赤麂Sry基因的定位及Y染色体的鉴别

应用流式细胞仪分离赤麂的1,Y1,Y2染色体,通过简并寡核苷酸引物聚合酶链式反应(DOP-PCR)增加模板数量.用人的性别决定基因HMG框内设计1对引物进行PCR扩增.在雄性赤麂Y2染色体DOP-PCR产物中扩增出与人SRY基因同源的Sry基因片段,经克隆测序后,初步证明赤麂Y2染色体是真正的Y染色体,同时对赤麂Sry基因进行了初步定位.     

桃抗病基因同源序列的克隆与分析

根据已克隆的STK类抗病基因的保守区设计简并引物对4个不同桃的基因组DNA进行PCR扩增,将获得的扩增片段的回收产物,应用pGEM-T easy裁体试剂盒进行了目的基因片段的克隆.随机挑取若干单克隆经PCR鉴定确认后,进行测序,共获得11个各不相同的片段序列.氨基酸序列分析中,有6个片段能推导出完整的氨基酸序列.除了两侧都基本具有STK类抗病基因产物的保守结构域.     

中国卤虫早期胚胎发育相关基因的研究——Orthodenticle基因克隆中简并引物的设计和优化

通过使用blastx、Blockmaker、CODEHOP和Primer Premier 5.0等在线网络工具和生物软件,针对中国卤虫Orthodenticle基因高度保守区域设计了简并引物.用所设计的简并引物克隆了中国卤虫Orthodenticle基因片段.在GenBank中以blastx方法进行比对,发现此段基因片段与美国卤虫Orthodenticle基因有高度的相似性.通过实验进一步证明,此种设计简并引物的方法可信性强,特异性高,能够快速得到满意的实验结果.     

黑子南瓜中STK类抗病基因同源序列的克隆及序列分析

 黑子南瓜是一种具有较强抗病性的葫芦科植物,依据所克隆的植物丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类抗病基因中的保守氨基酸序列合成相应的简并引物,从黑子南瓜基因组DNA中通过PCR克隆到了一些STK类的R-片段,经相关软件分析发现其中之一可以编码完整的氨基酸序列,可能来源于黑子南瓜中某个抗病或抗病相关基因.该基因片段与来源于其他已知基因的相应序列比较发现同源性都比较低,属于一个新的STK类R-片段家族成员.从黑子南瓜中克隆STK类片段,将为进一步从该植物材料中获得STK类抗病基因提供新线索.     

简并引物法克隆保加利亚乳杆菌β-N-乙酰氨基己糖苷酶基因

β-N-乙酰氨基己糖苷酶(β-Hexcase)在细菌、植物和动物中广泛存在,具有典型的外切酶活性并可以催化切除β-N-乙酰氨基己糖的非还原性氨基己糖残基,在细菌细胞分裂中具有重要作用.选取与保加利亚乳杆菌LJJ亲缘关系近的菌种的β-N-乙酰氨基己糖苷酶蛋白序列,利用ICO-DEHOP和CODEHOP在线简并引物设计软件设计β-Hexcase简并引物,选取Hex1-f和Hex1-r引物对,以LJJ基因组DNA为模板经PCR扩增得到614 bp产物.PCR产物连接pGEM-T质粒载体后克隆至大肠杆菌DH5α中,筛选阳性克隆提取质粒进行测序.测序结果显示产物长度为614 bp,该DNA序列经blastx比对发现与其他已知β-Hexcase基因具有相似性,表明所克隆的序列即为LJJβ-Hexcase的基因片段.β-N-乙酰氨基己糖苷酶基因的获得为进一步研究β-N-乙酰氨基己糖苷酶与保加利亚乳杆菌自溶的关系奠定了基础.     

用CODEHOP设计简并引物克隆杜氏盐藻hog1基因片段

根据NCBI上已经报道的hog1序列,利用简并引物在线设计工具CODEHOP设计出两对简并引物,通过巢式PCR扩增,得到一段大小为635 bp的基因片段,将其克隆到T载体上并测序,将测得的序列在NCBI的Blast搜索发现,其与已报道的其他一些物种的hog1基因有同源性.用CODEHOP程序化设计简并引物可信性强,阳性率高.该基因的成功克隆为研究杜氏盐藻的HOG信号途径奠定了基础.     

