ISSR和ITS标记在白木香遗传变异研究中的应用

采用简单序列重复区间（ISSR）扩增技术和核糖体RNA基因（rDNA）转录间隔区（ITS）序列分析技术,对不同地区白木香的遗传变异、亲缘关系及分子鉴定进行研究.ISSR分析显示,筛选出的7条ISSR引物可扩增出80条DNA条带,其中多态性条带的比例是60.0%,白木香9个居群之间的遗传距离是0.0733-0.4213.ITS序列分析显示,白木香种内的9个居群中共有6个变异位点,种内遗传距离为0.0000-0.0110.两种标记得到的聚类图不一致,但大致趋势相同,都可以将白木香及其近缘种聚在不同的种群中,说明ISSR标记和ITS序列分析均可有效揭示白木香的遗传变异及亲缘关系.     

小豹斑鹅膏遗传多样性研究

小豹斑鹅膏子实体形态多样,不同地域所采标本有较大差异.作者应用ISSR及ITS分子标记,对采自12个不同地区的小豹斑鹅膏居群进行了遗传多样性及聚类分析.结果表明,12条ISSR引物扩增的多态性条带比例(PPB)为72.84%,居群间的基因分化系数(Gst)为0.426 1,表明小豹斑鹅膏具有丰富的基因多样性,其中57.4%存在于居群内,42.6%存在于地理隔离较远的居群间;12个地区样品的IST序列长度皆为710 bp,有30个碱基位点在ITS1区发生变异.2种方法的遗传距离分析及聚类结果基本相似,都表明小豹斑鹅膏的遗传分化与地域的相关性较大.ISSR揭示遗传分化及遗传变异的能力较ITS强.     

ISSR标记技术在猕猴桃遗传研究中的运用

利用ISSR技术对采自四川省猕猴桃科研基地的14个猕猴桃品种进行了遗传多样性分析．通过引物筛选,从6个ISSR引物中扩增出103条带,其中84条为多态带,占82．41％．UPGMA聚类分析结果揭示了各品种间的亲缘关系．ISSR标记说明猕猴桃品种间遗传距离与地理分布有一定关系,地理位置较近的材料能聚在一起．分子标记可用于猕猴桃种质资源的分类、鉴定及良种选育．     

川芎道地性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对来自国内17个居群的285个川芎(Ligusticum chuanxiong hort.)个体进行道地性分析.从99条ISSR随机引物中筛选出10条引物对285个川芎个体进行扩增,共得到186条清晰的扩增位点,其中多态性位点183个,多态位点百分率（PPB）为98.39％.根据结果进行聚类分析,得出16个川芎居群遗传距离的非加权算术平均(UPGMA)树.采自四川省内的10个川芎居群表现出更近的亲缘关系,各个川芎居群间具有高度遗传多样性.     

紫茉莉不同花色植株遗传变异的ISSR分析

采用简单序列重复区间扩增ISSR分子标记技术对分布于四川省成都市的紫茉莉(Mirabilis jalapaL.)3种不同花色群体进行了遗传变异分析.从100条引物筛选出5条引物进行PCR扩增,共扩增出67条清晰条带,其中62条条带具多态性.紫茉莉的等位多态性位点百分数(PPB)为92.54%,观测等位基因数(Na)为1.9254,有效等位基因数(Ne)为1.2354,Nei的基因多样性指数(H)为0.1562,Shannon指数(I)为0.2633.3种花色的遗传一致度在0.9054~0.9620之间,遗传距离在0.0388~0.0994之间,其中白色与黄色的遗传距离最小(0.0388),表现出最近的亲缘关系,黄色与紫色的遗传距离稍大(0.0994),亲缘关系稍远.紫茉莉的遗传变异主要存在于群体内,不同花色群体间的基因流(Nm)为1.279.     

基于RAPD标记的罗布麻野生居群遗传多样性分析

利用RAPD技术对采自我国8个省份的9个罗布麻野生居群进行遗传多样性分析.从80条随机引物中筛选出17条引物,共扩增出157条带,其中多态性带108条.物种水平的多态位点百分率(PPB)为68.79%,Nei’s基因多样性指数H为0.2296,Shannon’s多态性信息指数I为0.3390.居群间的遗传分化系数Gst为0.8841,即11.59%的遗传变异来自于居群内,88.41%的遗传变异来自于居群间,居群间的遗传分化水平远高于居群内.居群间遗传距离与聚类结果显示各居群间的亲缘关系与地理分布不完全相关.针对现有罗布麻的遗传多样性现状,建议加强对现有自然居群的保护.     

