遗传指纹图谱技术对微生物群落的分析

微生物培养技术无法获得自然生境中99％以上的微生物，而可培养的微生物也仅提供极少的形态学线索，鉴定和生理学特性经常是模糊的。分子生物学技术对不可培养微生物的研究，开启了探索微生物多样性和新资源的大门。DNA杂交、rRNA分子标记测序等已经成为研究分子微生物生态学的常规手段，可以鉴定和描述微生物群落的种群，但却不适于探索微生物复杂群落的动力学。遗传指纹图谱技术允许同时进行多样本的分析，可比较不同生境和随时间变化的微生物群落行为，是传统手段的有力补充。     

DGGE法检测稻田蓝细菌及硅藻的遗传多态性

运用对蓝细菌和硅藻16SrRNA特异的引物对，将稻田土壤中提取的总DNA进行PCR扩增后，通过DGGE技术对PCR产物进行分析。结果表明，在水稻生长的不同时期，稻田蓝细菌及硅藻种群也在变化，田间不同位置蓝细菌及硅藻种类也有所不同，并且每 一时期都有其优势的蓝细菌及硅藻种群。     

利用RAPD分子标记研究农用化学品污染土壤微生物群落的分子多样性

Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌｃｈｅｍｉｃａｌｓｃａｎａｆｆｅｃｔｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙａｎｄｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙｏｆｓｏｉｌｍｉｃｒｏｂｅｓａｌｔｈｏｕｇｈｔｈｅｙｕｎｄｏｕｂｔｅｄｌｙｈａｖｅｇｒｅａｔｂｅｎｅｆｉｔｓｆｏｒｍｏｄｅｒｎａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ .Ｐｒｅｖｉｏｕｓｓｔｕｄｉｅｓｏｎｔｈｅｅｆｆｅｃｔｓｏｆａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌｃｈｅｍｉｃａｌｓｏｎｓｏｉｌｍｉｃｒｏｂｉａｌｃｏｍｍｕｎｉｔｉｅｓｈａｖｅｂｅｅｎｍｏｓｔｌｙｆｏｃｕｓｅｄｏｎｓｏｉｌｒｅｓｐｉｒａ ｔｉｏｎ[1] ,ｓｏｉ…     

土壤微生物群落及其活性与植被的关系

植被通过影响土壤环境,从而影响到土壤微生物群落的结构和多样性．受植被影响的土壤环境中土壤微生物群落的多样性比不受植被影响或者没有植被的土壤环境中的微生物群落的多样性要高很多,不受植被影响的表面以下土壤环境中的微生物群落具有显著的优势ＯＴＵ种群,而表层土壤环境中没有显著的优势ＯＴＵ种群．植被对微生物的影响同时也表现在对生命物质ＤＮＡ的影响,即有植被的土壤环境中的微生物ＤＮＡ具有更高的活性,其基因在克隆过程中更容易被转移,获得更多的克隆细胞和种群．     

重金属污染下台湾相思和尾叶桉根区土壤微生物群落多样性

利用BIOLOG微平板技术对广州市黄埔区龟山重金属污染下台湾相思（Acacia confusa）和尾叶桉（Eucalyptus urophylla）根区土壤微生物群落多样性进行了研究.结果表明,广州市黄埔区龟山土壤重金属污染严重,其中全Cd和全Zn含量大大超出广州市背景值,并对微生物群落产生最大负效应.土壤环境的恶化导致细菌数量减少,微生物代谢活性滞后,对醣类和氨基酸类碳源利用低,多样性指数降低.黄埔区台湾相思和尾叶桉根区土壤细菌数量和微生物多样性显著高于裸地.由于重金属污染对根区土壤的影响较大,台湾相思和尾叶桉根区土壤的细菌数量、微生物碳源利用类型以及群落多样性指数均无显著差异.然而,台湾相思根区土壤微生物的代谢活性随着培养时间的延长,呈迅速上升趋势,并较其他供试土壤具有更高的代谢能力;另外,台湾相思不仅可以稳定土壤中的Cu和Pb,还能吸收Cd和Zn,并且其固氮能力能有效增加土壤养分含量,对土壤条件进行改良,也是广州市常用的造林先锋树种,适合作为广州市黄埔区重金属污染地植被重建材料.     

新乡市获嘉县传统耕作区农田土壤微生物群落结构和多样性研究

新乡地区是河南省重要的粮食产区,其农田土壤微生物的群落结构和多样性目前仍不清楚.以新乡市获嘉县长期免耕和传统耕作的农田土壤为材料,测定其土壤理化特征,并且采用高通量测序技术分析其土壤微生物的群落特征.结果显示,该区域农田土壤的基本理化性质为:含水量9.37%～13.39%,pH值8.55～8.65,全氮和全磷质量分数分别为0.91～0.96mg/g和4.06～5.34mg/g.土壤中优势细菌菌群为变形菌门(～30%)、浮霉菌门(～20%)、酸杆菌门(～16%)和放线菌门(～8%),优势真菌菌群为子囊菌门的粪壳菌纲(～50%)、散囊菌纲(3%～10%)和座囊菌纲(～10%).免耕处理的土壤微生物丰富度和多样性要高于常规耕作的土壤微生物,而且轮作处理的土壤微生物数量要高于同等条件下单一种植模式的对照处理.本研究有助于了解该地区不同种植模式下的土壤微生物群落结构,可为进一步改良土壤和防治土传病害提供理论依据.     

