普陀海域鲹科的DNA条形码研究

舟山普陀海域的渔业资源丰富,为鱼类多样性研究提供了独特的优势。碜是经济价值很高的海洋鱼类,普遍分布于热带,亚热带和温带海域,常栖息于普陀沿海海域。本文采用线粒体COI DNA序列,对来自普陀海域18尾鲹的样本进行分子条形码和物种多样性分析。结果显示,共有12个单倍型,分别隶属于7属8种,其中3种在该海域首次纪录。此外,结合GenBank的序列数据,共获得12属18种鲹的COI DNA同源序列,并构建了NJ与Bayesian聚类树。通过聚类关系,各物种的进化关系及其分类地位可以直观地显示出来。DNA条形码弥补了传统分类学在鲹科鱼的命名及分类归属上的不足,从而增进人们对够科鱼在舟山普陀海域物种多样性的了解,为当地养殖业及海洋保护提供科学理论框架。     

DNA条形码技术在食蚜蝇科系统发育中的应用

随着食蚜蝇科昆虫系统学研究的深入,单纯的形态学特征分类方法已显得不足,DNA条形码技术已为食蚜蝇科系统学研究提供了一条新途径并获得了较为广泛的应用。对国内外学者利用线粒体COI、18S rRNA和28S rRNA基因序列,以及ITS序列等在食蚜蝇科系统发育中的应用研究进行了总结。     

舟山海域哺乳动物化石研究

记述了舟山海域发现的120余件哺乳动物化石并对其中4件带有人工痕迹的鹿角进行了观察和描述;结合台湾澎湖海沟、福建东山等海域的发现以及海洋地质学、冰川学、第四纪孢粉学资料,对末次冰期时舟山地区的古气候和古生态环境进行了探讨;通过对河姆渡遗址以及国内外考古资料的分析,说明宁绍平原可能是冰后期一个人类生产活动和文化传播的中心.     

舟山海域池塘养殖和野生三疣梭子蟹抱卵量的比较研究

系统研究和比较池塘养殖和野生三疣梭子蟹人工繁殖亲本的体重、甲壳长、甲壳宽、抱卵量、生殖力和单个卵重等指标,结果表明:1.人工育苗用野生三疣梭子蟹的体重、甲壳长、甲壳宽、抱卵量显著高于池塘养殖蟹(P<0.05);2.野生三疣梭子蟹的平均生殖力(Fecundity,粒/g)和单个卵重也大于池塘养殖梭子蟹,但是由于变异系数较大,并无统计学的差异(P>0.05);3.池塘养殖三疣梭子蟹的抱卵量与体重、甲壳长和甲壳宽相关系数高于野生梭子蟹,无论野生还是池塘养殖梭子蟹的抱卵量与体重、甲壳长和甲壳宽呈正相关,且抱卵量与甲壳长的相关系数最高。从而,总结出了利用三疣梭子蟹的甲壳长和甲壳宽来预测其抱卵量的方法。     

舟山近海入侵种——条纹锯鮨的形态特征与DNA条形码研究

条纹锯鮨又称为美洲黑石斑,属鲈形目、鮨科、锯鮨属。原产地在美国大西洋沿岸,是一种重要的经济鱼类。条纹锯鮨于2002年引入我国,舟山市水产研究所从2016年开始繁育和养殖推广。本文对舟山西轩岛近海捕获的一尾条纹锯鮨进行了7个可数性状与14个可量性状测定,并与养殖个体形态特征及COI、12S rRNA基因片段序列进行了比较研究。DNA条形码和GenBank同源序列比较结果均表明底拖网捕获的个体为条纹锯鮨,其形态特征与舟山市水产研究所养殖个体相近,基于COI与12S r RNA基因片段序列的邻接系统树也显示所捕获的个体与养殖条纹锯鮨聚类,并与近缘种明显分开,形态学与分子方法均确定海捕个体为条纹锯鮨。结合条纹锯鮨的生活习性与生长环境,进一步分析了其入侵的可能性,并对其入侵的危害和防止措施进行了初步探讨。     