基于ISSR数据探讨节茎曲柄藓(Campylopus umbellatus(Arn.) Paris)遗传多样性和居群遗传结构

选用简单序列重复区间扩增多态性(ISSR)分子标记,对分布于浙江清凉峰国家级自然保护区顺溪坞和凉源、浙江台州临海天台山、浙江舟山嵊泗列岛、江苏苏州天平山、广西上思十万大山、台湾宜兰县马告生态公园和云南西双版纳纳板河流域国家自然保护区8个自然居群的40份节茎曲柄藓(Campylopus umbellatus(Arn.) Par.)的遗传多样性进行了研究.应用筛选出的12条引物,共扩增出172条清晰、重复性高的条带.使用POPGENE 3.2分析发现:其中158条条带的多态性位点百分率(PPB)为91.86%,根井正利基因多样性指数(H)为0.292 2,香农-维纳多样性指数(I)为0.445 9,说明节茎曲柄藓居群遗传多样性水平较高.8个居群的遗传分化系数(G_(st))为0.634 6,居群间的基因流(N_m)为0.287 9,63.33%的遗传变异存在于居群间,36.67%的遗传变异存在于居群内,说明节茎曲柄藓居群间的遗传分化明显.基于ISSR数据的聚类分析表明:以遗传距离65为分组阈值,8个居群可被分为6组,节茎曲柄藓居群间的遗传分化主要由地理因素造成,居群内的遗传分化可能与生境的异质性有关.     

苗药红禾麻种质资源遗传多样性的ISSR分析

为研究苗药红禾麻种质资源的遗传多样性和亲缘关系,利用ISSR分子标记技术对43个红禾麻居群进行遗传多样性分析和聚类分析。结果显示,10条ISSR引物共扩增出123条带,其中多态性条带114条,占总扩增条带数92.68%,Nei’s基因多样性(H)和Shannon信息指数(I)分别为0.418 5和0.605 2;居群间基因多样性(Dst)和居群内基因多样性(Hs)分别为0.250 7和0.167 6;通过非加权成组配对法(UPGMA)进行聚类分析,43个居群可聚为3组。结果表明,红禾麻种质具有较丰富的的遗传多样性,其遗传结构为居群间遗传多样性高于居群内,本研究从分子水平上揭示红禾麻的遗传变异幅度及其规律,为红禾麻的优良种源选育提供科学依据。     

大蒜种质资源遗传多样性的分子标记研究

本研究利用RAPD和ISSR两种分子标记技术,对中国10个不同地区的大蒜品种进行了种质资源遗传多样性研究.从30个RAPD引物当中,筛选出11个具有多态性的引物,共扩增出多态性带224条,多态性条带比率为41.18%,从12个ISSR引物中筛选出5个具多态性的ISSR引物,共扩增出多态性带121条,多态性条带比率为50.21%.对RAPD和ISSR两种标记分别运用Nei指数法,计算出10个大蒜品种的平均遗传距离为0.28和0.32.根据这两种标记的结果,采用UPGMA进行聚类分析,得到与生物学分类地位基本一致的结果.结果表明,在实验稳定性上,ISSR优于RAPD,且ISSR比RAPD能检测到更多的遗传变异,RAPD和ISSR两种标记可用于大蒜种质遗传多样性的研究.     

冶勒自然保护区垂枝香柏的ISSR遗传多样性研究

利用ISSR分子标记对冶勒自然保护区垂枝香柏（Sabina pingii（Cheng ex Ferré）的6个居群共65个个体进行了遗传多样性的比较分析. 10个引物共扩增出121个多态性位点,物种水平多态性位点百分率（PPB）为98.37%,居群水平的多态性位点百分率相对较低,在37.40%～51.22%间. 居群间遗传分化系数Gst为0.4959,即总遗传变异中有50.41%的变异发生在居群内,49.59%的变异发生在居群间,基因流Nm为0.5083. 居群间及居群内分化均较明显,可能是由于地理隔离     

基于ITS2条形码对铁皮石斛及其混伪品分子鉴定的初步研究

通过分析铁皮石斛及其常见混伪品的ITS2序列差异，建立铁皮石斛药材真伪的快速鉴别方法．运用CodonCode Aligner V3．0软件对测序峰图进行校对拼接，基于隐马尔可夫模型的注释方法获得ITS2序列，采用MEGA5．0软件进行序列比对，种内种间距离计算及UPGMA聚类树构建，应用Koetschan等建立的ITS2数据库及网站预测ITS2二级结构．结果表明，铁皮石斛及其混淆品ITS2之间存在明显差异，所有铁皮石斛样品在UPGMA树上单独聚为一类．ITS2序列可以作为DNA条形码用于铁皮石斛与其混伪品的快速分子鉴别．     

