Species-specific aminoacylation of Oryza sativa mitochondrial tRNA^Trp

Accuracy in protein synthesis is essential to the survival of all organisms. Aminoacyl-tRNA synthetases catalyzed aminoacylation is the basis of the fidelity of protein synthesis[1]. In recent years, the identification of nucleotide determinants, specific…     

用P11柱一步纯化色氨酸阻遏蛋白质

利用携带有克隆色氨酸阻遏蛋白基因的pJPR2质粒的大肠杆菌菌株,经过细菌培养、扩增及一系列生化方法,得到色氨酸阻遏蛋白的粗品,然后利用磷酸纤维素P11柱分离纯化得到单一的色氨酸阻遏蛋白,经SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳鉴定和pRK9质粒中trpP/O片段保护实验证明,分离到的色氨酸阻遏蛋白是纯的,并具有生物活性。该方法和思维的建立,为研究核酸结合蛋白质的结构与功能提供了基础。     

细菌种特异性的16SrDNA寡核苷酸探针数据库的初步构建

核酸二级数据库是生物信息学研究的重要领域 ,对生命科学的研究和发展起重要作用 .目前 ,国际核酸序列公共数据库中存在大量的细菌 16SrDNA序列 ,本文利用这些已知细菌的 16SrDNA序列 ,设计了细菌种特异性的寡核苷酸探针 ,将其结果存入二级数据库 ,以计算机网络为载体 ,开发了界面友好的通过WWW浏览器实现对数据库查询的系统 ,其查询结果形象直观 ,为设计细菌的种特异性寡核苷酸探针提供了参考和帮助 ,从而可加速对细菌分类及鉴定的进程 .     

利用复杂网络来研究tRNA序列的进化

根据点突变和互补复制的进化机制构建tRNA序列相似度平行网络和反平行网络并研究了网络的特征．分析发现当相似度很大时，tRNA基因网络出现了无标度（scale—free）的特征．其次，还比较了平行网络和反平行网络的特征，发现在相同的条件下，反平行网络中的tRNA序列间的关系比平行网络中更密切，它们之间的相似程度更高．这同时说明现代tRNA序列由互补复制机制进化的可能性更大．最后根据点突变和互补复制的进化机制建立了一个粗糙的tRNA进化模型．结果发现模型tRNA相似度网络在0．3≤ε≤0．5条件下，不仅和真实tRNA相似度网络有局部的相似行为，而且网络的整体行为也是相似的．因此现代tRNA序列的合理的进化机制应该是上述两种机制的混合．     

转移RNA结构基因共有序列的统计分析

本文以大肠杆菌、地钱叶绿体和鸡线粒体基因组中:RNA结构基因的全部拷贝数为分析总体,统计出了碱基分布。在大肠杆菌中证实了Pu52-Py62半不变核苷酸对,排除了A21的共有性,确认了24个共有核苷酸,其中半数核苷酸参加三级氢键的形成作用;螺旋区碱基标准配对率平均为95％;在非标准配对中以GU为主而且集中在两个连续双螺旋的缺口处,又发现在第10、27、49位G居多现象,其意义有待阐明。大肠杆菌tRNA序列与地钱叶绿体tRNA序列极为相似,鸡线粒体tRNA由于缺乏典型的D环和TψC环而与大肠杆菌tRNA序列差别较大。本文还计算了大肠杆菌tRNA基因拷贝数与密码子利用率之间相关系数(r=0.976),并讨论了影响细胞内tRNA含量的基因剂量效应,位置效应诸问题。     

含单位元环中线性差分方程的解

给出含单位元环中线性差分方程R(t n)=∑=1^nriR(t n-i) G(t)的定义，利用准Frobenius矩阵求得它的解R(t 1)=∑i=1^nfli(t 1)Ri-1 ∑j=1^t 1f1n(t-j)G(j)．不同类型、不同背景的线性差分方程的解均可以统一于该文结果．通常的常系数(非)齐次线性差分方程解的显式表示问题，可视为该文结果的特例．线性差分方程组、线性矩阵迭代方程甚至变系数线性差分方程、灰色线性差分方程的求解，均可以用该文结果给予解决．     

指纹认证技术在远程网络教育平台中的应用

在远程教育平台的建设中,网络化导致的学生身份认证困难问题越来越突出。文中提出一种利用日趋成熟的指纹认证技术构建远程网络教育安全认证平台的设计方案。它的主要特征是在远程教育平台的各种接入层的客户端增加指纹采集设备,在远程教育平台接入层和业务系统层,即教学支撑系统之间增加指纹身份认证和权限管理安全层;从而利用指纹这种生物识别技术实现远程教育系统中用户的真实身份鉴别,以保证教育信息资源的访问安全。     

荧光法测定Ce^3＋与tRNA的结合常数

与其它稀土离子的自身荧光相比,稀土Ｃｅ３＋水合离子的荧光要强得多,并且在很宽的浓度范围内与其浓度成很好的正比关系,因此可以用来确定Ｃｅ３＋离子的浓度．ｔＲＮＡ非常强烈地猝灭Ｃｅ３＋水合离子的荧光．采用荧光滴定的方法研究了Ｃｅ３＋－ｔＲＮＡ体系,并用Ｓｃａｔｃｈａｒｄ方法测量了Ｃｅ３＋离子和ｔＲＮＡ的结合数和结合常数,结果发现：ｔＲＮＡ中有２组Ｃｅ３＋结合位置,其结合常数分别为约１０８ｍｏｌ／Ｌ和１０５ｍｏｌ／Ｌ．向体系中加入精胺可使结合数和结合常数稍微降低．     

暗纹东方鲀线粒体若干tRNA基因的克隆及序列分析

利用分离纯化的暗纹东方鲀肝脏mtDNA为模板，按照红鳍东方纯（Takifugu rubripes）mtDNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增，首次克隆并测定了暗纹东方纯mtDNA的Cytb、COⅠ、COⅡ、COⅢ、D-loop等5个重要基因及其侧翼的8个tRNA基因。上述基因均已在GenBank登录。8个tRNA基因含有69-72个碱基。推定了各个tRNA的二级结构并进行了初步的序列分析。结果表明：8个tRNA基因具有较为典型的三叶草型结构，各臂的碱基配对率大多数较高，稳定性较好.     

