小鼠肝炎病毒核酸快速检测方法的建立和应用

摘要: 为满足口岸对入境噬齿类动物快速检疫的需要,建立小鼠肝炎病毒( Mouse hepatitis virus,MHV) 快速核酸检 测方法。方法使用引物和TaqMan 荧光探针设计软件,针对MHV 保守基因设计引物和探针,建立了RT-PCR 和 Real-time RT-PCR 方法检测噬齿类动物临床样本中MHV 的方法。结果本研究建立的RT-PCR 和Real-time RTPCR 检测MHV 方法具有良好的特异性和敏感性,通过将建立的方法应用于MHV 阳性鼠临床样品的检测,证实两 种MHV 核酸检测方法具有良好的稳定性。结论本研究建立的RT-PCR 和Real-time RT-PCR 检测MHV 的方法, 适用于动物粪便、尿液等易于获得样本的检测。     

鼠痘病毒TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 快速检测方法的建立与应用研究

摘要: 目的建立快速、敏感、特异检测鼠痘病毒的TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 方法。方法针对鼠痘病毒血凝素HA 基因设计特异性引物和探针,构建含有HA 基因的标准质粒进行定量分析,建立TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 检测方法,评价其敏感性、特异性和稳定性。对临床标本中的鼠痘病毒进行检测。结果研究结果显示,建立的鼠痘病毒TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 检测方法特异性为100%,与其他正痘病毒属病毒、非正痘病毒属病毒、细菌、真菌、寄生虫和细胞均无交叉反应。该技术灵敏度高,能精确定量检测鼠痘病毒DAN 线性范围达10 个数量级( 100—109 拷贝) ,最低检测限度为4 拷贝。该方法重复性非常好,组内变异系数和组间变异系数均小于3%。测试中相关系数、斜率和效率测量线性没有显著变化,表明该方法准确度高、精密度好。将其成功应用于临床标本中鼠痘病毒载量的定量检测,用普通PCＲ 和测序进行确证。整个检测过程可在2 h 内完成,可以用作快速诊断方法。结论本研究新建立的鼠痘病毒TaqMan MGB 探针实时荧光定量PCＲ 方法,具有快速简便、特异性强、灵敏度高的特性,适用于动物源性产品中鼠痘病毒检测、食品和药品安全检查、环境监测、流行病毒调查,为临床标本中鼠痘病毒的快速定量检测提供了一种特异有效的评价工具,值得推广应用。     

牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)荧光定量PCR检测方法的建立及应用

目的 建立牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)实时荧光定量PCR检测方法,用于牛源性样本中BHV-1的快速检测。方法 根据已发表的BHV-1 gB基因设计特异引物和TaqMan探针,建立BHV-1实时荧光定量PCR方法。并对方法的特异性、敏感性、重复性稳定性等进行测定。用建立的方法对181份牛源性样本进行检测。结果 建立的BHV-1荧光定量PCR检测方法与牛副流感病毒Ⅲ型(BPIV3)、牛病毒性腹泻病毒1型(BVDV1)、猪伪狂犬病毒(PRV)、单纯疱疹病毒Ⅰ型(HSV-1)、猫疱疹病毒1型(FHV-1)均无交叉反应;检测灵敏度可达到1×101copies/μL;批内变异系数均小于5%。应用建立的方法检测181份牛源性样本,有6份样本BHV-1核酸为阳性。结论 建立的BHV-1荧光定量PCR检测方法具有快速、特异、敏感及稳定的特点,可用于牛源性样本中BHV-1污染的检测。     

鼠脑心肌炎病毒TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立快速诊断鼠脑心肌炎病毒感染的荧光定量RT-PCR方法。方法根据鼠脑心肌炎病毒(EMV)PEC9毒株全基因组序列(Gen Bank登录号:DQ288856.1),设计一对特异性引物和TaqMan探针,建立EMV的TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法,进行条件优化,检测其特异性,敏感性,稳定性。结果建立的荧光定量PCR方法,标准曲线的线性关系良好,r2值可达0.99,敏感性最低检测限为1个拷贝数,高于普通PCR方法 1000倍,其特异性强,与其他常见感染的小鼠病毒株均无特异性扩增,批内和批间变异系数均小于2%。利用该方法对上海市120份小鼠心肌样品进行检测,未检测到阳性感染。结论本研究为鼠脑心肌炎病毒感染的分子检测,为制定国家标准提供良好的方法。     

