日本囊对虾（Marsupenaeus japonicus）基因组微卫星特征分析

通过建立随机基因组文库和序列测序,对日本囊对虾基因组进行了较大规模的微卫星分布特征分析.在1606711bp的随机基因组序列中,共找到1206个微卫星序列,其序列总长度约占测序序列总长度的5.9%.微卫星序列中,以两核苷酸重复的序列数目最多,约占微卫星总数的69.82%,三核苷酸重复次之,约占12.35%.两核苷酸重复中以AT重复最为丰富,约占两核苷酸重复序列总数的29.44%.微卫星在低拷贝区间(≤42)数量相对较大,约占比例为72.31%.重复单位拷贝数的变异能力分析表明,变异系数最大的前3种重复类型,均为4—6核苷酸,较长重复单位类型有着较强的变异能力.微卫星重复单位长度与其拷贝数的相关分析表明,二者呈负相关(r=-0.428),即随着重复单位长度的增加,其拷贝数在减少.两核苷酸重复4种类型和三核苷酸重复10种类型基序AT含量与重复序列数目的相关分析表明,随着重复类型基序AT含量的增加,其相应的序列数目增多.同时,微卫星各重复类型基序GC含量在0—70%间时,两端侧翼序列GC含量与之存在着正相关关系.这可能意味着微卫星两端的侧翼序列的碱基组成对微卫星的产生和进化有一定的影响.以上结果为物种间微卫星分布频率和丰度的比较、微卫星标记开发以及微卫星进化和功能的研究等工作提供基础.     

长薄鳅基因组四碱基重复微卫星的分离及序列特征分析

采用生物素探针(GATA)8杂交和磁珠富集法直接从长薄鳅基因组中分离出了一批四碱基重复微卫星DNA,并对其序列特征进行了分析.随机挑取200个单克隆进行筛选,得到175个阳性单克隆(87.5%).测序发现共有117个阳性克隆含有微卫星重复单元.通过序列比对,排除重复测的序列后,得到91条重复类型和重复次数不同微卫星的序列,其中含四碱基重复的微卫星有62条.与探针相同或互补(GATA/CTAT)n的四碱基重复微卫星位点数最多,此外,还检测到其它的四碱基重复类型,如(AGAC/TCTG)n、(AAGA/TTCT)n、(GATG/CTAC)n,以及(CT)n＋(ATAG)n和(AT)n＋(ATAG)n二碱基和四碱基复合型微卫星位点.获得的长薄鳅基因组四碱基重复微卫星位点中,属于完美型的最多,有30条(48.4%),其次为复合型,有29条(46.8%),非完美型的有3条(4.8%).大多数的四碱基微卫星(31条)重复次数为10～19次,占50.0%,其次为20～29次和5～9次四碱基重复,均为22.6%,30次以上的四碱基重复较少,仅有3条(4.8%).     

林木基因组中的微卫星(SSR)及其应用

微卫星ＤＮＡ 是一种简单重复序列（Ｓｉｍｐｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｒｅｐｅａｔ,简称ＳＳＲ） ,其核心单位由２～４ 个核苷酸组成,两侧一般是保守序列。由于ＳＳＲ 具有共显性,多态性高,可进行ＰＣＲ 扩增分析,因此是一种很有价值的分子标记。微卫星在林木基因组中广泛存在,其核心单位主要是（ＡＧ）ｎ ,（ＡＣ）ｎ 。现已在许多林木中发现有微卫星,如：松树、杨树、桉树、苹果树。林木的微卫星标记可扩充现有的ＲＦＬＰ、ＲＡＰＤ、ＡＦＬＰ 遗传图谱,以及ＱＴＬ 分析,并应用于基因型鉴别,分子标记辅助选择育种。     

