GDO Ⅰ酶阻断对芳烃降解途径的影响

产碱假单胞菌NCIB 9867株(P25X)能够通过龙胆酸途径降解芳香烃.研究显示P25X在龙胆酸途径可能产生一组同工酶-其中一种酶是保守型,另一种则为严格诱导型表达.龙胆酸降解途径主要的酶是龙胆酸加双氧酶(GDO),它促进芳香环的裂解,产生顺丁烯丙酮酸,并通过一系列的反应最终进入TCA循环.目前,仅有保守型的龙胆酸加双氧酶及其下游片段被克隆.P25X的衍生株SNZ28,它的龙胆酸加双氧酶的基因(GDO I)被链霉素/奇霉素抗性基因所打断.本研究运用二维蛋白电泳法分析降解菌株SNZ28的蛋白提取物,并用考马斯亮兰染色鉴别.经软件比对分析,由龙胆酸诱导与元龙胆酸诱导菌株的蛋白表达提取物存在明显的蛋白质表达差异,其中有15个蛋白质点被识别.这一结果为诱导型龙胆酸酶的进一步研究打下了基础.     

采用比较蛋白质组学方法研究p38β激酶对293T细胞蛋白质表达的影响

采用比较蛋白质组学方法研究了过表达p38信号通路激酶p38β对人类肿瘤细胞293T细胞蛋白质表达的影响,利用双向电泳和质谱技术分离鉴定了13个差异表达蛋白质.这些差异蛋白的分布从细胞质膜到核,其功能涉及核酸、蛋白质、糖脂类分子的转录、合成和成熟,细胞物质跨膜运输,细胞周期调控以及细胞防御等.文献分析并没有发现上述鉴定的差异表达蛋白是p38β激酶现有直接底物的证据,提示其可能为新的p38β激酶相关蛋白.这些结果表明,比较蛋白质组学方法是寻找激酶新靶标的一种有效工具.     

用双向电泳-质谱初步分析大熊猫初乳和常乳中差异表达的乳清蛋白

目的 是分析大熊猫初乳和常乳中差异表达的乳清蛋白.利用双向电泳-质谱技术首次对一只大熊猫产后第1d和第22 d的乳清蛋白进行初步的分离与鉴定,结果成功得到11种差异表达的蛋白质,值得注意的是,其中有3种蛋白质与免疫、抗菌有关,包括抗白细胞蛋白酶、溶菌酶C,C反应蛋白.推测这3种蛋白质可能参与大熊猫乳腺或幼仔的防御功能.研究结果表明,用双向电泳-质谱技术可以分析大熊猫初乳和常乳中的差异表达蛋白质,有助于认识大熊猫乳的组成和功能特性.     

泛素-蛋白酶体途径的组成及其生物功能

泛素-蛋白酶体途径(UPP)是20世纪70年代末期新发现的一种细胞内蛋白降解途径,在多种蛋白质降解中发挥重要作用,具有高度特异性。UPP介导的细胞蛋白降解是一个复杂、缜密的调控过程。UPP可识别、标记、进而降解那些被泛素化的蛋白质。它在抗原提呈、细胞周期、NF-kB代谢等方面发挥重要调控作用,而且UPP的异常与许多疾病如肿瘤、脓毒症、骨骼肌损伤等的致病机制有关。就UPP的组成、作用机制及其功能进行综述。     

不同碳源下Pseudomonas putida F1单环芳烃降解相关蛋白质的差异表达

研究了Pseudomonas putida F1利用单环芳香族化合物以及琥珀酸做碳源时单环芳烃降解相关蛋白质的表达,这对于研究这些芳烃的单一和混合降解有重要意义.利用蛋白组学研究方法,通过比较蛋白表达的双向凝胶电泳(2-DGE)图谱,找出不同碳源条件下生长细胞中差异表达的蛋白质.蛋白质经胰酶消化后,进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(Matrix assisted laser desorption/ionization-Time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry)分析.结果表明,尽管该细菌在降解甲苯和乙苯时利用同一个代谢途径,但代谢相关蛋白在微生物利用不同碳源时的表达量有所变化.差异表达蛋白可分为4类,代谢蛋白,转运蛋白,适应性相关蛋白以及其他类型蛋白.     

