Mechanism of the interaction between Au nanoparticles and polymerase in nanoparticle PCR

Nanoparticle PCR is a novel method to optimize DNA amplification. It performs well in improving specificity, enhancing sensitivity and speed. Several mechanisms were proposed in previous studies: one was based on the interaction between gold nanoparticles (AuNPs) and DNA while the other was attributed to the heat transfer property of AuNPs. In this paper, we propose that the interaction between AuNPs and DNA polymerase can significantly influence PCR. First, the addition of DNA polymerase can eliminate the inhibitory effects of excess AuNPs. Second, the addition of AuNPs will increase yield of the desired PCR product and make the optimum concentration of DNA polymerase move to higher value. Third, while excess polymerase might inhibit amplification efficiency, AuNPs can reverse this process and the yield of PCR amplification. Based on these results we propose a possible mechanism that AuNPs might modulate the activity of polymerase and improve PCR amplification.     

RB型硝胺发射药使用寿命实验研究

针对布鲁氏菌BCSP-31蛋白基因设计一对引物,优化反应条件,对布鲁氏菌属6个代表菌株以及与布鲁氏菌有交叉反应的对照菌株进行扩增,结果能够对布鲁氏菌属6个代表菌株进行很好扩增,扩增片段大小为223bp,而对照菌株不能扩增,使用该方法最低可以检测20个细菌.     

牛肉及其制品中肉类掺假的荧光PCR鉴别体系优化

根据可能用于牛肉及其制品掺假的肉类原料(猪肉、鸡肉和鸭肉),设计了4对引物和探针.经过测试其具有良好的特异性后,对影响各自聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增的5个影响因素包括Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶活、dNTPs浓度、引物和探针浓度以及模板DNA用量等进行了优化,确定了最佳的PCR扩增体系.同时,根据优化后的结果,对特异性进行进一步的测试,并使用建立的优化荧光PCR鉴别体系对混合样品和市售样品进行检测,确定整体检出限为0.1%(质量分数),并证明该鉴别体系的实际应用价值.     

转基因油菜籽多重PCR-DNA芯片联用检测方法的研究

根据转基因油菜中所转入的外源基因，选择CaMV35S启动子、FMV35S，PAT基因和目的基因mCP4-EP-SPS，BAR，MS8，RF3以及内源PEP基因设计特异性引物，采用多重PCR法对待测样品进行扩增，通过缺口平移法合成DIG-dUTP标记杂交探针，并制备基因芯片，在对PCR反应和扩增产物与芯片杂交条件进行优化的同时，比较了芯片检测的特异性和重复性，并对检测的灵敏度进行测试，结果表明，该方法具有较好的特异性和重复性，检测灵敏度可达0．1％，由于采用了多重PCR技术一次可同时检测多个基因，提高了检测的准确性和效率．     

以 16S-23S rDNA 间区序列为目的基因设计 PCR 引物鉴定多杀巴斯德氏菌

多杀巴斯德氏菌是养殖动物(鸡,猪,牛等)的重要致病菌.本研究以16S-23S rDNA间区序列为目的基因设计PCR引物鉴定多杀巴斯德氏菌.通过对多杀巴斯德氏菌ITS-IA(含有tDNA-Ile和tDNA-Ala的16S-23S rDNA间区序列)的测序和与GenBank中序列的BLAST,设计筛选了一对特异引物PS-F/PS-R.对引物的特异性和有效性,用PCR方法进行了验证.结果表明:所有的多杀巴斯德氏菌标准菌株和分离菌株都能被检出,而全部39株非多杀巴斯德氏菌都没有扩增出特异性条带.其检测灵敏度能达到102CFU/mL.研究结果表明,发展了的PCR鉴定方法是省时的和可靠的,整个过程只需要20 h,而传统的鉴定方法需要至少5 d的时间.     