绿头鸭基因组微卫星分布规律研究

[目的]研究绿头鸭(Anas platyrhynchos)的全基因组微卫星分布特征及规律.[方法]利用生物信息学方法对已报道的绿头鸭全基因组查询搜索并进行特征分析.[结果]在绿头鸭1 070 Mbp的基因组中,1～6个碱基重复的微卫星数量有476 957个,总长度为9 101 935 bp,相对丰度为445.77个·Mb-1,占全基因长度的0.83％.不同重复类型的微卫星中单碱基的数量最多,有326 468个,长度为5 444 144 bp,占基因组微卫星总数的68.45％;然后依次是四碱基、二碱基、三碱基、五碱基和六碱基,数量分别为66 753,30 262,29 712,20 248和3 514个,长度分别为1 504 868,501 244,527 310,920 915和203 454 bp,分别占基因组微卫星总数的14％,6.34％,6.22％,4.25％和0.74％.绿头鸭基因组中,分布数量最多的14种拷贝类型按数量由多到少排列依次是A,A A AC,A A AT,AT,A AT,AC,A AC,A A A AC,C,AG,AAAAT,AAAG,AAGG和AGG,这些拷贝类型的数量均超过2 500个,合计占基因组微卫星总数的95.1％,有明显的A偏倚.[结论]研究结果为绿头鸭微卫星的筛选和开展进一步的分子生物学研究奠定了基础.     

白鹭基因组微卫星分布规律研究

【目的】研究白鹭(Egretta garzetta)的全基因组微卫星分布规律。【方法】利用生物信息学方法对已报道的白鹭全基因组进行查询和分析。【结果】白鹭全基因组中1～6个碱基重复的微卫星有255 630个,序列总长度为4 282 844bp,占全基因序列长度的0.37%。不同重复类型的微卫星中,单碱基的数量最多,有207 108个,占全部类型的81.0%;然后依次是二碱基、三碱基、四碱基、五碱基、六碱基,分别占全部类型的6.4%,5.3%,4.9%,2.0%和0.4%。A,C,AC,AT和AG是白鹭基因组微卫星序列中重复数量较多的拷贝类型,占全部重复类型的87.4%。在白鹭基因组中,按降序排列,重复类型出现次数超过1 000次的有17个,分别是T,A,AT,G,C,AC,GT,ATT,AAT,ATTT,AGG,AAAC,CCT,AAAT,CT,GTTT和AG,占全部微卫星数量的92.7%。【结论】研究结果对白鹭微卫星的筛选及深入研究提供了数据支持。     

甜酸角基因组微卫星序列特征分析

甜酸角是干热河谷地区有多重价值的重要经济树种,对其SSR引物的开发有助于该物种的遗传学研究以及资源的利用与保护.研究通过Illumina高通量测序技术和MISA软件开发出甜酸角全基因组SSR序列,共7个类型9 447个,其中以单核苷酸重复类型最多.在不同重复类型中,A/T碱基含量显著高于G/C;在不同长度重复单元中,单核苷酸重复类型的微卫星长度变异程度最高,二核苷酸重复类型微卫星长度变异程度也较高,各重复类型微卫星的长度与微卫星出现的频率呈负相关.获得的微卫星序列以及相关分析结果,较全面地反映了甜酸角基因组微卫星的特征和潜在功能,将有助于后续的一系列遗传学研究.     

碧桃花瓣转录组微卫星特征分析

为开发碧桃转录组微卫星信息,利用454高通量测序技术,对其花瓣转录组序列进行SSR位点发掘,结果发现含SSR的序列4 705条,共得到5 668个SSR,平均每3.49 kb出现1个SSR。微卫星序列主要以三碱基重复为主,约占总数的42.66%。笔者共发现516种碱基重复基元,所占比例最高的为(AG/CT)n(18.34%),其次是(AAG/CTT)n(12.42%)。微卫星多为重复长度小于20 bp的短序列,长度大于20 bp的微卫星仅占总数的12.13%。研究还发现碧桃花瓣微卫星的频率和长度呈显著负相关(P0.05),相关系数为-0.246。     

水稻亚种间基因组水平微卫星多态性分析

从公布的水稻两个亚种（籼稻9311和粳稻Nipponbare）基因组草图序列中,搜寻了所有的完整微卫星位点,发现单碱基重复中A/T重复占大多数,二碱基重复中AT/TA、GA/TC、AG/CT重复居多,三碱基中GGC/GCC、GCG/CGC、CCG/CGG重复较多。通过相互比较,不同基序和基因区域的微卫星多态性有较大差异：内含子和基因间区中微卫星的多态性较高（分别约为45%和40%）,外显子中的微卫星多为三碱基重复,而且多态性较低（约为25%）;两个亚种具多态性的微卫星间距平均约为12.7 kb和16.4 kb。     