GDO I酶阻断对芳烃降解途径的影响

产碱假单胞菌NCIB9867株（P25X）能够通过龙胆酸途径降解芳香烃．研究显示P25X在龙胆酸途径可能产生一组同工酶-其中一种酶是保守型，另一种则为严格诱导型表达．龙胆酸降解途径主要的酶是龙胆酸加双氧酶（GDO），它促进芳香环的裂解，产生顺丁烯丙酮酸，并通过一系列的反应最终进入TCA循环．目前，仅有保守型的龙胆酸加双氧酶及其下游片段被克隆．P25X的衍生株SNZ28，它的龙胆酸加双氧酶的基因（GDOI）被链霉素／奇霉素抗性基因所打断．本研究运用二维蛋白电泳法分析降解菌株SNZ28的蛋白提取物，并用考马斯亮兰染色鉴别．经软件比对分析，由龙胆酸诱导与无龙胆酸诱导菌株的蛋白表达提取物存在明显的蛋白质表达差异，其中有15个蛋白质点被识别．这一结果为诱导型龙胆酸酶的进一步研究打下了基础．     

采用比较蛋白质组学方法研究p38β激酶对293T细胞蛋白质表达的影响

采用比较蛋白质组学方法研究了过表达p38信号通路激酶p38β对人类肿瘤细胞293T细胞蛋白质表达的影响．利用双向电泳和质谱技术分离鉴定了13个差异表达蛋白质．这些差异蛋白的分布从细胞质膜到核．其功能涉及核酸、蛋白质、糖脂类分子的转录、合成和成熟．细胞物质跨膜运输．细胞周期调控以及细胞防御等．献分析并没有发现上述鉴定的差异表达蛋白是p38β激酶现有直接底物的证据。提示其可能为新的p38β激酶相关蛋白．这些结果表明．比较蛋白质组学方法是寻找激酶新靶标的一种有效工具．     

八肋游仆虫NMD途径因子的生物信息学分析及分子鉴定

无义介导的mRNA降解(nonsense-mediated mRNA decay,NMD)是细胞内基因表达调控的一种重要方式,以保障细胞内基因的精确表达,但无义mRNA被识别和降解的机制有待深入研究.文章利用同源序列比对,从八肋游仆虫大核基因组数据库中鉴定了11种NMD途径相关蛋白因子的基因序列,并预测了各个蛋白因子的...     

基于蛋白质组学技术筛查维吾尔族妇女宫颈癌前病变患者血浆蛋白预警标志物

 依托蛋白质二维液相色谱和质谱技术,寻找与新疆维吾尔族妇女宫颈癌癌前病变高度宫颈鳞状上皮内瘤样变(HSIL)相关的血浆预警蛋白标志物,旨在对宫颈癌做到早期预防和诊断。收集维吾尔族HSIL(21例)和宫颈炎(22例)患者血浆标本并制备血浆低丰度蛋白质组样品,通过对蛋白质二维液相色谱系统的分离与鉴别分析,筛选出差异表达的组分,并运用质谱和生物信息学技术进行鉴定和功能识别分析。确定了宫颈炎和HSIL患者的基于蛋白质等电点和疏水性特征的血浆低丰度蛋白质组图谱,筛选出10个差异表达蛋白组分。结果表明,在HSIL患者血浆中3个低丰度蛋白组分含量明显上升,1个组分含量下降;而通过质谱技术鉴定出31种蛋白质,其中4种蛋白质与肿瘤进程密切相关,分别是代谢相关蛋白(APOA1)、信号转导相关蛋白(mTOR、EphA3)和免疫功能相关蛋白(HLA-DQB1)。本文针对维吾尔族妇女这一宫颈癌高发人群,展开癌前病变患者血浆低丰度蛋白组表达水平的研究,鉴定出多种差异表达血浆蛋白预警标志物,为本区宫颈癌的预防和早期鉴别诊断及癌变机制研究提供了依据。     

嗜热四膜虫自噬相关蛋白TtATG8调节细胞生长的机制研究（英文）

自噬是细胞内用于降解大分子蛋白质或受损伤的细胞器并以此来维持细胞动态平衡的主要代谢途径,其功能异常与癌症、衰老等多种疾病的发生密切相关.尽管自噬相关基因(ATG)相继在酵母、植物及哺乳动物细胞中被发现,但对其在单细胞真核原生动物四膜虫(Tetrahymena)中的同源蛋白及其功能所知甚少.在本研究中,我们克隆发现了四膜虫的自噬相关基因TtATG8,该基因所编码的蛋白质序列与酵母Atg8和人LC3a基因的蛋白质序列具有很高的同源性.研究发现雷帕霉素(rapamycin)处理可导致TtATG8表达的增加;同时在荧光显微镜下可观察到自噬性EGFP-TtATG8绿色荧光信号增强,结果提示TtATG8可作为衡量四膜虫自噬水平的良好指标.研究还发现饥饿处理可诱导四膜虫自噬的发生,增强TtATG8表达水平并随后伴随细胞死亡率的增加;雷帕霉素预处理可放大饥饿条件下细胞中TtATG8的转录水平,同时通过增强自噬作用和延缓细胞内ATP的消耗来增加细胞存活率,我们的研究结果也发现TtATG8过表达可促进细胞内ATP的积累并延长细胞生存期.综上所述,我们的研究结果提示TtATG8可能通过调节细胞自噬参与调控细胞的生存期.     

