实时荧光定量PCR技术在转基因食品检测中的应用研究进展

随着转基因食品的快速发展,转基因食品的大规模商业化引起了对安全性问题的广泛争议.为了对转基因食品作出综合的评价,建立灵敏、快速、准确、高通量的检测方法十分必要.本文综述了实时荧光定量PCR技术的基本原理、优缺点及其在转基因食品检测中的应用与研究进展,并探讨了该技术存在的问题和应用前景.     

快速敏捷检测人乳头瘤病毒基因型的实时荧光PCR方法

宫颈癌是女性最常见的一种恶性肿瘤,研究表明人乳头瘤病毒(HPV)感染与宫颈癌的发生密切相关.采用实时荧光PCR技术对引起宫颈癌的两种主要HPV亚型HPV16和18型阳性质粒进行检测,在实验室中成功构建了HPV16和18型的检测体系以及体外模拟的双重感染检测体系,并对三例临床确诊为宫颈癌的标本进行实时荧光PCR验证检测,确定三例标本均为高浓度HPV16型感染,极易引起宫颈癌变,与医院诊断结果相符合.本实验为实时荧光PCR技术检测HPV16和18型的临床检验在实验室中成功地进行了探索,为实时荧光PCR技术在宫颈癌大规模筛查上的应用提供了研究基础.     

"突触引物"实时荧光PCR检测端粒酶活性

为建立一种简便的端粒酶测定方法，首先采用高灵敏的核酸染料SYBR Gold染色代替放射自显影，建立了简便可靠的扩增产物显示方法，进而合成了端粒酶扩增产物的模拟产物，考察了突触引物检测的可行性和灵敏度。在此基础上，建立了检测端粒酶活性实时荧光PCR。由于突触引物可以有效的降低非特异性扩增，有效解决了端粒酶活性检测中的非特异产物干扰，为定量检测端粒酶活性打下了基础。     

非洲猪瘟病毒TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快速、准确、特异的非洲猪瘟病毒（African Swine Fever Virus,ASFV）定量检测方法,根据TaqMan探针荧光定量分析原理,对ASFV核酸进行了实时荧光定量PCR分析．借助计算机软件辅助,对ASFV基因序列及检测引物和探针进行了优化筛选,利用pET-ASFVP72质粒作为参比模板对PCR反应的Mg^2-、引物、探针浓度等参数进行了优化,其最佳浓度分别为4．5mmol／L,400nmol／L和500nmol／L．同时,对灵敏度、特异性、定量线性关系、精确度等进行了评估,最低检出量为10^2个拷贝数的质粒,特异性为100％,CT（Cycle Threshold）值的变异系数CV小于5％．对送检的15份（是否感染ASFV不确定）猪肉样品进行检测,结果全为阴性．试验表明,所建立的实时荧光定量PCR检测方法能够快速、准确、特异、灵敏地对ASFV核酸进行定量分析,从而为非洲猪瘟的检测提供了一个新的、可靠的方法．     

兔泰泽病原体实时荧光PCR检测方法的建立

目的 建立一种适用于兔泰泽病原体检测的实时荧光PCR检测方法。方法 根据泰泽病原体的16S rRNA序列设计了特异性的引物和探针,对引物和探针浓度进行了优化,并评价其敏感性、特异性和重复性。同时,使用该方法对临床样品进行了检测,并与已报道的套式PCR方法进行比较。结果 建立了能够特异检测泰泽病原体的实时荧光PCR检测方法,该方法检测质粒标准品的最低检测限为8 copies/μL,不与SPF级实验动物必须排除的多种细菌发生交叉反应,批内和批间重复变异系数均小于3%,重复性良好。对70份临床样品的检测结果显示该方法的阳性样品检出率高于套式PCR检测方法。结论 建立的实时荧光PCR方法特异性好、灵敏度高、重复性好,适用于兔粪球样本中泰泽病原体的检测。     

呼吸道合胞病毒及其感染相关TLRs的研究进展

呼吸道合胞病毒（respiratory syncytial virus ,RSV）是婴幼儿呼吸道感染的主要原因,Toll样受体（Toll-like receptors ,TLRs）是参与固有免疫的模式识别受体,在识别与清除RSV过程中发挥重要作用。当前对此研究尚不明确,限制了抗病毒药物和疫苗研发的进程。本研究就近年与RSV相关TLRs免疫过程研究展开综述,提出当前研究在方法和方向上存在的不足,为下一步开展抗RSV新药及其机制研究提供思路和方法。     