舟山黄大洋海域春夏季鱼类种类组成和分布特征

根据2010年5月、11月对黄大洋进行的2次拖网调查所获鱼类资料,分析了该海域鱼类种类组成、数量分布和多样性特征。结果表明:黄大洋春秋两季共出现鱼类48种,隶属于13目、28科,其中春季出现鱼类28种,秋季35种。春季优势种主要为六丝钝尾虾虎鱼、龙头鱼、棘头梅童鱼等,秋季龙头鱼和黄鲫在尾数和生物量上都占绝对优势。根据不同季节ABC曲线变化,黄大洋春秋季鱼类的丰度曲线均在生物量曲线之上,说明其鱼类群落处于不稳定的状态。秋季鱼类渔获率普遍高于春季,这主要与鱼类的生态习性有关,水平分布上黄大洋东面站位的渔获率两个季节均高于西面站位渔获率,其主要受水文环境影响。     

厦门海域虾类的种类组成及其变动研究

根据2014年5月(春)、8月(夏)、11月(秋)和2015年2月(冬)厦门海域(117°54'~118°30'E,24°21'~24°39'N)的虾类资源调查资料,研究分析了该海域虾类的种类组成、优势种、多样性和资源密度分布变化的特点。结果表明,该海域有虾类19种,隶属5科、10属;渔获量以夏、秋季较高,春、冬季较低;调查海域四季中出现的优势种有9种:刀额仿对虾(Parapenaeopsis acultrirostris)、刀额新对虾(Metapenaeus ensis)、哈氏仿对虾(Parapenaeopsis hardwickii)、锯齿长臂虾(Carpenter prawn)、日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)、鲜明鼓虾(Alpheus distinguendus)、须赤虾(Metapenaeopsis barbata)、长毛明对虾(Fenneropenaeus penicillatus)和中华管鞭虾(Solenocera crassicornis);多样性指数(H')以秋季最高,冬季最低;资源密度平均值为36.32 kg/km~2,并呈现出季节和地域差异,这与水温、水深、盐度有着密切的关系。     

从叶绿体DNA rbcL序列分析探讨五味子科的系统发育

以广玉兰Magnolia grandiflora，蝙蝠葛Menispermum dauricum，牡丹Paeonia suffruticosa和Illicium parviflorum为外类群，对五味子科的叶绿体rbcL基因进行序列分析，探讨其系统发育关系．结果表明，五味子科为一单系类群，与八角科关系最近，与木兰科关系较远．在严格一致性树中(Length=256，CI=0．8725，RI=0．8192)，五味子科被分为二支，一支由五味子属中的中华五味子亚属Subgen．Sinoschisandra，多蕊五味子亚属Subgen．Pleiostema和少蕊五味子亚属Subgen．Maximowixzia构成，支持率82％；另一支包括南五味子属和五味子属中的团蕊五味子亚属Subgen．Sphaerostema，重瓣五味子亚属Subgen．Plenischisandra．由此推断，五味子属和南五味子属关系密切，它们之间存在交叉和重叠，两属可能起源于共同的祖先．通过基因树分析，结合形态学、解剖学和化学证据认为，五味子S．chinensis和红花五味子S．rubriflora是五味子属中的原始类群．     

DNA条形码技术及其在水生动物中的应用

近年来,DNA条形码技术广泛应用于生物种类鉴别研究,大量研究表明,DNA条形码技术操作简便、鉴别效果精准、自动化水平高,能够有效弥补传统形态学鉴别方法不足之处。本文简单概述了DNA条形码技术发展历程、原理特征,并详细介绍了DNA条形码技术在水生动物中的应用,阐述了DNA条形码技术目前存在的主要问题,并对其未来的发展进行展望。     