滑膜肉瘤融合基因SYT-SSX cDNA的克隆与序列分析

利用逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法获得SYT-SSX的cDNA，克隆入PUCm-T载体后，在美国ABI DNA自动测序仪上以反向引物测序法进行核苷酸序列的测定，扩增出98bp的特异性片段，并筛选出阳性重组克隆质粒PUCm-SYT-SSX。获得的滑膜肉瘤融合基因SYT-SSX的cDNA，为深入揭示滑膜肉瘤分子发生机理奠定基础，同时可进一步完成原核表达。     

一个紫红曲霉HR-PKS基因MpER1的克隆及序列分析

利用已知HR-PKS中ER结构域的保守氨基酸序列,通过设计简并引物,并使用本实验设计的巢式PCR方法从紫红曲霉(Monascus purpureus)中成功克隆得到一条长约300 bp的ER基因片段MpER1,再用Genome Walking的方法获得该HR-PKS中ER的基因全长序列.序列分析显示:该ER基因长为936 bp,编码312个氨基酸.将该ER基因序列与已知的ER基因序列比对,发现不同产物的ER基因同源性较差.该ER基因对应的氨基酸序列与A.clavatus 有最高的同源性,为88%.与其他物种如Nectria haematococca、Magnaporthe grisea等有50%左右的同源性.     

猪肝脏和肌肉肉碱脂酰转移酶Ⅰ基因片段克隆及序列分析

分别从金皮F2代猪的肝脏、第十肋背最长肌中提取总RNA,并根据报道的猪L-CPT ⅠcDNA和M-CPT Ⅰ cDNA序列分别设计引物1和引物2,用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)进行cDNA扩增,获得两条长度分别为733 bp和510 bp的片段,克隆于pUCm-T Vector后进行序列分析.结果表明,长度为733 bp的片段为L-CPT Ⅰ基因cDNA的部分序列,编码243个氨基酸,而长度为510 bp的片段则为M-CPT Ⅰ基因cDNA的部分序列,编码169个氨基酸.得到的两条基因片段与报道的猪L-CPT Ⅰ cDNA和M-CPT ⅠcDNA部分序列同源性分别为99.59%和99.61%.     

沼泽红假单胞菌GroE基因高保守区DNA片段的克隆,测序和特性分析

利用原核微生物GroE基因特定区域高保守性设计了简并引物，以Rhodopseudomonas palustris Y6的染色体为模板进行PCR扩增，得到片段594bp的产物，将该DNA片段连接到pUC-T载体多克隆位点上，转化大肠杆菌DH5α菌株，得到阳性重组子。经Southem 杂交验证，已克隆的594bpDNA片段来自Rhodopseudomonas palustris测序结果分析表明该片段是细菌groE基因高保守区。     

PRV广东株gE基因去信号肽片段的克隆与序列测定

根据伪狂犬病病毒（PRV）Rice株gE基因的序列设计并合成了1对引物,以我国PRV地方毒株广东株的基因组DNA为模板,通过PCR方法获得了一大小约1.6kb的DNA片段,并将其克隆到pMD18-T载体上进行测序,序列测定结果显示,该片段长1665bp,编码555个氨基酸,与PRV Rice株gE基因的核苷酸序列同源性为97.7%,氨基酸序列同源性为95.9%。     

盐生杜氏藻Ugd基因的cDNA克隆及序列分析

作者对不同物种Ugd基因的同源序列进行相似性分析后设计一对兼并引物，利用RTPCR技术获得一条200bp左右的片段，测序分析显示其同芋头(Colocasia esculenta)的Ugd基因的编码区有71．7％的相似性．然后再以此片段为模板设计引物，通过RACE技术获得盐生杜氏藻Ugd基因的全长序列．经克隆测序作blastx分析发现其同芋头(Colocasia esculenta)、大豆(Soybean)、水稻(Oryza sativa)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)的Ugd基因有78％到81％的同源性．     