人GABRA1实时荧光定量TaqMan PCR检测方法的建立

根据GenBank上人GABRA1基因的序列,设计并合成特异性的引物及探针,采用TaqMan探针法建立了荧光定量PCR法,以常规PCR产物为标准品,建立标准曲线．结果表明,标准曲线Ct值检测范围为12．07-32．72,相关系数为0．999,扩增效率为96．4%.建立的GABRA1TaqMan探针实时荧光定量方法具有线性范围广、扩增效率高、检测时间短、敏感性高等特点．     

鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用

目的 建立鸽圆环病毒(PiCV)TaqMan探针荧光定量PCR方法并对其进行初步应用。方法 通过比对NCBI发表的PiCV各分离株序列,选取其polymerase基因保守序列设计引物探针,建立PiCV的荧光定量PCR方法,对方法的特异性及敏感性进行验证;取浓度为3.48×10⁵和3.48×10⁴copies/μL的质粒标准品,每个浓度做6个平行,重复检测3次,计算组内和组间变异系数,验证方法的重复性和稳定性;用该方法检测采自北京某养殖场的鸽肝、脾、肺、法式囊样本各40份及鸽盲肠样本36份,以验证此方法在实际应用中的检测能力。结果 建立的PiCV荧光定量PCR方法在3.48×10⁷～3.48×10¹ copies/μL范围Ct值与质粒浓度呈线性关系,标准曲线Slope为-3.381,R²值为1,扩增效率为97.61%。可检测到的PiCV最低浓度为34.8 copies/μL,与常规PCR法相比,检测灵敏度高2个数量级;以猪圆环病毒2型、禽腺病毒I型及III型、禽白血病病毒、禽网状...     

食品中单增李氏菌实时荧光PCR检测鉴定方法的建立

运用实时荧光PCR(Real-time PCR)技术建立了对食品中单增李氏菌进行检测的快速方法，设计的引物和探针的序列特异性强，省去凝胶电泳的繁琐，降低了污染的可能性，在对26种病原菌进行检测过程中，运用实时荧光PCR法和经典培养法进行比较，结果表明用实时荧光PCR法检测单核细胞增多李斯特氏菌，更快速、敏感、特异性更高。     

大黄鱼小黄鱼实时荧光PCR鉴定

目的:建立一种快速、准确的大黄鱼小黄鱼实时荧光PCR鉴定方法.方法:根据GenBank中大黄鱼、小黄鱼线粒体中ND6基因的序列,设计并合成特异性引物和cycling探针,以草鱼为阴性对照,进行实时荧光PCR反应.结果:利用设计合成的大黄鱼和小黄鱼特异性引物和cycling探针进行实时荧光PCR反应,大黄鱼和小黄鱼均产生特异扩增曲线,对照的草鱼没有产生扩增曲线.结论:利用设计的引物和cycling探针,可准确快速鉴定大黄鱼和小黄鱼.     

逆转录聚合酶链式反应快速检测水稻条叶枯病毒

逆转录聚合酶链式反应（Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ,ＲＴ－ＰＣＲ）具有灵敏度高,准确性好的特点,因而被广泛应用于植物病毒检测。在ＲＴ反应中,ＲＮＡ样品的快速制备尤为重要用异丙醇二步沉淀法获得ＲＮＡ,快速检测水地片中ＲＳｔＶ伯ＲＴ－ＰＣＲ方法,可使测定时间缩短至６ｈ,并可从０．０７８ｍｇ感病叶片中检测出ＲＳｔＶ。     

应用RT-PCR技术检测葡萄扇叶病毒的研究

以扇叶病株为材料，根据病毒外壳蛋白核苷酸序列，设计特异引物P1（1064－1083），P2（762－781），建立了以RNA为模板的GFLV的RT－PCR检测体系。     

松材线虫实时PCR检测技术

根据松材线虫核糖体DNA内部转录区设计了一对特异引物F11/R11与探针TaqMan-11,构成松材线虫实时PCR检测方法.采用该检测方法对分离自枯死松树体内的松材线虫、拟松材线虫、大核滑刃线虫、霍夫曼尼伞滑刃线虫和长尾属线虫进行检测.结果显示,所有松材线虫株系都能够检测到荧光信号,而拟松材线虫、大核滑刃线虫、霍夫曼尼伞滑刃线虫、长尾属线虫以及对照均没有检测到荧光信号.表明探针TaqMan-11与引物组合对松材线虫具有很强的特异性.此外,利用检测方法,在10μL的反应体系中,最少可以检测到0.005 Pg的松材线虫DNA含量.实时PCR也可以成功地检测出单条松材线虫.     

采用PCR技术检测植物病原菌

聚合酶联反应(Polymerase Chain Reaction ,PCR)用于各类DNA、RNA的体外扩增,具有灵敏、特异、快速等诸多优点,目前已广泛地作为人类、动植物病毒、真菌等分子检测的重要手段.并在此基础上与分子生物学其他最新技术相结合, 进一步发展了IC-PCR, real time fluorescent PCR, PCR-ELISA等复合PCR技术.将PCR技术与这些方法的突出优点相结合使用,从而提供了更快捷、特异、准确、高效检测侵染植物病原菌的方法.     

