牛结核分枝杆菌PstS3基因克隆与序列分析

以牛结核分枝杆菌（Mycobacterium bovis）基因组DNA为模板,克隆PstS3基因,并进行序列测定,然后利用生物信息学软件对其序列进行分析.结果显示,PstS3基因全长1 113 bp,编码370个氨基酸,与GenBank所发表的人结核分枝杆菌PstS3基因的核苷酸同源性为99.82%,氨基酸同源性为99.4%,有1处位点发生有义突变.     

结核分枝杆菌特异性抗原的N末端氨基酸序列分析

把ＷｅｓｔｅｒｎＢｌｏｔ分析抗原抗体反应的高度特异性与ＰＶＤＦ膜作为载体进行蛋白质氨基酸序列分析的高度敏感性相结合对结核分枝菌的特异性抗原表位刊物筛选和分析鉴定,获得了一个分子质量为３１ｋｕ,Ｎ末端为ＡｌａＧｌｕＶａｌＡｓｐＬｅｕＶａｌＰｈｅＡｌａＶａｌＳｅｒＴｒｐＰｒｏＶａｌＧｌｙ的结核分枝杆菌抗原。     

印迹膜测序法分析结核分枝杆菌抗原蛋白

把WesternBlot技术分析抗原抗体反应的高度特异性与用PVDF膜作载体进行蛋白质氨基酸序列分析的高度敏感性相结合对结核分枝杆菌 (Mycobacteriumtuberculosis,TB)的特异性、保护性抗原进行筛选和分析鉴定 ,获得了分子量为 31KDa、30KDa的抗原 这两种抗原与抗结核分枝杆菌的单克隆抗体和结核病人血清均发生阳性反应 ,而与正常小鼠血清和健康人血清呈阴性反应 用印迹膜测序法测出 31KDa抗原蛋白的N 末端序列为AlaGluValAspTrpLeuValPheAlaValSerTrpProValGly ,30KDa蛋白序列为PheSerArgProGlyLeuProValGluTry 印迹膜测序为分子生物学研究提供了一种有效的新途径     

血清结核分枝杆菌IgG抗体检测在肺结核诊断中的作用分析

探究血清结核分枝杆菌IgG抗体检测在肺结核诊断中的作用。选取2017年3月—2019年10月甘肃省高台县人民医院收治的肺结核患者137例作为肺结核组,另选取103例其他肺部疾病患者作为对照组,分析血清结核分枝杆菌IgG抗体检测在肺结核诊断中的价值。肺结核组结核杆菌抗原检测阳性率74.45%高于对照组32.04%,差异有统计学意义（P<0.05）;肺结核组中IgG+38kD+LAM联合检测阳性率最高为62.75%,高于对照组的21.21%(P<0.05);血清结核抗体IgG+38kD+LAM联合检测对肺结核的诊断灵敏度为73.56%(64/87),特异度为73.33%(11/15),阳性预测值为94.11%(64/68),阴性预测值为32.35%(11/34)。血清结核分枝杆菌IgG抗体检测可用于肺结核辅助诊断,联合38kD+LAM可显著提高肺结核诊断阳性率。     

基于人类线粒体基因功能网络的线粒体蛋白功能预测

本研究旨在利用生物信息学的方法建立高可信度线粒体基因清单,通过整合14个全基因组和线粒体水平的异质组学证据,利用朴素贝叶斯模型建立了线粒体基因功能网络,然后基于此网络预测线粒体相关KEGG pathway新的组件,确定部分线粒体基因功能.本研究预测得到78个线粒体相关KEGG pathway新的组件.     

四川地区北京型结核分枝杆菌的MIRU-VNTR基因分型

用寡核苷酸多态性基因分型(Spoligotyping)对2008年1月至2010年10月间采集的211株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,然后对北京型结核分枝杆菌VNTR位点的多态性进行检测.选用的12个VNTR位点存在较高的基因多态性,该12位点组合分辨能力(HGI=0.99985)高于标准的VNTR-12位点组合(HGI=0.99546),其中多态性较高的7位点组合HGI指数为0.99977.因此,7位点组合可以作为四川地区北京家族分枝杆菌的一线分型方法.     

