克隆基因的表达

外源基因在新的遗传背景中要成功地表达,取决于基因在新的宿主细胞内能有效地转录正确地翻译及异源蛋白质不被酶水解。基因转录水平的高低决定于克隆基因使用的启动子和基因拷贝数。基因在新宿主内表达效率的高低取决于mRNA的有效翻译、翻译后的蛋白质在细胞内的稳定性、mRNA的SD顺序与翻译起始密码AUG间的间距及附近的核苷酸结构、顺序和mRNA简并密码子选用频率等因素。因此在基因操作中要精密设计合适的载体DNA顺序,组装入最理想的基因调控元件、保持克隆基因原有的读码框架,以获得所需要的功能蛋白质。     

植物基因表达的调控

本文系统地讨论了植物基因表达的调控，提出了转录水平的Ｂｒｉｔｔｅｎ和Ｄａｖｉｉｄｓｏｎ的调节模式、ＲＮＡ加工调节的ＳｎＲＮＡ、转译水平调节的释译增强子以及基因调节的组织区域性和发育阶段性等概念。     

基于Jensen—Shannon差异的可变剪接分析

针对传统方法仅能分析基因的单一可变剪接模式的问题,设计了一种基于Jensen—Shannon（JS）差异的生物信息学方法ASAT,用以分析基因在转录本水平的多可变剪接模式．将ASAT应用于小鼠转录因子Klfl敲除实验的RNA—Seq数据,预测出12个发生了可变剪接变化的基因,并在转录本水平对这些基因的可变剪接模式进行了分析．通过基因功能富集分析,发现其中有两个基因Timp1、Gm13654与Klf1能够显著富集在红血球发育、分化及动态平衡的生物过程．结果表明,ASAT可预测到与生物功能相关的可变剪接基因,并能够分析转录本水平的可变剪接模式．     

植物转录因子及其基因研究策略

在植物细胞中,一个转录因子对共同控制某个性状的多个基因的表达进行调控。在转录因子基因的克隆及其功能的确定的研究方面,出现了相对传统的正向基因组策略而言的反向基因组策略和很多的技术手段,如T－DNA或转座子插入突变法,RNA干扰法,基因组成型表达法（加强功能法）,DNA芯片等。对转录因子的研究成果也开始应用在改良植物的抗寒,抗盐等抗性方面,现在拟南芥的基因组的序列测定已经完成,所有的转录因子的基因都会作功能上的分析,这将是植物遗传学上的一个里程碑。对于转录因子的研究中,拟南芥是主要的研究对象,本也主要以拟南芥为主要的说明对象。     

基于位置关联性打分方程的果蝇转录因子结合位点的预测

转录因子结合位点的识别是阐明基因转录调控机制的重要环节,准确的转录因子结合位点的预测算法将有助于人们识别转录因子的目标基因,进而研究转录因子结合位点在上游调控区中的位置对转录调控的影响.然而,目前存在的预测转录因子结合位点的算法所得结果的特异性普遍较低,因此有必要提出一种新的有效的预测转录因子结合位点的算法.本文利用JASPAR数据库上的数据,在深入分析转录因子结合位点生物学特征的基础上,构建了考虑位点保守性和伪计数的位置关联性打分方程,并对果蝇转录因子结合位点进行预测,预测结果的假阳率均低于0.02%.     

基于位置关联性打分方程的人类转录因子结合位点的预测(英文)

转录因子结合位点的识别是阐明基因转录调控机制的重要环节,准确的转录因子结合位点的预测算法将有助于人们识别转录因子的目标基因,进而研究转录因子结合位点在上游调控区中的位置对转录调控的影响.然而,目前存在的预测转录因子结合位点的算法所得结果的特异性普遍较低,因此有必要提出一种新的有效的预测转录因子结合位点的算法.本文利用JASPAR数据库上的数据,在深入分析转录因子结合位点生物学特征的基础上,构建了考虑位点保守性和伪计数的位置关联性打分方程.预测结果表明,在最佳阈值之下,该算法对转录因子结合位点的假阳率低于0.01%.     

