PDK1基因的特性及功能奠定基础。     

粉尘螨Der f14基因克隆与分子特征的分析

从纯培养的粉尘螨中,根据本课题组前期合成的尘螨基因序列,将扩增的Der f14分别克隆到pUC57载体中,经扩增后用SmaI双酶切将目的片段连接到 pET-28a表达载体上得到重组质粒pET28a- Der f14.在线软件ExPaSy,NCBI网站对测序结果进行分析.分析结果表明:获得的目的基因Der f14 cDNA全长为5 013 bp.编码蛋白由1 666个氨基酸组成.粉尘螨Der f14与屋尘螨序列比对同源性达95;,信号肽序列存在1～18个氨基酸,二级结构是由a螺旋(35.83;)﹑延伸链(17.17;)﹑无规则区(47;)组成.目的蛋白是一种卵黄蛋白原.     

羊草LVAP1基因的克隆及生物信息学分析

克隆羊草VHA-c基因并预测其编码蛋白质结构和功能.由羊草总RNA经RACE克隆获得VHA-c基因cDNA,采用生物信息学方法预测蛋白结构和功能.获得羊草VHA-c基因cDNA,命名为LVAP1基因(GenBank登录号为GQ397276),LVAP1基因开放阅读框为498 bp,编码165个氨基酸,有4个α-螺旋跨膜结构域,在第4个结构域上含有一个高度保守的G lu142残基,推测它是质子的结合位点.进化树分析显示,羊草LVAP1蛋白与小麦、碱蓬和冰叶日中花等植物的VHA-c蛋白具有高度的同源性,推测LVAP1亚基与其他VHA-c亚基执行相似的功能.     

天麻DNA分子的克隆与鉴定及其生物信息学分析

运用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术测定天麻DNA指纹图谱,从中选择需要的特异DNA片段．经过DNA回收、克隆与鉴定,获得目的DNA阳性克隆．通过DNA测序和生物信息学分析确定目的DNA的新颖性及其所含的生物信息．应用PCR技术研究了该DNA序列在天麻种群中的分布．结果表明,该DNA序列是新发现的,而且含有丰富的生物学信息,值得进一步研究．本研究成果为天麻基因组DNA的开发与利用提供了科学依据,可应用于天麻种群的遗传分类,对其他经济植物包括药用植物的相关研究具有借鉴意义．     

生物信息学研究进展

本文就目前生物信息学研究的热点问题做了简单的概述.对如何利用生物信息技术进行电子克隆、RNA二级结构的预测做了分析,并对现存的生物信息学问题进行了讨论.     

中华鳖dct基因克隆及表达分析

为了阐明中华鳖酪氨酸酶家族成员dct基因的结构与表达特征,根据Ensembl数据库的中华鳖dct基因序列设计引物,运用RT-PCR技术进行开放阅读框(opening reading frame,ORF)克隆,并进行生物信息学分析,进而采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,q-PCR)技术检测正常体色和黄色中华鳖肺、肾脏、裙边和肌肉组织的mRNA表达水平.结果显示中华鳖dct基因ORF区全长1 578 bp,编码525个氨基酸,2种体色鳖dct基因序列完全一致;氨基酸序列分析得C末端无L-亮氨酸基序;N末端含有1个信号肽结构域;预测蛋白(成熟肽)分子质量为56.449 ku,理论等电点为6.67,不稳定指数为38.71,表明DCT蛋白是酸性稳定蛋白;预测DCT蛋白为亲水性蛋白;含有跨膜结构域、类表皮生长因子结构域、层粘连蛋白型类表皮生长因子结构域和2个铜离子结合结构域.系统发育树分析显示,在dct基因进化过程中,中华鳖与绿海龟和锦龟的亲缘关系较近.q-PCR结果表明:dct基因在同一个体各组织中均有表达,肺组织中相对表达量最高,且极显著高于其他3种组织;黄色中华鳖肺、肾脏和裙边组织dct 表达水平与正常体色鳖的相应组织均存在显著性差异.结果表明,中华鳖体色变异与dct基因突变无关,但dct基因表达改变可能对体色变异起了一定的作用.     

假单胞菌亮氨酸氨肽酶基因克隆及生物信息学分析

为探索假单胞菌亮氨酸氨肽酶(leucine aminopeptidase,LAP)编码基因LAP的结构和功能特征及其在生长发育中的作用,克隆假单胞菌Cr13菌株的LAP基因,并对其进行生物信息学分析.首先,克隆假单胞菌亮氨酸氨肽酶的一个DNA片段;其次,以此为基础,通过2次染色体步移(genome walking)对假...     

甘蔗抗坏血酸过氧化物酶的电子克隆及生物信息学分析

电子克隆是随着EST计划和生物信息学发展起来的基因克隆策略。运用电子克隆的方法获得甘蔗S-APX2基因。以水稻中一个基因OsAPX2为种子序列,对甘蔗的EST数据库进行搜索,应用相关软件进行预测和分析。获得一个甘蔗APX基因S-APX2的cDNA序列全长,该序列长1110bp,包含一个完整的975bp的ORF,编码324个氨基酸;属于疏水性蛋白,编码蛋白含有Heme binding site,Substrate binding site,K+binding site,Ascorbate-peroxidase结合位点和保守域,属于Plant-peroxidase-like Superfamily家族;亚细胞定位分析显示,编码蛋白位于植物细胞的线粒体中。具有5个丝氨酸磷酸化位点,9个苏氨酸磷酸化位点以及1个酪氨酸磷酸化位点;存在信号肽但是无跨膜结构域,二级结构由30.74%α螺旋、13.92%延伸链和40%无规则卷曲组成;且与水稻、玉米等其他植物的APX具有高度的同源性。电子克隆获得了完整的甘蔗APX基因全长cDNA。     

黑线仓鼠 KiSS-1基因的生物信息学与系统进化研究

采用 RT-PCR 技术克隆得到黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)KiSS-1基因的部分序列,并进行生物信息学分析.结果表明:该段序列共429 bp,包含部分5′非翻译区、转录起始位点、信号肽序列以及主要的活性区域.黑线仓鼠 KiSS-1编码的蛋白质是一种胞外分泌的亲水性蛋白质,N 端含有19个氨基酸组成的信号肽序列,67、121-122位各有一个水解位点,68、69处的磷酸化位点可能与蛋白质活性的获得有关.二级结构预测含有较多的α螺旋和自由卷曲,115-119位的α螺旋在与受体结合中有重要作用.系统进化分析证实该序列与其他物种有较高的同源性,说明该基因在进化中相对保守.通过生物信息学与系统进化分析,有助于进一步揭示 KiSS-1的转运加工途径及作用机制     

黑线仓鼠KiSS-1基因的生物信息学与系统进化研究

采用RT-PCR技术克隆得到黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)KiSS-1基因的部分序列,并进行生物信息学分析。结果表明:该段序列共429bp,包含部分5’非翻译区、转录起始位点、信号肽序列以及主要的活性区域。黑线仓鼠KiSS-1编码的蛋白质是一种胞外分泌的亲水性蛋白质,N端含有19个氨基酸组成的信号肽序列,67、121-122位各有一个水解位点,68、69处的磷酸化位点可能与蛋白质活性的获得有关。二级结构预测含有较多的α螺旋和自由卷曲,115-119位的α螺旋在与受体结合中有重要作用。系统进化分析证实该序列与其他物种有较高的同源性,说明该基因在进化中相对保守。通过生物信息学与系统进化分析,有助于进一步揭示KiSS-1的转运加工途径及作用机制。