VNTR技术用于大理地区结核分枝杆菌基因分型的研究

目的:应用数目可变串联重复序列(VNTR)分子分型技术,对大理地区60株肺结核临床分离株进行分型研究,探讨大理地区菌株DNA多态性及基因型特征。方法:采用VNTR分子分型技术对60株结核分枝杆菌3个VNTR位点进行检测,应用Quantity one软件和BioNumerics 6.6软件进行聚类分析。结果:60株结核分枝杆菌可以分为4个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群),28个基因型。Ⅰ群占15.0%,含有5个基因型,Ⅱ群占31.7%,含有8个基因型,Ⅲ群占40.0%,含有11个基因型,Ⅳ群占13.3%,含有4个基因型。结论:大理地区的结核分枝杆菌存在基因多态性,其主要流行群为Ⅲ群。     

非线性时间序列分析在股市行情预测中的应用

该文用非线性时间序列分析方法,对一般股市行情序列进行了拟合,指出可用逐段线性回归拟合趋势,用门发自回归模型拟合消除趋势后的平稳序列,通过对１９９７年４月２２日至５月１２日期间深圳股市行情预测值与实际值的对比,说明在正常状态（即无违规操作及无特殊政策出台）下,所建立的模型有较好的拟合效果,从而提供了一个行情预测的有效方法。     

时间序列分析在粮食产量预测中的应用

在预测粮食产量中可以应用时间序列分析.叙述了时间序列模型的辨识、预测及建模过程,利用Matlab系统辨识工具箱对时间序列进行数据预处理,相关分析,ARMA模型参数估计,并对2010年的粮食产量进行了预测.     

混沌时间序列的预测及其在电力系统短期负荷预测中的应用

在局域预测法的基础上重点分析了一种基于Lyapunov指数的混沌时间序列预测方法,并将这种方法应用于解决电力系统短期负荷分配问题,得到了较好的仿真预测结果.     

结核分枝杆菌mpt64基因真核表达载体的构建及表达

构建结核分枝杆菌分泌蛋白mpt64基因真核表达载体。通过PCR法从MTBH37Rv株基因组中扩增mpt64基因,插入pGEM-T-easy载体中,序列测定正确后,将其亚克隆到真核表达载体pcDNA3．1（-）,重组质粒酶切鉴定正确后,以Lipo-fectamine2000转染COS-7细胞后,分别以RT-PCR方法检测mRNA表达和间接免疫荧光技术检测目的蛋白的表达。构建了真核表达载体pcDNA-mpt64,RT-PCR结果证明mpt64基因可在COS-7细胞中转录,用间接免疫荧光检测,有表达mpt64蛋白的细胞着染。结果表明,构建结核分枝杆菌mpt64基因的真核表达载体pcDNA-mpt64成功,mpt64基因可以在COS-7细胞中表达。     

结核分枝杆菌H37Rv异柠檬酸裂解酶基因的克隆表达及活性

以结核分枝杆菌H₃₇Rv基因为模板, PCR反应扩增该菌株的异柠檬酸裂解酶基因（ICL）, 将其克隆入原核表达载体pET28b中, 并将pET28b I
CL转化入大肠杆菌BL21(DE3)中进行诱导表达. 结果表明, ICL蛋白的最佳诱导表达条件为: 温度20 ℃, IPTG终浓度为025 mmol/L, 诱导表达4 h, 在此条件下 ICL实现了高效表达, 以镍离子螯合型琼脂糖凝胶亲和层析柱纯化ICL蛋白, 纯化程度较高. 酶学性质鉴定表明, 实验获得了具有生物学活性的重组蛋白, 重组ICL的比活力为24 μmol/(mg·min).     

THE蛋白的结构分析与功能预测

调用motif数据库、profile数据库和interproscan数据库,对THE蛋白进行了序列同源性分析和功能位点分析.结果表明,THE蛋白质是一种核蛋白,理论等电点为6.36,分子量为44 859 Dalton.应用多种相关软件对THE蛋白的二级结构和特殊结构进行了初步预测,结果显示:THE蛋白中存在α螺旋、β-折叠片和无规卷曲结构,有两个可形成跨膜结构的片段,不存在卷曲螺旋,无信号肽,也无线粒体定位信号.对THE蛋白进行序列同源性、结构域及功能位点预测,结果显示:THE蛋白与来自大鼠睾丸的Tes13-S、Fos13-L和几种假设蛋白有较高的相似性;THE蛋白存在次黄嘌呤核苷酸脱氢酶、嘌呤核苷酸还原酶结构域及PKC、酰胺化、豆蔻酸连接等功能位点,无糖基化位点.THE蛋白的结构分析与功能预测为该基因的功能研究提供了重要的依据.     

基于基因表达式编程的人口预测模型

提出一种基于基因表达式编程算法(GEP)的人口预测新方法,并将该方法应用于东莞市人口预测实例问题研究。实验结果表明:由于基因表达式编程算法采用基因型与表现型相统一的编码方式、高效的遗传算子以及全局搜索的寻优方式,基于GEP算法的人口预测模型能够在样本少的情况下给出相对准确的预测结果。其验证数据的预测绝对值平均误差为0.96%,与灰色系统GM(1,1)预测模型及径向基人工神经网络预测模型相比,预测精度分别提高了18.34%、30.54%。GEP人口预测模型能够更好地挖掘人口发展的复杂非线性模式,有效防止过度拟合现象的发生,提供更为准确、合理的拟合及预测结果。     