双向电泳联用质谱技术研究水稻明恢63对细菌性条斑病侵染的应答

水稻细菌性条斑病是由细条病菌Xanthomonas oryzae pv. oryzicola (Xooc)引起的一种细菌性病害,是我国南方稻区的主要病害.为了探明水稻对细条病的应答机制,我们应用双向电泳联用质谱技术,研究了水稻品种明恢63在水稻细条病病菌侵染后不同时期的全蛋白变化,并对差异蛋白进行了鉴定以及分析归类.共鉴定出17种表达上调的蛋白和10种表达下调的蛋白,这些蛋白参与了水稻对细条病侵染的信号识别及防卫应答,其中包括信号转导类蛋白、防卫相关蛋白、代谢相关蛋白和参与蛋白质合成的蛋白等.     

多肽的表面展示与结构库

表面展示是一种新的基因操作技术,它使表达的多肽以融合蛋白形式展现在噬菌体或细胞表面,保持相对独立的空间结构和生物活性。该技术可用于研究多肽(蛋白质)的性质、相互识别和作用,并据此从巨大展示库中选择特定靶功能的多肽结构。常用丝状噬菌体、T₄噬菌体、λ噬菌体以及细胞构建表面展示系统。表面展示库包括重组噬菌体抗体库、随机短肽库、多肽构象库、cDNA展示库和基因突变体展示库。表面展示技术可用于人工抗体和疫苗的制备、抗原决定簇的定位、蛋白质相互作用位点的确定、特异调节分子的分离、细胞表面工程的研究、多肽药物的研制,以及生物分子实验定向进化等研究。     

低剂量辐射后小鼠骨髓造血干、祖细胞的蛋白质组学研究

本文利用双向凝胶电泳方法建立低剂量辐射后不同时间点小鼠骨髓造血干、祖细胞与相应假照组细胞蛋白质组二维凝胶电泳图谱,用图像分析软件分析照射组与假照组差异表达蛋白,并利用MALDI-TOF-MS生物质谱对差异蛋白质进行鉴定分析.结果表明低剂量辐射后骨髓造血干、祖细胞中表达上调的蛋白26个,表达下调的蛋白4个,消失的蛋白4个.其中碳酸酐酶II、蛋白二硫键异构酶、层粘连蛋白受体、嘌呤核苷磷酸化酶、谷胱甘肽过氧化物酶、氯化琥珀胆碱细胞内信号通道蛋白、中心体肌动蛋白-α、磷酸葡萄糖脱氢酶、原纤维蛋白、丝氨酸蛋白酶抑制剂等22种蛋白被鉴定出来.研究表明低剂量辐射使骨髓造血干、祖细胞某些蛋白表达上调或下调,并鉴定出与低剂量辐射作用机制相关的蛋白质.从新的视角探讨了低剂量辐射对造血系统的作用机制,同时也为低剂量辐射作用机制的研究提供了一种新的有效的研究手段.     

不同木质底物诱导下桦剥管菌细胞内差异蛋白质分析

【目的】研究桦剥管菌在不同木质底物诱导下细胞内蛋白的差异表达情况,探讨桦剥管菌降解木材机理。【方法】以白桦、云杉木屑为诱导底物,利用蛋白质组双向电泳技术(2-DE)结合质谱技术(MALDI-TOF/TOF MS),检测桦剥管菌在不同树种木屑诱导下与对照组(未加木屑)相比菌体胞内蛋白质变化情况,对差异蛋白进行生物信息学分析。【结果】在白桦和云杉木屑诱导下,桦剥管菌细胞内蛋白表达发生了明显变化,处理组(添加木屑)共检测到32个细胞内差异表达蛋白点,经质谱检测及数据库检索,成功鉴定17个差异蛋白点,这些蛋白具有转移酶、水解酶、蛋白结合、细胞信号转导等分子功能,涉及分解代谢、有机物质代谢、氮化合物代谢、初级代谢、细胞生物合成和刺激响应过程。【结论】桦剥管菌降解木材是多种蛋白质共同作用的结果,通过调节多种代谢过程中的相关蛋白表达来发挥作用。     