致绵羊脑炎型粪肠球菌tuf和esp基因的克隆及序列分析

根据GenBank公开序列分别自行设计粪肠球菌保守基因tuf及表面蛋白基因esp二对引物,采用RT-PCR扩增出致绵羊脑炎型肠球菌tuf及esp基因,并将其克隆于pMD18-T Vector,对PCR产物进行测序及分析。该tuf序列及esp序列在GenBank上注册（注册登录号分别为EU239535,EU239534）。应用DNAStar软件对扩增esp基因与GenBank上已发表的粪肠球菌esp基因序列比较,同源性都达99．0％以上。     

甘薯类胡萝卜素合成酶基因pds全长cDNA的克隆

根据双子叶植物类胡萝卜素合成结构基因氨基酸保守区域设计简并引物,扩增出甘薯编码类胡萝卜素合成关键酶PDS的基因(pds)cDNA中间片断。通过5'-RACE和3'-RACE技术进行cDNA末端的快速扩增,成功地克隆了pds的全长cDNA。序列分析表明,pds基因的全长cDNA序列长度为2128 bp,编码572个氨基酸,与其他植物的序列高度同源。     

鸡腺病毒内蒙古分离株六邻体蛋白基因片段的合成和分子克隆

根据鸡１０型腺病毒以及人２、５、４０、４１型腺病毒、牛３型、鼠１型腺病毒六邻体蛋白基因序列，选择保守区，设计和合成一对引物，以鸡腺病毒内蒙古分离株基因组ＤＮＡ为模板，进行聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增得到预期大小的０．５５ｋｂＤＮＡ片段．将此ＤＮＡ片段克隆于ｐＵＣ１９的ＳｍａＩ位点，筛选重组质粒，进行限制酶切分析和ＰＣＲ检测，得到含有六邻体蛋白基因片段的重组质粒，为进一步开展此病毒分子生物学研究和分子生物学诊断技术的建立创造了条件     

淡水鱼类线粒体DNA D-loop基因的引物设计和应用

 线粒体DNA测序已广泛应用于鉴定和区分种类以及解决系统进化关系问题。本文选取已测定的主要淡水鱼类的线粒体DNA D-loop基因序列进行同源性比较,寻找保守序列,利用简并性原则设计一对通用的简并引物。利用设计的引物对广东省珠江流域主要的淡水鱼类线粒体DNA D-loop控制区基因进行扩增,均能获得单一的目的DNA片断,特异性扩增产物大小为1 kb左右。经测序及与GenBank同源序列的比较,证实为包含线粒体控制区全序列的扩增产物。本研究所设计的引物和应用的方法可以快速地同时对多种鱼类进行大规模的遗传背景分析,鉴定某些难于鉴别的近缘物种,为我国鱼类的种类鉴定、地理种群鉴别及种质资源的评估提供重要的工具。     

Identification of an AFLP marker linked to the stripe rust resistance geneYr10 in wheat

AFLP analysis of near-isogenic lines of the stripe rust resistance gene Yr10 was carried out with 6 PstⅠ- primers and 10 TaqⅠ-primers with the donor parent of Yr10 gene as the check. A total of about 4200 distinguishable bands were amplified, of which 5 were stable. The genetic linkage of the 5 polymorphic DNA fragments with the target gene were tested preliminarily on a segregating F₂ population derived from a cross between the gene donor parent “Moro” and susceptible cultivar “Mingxian 169”. The DNA fragment PT0502 was found closely linked to the Yr10 gene and cloned and sequenced. Based on the sequence specific primers for PCR were designed and synthesized. Genetic linkage analysis with 195 segregating F₂ plants indicated that the genetic distance was 0.5 cM between the main product SC₂₀₀ fragment produced by PCR with the primers and the Yr10 gene. The primers can be used to detect the Yr10 gene quickly, effectively and exactly.     

青岛文昌鱼发育信号传导相关基因hedgehog的克隆

hedgehog家族基因在动物胚胎多种发育过程的信号传导中起着关键作用.采用简并引物、套式PCR和RT-PCR方法获得青岛文昌鱼hedgehog基因片段,并对其所推测的氨基酸序列与hh基因家族成员小鼠Shh、Ihh、Dhh,鸡、爪蟾和斑马鱼Shh及果蝇hh等的相应片段进行同源性分析.它们的同源性分别为56％,53％,50％,53％,53％,53％和45％.研究结果支持文昌鱼具有1个,可能也仅有1个hedgehog家族基因.