巴马香猪CYP3A29 mRNA表达的TaqMan定量方法学建立

目的 建立巴马香猪CYP3A29 mRNA表达的TaqMan定量方法.方法 通过RT-PCR、TA克隆等技术制 备CYP3A29-pMD18-T和β-actin-pMD18-T实时荧光定量标准品,并以CYP3A29-pMD18-T标准品为模板,对不同浓度Mg2与探针组合的TaqMan反应体系进行筛选,TaqMan PCR方法,并对其有效性及重复性进行评价.结果 筛选到的TaqMan PcR方法为:PCR总体积10 μL,其中含1xBuffer、5.5 mmol/L Mg2、0.8 mmol/L dNTPmix、0.3 μmol/L上下游引物、0.2 U/μL rTaq、0.I μmol/L探针、1 μL模板.热循环条件为94℃5 min→40cycles(94℃15 s→60℃ 45 s→读板).结论 建立了有效测定巴马香猪CYP3A29 mRNA拷贝数浓度的TaqMan PCR方法.通过该方法分别定量CYP3A29和β-actin mRNA的拷贝数浓度,即可求出CYP3A29mRNA的表达水平.     

快速检测猪瘟兔化弱毒疫苗株的TaqMan荧光定量RT-PCR方法的建立

在猪瘟病毒兔化弱毒疫苗株（HCLV）的5′端非编码区设计一对引物和一条TaqMan探针,通过优化反应条件,成功建立了特异性检测HCLV的荧光定量RT-PCR方法．结果表明：该方法检测的最低拷贝数为45拷贝／μL,灵敏度比普通PCR方法高10^4倍,在较广的范围内（4．5×10^1-4．5×10^6拷贝／μL）有良好的线性关系（r=0．994）;分别以乙型脑炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、副猪嗜血杆菌、牛病毒性腹泻,黏膜病病毒作为模板进行TaqMan RT-PCR扩增,未出现阳性信号：4个不同浓度标准品组内试验变异系数为1．90％～5．82％,组间试验变异系数为4．02％～5．69％：HCLV3个cDNA样本组内试验变异系数为3．72％～4．93％;组间试验变异系数为2．99％～4．02％．该方法具有很好的灵敏性、特异性及稳定性,能够快速准确定量检测HCLV,为HCLV疫苗的研制、猪瘟病毒分子生物学等方面研究提供了一种快捷有效的工具．     

快速检测猪瘟免化弱毒疫苗株的TaqMan荧光定量RT-PCR方法的建立

在猪瘟病毒兔化弱毒疫苗株（HCLV）的5′端非编码区设计一对引物和一条TaqMan探针,通过优化反应条件,成功建立了特异性检测HCLV的荧光定量RT-PCR方法．结果表明：该方法检测的最低拷贝数为45拷贝／μL,灵敏度比普通PCR方法高10^4倍,在较广的范围内（4．5×10^1-4．5×10^6拷贝／μL）有良好的线性关系（r=0．994）;分别以乙型脑炎病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、副猪嗜血杆菌、牛病毒性腹泻,黏膜病病毒作为模板进行TaqMan RT-PCR扩增,未出现阳性信号：4个不同浓度标准品组内试验变异系数为1．90％～5．82％,组间试验变异系数为4．02％～5．69％：HCLV3个cDNA样本组内试验变异系数为3．72％～4．93％;组间试验变异系数为2．99％～4．02％．该方法具有很好的灵敏性、特异性及稳定性,能够快速准确定量检测HCLV,为HCLV疫苗的研制、猪瘟病毒分子生物学等方面研究提供了一种快捷有效的工具．     

人GABRA1实时荧光定量TaqMan PCR检测方法的建立

根据GenBank上人GABRA1基因的序列,设计并合成特异性的引物及探针,采用TaqMan探针法建立了荧光定量PCR法,以常规PCR产物为标准品,建立标准曲线．结果表明,标准曲线Ct值检测范围为12．07-32．72,相关系数为0．999,扩增效率为96．4%.建立的GABRA1TaqMan探针实时荧光定量方法具有线性范围广、扩增效率高、检测时间短、敏感性高等特点．     

巴马香猪CYP3A29 mRNA表达的TaqMan定量方法学建立

目的建立巴马香猪CYP3A29m RNA表达的TaqMan定量方法。方法通过RT—PCR、TA克隆等技术制备CYP3A29-pMDl8-T和β-actin—pMDl8-T实时荧光定量标准品,并以CYP3A29-pMDl8-T标准品为模板,对不同浓度Mg^2＋与探针组合的TaqMan反应体系进行筛选,TaqMan PCR方法,并对其有效性及重复性进行评价。结果筛选到的TaqMan PCR方法为：PCR总体积10μL,其中含l×Buffer、5．5mmol／L Mg^2＋、0．8mmol／L dNTPmix、0．3μmol／L上下游引物、0．2U/μL rTaq、0．1 μnoL／L探针、1μL模板,热循环条件为94℃ 5 min→40cycles（94℃15s→60℃45s→读板）。结论建立了有效测定巴马香猪CYP3A29 mRNA拷贝数浓度的TaqMan PCR方法,通过该方法分别定量CYP3A29和β-actln mRNA的拷贝数浓度,即可求出CYP3A29 mRNA的表达水平。     