异构认证系统间身份同步的设计与实现

随着学校信息化建设的深入发展,统一身份认证系统应用范围越加广泛,压力也随之增长.为了进一步加强系统的兼容性和可靠性,复旦大学在已有轻量目录访问协议(LDAP)认证集群的基础上,新增了活动目录(AD)认证集群.为了保证异构认证系统间身份的一致性,设计并实现了LDAP和AD之间身份信息同步.     

关于Catalan三角数的一个恒等式的证明

Bn.p=p/n（n-p^2n）是一个著名的Catalan三角数,在本篇文章中我们用几个初等组合恒等式证明了关于此三角数的一个恒等式．     

组合恒等式新的证明方法

介绍了证明组合恒等式的生成函数法和牛顿公式法,并通过这两种方法得到了几个重要的组合恒等式.与以往的证明方法相比,生成函数法和牛顿公式法更准确,更简洁清晰.     

雀科9种鸟类11个线粒体tRNA基因序列及二级结构比较研究

利用PCR方法对雀科9种鸟类11个线粒体基因组中3个主要的tRNA基因簇,即IQM(tRNAIle-tRNAGln-tRNAMet),WANCY(tRNATrp-tlRNAAla-tRNAsn-tRNACyB-tRNATyr)和HSL(tRNAHis-tRNASer(AGY)-tRNALeu(CUN))进行扩增和序列测定,这些tRNA基因序列中可变核苷酸位点占15%,其中59%出现在环区,且存在插入核苷酸;茎区相对保守,其中一些变异如双链的互补性碱基突变,G-u配对等对于维系tRNA二级结构的稳定性非常重要.利用11个线粒体tRNA基因全序列,以鹌鹑为外群构建了雀科9种鸟类的系统发育树,结果表明:黄雀与其它物种关系较远;鹀亚科中灰头鹀与雀亚科关系最近,而小鹀与三道眉草鹀比较特化,这与根据二级结构特征得出的结论相吻合.利用茎区序列构建的NJ树在鹀亚科物种的分类地位上存在分歧,可能是由于核苷酸数目较少,信息量小,在解决近缘物种间的分类地位时受到限制.结合线粒体tRNA基因二级结构特征比较和系统发育分析,初步认为线粒体tRNA基因二级结构特征对于推断雀科属间的分类地位具有较高的置信度.     

tRNA丰度是影响蛋白质二级结构形成的一个因素

从人和大肠杆菌蛋白质和DNA序列的统计分析，发现mRNA的对应一定蛋白质二级结构的m密码子片段(m=3，4，…，8)，当平均tRNA拷贝数高时(对于人高于11，对于大肠杆菌高于2．O)，偏好编码螺旋，而避免编码线团；当平均tRNA拷贝数低时，偏好性正好反过来．对于beta折叠，未发现和tRNA拷贝数有明显的统计关联．对大肠杆菌也研究了密码子频数与蛋白质二级结构的相关性，其间的关联比tRNA拷贝数与蛋白质二级结构的关联弱．因此，tRNA拷贝数与蛋白质二级结构的关联可能更为本质．机制目前尚不清楚．一种可能的解释是：tRNA丰度以某种方式影响了新生肽链的折叠，通过翻译精度的因素影响了蛋白质二级结构的形成．     

暗纹东方鲀线粒体ND1及其侧翼tRNA基因的克隆及序列分析

利用提取纯化的暗纹东方纯（rakifugu fasciatoz）肝脏的mtDNA为模板，按红鳍东方纯（rakifugu rubripes）mtDNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增，首次克隆并测定了暗纹东方纯mtDNA的ND1亚基及其侧翼的tRNA基因。运用DNA分析软件，对暗纹东方纯与GenBank中选取的几种同目的鱼类的相应序列进行比较分析，显示暗纹东方纯与这些鱼类的各个相应基因具有较高的同源性。利用分子生物学相关软件，对暗纹东方纯及与其同目的6种鱼的ND1基因序列建立NJ和MP分子进化树，并与传统的分类地位进行比较，结果表明与传统的分类地位基本吻合。3个tRNA基因含有69～71个碱基，推定了各个tRNA的二级结构，均具有较为典型的三叶草型结构。     

能容纳拜占庭错误的身份认证协议

对ABBA协议进行了改进,引入了中止消息并对算法进行了优化,使其具有更好的效率和实用性,同时为保证ABBA协议能符合组合多方安全性的要求,提出了一种根据本地局部递增序列和签名的方式构造全局唯一TID(交易标识符)的方法,最后通过在TID中加入客户请求等相关信息的方式重构TID,使得ABBA协议能应用在提供身份认证服务的KDC(密钥分发中心)中,从而提高KDC的可靠性,并具体探讨了身份认证协议中服务认证,用户密钥修改以及域间认证过程．