番茄SlSL1重组蛋白的表达、纯化及体外泛素化活性检测

泛素化作为真核生物细胞内普遍存在且极为关键的蛋白质翻译后修饰,可以使被修饰的蛋白质发生降解,在植物生长发育、胁迫应答等方面发挥着重要作用。泛素化降解需要通过E3泛素连接酶特异性识别靶蛋白并对其进行修饰,因此E3连接酶在泛素化途径中起着决定性的作用。文章通过克隆番茄SlSL1基因编码序列、构建原核重组表达质粒,并利用诱导表达、亲和吸附纯化SlSL1重组蛋白,以此进行SlSL1的体外泛素化活性检测。SDS-PAGE电泳和考马斯亮蓝染色结果显示,由所构建番茄SlSL1基因重组质粒纯化获得SlSL1蛋白;体外泛素化检测显示,SlSL1蛋白形成多聚化泛素条带,具有E3泛素连接酶活性,表明SlSL1可能在番茄的泛素化调控途径中发挥功能。     

低温胁迫下棉花子叶蛋白质差异表达的双向电泳分析

采用TCA-丙酮沉淀法,改良优化了棉化蛋白质组研究中的双向电泳技术.通过对根和子叶全细胞蛋白的提取、蛋白的溶解、胶条的选择及电泳等环节的优化,得到了重复性很高、分辨率很好的蛋白质图谱.进一步对5 d苗龄的棉花进行4℃低温处理12 h后,提取子叶的蛋白质,利用双向电泳技术分离全细胞蛋白.并用PDQuest软件分析比较棉花子叶在低温处理下的蛋白表达谱,得到了49个有显著差异的蛋白点.其中,低温处理上调表达的蛋白点有27个,减弱表达的蛋白点有22个,推测这些差异蛋白点可能与低温胁迫相关.     

Cdh1介导的Sp100蛋白降解机制初探(英文)

Cdh1是后期促进因子APC复合物的共激活因子之一,其蛋白在有丝分裂末期和G0/G1期激活APC复合物.Cdh1通过识别特异性的序列,在特定的细胞周期时刻为APC复合物呈递需要被降解的底物.Sp100作为PML-NBs结构重要组成蛋白,参与抗病毒,转录调控,细胞凋亡等重要的细胞活动.在本课题组前期研究工作中,发现了Sp100的蛋白序列上含有一个典型的D-box序列,即RxxL,暗示着Sp100能够被Cdh1识别,可能是APC复合物的底物.在本实验中,证明了Cdh1参与Sp100蛋白泛素化降解的途径,并且这个过程依赖于Sp100蛋白完整的D-box结构.这些发现不仅提供了一种新的内源的Sp100蛋白调控方式,并且为进一步研究Sp100以及其他PML-NBs蛋白的调节打下基础.     

白藜芦醇诱导HepG2细胞凋亡中线粒体差异蛋白鉴定

为研究线粒体在白藜芦醇诱导人肝癌细胞系HepG2细胞凋亡中的作用机制。分离提取白藜芦醇处理的HepG2细胞及对照组细胞的线粒体蛋白质,双向电泳分离差异蛋白质,飞行时间质谱鉴定差异蛋白点,摸索并建立了一种有效分离提取细胞线粒体蛋白质和双向电泳的方法。初步分析鉴定了四个显著性差异蛋白,着丝粒蛋白Kinesin protein和CENP-E降低,证明白藜芦醇对细胞周期及细胞骨架的调节作用,Peptidase (mitochondrial processing)表达降低,线粒体核糖体蛋白L7/L12（Mitochondrial ribosomal protein L7/L12, MRP L7/L12）表达升高,表明白藜芦醇诱导HepG2细胞与其对线粒体功能的影响有关。     

双向电泳联用质谱技术研究水稻明恢63对细菌性条斑病侵染的应答

水稻细菌性条斑病是由细条病菌物Xanthomonas oryzae pv.oryzicola（Xooc）引起的一种细菌性病害，是我国南方稻区的主要病害．为了探明水稻对细条病的应答机制，我们应用双向电泳联用质谱技术，研究了水稻品种明恢63在水稻细条病病菌侵染后不同时期的全蛋白变化，并对差异蛋白进行了鉴定以及分析归类．共鉴定出17种表达上调的蛋白和10种表达下调的蛋白，这些蛋白参与了水稻对细条病侵染的信号识别及防卫应答，其中包括信号转导类蛋白、防卫相关蛋白、代谢相关蛋白和参与蛋白质合成的蛋白等．     

HIV-1相关蛋白与细胞自噬在HIV相关神经认知障碍中的研究进展

细胞自噬作为真核细胞的一种自我保护机制,能降解细胞内的大分子蛋白质和病原微生物以及一些受损或老化的细胞器,使细胞维持平衡状态,在预防神经退行性疾病及免疫系统疾病等过程中有重要作用.研究发现,HIV-1(Human immunodeficiency virus type-1)能通过各种机制改变细胞自噬的正常功能,以利于自身的复制、感染等,本文就HIV-1的相关蛋白与细胞自噬的相互作用,及其在HIV相关神经认知障碍(HIV-1 associated neurocognitive disorder,HAND)的发生和发展中的重要作用进行综述.