九味羌活丸和香砂养胃丸制剂米粉掺伪检测方法的建立和质量标准的制定

目的:建立荧光探针PCR检测方法并拟定质量标准,旨在实现快速、准确地检出九味羌活丸(水丸)和香砂养胃丸(水丸)中的掺伪米粉.方法:通过优化样品提取方法,有效提取九味羌活丸和香砂养胃丸复方的基因组;通过文献检索和生物信息学分析,筛选得到适用于本试验的米粉特异性引物和TaqMan探针,并优化PCR检测方法.实验对方法的特异...     

猪传染性水泡病的研究

<正> 前言引起猪发生水泡症状的传染病,有口蹄疫、水泡性口炎、猪水泡疹以及由肠道病毒引起的猪水泡病。这四种病以在猪的蹄及口鼻等部位引起水泡病变为其主要特征,在症状上难以区别。重要差别是感染对象范围不同:口蹄疫传染牛、羊、猪等偶蹄动物,水泡性口炎除传染牛、羊、猪外,尚传染马;猪水泡疹及猪水泡病则仅传染猪,不传染其     

动物源粪肠球菌快速鉴定方法的建立

为了快速、准确鉴定动物源粪肠球菌,本研究采集猪、牛、羊、鸡和马等不同动物源的粪样194份,接种到链球菌选择培养中进行分离和纯化,采用PCR方法扩增分离株中的tuf基因,采用常规微生物学方法检测其生理生化和培养特性。结果表明,194份粪样中分离到285株肠球菌,其中200株为粪肠球菌。该程序可在60 h内完成,为快速准确的鉴定粪肠球菌提供了一种可参考的方法和程序。     

鸭、马、鹿源性成分实时等温扩增检测方法的建立

建立了一种快速检测鸭、马、鹿动物源性成分的实时荧光环介导等温扩增法。针对鸭、马、鹿物种COXIII,atpase6,COXⅠ特异性基因分别设计LAMP引物,反应加入荧光染料SYTO-9,在63℃条件下反应40min,通过实时检测荧光强度判断反应结果,结果显示鸭、鹿源性成分的检测灵敏度为1pg,马源性成分的检测灵敏度为100fg。对模拟掺杂肉制品检测时,掺杂鸭肉、马肉、鹿肉的检出限为0.01%。本文所建立的LAMP法特异性强、灵敏度高,能有效的对肉制品掺杂的鸭、马、鹿源性成分进行检测,可作为肉类鉴别的一种快速检测方法。     

TaqMan MGB实时荧光PCR对转基因大豆定量检测的研究

 利用实时荧光定量PCR技术,根据转基因大豆（Roundup Ready^TM）的外源基因35S启动子序列设计引物和TaqMan MGB探针,对大豆粉中Roundup Ready^TM大豆含量进行了定量检测,根据这个检测体系建立了35S启动子Ct值与样品中转基因成分数量之间的标准曲线和线性回归方程(相关系数r²: 0.9942)。本研究设计的方法还可以应用到多组分的食品、饲料等加工产品,检测转基因成分的含量,并可作为转基因食品常规PCR定性检测方法。     

小鼠腺病毒荧光定量PCR方法的建立及初步应用

目的基于TaqMan建立小鼠腺病毒(MAdV)特异的荧光定量PCR检测方法,用于调查长爪沙鼠和小鼠等实验动物中MAdV感染情况。方法从NCBI下载小鼠腺病毒(MAdV-A和MAdV-3)基因组序列,比对分析后选择保守性较好的基因设计引物和探针。筛选最佳引物对和探针,对其特异性、敏感性、重复性和稳定性进行验证,运用所建立的方法对长爪沙鼠和野鼠的共41份样本进行检测。结果经特异性和灵敏度鉴定,在设计的3对引物探针中确定一对最佳引物探针MAD-3,可区分小鼠腺病毒与猴腺病毒、禽腺病毒和树鼩腺病毒等24种病原,MAdV质粒DNA最低检测限为4.5 copies/reaction;MAdV纯病毒液和病毒/组织模拟样本的最低检测限均为440 copies/reaction。结论建立的Taq Man荧光定量PCR检测方法特异、灵敏和稳定,可用于大鼠、小鼠、长爪沙鼠等实验动物及鼠源性生物制品MAdV的检测。     

