限制性核酸内切酶PvuⅡ识别序列外甲基化抑制其酶切活性的分子机理研究

DNA甲基化是DNA分子上重要的碱基修饰方法之一,它可以影响核酸的结构及其与蛋白质的相互作用,由此影响基因的表达,关于甲基化与限制性核酸内切酶之间的关系,以往的研究表明:限制性核酸内切酶识别序列内DNA甲基化可特异性地抑制该酶的酶切活性。     

用单分子荧光显微术与光学作图法构建水稻BAC克隆DNA的限制性物理图谱

报道一种用于荧光显微镜探测的研究DNA分子与限制性内切酶相互作用的方法。DNA分子经过改进的“分子梳”技术铺展并吸附于化学修饰过的盖玻片表现，然后运用限制性内切酶EcoRⅠ进行原位酶切反应，使DNA分子在固着状态下的反应结果与液相反应相对应，通过单分子荧光显微术直接观测并记录单个DNA分子的酶切反应结果，成功地构建了水稻BAC克隆DNA的限制性物理图谱，为单分子的动态荧光显微镜实施研究和基因组光学作图打下基础。     

三丙二酸富勒烯对DNA限制性内切酶和Taq DNA聚合酶活性的抑制作用

采用具有HindⅢ和EcoRⅠ单一酶切位点的pEGFP-N1超螺旋型质粒为底物, 检测三丙二酸富勒烯(trimalonic acid C₆₀, TMA C₆₀)对DNA限制性酶切反应的作用. 同时以该质粒为模板, 测定TMA C₆₀对Taq DNA聚合酶催化的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)的影响. 酶切产物与PCR扩增产物均通过琼脂糖凝胶电泳来显示. 实验发现, 在质粒酶切体系或PCR体系中添加TMA C₆₀后, 酶切或扩增产物的生成量均显著减少. TMA C₆₀的作用存在浓度依赖性, 对HindⅢ, EcoRⅠ两种酶切反应和PCR的半抑制浓度IC₅₀值分别为16.3, 6.0, 6.0 μmol/L. 两种活性氧清除剂L-抗坏血酸-2-磷酸酯镁和叠氮化钠在浓度为2～10 mmol/L时, 不能拮抗TMA C₆₀对PCR和两种酶切反应的抑制作用. 但是, 在PCR体系中增加Taq DNA聚合酶能够拮抗TMA C₆₀的作用. 这些结果表明, TMA C₆₀能够抑制上述3种DNA代谢相关酶的活性, 其作用可能与活性氧无关.     

酶的研究与生命科学(三):分子生物学酶的发现和应用

20世纪下半叶,分子生物学取得迅猛发展,分子生物学酶的发现和应用在其中发挥了巨大的推动作用。DNA聚合酶、RNA聚合酶、逆转录酶、限制性内切酶和端粒酶等的鉴定和功能阐明拓展了对许多生命现象的理解和认识。这些酶的应用还衍生出重组DNA、桑格酶法测序和聚合酶链式反应等技术,在基因操作、DNA测序和扩增等方面具有广泛应用。通过介绍分子生物学酶的研究历程展现了酶的发现和应用对当代生命科学研究仍有重要意义。     

脂肪嗜热芽孢杆菌GR75产生的一种新的Ⅱ型限制性内切酶BsrGⅠ的鉴定

从脂肪嗜热芽孢杆菌Bacillusstearothermophilus品系GR75中已分离出一种新的Ⅱ型限制性内切酶BsrGⅠ 该酶在T7DNA上有13个切点,在λ DNA上有5个切点,M13mp 19 DNA上有1个切点,但在pBR322 DNA和pUC19 DNA上没有切点.和限制性内切酶AvaⅡ及BsrFⅠ一起进行双酶切,BsrG Ⅰ在M13mp 19 DNA上的切点位     

脉冲场凝胶电泳比较大肠杆菌不同品系基因组DNA的SfiI的酶切图谱

肠杆菌科埃希氏杆菌族埃希氏杆菌属的大肠杆菌(Escherichia coli)的四个品系——K-12、B、C和15及它们的衍生菌株基因组DNA经限制性内切酶Sfi Ⅰ酶切后,用脉冲场凝胶电泳技术比较它们的限制性片段的     

脂肪嗜热芽孢杆菌产生的一种新的Ⅱ型限制性内切酶BsaOⅠ

从脂肪嗜热芽孢杆菌Bacillus stearothermophilus O-122中已分离出一种新的Ⅱ型限制性内切酶BsaO Ⅰ.该酶在pBR322 DNA上有七个酶切位点(图1),pUC19 DNA上     