鳜鱼基因组(AC)n微卫星富集文库的构建与鉴定

鳜鱼基因组DNA经MseI酶切后,与MseI接头连接,用链霉素和素磁珠亲和捕捉与生物素标记的微卫星寡核苷酸探针(CA)8杂交,杂交复合物通过变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEM-T 载体上,转化至大肠杆菌DH5α中,首次成功构建鳜鱼(Siniperca chuatsi)基因组(AC)n重复类型的微卫星富集文库.测序结果表明,阳性克隆率为60%,说明构建的鳜鱼基因组微卫星富集文库是一个高质量的文库.鳜鱼富集微卫星文库的建立将为下一步进行鳜鱼微卫星标记的筛选提供了有效的工具.     

微卫星DNA技术及其应用的探讨

微卫星DNA是一类短串联重复的寡核苷酸，广泛的分散于整个基因组中，具有多态性高、突变速率快等特点，在医学领域、生物学领域应用广泛。本文综述了微卫星多态性形成机制、序列获得方法及其应用途径，尤其是微卫星不稳定性与疾病的相互关系。     

黑蛋巢菌属和红蛋巢菌属真菌的5种水解酶活性测定

通过测定黑蛋巢菌属9个菌株和红蛋巢菌属6个菌株的几丁质酶、β-1, 3葡聚糖酶、纤维素酶、木聚糖酶和木质素过氧化物酶共5种水解酶活性,为评价和合理利用鸟巢菌资源提供依据。结果表明,所有菌株均具有以上水解酶活性,同一种水解酶的活性在不同菌株之间以及同一菌株的不同水解酶活性差异显著。其中红蛋巢菌134表现出最大的几丁质酶活性,达到122.1 U/mL;黑蛋巢菌24的β-1, 3葡聚糖酶活性最强,达到143.7 U/mL;在25℃下培养,黑蛋巢菌185的纤维素酶活性最高,达到62.3 U/mL,35℃下培养,菌株185的纤维素酶活性也最高,达到了137.6 U/mL,所有菌株的纤维素酶活性在35℃培养4周比25℃培养2周要高;在25℃下培养时,菌株134的木聚糖酶活性最高,达到了464.8 U/mL,35℃培养4周时,菌株185具有最高的木聚糖酶活性,达到了745.6 U/mL,总体上木聚糖酶的活性在35℃培养4周高于25℃培养3周;黑蛋巢菌150表现出最高的木质素过氧化物酶活性,为0.297 U/mL。总体比较,菌株185的复合酶系较发达,有望利用该菌株完成植物秸杆的降解及利用。     

土壤对木霉生防菌株的抑制作用及这种作用的解除

通过测试80份不同来源的土壤对15株木霉菌株孢子萌发的影响，研究土壤的抑真菌作用，结果显示木霉在土壤中的萌发受到强烈的抑制(孢子平均萌发率仅为2．6％)，具有显著的普遍性，但是，高温灭菌处理后，土壤的抑真菌作用能够部分甚至完全消除。另外，将葡萄糖或糖蜜作为额外碳源与木霉孢子同时添加到土壤中时，土壤抑真菌作用也能够很好地被解除。     

影响红豆杉生长的主要生态因子

红豆杉的生长受多种因子的影响,研究这些影响因子的作用对日益兴起的产业化栽培经济效益的实现、森林恢复和野生资源的保护意义重大。从红豆杉的品种、气候因子、海拔、地形和土壤、动物采食及人为因素等方面,综述了影响红豆杉生长的生态因子。温度、光照强度和降水是影响红豆杉生长和分布的3个主要气候因子,其中温度是影响种子萌发的关键因素。红豆杉在缓坡上比在陡坡上生长得好,喜欢酸性、肥沃的土壤。动物的采食对幼苗的生长影响很大,保育植物可以促进红豆杉种群的更新。红豆杉属植物普遍生长缓慢,南方红豆杉是生长最快的品种,经过优良种质的选育,可能成为生产紫杉烷类化合物的一个主要栽培种。还提出了今后几个相关的研究方向。     