结核分枝杆菌H37Rv组氨醇脱氢酶基因的克隆、表达及酶学性质分析

以结核分枝杆菌H37Rv基因组为模板,扩增hisD基因,构建pET-28a-HDH重组质粒;转化重组质粒到E.coli BL21(DE3)并诱导表达,纯化可溶性的结核分枝杆菌L-组氨醇脱氢酶(HDH),并对其性质进行研究,结果表明:重组结核分枝杆菌L-组氨醇脱氢酶能以L-组氨醇和NAD 为底物催化L-组氨醇生成L-组氨酸;该酶的最适pH值为8.3,最适温度为45℃,比活力为1.788 U/mg;Mn2 ,Ca2 ,Zn2 ,Co2 等对酶促反应有激活作用;底物NAD 和L-组氨醇的米氏常数分别为0.9765 mmol/L和2.755μmol/L;25℃时重组蛋白的二级结构中有20.5%的α-螺旋,40.9%β-折叠,4.2%β-转角,34.3%无规卷曲.     

结核分支杆菌H37Rv莽草酸脱氢酶基因的克隆、表达及酶学性质的研究

以结核分支杆菌H37Rv基因组为模板,扩增了该菌株的莽草酸脱氢酶基因aroE,通过在大肠杆菌BL21(DE3)pLYS中表达,纯化出可溶性的重组结核分支杆菌莽草酸脱氢酶(SD). 对其酶学性质测定分析表明:在辅酶NADPH作用下该酶可催化还原3-脱氢莽草酸生成莽草酸,最适pH值为11,最适温度为63 ℃,比活性8.26×104 U/mg. Mg2+,Ni2+,Zn2+等金属离子及NP40、TritonX-100等变性剂对其酶活有一定的促进作用,而SDS则强烈抑制该酶活性. 应用圆二色仪初步测定了重组蛋白的二级结构,重组SD的二级结构中大约有29.2%的α螺旋,9.3%β折叠,32.7%β转角,28.8%无规卷曲. 结核分支杆菌H37Rv莽草酸脱氢酶基因的克隆,为该酶的晶体结构分析、免疫学研究及抗结核药物靶点的筛选奠定基础.     

基因预测准确性的度量标准分析

分析了评价基因预测算法准确性的两个主要标准-相关系数CC(Correlation Coefficient)和近似相关系数AC(Approximate Correlation)的关系.首先在统一的概率框架下给出了CC和AC的统计描述,阐明了二者在概率意义上的差异,并系统的给出了|AC||CC|的证明以及等号成立的充要条件,最后用计算机模拟的方法分析了AC与CC之间大小差别的影响因素,得出预测准确性的高低和|FP-FN|的大小是两个影响|AC-CC|大小的主要原因.     

一种改进的双基因遗传算法

提出了遗传算法双基因模型，验证了算法对“最小欺骗问题”的处理能力．对比计算表明，相对于简单遗传算法，双基因遗传算法的进化速度有明显提高．利用实例计算，得到了满意的结果     

抑制性扣除杂交(SSH)技术原理及在水稻基因表达差异分析中的应用

抑制性扣除杂交法运用了杂交二极动力学和链内退火优先于链间的原理，使原丰度有差别的单链cDNA相对含量基本一致，使非目的片段两端反向重复序列退火时产生“发卡”结构，不能与引物配对，从而选择性地抑制了非目的片段扩增。该方法假阳性率低，灵敏度高，在水稻基因表达差异分析中有着广泛的应用。     

稀有鮈鲫铜蓝蛋白基因 cDNA 克隆及组织表达分析

铜蓝蛋白(Ceruloplasmin,Cp)是一种重要的铜转运蛋白,合成于肝脏并参与生物体铁的代谢,在医学上是各种炎症、感染、中毒及癌症疾病的标志性蛋白.铜蓝蛋白的研究已在多种真骨鱼类中被报道,文中第一次在稀有鮈鲫(Gobiocypris rarus)中报道此基因.采用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)克隆了稀有鮈鲫铜蓝蛋白基因,使用荧光定量PCR的方法构建了该基因组织表达谱.序列分析表明稀有鮈鲫铜蓝蛋白基因包含3 264bp全长编码序列,该序列编码1 087个氨基酸,其核苷酸和氨基酸序列与斑马鱼同源性最高(分别为88.1%和90.3%).理论相对分子质量和等电点分别为124 429.1D和6.41.荧光定量PCR检测表明该基因在肝脏和脾脏中相对表达量最高,在肌肉和鳃中相对表达量最低.使用氨基酸序列进行蛋白结构保守域分析,结果表明铜蓝蛋白基因在脊椎动物中是相对保守的,推测其功能也与其他物种相似.这为进一步研究稀有鮈鲫该基因的功能及其应用奠定了基础.