BHIVgag—pol基因在MT—4细胞中的表达

以HIV－1 HXBc2毒株为遗传背景,通过DNA重组技术构建出嵌合有BIV R29gag-pol基因的重组病毒BHIV cDNA。BHIV cDNA经电转染导入人源细胞MT－4后,分别收集第1d到第7d的细胞和培养液上清进行检测。RT－PCR分析证实BHIV的gag基因已得到转录;反转录酶活性测定表明,BHIV中源于BIV的反转录酶已得到正确转录、翻译并加工成熟。这些结果说明重组病毒BHIV cDNA中HIV控制下的BIVgag-pol基因能够的MT－4细胞内正确表达。     

转录辅助复合体SAGA成分蛋白作用的研究进展

真核细胞中承载基因的染色质是一种非常精密而严谨的结构.这种DNA高度压缩、复杂的染色质结构影响了转录因子和RNA聚合醇Ⅱ等基本转录机器结合到相应的DNA位点上.因此基因要转录激活就必须借助于转录辅助复合体消除染色质的结构抑.转录辅助复合体可以分为两类一类主要是利用水解ATP来改变核小体相对于DNA序列的缠绕方式及排列;另一类是通过对核心组蛋白进行共价修饰来改变核小体和DNA的结合能力.SAGA复合体属于后者,对红蛋白具有乙酰化的作用.酵母中的SAGA复合体是一个分子量为180万道尔顿的多功能蛋白复合体,本文将着重介绍SAGA复合体成分蛋白在真核生物基因转录起始中的作用.     

转译与物化:文化基因视域下的地域性产品设计

地域文化基因是地域文化的核心特征,应根据其不同的物质载体形式,采用直接借用、间接转化、主观表现、客观再现等方法,转译为地域文化视觉符号,进而结合“产品叙事”与“通感”方式,建构地域性产品语意,塑造用户情感体验。转译是地域文化信息的符号化表达,而物化是将符号形式与意义降解为兼具物质功能与文化功能“使用物”的过程,其本质是“给设计以灵魂”。结合地域文化基因的转译与物化方式,将地域文化融入地域性产品设计,可以实现地域性产品形态语义建构与情感迁移,使地域性产品在满足使用功能需求的同时,彰显地域文化特色与内涵。     

SLE患者淋巴毒素—β基因转录水平及多态性分析

目的 探讨ＬＴ－β在ＳＬＥ患者免疫调节紊乱中的作用。方法 ＰＢＬＲＮＡ斑点杂交测定ＬＴ－β基因转录水平;ＰＣＲ－ＲＬＦＰ法分析ＬＴ－β基因多态性。结果 ＳＬＥ中ＬＴ－β基因转录比正常对照显著增高（Ｐ〈０．０５）。未发现ＬＴ－β基因的ＸｈｏＩ有多态性。结论 提示ＬＴ－β参与ＳＬＥ的免疫调节紊乱。     

丝状真菌启动子的基因工程改造进展

丝状真菌是重要的工业酶生产菌,具有优异的蛋白表达和分泌能力,如里氏木霉在工业发酵中其内源纤维素酶产量可高达100g/L。目前,丝状真菌已被成功用于表达外源基因,但与内源基因相比,外源基因的表达效率常常不高。使用强启动子来驱动基因转录可有效提高外源基因的表达水平,因此本文就通过基因工程的方法对丝状真菌的启动子进行改造以提高内、外源基因的转录效率的研究进行总结与展望。     

不同转录率下真核模式生物核小体位置研究

真核生物中核小体的位置在不同转录率基因上是不同的.我们通过对热冲击前后酵母核小体位置实验数据、酵母转录率数据进行统计分析和比较后,发现在压力环境下,敏感上表达基因中的高转录水平基因与敏感下表达基因中低转录水平基因上的核小体位置趋于平衡位置,而非敏感基因中的高转录基因通常处于趋向远离平衡位置状态.     

肌动蛋白与染色体改构复合物BAF和转录因子NF1/CTF之间的联系

肌动蛋白(actin)是一种高度保守的蛋白质,存在于所有真核细胞中,参与细胞分裂、运动、迁移、形态的维持、生长等多种重要生理活动.染色体改构复合物BAF和转录因子NF1/CTF是基因转录活动中的两个重要的因子,参与了基因的转录活动.通过免疫电镜和免疫共沉淀实验,证实了肌动蛋白是染色体改构复合物BAF的组成部分,和转录因子NF1/CTF参加了由RNA聚合酶II介导的基因转录活动.     