B病毒PCR检测方法的建立

目的建立B病毒核酸的PCR检测方法。方法设计引物,用PCR方法扩增B病毒,并验证其灵敏性和特异性。结果引物P1、P2及P3、P4在以B病毒为模板时有特定大小的目的片段出现,在以其他病毒为模板时无目的片段出现;引物P5、P6以B病毒和人单纯疱疹病毒I型(HSVI)为模板能扩增出382bp的产物,经SacⅡ酶切后,B病毒产生176bp和206bp的两个片段,HSVI无变化。结论通过PCR方法成功的区分开B病毒,并且鉴定区分了B病毒和HSVI。     

串联表达载体中短重复序列(BmKb1)_n模板的PCR效率及其优化条件研究

采用Overlap PCR法获取BmKb1基因,构建载体pGEX-6p-1/BmKb1,同尾酶技术用于构建串联表达载体pGEX-6p-1/(BmKb1)n(n=2,4,6,8,10)。以pGEX-6p-1/(BmKb1)n为模板,使用标准PCR程序研究短重复序列PCR效率;以BmKb1八倍体为模板,分别研究PCR循环数、引物终浓度及退火温度对短重复序列PCR效率及特异性的影响。结果表明:串联重复序列数目增加,则非特异性条带增加,特异性条带含量减少;BmKb1基因串联体PCR扩增在18～20循环数、引物终浓度为0.05～0.1μM、60～62℃较高退火温度时,可获得相对高产量高特异性BmKb1基因串联体PCR片段。本研究将为串联表达载体克隆、筛选、测序及基因组STRs序列克隆测序提供技术参考。     

应用聚合酶链式反应检测犬细小病毒

将具有犬细小病毒病典型症状的病犬肠溶物经ＳＤＳ－酚裂解法提取总ＤＮＡ,并以此ＤＮＡ为模板,通过人工合成的两条２０ｍｅｒ引物进行ＰＣＲ扩增,该对引物扩增的片段为犬细小病毒结构蛋白ＶＰ２基因中间１／３区段,ＰＣＲ产物经琼脂糖凝胶电泳,试验结果表明：用ＰＣＲ扩增检测犬细小病毒具有良好的特异性,应用该方法检测的２７份病犬肠溶物样品块获得了预计长度的ＤＮＡ片段（５３１ｂｐ）,而健康犬的肠溶物样品ＰＣＲ结果为     

实验动物常见支原体荧光定量PCR检测方法建立

目的 建立能对实验动物常见支原体进行检测的荧光定量PCR方法。方法 针对多种大、小鼠易感支原体的16 s rRNA基因中较保守的区域设计1对引物和探针,建立荧光定量PCR方法并检测其特异性、灵敏性及重复性。结果 该方法在模板浓度为5×100～5×106 copies/μL之间呈良好的线性关系(R2=0.9972)且扩增效率为98.11%;特异性强,能够区分检测金黄色葡萄球菌等常见的病原菌;灵敏性高,检测下限为5 copies/μL,比常规PCR的检测灵敏性高100倍;重复性好,对不同浓度模板进行组内和组间重复性试验的变异系数均低于2%。用荧光定量PCR和普通PCR方法对不同来源不同类型的120份临床样品进行检测,结果表明小鼠支原体检测阳性率分别为3.33%(2/60)、1.67%(1/60),细胞样品支原体检测阳性率均为5%(3/60)。结论 本研究建立的荧光定量PCR方法快速、特异强、灵敏性高、重复性好,可用于实验动物常见支原体的快速诊断。     

鸡胚致死孤儿病毒PCR检测方法的建立及应用

目的建立鸡胚致死孤儿病毒PCR检测方法,并应用于鸡胚及禽源性生物制品的检测。方法根据鸡胚致死孤儿病毒长纤突保守序列分别设计3对引物,优化并建立鸡胚致死孤儿病毒PCR检测方法;分别采用该方法对SPF鸡胚和流感疫苗、麻疹疫苗进行检测。结果建立的方法可检测到10-9稀释的病毒DNA;该方法与鼠腺病毒及猴腺病毒无交叉反应;在SPF鸡胚及禽源性生物制品中应用该方法均未检出病毒。结论该方法具有良好的特异性和敏感性,可以应用于禽源性生物制品中鸡胚致死孤儿病毒的检测。     