青岛海域固氮细菌的系统发育多样性研究

采用严格人工无氮海水培养基富集、分离培养方法及用3对固氮基因(nifH)引物进行PCR检测,从青岛近海沉积物和海水中分离到16株异养型可培养海洋固氮细菌,经16S rDNA全序列测定分析了它们的系统发育多样性。结果显示,16株菌分布于Alphaproteobacteria、Gammaproteobacteria、Flavobacteria的3个纲中,分别代表着6个属、10个种,其中有50%归于Pseudoalteromonas属;海底沉积物中固氮菌的多样性要远高于海水,并在其中发现2个潜在新种。研究表明,青岛近海海域的固氮菌具有一定程度的多样性,它们大部分在系统发育关系上与分离自韩国、南极洲、新喀里多尼岛等海水的标准菌高度同源,但也存在少量潜在新物种。结果可为其他不同海域异养固氮菌的多样性及其生态功能研究提供有益参考。     

稻蝗属部分种类核DNA ITS1区序列系统发育关系

以核DNA ITS1(Internal Transcribed Spacer 1)序列作为分子标记,对我国稻蝗属部分物种种间相互关系进行初步探讨。对获得的7种稻蝗ITS1区序列进行同源性比较、核苷酸使用频率和变异位点统计计算,分析种间核DNA变异,并用芋蝗作为外类群构建NJ和MP分子系统进化树。实验共获得ITS1序列381bp,其中变异位点48个,占所测序列的12.6%,碱基组成分析显示AT含量低于GC含量,与mtDNA富含AT的特征明显不同;核苷酸变异位点统计结果显示,稻蝗属不同种间核苷酸替换数最高为36个,发生在小稻蝗与山稻蝗之间,变异率达11.18%;而无齿稻蝗与短翅稻蝗具有相同的ITS1区序列,彼此之间没有变异。系统发育树显示,小稻蝗和其他稻蝗之间的关系相对较远,是分化较大的种类;日本稻蝗和海南稻蝗与山稻蝗、短翅稻蝗和无齿稻蝗与中华稻蝗关系较近,分别构成一个聚类簇;但是两两种之间的聚类置信度不高,种间关系还有待进一步澄清。     

舟山渔场宁波-舟山港海域春秋季鱼类种类组成和数量分布

根据2013年5月(春季)、10月(秋季)在宁波-舟山港海域进行的渔业资源定点拖网调查所获得的数据,用渔获率作为鱼类资源数量分布的指标,对宁波-舟山港海域鱼类种类组成、数量时空分布、优势种等群落结构特征进行了分析。结果如下:(1)两次调查共获得鱼类36种,隶属于10目26科35属,其中,以鲈形目种类为最多,有10科17属17种,占鱼类总种数的47.3%。(2)通过分析鱼类数量的时空分布发现,时间上是秋季的平均每小时渔获量多于春季,空间上是分布在桃花岛、金塘岛及穿山半岛海域的每小时鱼类渔获量较多。(3)不同季节的优势种变化明显,春季优势种有龙头鱼、小黄鱼、六丝钝尾虾虎鱼等3种,而秋季优势种仅有龙头鱼1种,表明分布在该调查海域的鱼类以洄游性种类为主。     

乌江干流中下游鱼类DNA条形码研究

【目的】调查乌江干流中下游鱼类资源状况并初步构建乌江流域鱼类DNA条形码数据库。【方法】以COI基因作为DNA条形码,通过条形码缝隙(Barcode gap)分析、ABGD(Automatic barcode gap discovery)分析和邻接(Neighbor-joining,NJ)树构建等方法对乌江干流647尾鱼类样本进行了分子鉴定。【结果】1) 通过形态学鉴定,共鉴定出鱼类3目8科35属47种,其中鲤形目(Cypriniformes)、鲇形目(Siluriformes)和鲈形目(Perciformes)的种类数分别占全部种类数的70.21%,19.15%和10.64%。2) 非单样本物种中仅蛇鮈(Saurogobio dabryi)与银鮈(Squalidus argentatus)间不存在条形码缝隙。3) NJ树分析结果显示47个物种均各自聚为1支,ABGD分析结果显示647尾鱼类样本可划分为49个OTU,与NJ树分析结果相近。4) DNA条形码分子鉴定结果与形态鉴定结果一致。【结论】DNA条形码在乌江鱼类中的鉴定成功率为97.22%;初步构建的乌江流域鱼类DNA条形码数据库为乌江流域鱼类生物多样性保护提供了一定的科学依据和数据支持。     