棉铃虫核多角体病毒新疆株DNA的限制性内切酶酶解图谱

我们以最常用的两种限制性内切酶分析了新疆株棉铃虫NPV的脱氧核糖核酸(DNA),本文报告此项研究结果.基本上采用MdCarthy 等的方法,从感染新疆株NPV 致死的棉铃虫尸体中分离提纯     

PflI一个来自荧光假单孢杆菌的限制性内切酶

到目前为止根据Roberts的统计已从39个属、94个种、159个菌株中找到二百多个限制性内切酶,其中有许多是异源同工酶(Isoschizomer)。但荧光假单孢杆菌的限制性内切酶尚未见报道,本文系报道从荧光假单孢杆菌中提取限制性内切酶PflI。     

2个水稻端粒相关序列的克隆和特性分析

端粒,位于真核生物染色体端部,是DNA和蛋白的复合物,对染色体的复制和稳定起着重要作用.端粒DNA由短重复序列组成,大多数高等植物,这一序列是5′TTTAGGG.相邻于端粒重复序列的是端粒相关序列,往往由中等重复序列组成.与端粒比较,端粒相关序列的显著特点是它的高度多态性,不同物种,甚至同一亚种内不同植物都能给出很高的多态性.因此在基因组RFLP框架图和物理图谱的构建中,端粒相关序列的克隆和分析有重要意义.本文根据水稻端粒重复序列中无限制性内切酶位点,端粒相关序列中可能有内切酶位点     

玉米叶绿体与细胞质雄性不育性

细胞质雄性不育性是核外遗传的一种形式,它的遗传机理长时期处于“细胞质基因”和“质体基因”等假说的支配之下,未能得到真正阐述。叶绿体DNA(ct-DNA)及线粒体DNA(mt-DNA)发现之后、有一部分研究者根据核酸限制性内切酶对DNA消化所产生限制性片段的     

中国人群中21-羟化酶基因的TaqI限制性片段

在我们实验室中,人血DNA经限制性内切酶TaqⅠ酶切并用人的21-羟化酶基因     

中温纤维分解真菌尖镰孢Fusarium oxysporum中一种新的耐热内切葡聚糖酶

Fusarium oxysporum L19是一株典型的中温真菌,从其培养液中分离到一种新的耐热内切葡聚糖酶(EGt).用传统的酶动力学方法,以CMC-Na为底物,30 min的反应时间确定其最适反应温度为75℃;热稳定性指数衰减拟合曲线显示70℃半衰期为15.1 min;该酶不作用于对硝基苯纤维二糖苷(pNPC).EGt对大多数金属离子及化学试剂不敏感,N-溴代琥珀酰亚胺(NBS)的蛋白质侧链修饰表明,Trp处于其活性中心.N-末端氨基酸序列为SYRVPAANGFPNPDASQEKQ,基因测序以及广范的序列比对分析显示,EGt与已知的内切葡聚糖酶没有同源性.这是首次从中温真菌Fusarium oxysporum中分离到耐热纤维素酶,多种同工酶的表达可能有助于其适应复杂的生存环境.     

中温纤维分解真菌尖镰孢Fusarium oxysporum的一种新的耐热内切葡聚糖酶

Fusarium oxysporum L19是一株典型的中温真菌, 从其培养液中分离到一种新的耐热内切葡聚糖酶(EGt). 用传统的酶动力学方法, 以CMC-Na为底物, 30分钟的反应时间确定其最适反应温度为75℃; 热稳定性指数衰减拟合曲线显示70℃半衰期为15.1分钟; 该酶不作用于对硝基苯纤维二糖苷(pNPC）. EGt对大多数金属离子及化学试剂不敏感, N-溴代琥珀酰亚胺（NBS）的蛋白质侧链修饰表明, Trp处于其活性中心. N-末端氨基酸序列为SYRVPAANGFPNPDASQEKQ, 基因测序以及广范的序列比对分析显示, EGt与已知的内切葡聚糖酶没有同源性. 这是首次从中温真菌Fusarium oxysporum中分离到耐热纤维素酶, 多种同工酶的表达可能有助于其适应复杂的生存环境.     