猫细小病毒 PCR 检测方法的建立及初步应用

摘要: 目的 建立猫细小病毒 PCR 检测方法,应用于猫临床样本中 FPV 的快速检测。方法 根据已发表的 FPV VP2 基因序列设计合成引物,并以此建立 FPV 的 PCR 检测方法,并对方法的特异性、敏感性、稳定性等进行验证。 用建立的方法对 33 份猫临床样品进行检测。结果 建立的 FPV PCR 检测方法与猫疱疹病毒Ⅰ型(FHV-1)、猫冠 状病毒(FeCV)、猫合胞体病毒(FeSFV)、猫免疫缺陷病毒(FIV)均无交叉反应;可检测病毒最小滴度为 5lgTCID50 / mL,相应的 DNA 模板浓度为 4. 9 × 102 拷贝/μL;FPV DNA 在 － 30℃冰箱放置 12 个月仍可检测出目的条带。应用 该方法从 33 份猫临床样本中检测出 21 份 FPV 核酸阳性。结论 建立的 FPV PCR 检测方法具有特异、敏感及稳定 的特点,适合于临床 FPV 的感染检测。     

同时检测小鼠微小病毒(MVM)和小鼠细小病毒(MPV)的荧光定量PCR的建立及应用

目的 建立同时检测小鼠微小病毒(MVM)和小鼠细小病毒(MPV)的荧光定量PCR方法,并进行初步应用。方法 比对NCBI上发表的MVM和MPV基因组序列,设计1对引物和探针,可同时检测MVM和MPV。考察MVM-MPV引物探针的特异性和灵敏度,并对178份清洁级小鼠粪便DNA样本进行检测。结果 MVM-MPV荧光定量PCR方法最佳线性范围为109～104拷贝/μL,标准曲线的线性关系良好,R2值可达0.99,灵敏度为101拷贝/μL,特异性强。应用MVM-MPV探针对178份小鼠粪便DNA检测,结果为2份阳性样本,经MVM、MPV特异性探针鉴定,2份阳性样本均为MPV感染。阳性样本经全基因组测序后与NCBI网站上MPV(NC_001630.1)序列比对,一致率为96%。结论 建立的MVM-MPV荧光定量PCR方法,能够有效快速地同时检出小鼠细小病毒和小鼠微小病毒。     

淡水鱼类线粒体DNA D-loop基因的引物设计和应用

 线粒体DNA测序已广泛应用于鉴定和区分种类以及解决系统进化关系问题。本文选取已测定的主要淡水鱼类的线粒体DNA D-loop基因序列进行同源性比较,寻找保守序列,利用简并性原则设计一对通用的简并引物。利用设计的引物对广东省珠江流域主要的淡水鱼类线粒体DNA D-loop控制区基因进行扩增,均能获得单一的目的DNA片断,特异性扩增产物大小为1 kb左右。经测序及与GenBank同源序列的比较,证实为包含线粒体控制区全序列的扩增产物。本研究所设计的引物和应用的方法可以快速地同时对多种鱼类进行大规模的遗传背景分析,鉴定某些难于鉴别的近缘物种,为我国鱼类的种类鉴定、地理种群鉴别及种质资源的评估提供重要的工具。     

小鼠微小病毒( MVM) 荧光定量PCR 检测方法的建立及初步应用

摘要: 目的建立小鼠微小病毒( MVM) 荧光定量PCR 方法,并初步应用于实验小鼠中。方法根据NCBI 上发表的MVM( NC_001510) 基因组序列,设计引物和探针,建立MVM 荧光定量PCR 方法。考察引物探针的最佳线形范围,特异性及灵敏度,并使用该方法对178 份清洁级小鼠粪便DNA 样本进行检测。结果MVM 荧光定量PCR 方法最佳线性范围为109 ～ 104 拷贝/μL,标准曲线的线性关系良好,R2 值可达0. 99,灵敏度为101 拷贝/μL,特异性强,与大鼠细小病毒H-1 株和KRV 株、猪细小病毒均无交叉反应。应用荧光定量PCR 方法对178 份小鼠粪便DNA进行检测,结果均为阴性。结论建立的MVM 荧光定量PCR 方法具有特异、灵敏的特点,为MVM 的流行病学调查、检测提供了有效的技术支持。     