山东省天牛科种类及其分布调查

通过1985～1991年调查，共采集山东省天牛科昆虫标本315号，经鉴定共有94种(包括亚种)，隶属62属，其中6种系山东省新记录※※。     

DNA条形码技术在菌物研究中的应用

生物DNA条形码是通过标准化的小片段DNA序列分析,进行物种快速鉴定的一项技术,目前已成为生物多样性和分类学研究的热点之一.尽管菌物在生物界中占据重要地位,但其DNA条形码研究明显滞后于动、植物.本文就生物DNA条形码的发展概况及其在菌物研究中的应用,特别是菌物DNA条形码标准序列选择、数据管理和分析、物种分化水平确定、新技术的应用等进行评述,并展望其研究和应用的前景,以期引起学术界和管理部门的关注,推进我国菌物DNA条形码的相关研究和应用领域的发展.     

系统发育分析在古DNA研究中的应用

介绍了系统发育分析的基本原理及各种构树方法的统计学基础,阐述了各种分析方法在古DNA数据分析中的具体应用,并对各种方法的优缺点进行了评价.分析了系统发育分析的局限性和发展趋势,以及古DNA研究的不断发展对其所提出的问题.     

舟山长白海域春秋季鱼类群落结构特征研究

基于2016年10月和2017年4月在毗邻杭州湾口且位于岱衢洋的舟山长白海域的渔业资源及6个主要环境因子调查数据,通过相对重要性指数、生态位宽度、长度谱分析以及冗余分析等研究了鱼类群落结构特征。研究得出:2季共鉴定鱼类24种,定居性或短距离洄游种类比例较高,2季均达11种;其中,优势种或重要种以重要经济种类为主,且多为营养级较高的肉食性种类,群落组成种类总体上经济价值较高。生态位宽度分析可知,春、秋2季鱼类生态位宽度值变化大,春季鱼类生态位宽度值总体高于秋季;生态位宽度值和相对重要性指数值之间无绝对正相关关系,两者关系受鱼类分布均匀性的影响较大。长度谱分析表明,该海域春、秋2季鱼类体长5～15 cm的尾数分别占当季总尾数的78.54%和74.95%,20 cm以上的大个体占比则分别为2.77%和0.83%;长度谱直线斜率和截距显示,秋季营养循环效率低,生产效率较高,春季则相反。冗余分析表明pH、溶解氧(DO)、化学需氧量(COD)及温度等均是影响2季物种分布的主要环境因素。     

东海带鱼DNA条形码的建立及COⅠ序列变异分析

采用聚合酶链反应(PCR)技术对浙江近海水域带鱼群体(n=15)的mtDNA CO Ⅰ基因序列进行扩增,获得了大小约为650 bp的扩增产物.对PCR产物进行双向测序,得到了609 bp的基因片段(除去两端的部分序列),获得了带鱼的DNA条形编码.用DNAMAN软件进行了排序比较发现,东海带鱼的CO Ⅰ基因序列同源性高达99.69％;用DNASP软件分析得知,15个序列共有10个单倍型(在GenBank登录号:GU970070-GU970075,GU970079-GU970082),在15个个体中,共检测到13个变异位点,包括11个转换和2个颠换位点.运用MEGA软件计算出了不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA和NJ系统树.用DNASP软件计算出的多态位点数为13、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.005 13和3.124.研究结果表明,东海带鱼的COI基因个体变异程度比较小,对研究带鱼的种群结构和不同地理种群的遗传分化具有一定的应用价值.     

中药材桔梗及其易混品的DNA条形码分子鉴定

为了特异性地鉴别桔梗药材Platycodon grandiflorum及其易混品,通过优化DNA提取方法,并基于ITS(internal transcribed spacer)序列上的特异性位点,设计特异性引物,进行特异性PCR扩增,以扩增成功率为判定指标快速鉴别桔梗药材真伪.研究结果表明,改良CTAB(cetyltr...