生命的螺旋

DNA双螺旋结构的发现开启了现代生物学的新篇章。60年来,分子生物学领域呈现出一片繁荣景象:分子遗传学、分子免疫学、细胞生物学以及各种组学新学科不断涌现,包括内含子和基因碎片、限制性内切酶遗传图谱方法、微阵列、DNA测序、人类基因组计划等一系列重大科学进展令生物学家们印象深刻。此外,转基因技术在1983年实现突破,合成生物学也于2003年被定义,一场以生物技术为先导的工业     

转基因迷局

<正>30多年前,美国科学家伯格利用限制性内切酶,将猿猴病毒DNA和噬菌体DNA切开、重组,得到了世界上第一批重组DNA分子,标志着DNA重组技术成为现代生物技术和生命科学的基础与核心。从那时起,就有人预言,利用转基因技术培育作物会引发第二次绿色革命:充足的改良食物、燃料和纤维将喂饱这个饥饿的世界,为农民带来收益,并促进环境好转。从许多层面来看,这场革命已经开始了。生命科学具有扭转乾坤的神奇魔力。在人类对农药的依赖日益加重,而对农药的残留又心怀恐惧时,转基因技术为人们提供了一种解决问题的新方法。但同时,人们对生命奥秘的畏惧之心,又让生命科学似乎具有引     

猪肾氨基酰化酶Ⅰ的初步晶体学研究

<正>氨基酰化酶Ⅰ(aminoacylase I,ACY-1)(3.5.1.14)主要存在于哺乳动物的肾脏和微生物中,是生物体进行氨基酸代谢时一个重要的水解酶,它可逆地催化酰化L-氨基酸的水解反应.该酶由772个氨基酸组成,分子量为85.500ku,是一个寡聚酶,由两个相同亚基组成,每个亚基含有一个锌离子.猪肾ACY-1与人的ACY-1的核酸序列有88.3%的同源性,氨基酸序列的同源性为87.7%.将猪肾ACY-1的氨基酸序列放在PROSITE数据库中检索,除了几个潜在的蛋白激酶磷酸化的位点和2个可能的N-糖基化位点外,没有其他明显的特征.把猪肾ACY-1的核酸序列和氨基酸序列与EMBL/GenBank和SwissProt Database中的序列进行比较,除了由E.coli表达的酰氨酶(amidase,succinyl-diaminopimelate desuccinylase),没有发现它与其他蛋白质有同源性,Wilbur-Lipman Algorithm统计分析表明,酰氨酶与猪肾ACY-1序列在400个氨基酸长度内有24%的等同性、这些结果提示,ACY-1是一类新的含锌金属蛋白.张艳等人用CD和FTIR谱对它的二级结构进行了研究.     

一种方便、无PCR过程的DNA shuffling方法

目前大多数的DNA shuffling方法都需要PCR过程. 由于一些限制内切酶的识别位点与切割位点不重叠而产生不同的黏性末端, 当再连接的时候, 同源片段之间就可以混合起来按照正确顺序组装成新的嵌合体分子. 利用这种性质, 构建了一种新的、无PCR过程的、简便的shuffling方法.     

DNA甲基化对转基因表达的影响

DNA甲基化在调节真核生物基因表达过程中起着十分重要的作用。在植物转基因研究中,外源DNA甲基化往往易导致外源目的基因失活。利用农杆菌介导将β-葡糖醛酸酶基因（uidA)导入烟草,发现外源uidA基因在部分转基因植株中发生了基因失活现象。Northern杂交实验证实,基因失活的植株内检测不到外源uidA基因的转录产物,同时伴随着基因上游启动子区域的DNA甲基化现象。上述实验结果提示,转基因失活很可能是由于启动子区域甲基化引起的。     

利用磁镊研究促旋酶与DNA的结合

促旋酶(gyrase)在原核生物的生命活动中扮演着重要的角色,它是已知拓扑异构酶中,唯一能够向DNA引入负超螺旋的酶.本文中,我们利用磁镊(magnetic tweezers)对促旋酶和DNA的相互作用进行了单分子实时观测.实验发现,在不加入ATP时,促旋酶能够同时与两段DNA(G片段和T片段)结合,但这种结合较弱,施加0.7pN的外力就能逐渐破坏两者的结合;但加入高浓度的诺氟沙星后,促旋酶与DNA的结合明显增强,甚至能够抗衡5.9pN的外力.促旋酶还会影响超螺旋的几何尺度:不加入促旋酶时,DNA超螺旋的几何尺度由DNA所受拉力决定,而加入促旋酶后,超螺旋DNA几何尺度变小,并且主要由DNA与促旋酶的相互作用而不再是所受拉力所决定.而且促旋酶与正负超螺旋的结合能力不同,它更容易与正超螺旋结合.同时,发现促旋酶从DNA上解离的时间符合双指数分布.我们提出的模型能够很好地解释这个分布,并与他人提出的模型的结果进行了比较.