反向线性探针杂交技术检测慢性乙型肝炎病毒拉米夫定耐药研究

目的:建立起简单、快速、灵敏、准确的慢性乙型肝炎病毒拉米夫定耐药位点的反向线性探针(reverse line probe,RLP)检测方法.方法:根据HBV野生及耐药基因序列设计通用探针、3'、5'对称加有poly-C的特异性探针和5'标记生物素的扩增引物.将探针线性固定在硝酸纤维膜上,使HBV PCR扩增产物与探针进行杂交.通过优化杂交条件,建立RLP检测方法.利用该方法对重庆地区86个慢性乙肝病人进行检测,同时与直接测序结果比较.结果:半巢式PCR可对103拷贝/ml的血清样本进行有效特异扩增,新建的RLP检测方法可对PCR扩增产物在1 ng/ml以上,或血清样本中突变型DNA占野生型DNA比例为5％以上的均可有效检测,86例临床的检测灵敏度为100％,野生型和耐药型的检测准确性分别为98.09％(103/105)、100％ (43/43),与直接测序法比,RLP检测野生与耐药混合型准确性更好.结论:反向线性探针杂交检测方法检测HBV拉米夫定耐药位点方便、灵敏、准确,是HBV拉米夫定治疗有效的监控工具,该方法适合临床应用.     

猫细小病毒 PCR 检测方法的建立及初步应用

摘要: 目的 建立猫细小病毒 PCR 检测方法,应用于猫临床样本中 FPV 的快速检测。方法 根据已发表的 FPV VP2 基因序列设计合成引物,并以此建立 FPV 的 PCR 检测方法,并对方法的特异性、敏感性、稳定性等进行验证。 用建立的方法对 33 份猫临床样品进行检测。结果 建立的 FPV PCR 检测方法与猫疱疹病毒Ⅰ型(FHV-1)、猫冠 状病毒(FeCV)、猫合胞体病毒(FeSFV)、猫免疫缺陷病毒(FIV)均无交叉反应;可检测病毒最小滴度为 5lgTCID50 / mL,相应的 DNA 模板浓度为 4. 9 × 102 拷贝/μL;FPV DNA 在 － 30℃冰箱放置 12 个月仍可检测出目的条带。应用 该方法从 33 份猫临床样本中检测出 21 份 FPV 核酸阳性。结论 建立的 FPV PCR 检测方法具有特异、敏感及稳定 的特点,适合于临床 FPV 的感染检测。     

应用Real Time PCR方法检测病毒灭活去除效率

目的建立检测血液制品中病毒灭活去除效率的模型。方法应用SYBR GREEN I实时荧光定量PCR验证不同方法的病毒去除效率,并用病毒感染力实验验证不同方法的病毒灭活效率。结果以PCR产物为外参的实时荧光定量PCR正确反映出实际核酸含量和检出拷贝数的线性关系,以重组质粒为外参的实时荧光定量PCR实验证明巴氏灭毒法的病毒去除效率低于金磁颗粒法。病毒感染力实验证明巴氏灭毒法灭活效率略高于金磁颗粒法。结论实时荧光定量PCR法联合病毒感染力试验可以有效评价不同方法在病毒灭活和病毒去除方面的差异。     

一种应用于DIDS的实时自调整归约算法

根据归约与分布处理的思路,设计了用于分布式入侵检测系统节点的实时自调整归约算法,并在Java环境中实现.在实验平台上验证了算法的正确性并证明其有效性.实时自调整归约算法能让使用者根据实际环境改变算法参数,使归约效果、警报响应实时性和系统性能能同时接近最优,为设计高效、稳定的入侵检测系统提供了一条捷径.     

应用二温式多重PCR技术鉴别鸡传染性支气管炎病毒和鸡传染性喉气管炎病毒

为了简化聚链反应（PCR）程序和加快检测速度,将二温式PCR与多重PCR结合起来,建立一种同是检测鸡传染性支气管炎病毒（IBV）和鸡传染性喉气炎病毒（ILTV）的二温式重PCR技术,试验根据IBV和ILTV的基因文库,设计2对分别与IBV和ILTV某段基因序列互补的引物。用这2对引物同一样品中的IBV、ILTV核酸模板进行二温式多重PCR扩增,结果均同时得到2条特异性大小与实验设计相符的1720bp(IBV)和647bp(ILTV）的扩增带,而对其他6种禽病病原的扩增结果均为阴性,敏感性测定结果表明明,该二温式多重PCR技术检出10pg的IBV RNA模板和10pg的ILTV DNA模板。