陕北榆林定边县采油区土壤微生物群落结构的分子生态学研究

对采油区钻井口石油污染和未污染土壤的细菌群落结构进行比较。采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)和16S r DNA克隆文库等方法,结合土壤理化性质进行分析。石油污染土壤含水率和有机质含量增加,土壤粒度、总氮、有效磷、速效钾和p H无显著变化。污染和未污染土壤中的细菌多样性丰富,群落结构存在明显差异;石油污染土壤中优势细菌类群为:变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门,且变形菌门细菌比例升高。研究揭示了陕北地区石油污染和未污染土壤细菌群落结构的差异。     

甲胺磷影响下土壤微生物群落结构的动态平衡

采用磷脂脂肪酸(PLFA)作为一种微生物分子标靶,研究不同浓度甲胺磷(C2H8ONPS)输入对土壤微生物群落的影响。结果表明：与对照土壤相比,高浓度甲胺磷分别使细菌PLFAs显著提高 0.85 nmol/g,而使真菌PLFAs显著下降 0.87 nmol/g。甲胺磷并没有使土壤微生物总量发生显著变化,真菌丰度下降和抵抗性细菌群落上升形成了土壤微生物群落结构的动态平衡。分析认为,由甲胺磷输入而产生的H+可能导致这一微生物群落结构的变化。     

秸秆还田对土壤主要微生物数量、酶活性及细菌群落结构、多样性的影响

秸秆还田能够增加土壤的有机质和提高土壤的肥力,并且减少秸秆焚烧带来的大气污染和土壤污染.土壤中的微生物是土壤生态系统的重要组成部分,既参加有机质的分解,又参与腐殖质的形成.研究了玉米秸秆覆盖和深埋2种还田方式对土壤生态系统中主要微生物数量、细菌群落结构、多样性及土壤酶活性的影响.结果 表明:秸秆还田使土壤中细菌、放线菌...     

窖泥微生物群落SSCP分析条件优化的研究

由于窖泥微生物群落结构复杂,而PCR-SSCP是研究环境微生物群落较理想的一种方法。试验对影响SSCP图谱的条件进行优化分析,为窖泥微生物群落结构解析提供了有效的手段。结果表明:变性缓冲液配比为:去离子甲酰胺1.9mL、溴酚蓝3mg、5×TBE 250μL、0.5M EDTA5μL、10%SDS5μL;凝胶条件为:凝胶浓度为12%、丙烯酰胺与N,N′-亚甲基双丙烯酰胺的比例为29∶1、无甘油。经95℃变性10min,4℃条件下200V电泳8h,可得到较理想的图谱。     

微山湖养殖区与非养殖区细菌多样性的研究与比较

细菌群落结构对湖泊生态系统的物质循环和能量流动起着非常重要的作用,所以微山湖湖泊生态环境中的细菌群落多样性的分析为通过细菌的环境修复功能改善微山湖的生态环境奠定了理论基础.采用了DGGE和16SrDNA建库相结合的方法对微山湖养殖区与非养殖区及其沉积物细菌群落结构进行了研究,并对养殖区和非养殖区细菌的群落结构进行比较.研究的结果表明,养殖区与非养殖区的细菌群落结构存在较大差异,养殖区的细菌种类明显比非养殖区的细菌种类多,养殖区主要分布为:变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)、螺旋体门(Spirochaetes)、绿菌门(Chlorobi)、拟杆菌门(Bacteroidetes).其中β-变形菌纲(Betaproteobacteria)为主要优势菌群.非养殖区主要分布为:变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟杆菌门(Bacteroidetes),其中β-变形菌纲(Betaproteobacteria)和δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)种类最为丰富.     

好氧堆肥细菌16S rDNA多态性分析

采用传统培养方法和16s rDNA为基础的PCR-DGGE技术研究好氧堆肥微生物群落的演变过程.平板计数表明好氧堆肥过程中细菌数量呈现"升高一降低一降低"变化趋势,DGGE图谱表明不同时期存在不同的优势种群,少数优势种群存在于整个堆肥过程.PCR-DGGE技术为堆肥微生物群落研究提供新的分子生态学依据.     