逆转录病毒载体设计对ANTI—RAS核酶基因转移效率的影响

将ａｎｔｉ－ｒａｓ核酶基因Ｒ８克隆于不同的逆转录病毒载体，并导入逆转录病毒包装细胞质ＰＡ３１７，得到具一次感染性的缺失性病毒，通过测定病毒滴度选择Ｒ８基因的高效重组转录病毒载体。     

具有AP2结构域的转录因子家族的研究进展

具有AP2结构域的转录因子是一种被认为只存在于高等植物中的转录因子,但根据最新的研究发现在一些低等的生物中同样存在该转录因子。这是一种基因的入侵,具有AP2结构域的转录因子在高等植物中存在有几百个。本文综述了具有AP2结构域的转录因子的研究进展,包括三个方面:1、具有AP2结构域的转录因子是一个从低等生物到高等生物进化上的入侵基因;2、具有AP2结构域的转录因子的分子结构及功能;3、在高等植物中该转录因子的研究进展情况。此外还展望了一下这个基因家族的研究前景。     

大鼠Neuritin基因启动子区克隆、鉴定及生物信息学分析

目的本研究旨在了解大鼠Neuritin基因启动子区特征,为明确神经受损后的再生中Neuritin基因在体内转录水平的调控提供理论依据。利用比较基因组学获取较为可靠的置信序列并设计上、下游引物克隆大鼠Neuritin基因5'调控区片段。方法采用生物信息学方法分析扩增片段序列特征,并采用多款转录因子预测软件预测大鼠Neuritin基因启动子主要调控区的转录因子结合位点。结果研究结果表明成功克隆出3447 bp大鼠Neuritin 5'调控区序列,大鼠Neuritin 5'调控区序列与小鼠同源率为91. 1%。生物信息学方法分析发现距大鼠Neuritin基因CDS区上游740～1012 bp位置处有一个Cp G岛,224 bp处有一个TATA-Box,初步推测大鼠Neuritin基因CDS区上游1100 bp为主要核心启动子区域。利用生物信息学软件预测主要调控区域含有AP-1,AP-2,AP-4和CREB等八个重要的转录因子结合位点。结论本研究大鼠Neuritin基因启动子的鉴定和相关转录因子结合位点的发现为进一步研究大鼠Neuritin基因的表达调控奠定了数据基础。     

英译汉过程中的动、名词相互转译现象

＂转译法＂是英译汉过程中常常用到的一种翻译方法,尤其是动词转译为名词和名词转译为动词的现象更是常见。因此,动、名词的相互转译已成为了翻译实践中不可避免的活动,值得翻译者关注。     

真核细胞基因转录抑制机制的研究

真核细胞的基因转录抑制受多方面的调节,目前的研究已经揭示了转录因子产生转录抑制的分子机制,蛋白之间的相互作用产生的转录抑制等几方面的作用机制.研究了全酶与基因的转录、染色质与真核基因转录抑制、干扰激活因子活性等,在真核细胞基因转录抑制中起的作用.     

T—ALL／淋巴瘤中BCL11B基因转录本的分析

目的:分析T-ALL/淋巴瘤中BCL11B基因转录本的特点。方法:利用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和实时定量聚合酶链式反应(RQ-PCR)方法分析12例T-ALL/淋巴瘤外周血单个核细胞(PBMC)中BCL11B基因的表达情况;限制性内切酶消化确定PCR产物的特异性。结果:3例T-ALL/淋巴瘤患者中出现2种BCL11B转录本:野生型和第3外显子缺失型,其余9例均表达第3外显子缺失型的转录本。两组病人PBMC中BCL11B表达水平无显著差别(P=0.301)。结论:3例T-ALL/淋巴瘤病人中存在2种BCL11B基因转录本,但在表达水平上无明显差别。     

表达相关的转录因子相互作用模式

转录因子通过与基因上游特定序列结合,调控着靶基因在特定的时间和空间以一定的强度表达.不同的转录因子之间通过多种方式相互组合,为这一调控过程提供了更多的可能.为了研究与表达相关的转录因子的调控模式,以GM12878细胞系作为研究对象,基于该细胞系的两种RNA-seq数据,得到了高、低表达基因集合,根据83种转录因子结合的ChIP-seq数据,在两个数据集中分别构建了与基因表达紧密相关的转录因子互作网络,并利用软件Cytoscape对网络进行可视化,从而直观地展现了高低表达基因中转录因子的相互作用模式.同时,利用WGCNA(Weighted Correlation Network Analysis)构建了转录因子的共调控网络,发现高表达基因集合的转录因子调控网络中的一些子网模式与WGCNA构建的共调控模块得到对照.最终在高表达基因转录因子相互作用网络中发现占据重要地位的转录因子BCL11A和特异的组合模式(NFYA-NFYB-SP1),另一种组合模式(BATF-IRF4)则同时存在于高低表达基因的网络中.