2种PCR技术扩增微分离的蚕豆染色体

用接头介导的PCR (polymerase chain reaction, LA-PCR) 和简并寡核苷酸PCR(DOP-PCR)2种技术对微分离的蚕豆(vicia faba)大M染色体进行了扩增,并对扩增结果及2种PCR技术的优缺点进行了比较.结果表明,LA-PCR的扩增产物大小为0.3～3kb, 而DOP-PCR的扩增产物大小为0.3～1.3kb. LA-PCR的对照中未观察到扩增产物,而DOP-PCR的对照中却明显观察到扩增产物,此扩增产物是由于引物之间相互退火而形成的二聚体或更高级的聚合体. LA-PCR的Southern杂交信号明显强于DOP-PCR,可见LA-PCR的扩增效率明显高于DOP-PCR.     

非特异性PCR产物的分离和扩增

在PCR（polymerase chain reaction)扩增产物的非特异性电泳带位置上及弥散状背景的一定间隔位置上，分别以切胶分离相应分子量的DNA分子作为模板，用产生这些非特异性DNA分子的一种引物在通用PCR条件下进行PCR扩增，仅在切胶的相应位置出现DNA分子量同样大小的电泳条带。阐述了这种模板DNA分子形成和出现非特异性电泳带与弥散状背景之间的关系。     

高粱BTx623幼苗多酚氧化酶Real-time PCR引物扩增效率的检测

介绍了一种检测实时荧光定量PCR技术引物扩增效率的方法,以期为进一步应用实时荧光定量PCR奠定基础。同时通过实时荧光定量PCR技术,研究高粱BTx623幼苗中的多酚氧化酶基因SbPPO的表达情况,结果发现SbPPO2,SbPPO5,SbPPO6的相对表达量较高,这3个SbPPO可能在高粱BTx623幼苗中起到重要功能。     

实验动物雪貂阿留申病病毒核酸检测方法的建立

目的 建立阿留申病病毒PCR检测方法,以用于实验动物雪貂阿留申病病毒的检测。方法 参考Genebank中阿留申病病毒核酸VP2基因序列设计一对引物,建立PCR检测方法,进行特异性、敏感性测试,并对实验雪貂粪便样品进行筛查。结果 测序结果显示,使用设计的引物可特异性地扩增获得阿留申病病毒的VP2中531 bp基因片段;在常见实验动物DNA病毒,小鼠多瘤病毒、小鼠细小病毒、犬细小病毒、疱疹病毒、鼠痘病毒、仙台病毒、小鼠腺病毒中均未扩增出目的条带;以目的片段核酸为模板测试该方法敏感性,检测下限达到90. 6 copy/μL。应用该方法对39份雪貂粪便样品进行检测,未检测出阿留申病病毒核酸阳性。结论 本研究建立的方法具备一定的特异性和敏感性,可作为实验动物雪貂中阿留申病病毒感染病原筛查的方法。     

半套式PCR技术在植物基因克隆中的应用

常规ＰＣＲ方法在分离克隆已知序列的基因中发挥着重要的作用，但要求目的基因片段与引物间的同源性几乎是１００％，一旦引物序列与目的基因间存在有差异，便往往会导致扩增的特异性不强，扩增效率不高，给克隆带来很大的困难．在常规ＰＣＲ基础上，若所分离的基因在不同植物间存在保守序列，依据这一序列再合成一对引物，进行半套式ＰＣＲ则能大大提高扩增的特异性及扩增效率．对于较长的基因片段而言还能同时完成亚克隆．本文依据南瓜ＧＰＡＴ（甘油－３－磷酸酰基转移酶）基因ｃＤＮＡ序列及比较拟南芥菜、豌豆间在该基因内的保守区段序列合成相应引物来分离克隆黑子南瓜及西瓜ＧＰＡＴ基因的ｃＤＮＡ片段为例来说明半套式ＰＣＲ技术在植物基因克隆中的应用