陆梁油田菌群结构解析及激活后群落变化

 针对新疆陆梁油田呼图壁河组注水井LU3064 注入水,设计一组营养剂激活配方,该配方能够成功乳化原油。经平板计数法、最大或然数计数法（MPN）和理化性质检测发现,激活后注入水菌浓明显增加,表面张力下降37%。采用建立细菌16S rDNA克隆文库方法,对LU3064 注入水、LU3036 采出液、LU3064 激活液细菌进行多样性研究。从克隆文库中随机挑选100 个克隆子测序,并在GenBank 中比对,结果表明,注入水菌群具有高度多样性,优势菌属于Alphaproteobacteria;采出液较地层水菌群结构简单,存在Pseudomonas（假单胞菌属）、Bacillus（芽孢杆菌属）等功能菌属;激活液菌群结构最为单一,仅存在Bacillus（芽孢杆菌属）。Bacillus 在注入水和采出液中均有发现,但都不是优势菌种。该激活剂配方成功激活了可在地层中生长的功能菌属Bacillus。     

不同16SrDNA靶序列PCR-DGGE分析油页岩细菌多样性

为全面了解油页岩细菌群落组成结构,同时筛选出适于油页岩PCR-DGGE的最佳引物,采用改进SDS高盐提取法,提取抚顺西露天矿油页岩微生物总DNA,并用968F/1401R,338F/518R,341F/907R和1055F/1406R,对16SrDNAV6-V8,V3,V8和V9区进行PCR-DGGE分析.结果表明,4组引物均能较好扩增出目的基因,但不同靶序列对多样性检出有显著影响(P<0001);与其他引物相比,968F/1401R和338F/518R获得的指纹图谱物种丰富度更高,检出细菌类群更丰富,较适合油页岩样品.油页岩细菌群落组成较简单,优势细菌包括不动杆菌属、假单胞菌属和埃希氏菌属,同时还有假单胞菌目和肠杆菌目尚未被鉴定的一些种类.     

外加菌剂治理含异辛醇废水中菌群组成分析

由外加菌剂对含异辛醇废水处理的实验证明,人工添加的菌剂对废水中异辛醇的降解效果良好.微生物在降解有机物的过程中,不仅会利用污染物中的碳源和氮源,而且会和环境中的化学物质共同形成一个代谢相对稳定的微生态系统.通过对细菌16SrDNAV3可变区序列聚合酶链式反应扩增、变化浓度梯度凝胶电泳等细菌种类的研究,发现微生态中的细菌种类随污水浓度的变化并非呈单一递减的趋势,在一定的浓度条件下,会出现某类微生物优势群体;同时结合气相色谱分析,跟踪观察了异辛醇的降解过程,分析结果表明,降解的中间产物主要为乙醇.     

末端限制性酶切片段长度多态性分析技术进展

末端限制性酶切片段长度多态性分析(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism,T-RFLP)是近年来发展起来的、不依赖于培养的微生物群落分析方法之一.由于其在微生物群落结构分析方面的特点,包括分辨率高、易于实现自动化及互联网海量数据共享等优势,自1997年最先被报道以来得到了广泛的应用,成为环境微生物群落分析的最强有力的工具之一.类似于其他的分子微生物生态学技术,T-RFLP也有自身的缺陷,本文详细介绍了T-RFLP技术的原理及其解析环境微生物群落的基本流程,简述了近年来T-RFLP技术在群落分析中的研究进展,重点讨论了该技术的局限性及相应的解决办法.     

高产絮凝剂菌株G-203的筛选及其性质

从活性污泥中分离得到一株高产絮凝剂菌株G-203,经16S rDNA测序后鉴定为Klebsiellasp.。G-203菌产生的絮凝剂LH5-2是一种胞外絮凝剂,经组分分析,LH5-2是一种含有少量蛋白的多糖物质。LH5-2在pH=7~12时稳定性好,在质量浓度为0.12~0.42 g/L时絮凝活性维持较高水平,最高达98.98%。菌株G-203发酵40 h絮凝剂产量达到最高值11.9 g/L,糖的转化率为59.5%。     

基于高通量测序技术的阳极生物膜群落结构

利用高通量测序技术对阳极生物膜的微生物群落结构进行了分析.实验结果表明,高通量测序能够高效地获取电化学生物膜的群落结构信息,产电模式菌Geobacter属在生物膜中占据着优势地位,其数量比例达到30%左右,其次的主要菌属为Thermovirga,Thauera和Syntrophorhabdus.对比电化学活性丧失前后的生物膜发现,虽然Geobacter菌属在丧失了电化学活性的生物膜中仍然占据统治地位,但是放线菌门的细菌增长显著,其数量比例远高于正常阳极生物膜的0.5%,有可能是抑制生物膜电化学活性的因素之一.     

垃圾渗滤液处理系统中微生物群落结构变化研究

采用基于PCR的变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE) 和 real-time PCR 方法, 分析了深圳市某垃圾渗滤液处理系统中总细菌和硝化细菌的生物量及群落结构变化, 探究生物量与水质变化间的关系及环境因素对微生物群落结构的影响。结果表明, 该垃圾渗滤液处理系统具有很好的氨氮和总有机碳(TOC) 去除效果, 总去除率分别为 99.9% 和 91.4% 。在垃圾渗滤液处理系统中, 总细菌、氨氧化菌(AOB) 、亚硝酸盐氧化菌(NOB) 的生物量与 TOC 及氨氮浓度没有显著相关性(p > 0. 05); 溶解氧不影响AOB 生物量, 但明显影响NOB 生物量。微生物群落结构及多维尺度(DMS) 分析表明:在该废水处理系统中, DO浓度对总细菌和 NOB 微生物群落结构有重要影响; 而氨氮浓度是影响 AOB 群落结构的关键因素。