高良姜与混淆品rDNA ITS序列的分析与鉴别

用PCR直接测序法测定和分析不同产地野生和种植品种的高良姜(Alpinia officinarum Hance),以及山姜（A. japonica（Thunb.） Miq.）、华山姜（A. chinensis (Retz.) Rosc.）和大高良姜(A. galanga (L.) Willd )等三种混淆品的rDNA ITS区序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据。经测序、比对和排序得到812bp序列,包括18S3’端部分序列,ITS1、5.8S、ITS2全部序列和26S5’端部分序列。序列分析结果显示,高良姜种内序列高度一致,同源性达100%,测序结果中发现杂合位点,而广西样品杂合位点的两个碱基各占的比例与其它地方样品的不同,显示了高良姜种内rDNA ITS序列的细微差异。高良姜和混淆品的812bp序列中共有61个变异位点,60个是信息位点,同源性达96.32%,其中ITS1和ITS2中的11个位点在高良姜和混淆品中差别明显,可以鉴别高良姜和混淆品,因此rDNA ITS序列是高良姜真伪辨别的有效标记。基于DNA序列的高良姜和混淆品的系统分类结果与形态学的分类结果不完全一致,有待进一步的研究探讨。     

基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究

利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.     

江蓠属和龙须菜属5种海藻ITS序列分子系统学分析

测定了江蓠属Gracilaria和龙须菜属Gracilariopsis 5个物种的23个群体的ITS(含5.8S rDNA)序列,并结合GenBank数据库中现有江蓠科Gracilariaceae的16个物种的ITS序列进行分析,在不同分类阶元中探讨了序列变异和和系统进化关系。江蓠科海藻ITS序列长度在893～1 508 bp之间,种间遗传距离在0.041～0.600之间,种内遗传距离在0.000～0.012之间,其种间遗传距离均大于种内遗传距离;ITS系统发育聚类结果显示江蓠科分为两大分支,分别是江蓠属/Hydropuntia分支、龙须菜属/蓠生藻属Gracilariophila分支;江蓠科海藻5.8S序列种内种间变异很小,但存在稳定的属间区分位点,可用于属以上水平的分类鉴定;中国、美国和俄罗斯三地的真江蓠群体的ITS序列存在9个稳定的变异位点,可以将不同地理群体区分开。     

桂花品种的ISSR-PCR分析

利用ISSR—PCR方法对桂花的54个品种进行了基因组多态性分析,从70个ISSR引物中筛选出13个多态性引物用于正式扩增,共扩增出90条DNA片段,其中多态性DNA带79条,占总扩增片段的87.8％,平均每个引物扩增的DNA带的数目为6.92条。依据扩增结果,应用RAPD Distans软件进行Nei相似性系数和遗传距离计算,利用UPGMA法构建聚类树状图。结果表明:ISSR分析中产生了一些品种特有的指纹图谱,因此ISSR技术在桂花品种和品种群(品系)的鉴定和阐明遗传关系中有很大的应用潜力。利用DNA扩增结果进行聚类分析,把供试桂花的54个品种分为7个大类,并对品种进行了处理及种下品种群的遗传关系进行了探讨。     

不同地区桐花树种群的分子遗传变异分析

利用RAPD和ISSR两种分子标记,对4个不同纬度桐花树种群的遗传多样性和遗传分化进行探讨,根据RAPD和ISSR数据计算遗传距离并进行聚类分析.结果表明,4个种群桐花树遗传变异性低,4个纬度桐花树种群分为南北两个类群,海南和广西为1个类群,广东和福建为1个类群.利用Shannon's指数计算4个种群的遗传多样性,广西种群多样性指数最高,福建种群最低.大部分的遗传变异存在于种群内(64%),小部分的遗传变异存在种群间(36%).本文同时探讨了种群遗传保护和引种策略.     

20个红花品种资源的ISSR分析

目的:利用ISSR标记技术分析国内20个主要红花品种遗传多样性,为红花种质资源选育提供参考资料.方法:选用ISSR分子标记法对不同地理区域的20个红花品种基因组DNA进行PCR扩增.结果:20个ISSR引物共产生382条扩增带,其中多态性带366条,多态性条带比例为95.42%.10个品种间的遗传相似系数分布在0.615 2~0.790 6之间,说明不同红花品种间遗传多样性较为丰富.聚类分析结果表明,利用ISSR技术可将来自不同地区的20个红花品种分为5个主要类群.其中,杞县刺红花单独为一类群.其余四个类群均未表现出品种遗传多样性与地理分布的相关性.     

桂花品种的ISSR-PCR分析

<正>利用ISSR—PCR方法对桂花的54个品种进行了基因组多态性分析,从70个ISSR引物中筛选出13个多态性引物用于正式扩增,共扩增出90条DNA片段,其中多态性DNA带79条,占总扩增片段的87.8％,平均每个引物扩增的DNA带的数目为6.92条。依据扩增结果,应用RAPD Distans软件进行Nei相似性系数和遗传距离计算,利用UPGMA法构建聚类树状图。结果表明:ISSR分析中产生了一些品种特有的指纹图谱,因此ISSR技术在桂花品种和品种群(品系)的鉴定和阐明遗传关系中有很大的应用潜力。利用DNA扩增结果进行聚类分析,把供试桂花的54个品种分为7个大类,并对品种进行了处理及种下品种群的遗传关系进行了探讨。