普通油茶染色体制片技术优化及核型分析

【目的】染色体是种内品种变异的遗传物质基础,明确普通油茶主栽品种染色体倍性及核型特征,可为育种和栽培中品种配置提供依据。【方法】以普通油茶3个主栽品种(‘华硕’、‘华鑫’、‘华金’)的扦插苗和实生苗根尖为试材,对油茶染色体制片技术实验进行优化,对3个品种进行核型分析。【结果】①改良的去壁低渗火焰干燥法更适合普通油茶染色体制片,根尖以0.002 mol/L 8-羟基喹啉预处理5~6 h,1.75%纤维素酶和1.75%果胶酶酶解120 min,蒸馏水后低渗30 min,制片效果最佳。②3个品种扦插苗染色体数目均为2n=6x=90,为六倍体,而3个品种的实生苗染色体数目为90、87、85和75等。③对扦插苗根尖细胞中期分裂相进行核型分析可知,‘华硕’、‘华鑫’核型都为2A,‘华金’核型为2B,核型公式分别为2n=90=63m(3SAT)+27sm(‘华硕’)、2n=90=58m(SAT)+32sm(‘华鑫’)、2n=90=64m+26sm(SAT)(‘华金’),核型不对称系数分别是61.73%(‘华硕’)、61.13%(‘华鑫’)、61.44%(‘华金’)。【结论】优化的去壁低渗火焰干燥法更适合于普通油茶染色体制片,‘华硕’、‘华鑫’、‘华金’均为六倍体,而其实生后代会发生倍性分离。本研究为进一步开展普通油茶的倍性与核型研究奠定了基础。     

四川红山茶的新分类群

在中国四川发现了五种红山茶新种,它们是栓皮红山茶、百灵山红山茶、竹叶红山茶、康滇红山茶、短轴红山茶。     

盐田刚毛藻的营养成分分析

应用生化技术对盐田刚毛藻的营养成分进行分析，结果表明盐田刚毛藻是一种优良饲料．     

油茶无性系丰产性状和稳定性分析

油茶无性系的丰产性状和稳定性是油茶育种的核心要素。笔者采用浙江金华、江西贵溪和樟树、贵州黎平等4个试验点的12个油茶无性系单株产量数据,应用联合方差分析,G×E互作分析和AMMI模型分析等方法分析基因型与环境互作效应及鉴别力,并用双标图方法分析其无性系稳定性差异。结果表明,油茶单株产量在无性系间和不同试验点间都呈现极显著差异,无性系×环境互作呈现显著差异。林分中单株产量在8 kg以上的高产植株只占林分总株数的27.86%,而贡献的产量占58.4%,即林分中不到1/3的高产树贡献了林分近2/3的产量,这个比例和实生林分接近。参试的40、4、53号无性系稳定性强,产量高; 166、20、21号产量中等,稳定性也中等; 而180号产量最低,但稳定性高; 3号产量较高,而稳定性最低。     

红山茶组植物花粉外壁纹饰特征及其演化关系

花粉外壁纹饰不易受环境因子的影响,为植物基因型的外部表现,是研究植物分类演化的有效手段之一.用扫描电镜对山茶属红山茶组27种1变种植物花粉外壁纹饰特征进行观察,结果表明:红山茶组植物花粉粒的体积较大,规则花粉形状主要为长球形,某些种中存在不规则花粉.萌发孔均为三孔沟.山茶属红山茶组植物花粉外壁纹饰主要有皱沟状、皱波状、皱波状-颗粒状和颗粒状4种类型.不同种的花粉外壁纹饰存在一定差异,这些差异可为红山茶组种间分类及演化提供依据,同时也为某些种分类地位的确定和种系处理提供证据.     

灵芝主要营养成分的测定分析

分析了灵芝（ＧａｎｏｄｅｒｍａＬｕｃｉｄｕｍ,ｅｘｆｒ．）及紫芝（ＧａｎｏｄｅｒｍａｊａｐｏｎｉｃｕｍＦｒ．Ｌｉｏｇｄ）的子实体、菌丝体中所含的主要营养成分的种类及其相对含量．结果表明,（１）菌丝体中蛋白质的净含量和总糖含量都高于子实体;（２）３种子实体均含有１８种氨基酸,其中人体必需氨基酸的相对含量高于５０％,比一般食用菌约高１０％;（３）子实体中还含有Ｍｎ,Ｃｒ,Ｃｕ,Ｆｅ,Ｃａ,Ｍｇ,Ｚｎ,Ｓｅ,Ｇｅ等多种微量元素．