实时荧光定量RT—PCR检测糖皮质激素α-受体mRNA表达水平方法的建立

建立用荧光定量RT-PCR的方法检测人糖皮质激素α-受体(GR-α)mRNA水平的标准曲线.根据人糖皮质激素α-受体mRNA序列(GeneBank No. NM_000176)设计引物,反转录出cDNA,再插入到PMD18-T载体中.再根据cDNA设计引物和探针,采用TaqMan探针荧光定量RT-PcR的检测方法,构建人GR-α基因表达量的标准曲线.由PMD18-T-GR-α所构建的标准曲线线性关系良好(反应体系中含1×101-1×105拷贝数的人GR-α基因分子时,扩增反应Ct值与拷贝数的对数呈较好的线性关系)、灵敏度高(可检测出低于10个拷贝/μL的样品)、特异性强、准确可靠.     

家猪信号转导及转录激活因子基因3、5a及5b的克隆、剪切变体鉴定及组织表达图谱分析

本研究以家猪为材料,克隆了家猪STAT3、STAT5a、STAT5b基因的cDNA全长,序列分析显示:家猪STAT3基因cDNA编码770个氨基酸的蛋白,与人、牛、大鼠、小鼠STAT3氨基酸序列一致性高达99%;STAT5a基因cDNA编码799个氨基酸的蛋白,与人、牛、大鼠、小鼠氨基酸序列一致性分别为分别为96%,97%,95%,和95%;STAT5b基因cDNA编码787个氨基酸的蛋白,与人、牛、大鼠、小鼠氨基酸序列一致性高达98%.同时,还鉴定到STAT3的一种新剪接变体以及STAT5a的三种剪接变体.采用RT-PCR方法,我们进一步检测了这些基因mRNA在成年家猪各组织中的表达情况.STAT3在除了心脏和肌肉以外的其他被检测组织中均有较高的表达水平;STAT5a在肝脏、肾脏、脾脏、肺和卵巢中有较高的表达水平;STAT5b在所有被检测的组织中均有表达.     

乙型脑炎病毒(JEV)免疫荧光(IFA)检测方法的建立

目的建立乙型脑炎病毒(JEV)免疫荧光(IFA)检测方法,应用于猪及猪源性生物材料JEV的检测。方法滴定病毒TCID50,筛选JEV敏感细胞,依据国标IFA法制备抗原片,并进行特异性、敏感性和稳定性试验。结果选取BHK21细胞作为JEV敏感细胞,病毒感染力滴度(TCID50)为10-8.9.mL-1;与猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)均无交叉反应;稳定性和敏感性试验显示,不同时间IFA检测灵敏度均为1∶2560;可检测到的病毒滴度最低为10-6.5.mL-1。结论建立的IFA法敏感性、特异性强,稳定性好,可用于猪及猪源性生物材料JEV的检测。     

大熊猫粪便样品中犬瘟热病毒的检测

根据GenBank中登录的犬瘟热病毒(CDV)N基因序列,设计合成1对特异性引物,以犬瘟热病毒疫苗中提取的RNA为阳性模板建立了快速检测CDV的RT-PCR方法,结果显示,所建立的CDV RT-PCR扩增得到与理论设计值大小一致的456 bp的特异性片段,对犬细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、牛轮状病毒(BRV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、大肠杆菌(E.coli)和新城疫病毒(NDV)的扩增结果均为阴性;最低可检出约1.53×10~2拷贝/μL的核酸;重复性试验结果表明,该方法检测重复性好.此方法对成都大熊猫繁育研究基地的37份眼观正常的大熊猫粪便样品检测,未检测出犬瘟热病毒,与胶体金试纸卡检测结果一致.     

鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用

目的 建立鸽圆环病毒(PiCV)TaqMan探针荧光定量PCR方法并对其进行初步应用。方法 通过比对NCBI发表的PiCV各分离株序列,选取其polymerase基因保守序列设计引物探针,建立PiCV的荧光定量PCR方法,对方法的特异性及敏感性进行验证;取浓度为3.48×10⁵和3.48×10⁴copies/μL的质粒标准品,每个浓度做6个平行,重复检测3次,计算组内和组间变异系数,验证方法的重复性和稳定性;用该方法检测采自北京某养殖场的鸽肝、脾、肺、法式囊样本各40份及鸽盲肠样本36份,以验证此方法在实际应用中的检测能力。结果 建立的PiCV荧光定量PCR方法在3.48×10⁷～3.48×10¹ copies/μL范围Ct值与质粒浓度呈线性关系,标准曲线Slope为-3.381,R²值为1,扩增效率为97.61%。可检测到的PiCV最低浓度为34.8 copies/μL,与常规PCR法相比,检测灵敏度高2个数量级;以猪圆环病毒2型、禽腺病毒I型及III型、禽白血病病毒、禽网状...